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遂川县爱国卫生运动委员会（简称县爱卫会），是全县开展爱国卫生运动的组织领导机构，下设办公室（简称县爱卫办）为副科级常设机构，隶属于县卫生局，有工作人员3人。
   健康教育工作
  20世纪90年代初，遂川成立健康教育领导小组，由宣传、卫生、教育等部门为成员单位；各乡镇政府也成立相应机构，具体组织、实施、协调县乡健康教育工作。 卫生部门积极开展医疗卫生科普和传染病防治知识的宣传、咨询、义诊，各医疗卫生单位普遍设有健康教育专栏；教育部门在各中、小学校开设健康教育课，普及卫生科普知识；文化广播电视部门播放健康教育音像制品，传播卫生科普知识；团县委每年数次组织青年志愿者开展文化、卫生、科技“三下乡”实践活动；县妇联定期培训妇女干部；各乡镇政府采取多种方式开展农村健康教育工作。
   农村改水、改厕
  1990年末，农村改水受益人口约77.9%，其中自来水覆盖率仅占7.63%。1992年起，县委、县政府每年拨款2万元，用于农村改水工程。到2000年末，受益人口增至86.7%，其中自来水受益人口16.42万人，覆盖率33.17%；到2003年，农村改水受益人口达46.14万人，其中自来水受益人口22.8万人，覆盖率达44.98%，饮用手压机井水的占11.39%，饮用山泉及其他清洁水的占34.68%，但仍有8.95%的人口饮用卫生清洁水困难。
  1992年底，累计农村改厕381户，其中三格式307户，沼气式74户，受益人口1895人，仅占全县农村人口的0.42%。1997年，县爱卫办在堆子前镇的鄢背、陂田，草林镇的楠木、源溪，珠田乡的山口、黄塘，泉江镇的银山、云岗，雩田镇的长盛、任溪，枚江乡的张塘、高城等12个村开展农村改厕试点。1998年，遂川列入全省沼气生态农业建设重点县，1999年举办沼气式建厕建池培训班二期，为13个乡镇培训325名技术人员，落实建池任务1420个，建立改厕示范村5个。有13个乡镇按高起点、高标准、集中连片的要求着手开展了沼气池建设工作。至2001年，全县农村改厕76673座。同年9月，遂川获全省农村无害化厕所建设先进县一等奖。
   除“四害” 县爱卫会每年以各种形式广泛动员全社会消灭老鼠、苍蝇、蚊子、蝉螂（简称“四害”），并在春秋（冬）两季统一开展全县灭鼠活动。1993年10月和1998年9月，县爱卫办开展鼠密度调查，在野外与室内定点投放饵料或标记物，测出县城鼠密度最高的单位达49.2%，一般单位达25%，按照卫生城市（鼠密度不超过5%）的标准，县内鼠密度严重超标。
   门前“三包”
  20世纪90年代以来，对县城规划区内的单位、居民户、个体经商户实行划分卫生责任区、实行“门前三包，门内达标”的管理办法。门前“三包”，即包卫生、包秩序、包绿化；门内“达标”，即要求各单位与私人住宅内部的清洁卫生必须达到规定标准。各居民户、店主和所有单位，与县爱卫办签订达标责任状，爱卫办联合卫生、城管、工商、交通等部门定期或不定期开展卫生评比检查。2000年以后，门前“三包”管理工作更为规范，责任单位或个人在“三包”地段范围内每天派人随时清扫保洁；县直单位内部的干部职工每天一小扫，每周一大扫，形成制度，并确定每月20日为全民爱国卫生日，开展全民爱国卫生大扫除活动，消灭卫生死角，次日组织有关单位人员进行评比检查。评比结果分为达标、基本达标、不达标三个档次，对基本达标的发放整改通知书，不达标的发放处罚通知书，在处罚后仍需整改直至达标。2002年末，全县共评出县级卫生庭院35个，省级卫生庭院15个。部分单位因卫生、绿化工作卓有成效，由县绿化委员会授予“花园式单位” 。