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宋元以来，琼州的府城和海口，是驻军重镇和水军设防要津，故营居者多戎籍。元天历二年（1329年），改琼州军民安抚司为乾宁军民安抚司，驻兵1000名，镇守海南万安诸处。其中琼山为安抚司治所，驻军有几百人。元统二年（1334年），琼州共置营2、镇1、寨4，其余4寨分设在各县。南蕃营是元至元初年，“驸马唆都右丞征占城时，纳番人降，并其父母妻儿发海口浦安置，立营籍为南番兵。”其子孙后代俱为疍民。元朝至元三十年（1292年），设立海南屯田万户府，下设五原、仁政、遵化、义丰、潭揽、文昌、昌化、会同、临高、澄迈、永兴、乐会等12个千户所、百户所，任命邓高掌管万户府事。至正二十七年（1367年）任命张贤为万户。据《元史》记载，当时琼州路屯兵人籍的屯户有6500户，屯民13000多人，屯田就有292顷98亩。元末明初洪武元年（1368年），元朝将领海南分府元帅陈乾富归附明朝后，各州县长官另行任命，不用当地人为官，屯兵子孙，尽革为民。本章第一节任职期满落籍海南的云从龙、张万户、张炤、邱均禄、覃公瘐等人，都是元朝戌琼的武官。至于从大陆迁琼的军屯户，起码有1万多人。
  自宋代琼州府迁到今府城之后，白沙津便成为府治要津和全岛海运中枢，海口、府城便成为琼州货物进出的集散地和商贾、船民的落籍地。到了元朝，从闽粤渡琼经商并落籍者越来越多。宋代发祥于福建的天后（妈祖），被信奉为海上保护神，随着福建人到琼贸易和落籍日益增多，元代以天后为海上保护神的信仰也传播到了海南岛。据清道光《琼州府志》卷八载：“天后庙，一在白沙门，一在海口所，元建。”此外，从元代开始，从闽粤到琼经商定居的商人也以互助互利的形式设立起地方会馆，如漳泉会馆、福建会馆、兴潮会馆、高州会馆等等，作为同乡商民联络活动的场所，每一会馆一般都有一、二百名同乡捐资助建，说明元代商贾在琼定居者日益增多。例如，汤肇基，原籍福建莆田县，元朝末年渡琼从商，后来定居文昌县铜鼓松马村。