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如果说，歪思汗后，迄满速儿、赛德诸汗时期，东察合台汗国虽 分作东西两部分，但还遗有昔时强盛的余辉。那么，在此以后，直到 公元17世纪末汗国覆没，东察合台汗国则分裂加剧，内订迭起,其 衰落之趋势,纵有回天之力，也已无可挽回。
  在这一时期里，汗国前、中期曾与察合台汗后裔们分庭抗礼的 都格拉特部异密势力已彻底衰落。汗权得到加强，整个汗国虽仍呈 割据局面，但是各地区的头面人物则俱岀秃黑鲁帖木儿汗之后，这 与同时期中亚河中地区的政治局势迥然相异。在那里，各地的实际 权力皆掌握在非察合台汗后裔的帖木儿后代手中。
  随着大量蒙兀儿人南迁定居和汗国统治中心向农业区域的转 移,蒙兀儿民族与农业民族的交往和联系增多，并逐渐摆脱了单一 的传统的游牧业生产生活方式，本土化程度日益加深。无论是在农 业定居地区，还是在草原地带，一些新的近代民族正在孕育和形成 过程之中。
  汗权的加强和蒙兀儿入突厥化程度的加深，似乎无助于推进 汗国的统一和强盛，却使伊斯兰教在汗国境内得到更进一步的传 播，伊斯兰教和卓日益成为蒙兀儿汗国用以维护自己统治的精神 支柱和政治伙伴，和卓参政是这一时期的重要特点。皇室贵戚对和 卓的迷恋放纵以及和卓对政事的干预，不仅削弱了蒙兀儿汗的权力和威望,而且增强了和卓势力的政治地位和实力。最后,强邻压 境，蒙兀儿及部众无力抵御，东察合台汗国终于为和卓势力招引的 蒙古准唱尔部封建贵族所推翻。