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伊宁县农村信用合作联社实行理事会领导下的主任负责制，设主任1人，副主任2～3人，主任、副主任由理事会聘任，可连聘连任，主任与理事长分设。主任负责联社日常经营管理工作，行使的职权为：
  1.组织实施理事会决议，负责管理辖区内的业务活动；
  2.拟订内部管理制度草案；
  3.拟订发展规划、经营方针和经营计划草案；
  4.拟订年度财务预、决算方案和利润分配方案；
  5.拟订内设部门和分支机构设置及调整方案；
  6.决定内部工作人员的奖惩；
  7.向理事会推荐副主任人选；
  8.聘任和解聘除二十五条规定外的中层管理人员；
  9.根据员工管理制度聘任和解聘员工；
  10.《章程》规定和理事会授予的其他职权。
  县联社主任主持经营管理工作，副主任根据工作分工分管计划财务、信贷管理、安全保卫等工作。
  2006年11月9日，县联社召开（统一法人）第一届理事会第一次会议，由理事会聘任刁祥林为主任，聘曹刚、佘建福、阿扎提·阿布都卡德尔为副主任。
  2007年，县联社经营班子共召开经营管理会议10次，主要讨论安排职工工资按不同比例提取内外勤工资，基层信用社要加强经营管理，牢固树立以农为本服务“三农”意识，不断推进信用社发展，培养一批高素质人才的职工队伍。开展竞聘上岗，加强安全保卫工作，加大不良贷款清收力度，做好专项票据兑付、大额贷款、不良贷款、冒名贷款、跨区贷款的检查工作。加强企业文化建设、内控管理，中心机房值班，做好吸收股金工作，提升执行力，安排年终决算工作等事项。
  2008年3月10日，县联社召开理事会，聘曹刚为主任，聘阿扎提·阿布都卡德尔为副主任。
  2009年县联社经营班子共召开经营管理会议12次，主要研究讨论2008年县联社工作总结报告及2009年工作安排，讨论通过伊宁县联社营业网点重要岗位工作人员代岗顶班实施办法、联社授权管理办法、干部交流和岗位轮换管理办法、考勤制度、员工违反优质文明服务规范处罚办法、案件防控和百日清查实施方案、积分管理办法等制度和2008年度先进集体和先进个人表彰、安全保卫，廉政教育、信用工程等事项。
  2010年4月22日，县联社第二届理事会聘曹刚为联社主任，聘阿扎提·阿布都卡德尔、施涛为联社副主任。
  2010年县联社经营班子共召开经营管理会议8次，主要研究讨论给基层信用社购置电脑、春耕备耕、定做工装、劳动竞赛、2009年度先进集体和先进个人表彰、兑现2009年度目标责任考核、为贫困职工捐款、2010年业务经营计划、领导班子成员带班制、领导班子查库、车辆管理、“三八”妇女节活动安排、信用工程建设、队伍建设、风险管理等事项。
  2011年4月14日，根据自治区联社党委组织部建议，县联社第二届理事会解聘曹刚主任职务，伊宁县联社主任暂不配备，由县联社党委委员、副主任施涛主持日常经营工作。
  2011年县联社经营班子共召开经营管理会议9次，主要研究讨论2010年度工作总结报告、2010年度先进集体和个人表彰、2011年总体思路和发展原则及目标、2011年工作重点和措施、绩效工资方案、2011年培训计划、2010年度股金红利分配方案、信用工程建设、党风廉政建设、企业文化建设，业务营销、内控管理等事项。
  2012年5月27日，县联社第二届理事会聘范长安为主任，聘施涛、陈波为副主任。
  2012年县联社经营班子共召开经营管理会议8次，主要研究讨论党风廉政建设和案件防控、纪检监察、中层干部竞聘、委派会计竞聘、春耕生产调研、产品营销、服务质量提升、信用工程及信用体系示范区建设、管理部门人员调配等事项。