蜜桔病害最主要的是疮痂病,此外还有黑星病、脚腐病、炭疽病、树脂病、立枯病、黄斑病、煤烟病、蒂腐病、绿腐病和青霉病。疮痂病是最易感染的病害,新梢、叶片和果实均易受害;黑星病为害果皮和叶片,是造成南丰蜜桔采前落果的主要原因之一;脚腐病为害桔树主干,严重时造成整株死亡;炭疽病,主要为害树叶,苗木感染后蔓延很快;树脂病,树干、叶、果均能受侵害,主要为害树杆皮层,造成局部坏死,侵害贮藏果则引起褐色蒂腐病;立枯病,主要为害苗木,造成全株自上而下很快死亡;黄斑病,主要为害树叶,造成大量落叶;煤烟病,叶、枝、果都能感染此病;蒂腐病,主要为害果实,群众称为“穿心烂”,是蜜桔烂果最严重的一种病害;绿霉病和青霉病主要为害贮藏果实,引起腐烂,常可造成严重损失。
上述病害的症状和发展规律目前已基本上为桔农所了解,其防治方法,尤其是综合治理方法,如销毁病源、药剂防治、强化管理等方面已为大多数桔农所掌握。其中药剂防治目前主要使用的有波尔多液、石硫合剂、甲基托布津、退菌特、多菌灵、代森锌等。