新疆维吾尔自治区图书馆

13世纪初，中国北方草原又兴起了一个强大的游牧民族——蒙古。成吉思汗统一了蒙古各部，并开始向四周扩张。1218年，蒙古大军攻灭西辽。其后，成吉思汗及其子孙又相继进行西征，先后征服了中亚、伊朗、俄罗斯和东南欧。建立起庞大的蒙古帝国。在成吉思汗西征过程中，高昌亦都护（即原西州回鹘国王）最早归顺了成吉思汗，并派军队参加西征。成吉思汗将征服的土地分封给他的儿子们，建立了封建汗国。长子术赤分得伏尔加尔流域，南俄草原及里海、咸海以北的钦察草原，建立了钦察汗国（又称金帐汗国）。次子察合台分得天山南部、伊犁河流域、博尔塔拉、中亚的七河流域及河中地区，建立了察合台汗国。三子窝阔台得到阿尔泰草原、塔城地区和蒙古高原西部，建立了窝阔台汗国。四子拖雷按蒙古族传统，继承了蒙古草原。高昌亦都护因西征有功，被成吉思汗认为义子，得以保有自己的领地。1260年忽必烈继蒙古大汗之位，1271年建立了元朝，平定了海都（窝阔台之孙）、都哇（察合台之孙）发动的分裂叛乱。元朝在新疆先后建立了一系列军政机构，实行管辖治理。还在1251年，蒙哥作蒙古大汗时，就设别失八里等处行尚书省，管理天山南北，这是我国的行省制度首次应用于新疆。1271年忽必烈派皇子建牙于阿力麻里，统辖天山南北。1281年在高昌境内置北庭都护府，作为元朝在新疆的最高军政机关。翌年设阿力麻里（伊犁）元帅府，领天山北路。1283年，在别失八里、哈刺火者（吐鲁番）、兀丹（和田）等地设宣慰司。1286年在别失八里设元帅府，领天山南路。又置火州、曲先（库车）元帅府，领吐鲁番、哈密地区。1295年设西域卫亲军都指挥使司，管理军政。不久又在北庭和曲先设立两个都元帅府，分统天山南北的军队。还在畏兀亦都护（即高昌亦都护）之下，设大都护府，管理畏兀儿各部。元朝还派军队在新疆各要地驻防，实行屯田。同时设冶场、织造局、交钞库、交钞提举司，管理新疆的经济事务。
  元朝时期，不少汉人来到新疆，从工务农经商。也有大量畏兀儿人和西域其他民族的人们迁到内地，从军作官或经商。成吉思汗时，以回鹘文为基础，创制了蒙古文字。元朝的畏兀儿人和西域人士中产生了许多精通汉文化的著名政治家、军事家、文学家、艺术家和科学家，如廉希宪（廉孟子）、阿礼海牙、贯云石、安藏、鲁明善等。