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民国初，南丰县署改称县公署，知县改称知事，总揽全县行政，兼理司法。县公署下设警察署、保卫团和罗坊、康都二司。民国2年（1913），县公署定为初级地方官署，设知事1员，下设一科主民政、二科主财政、秘书室；科设科长、科员为辅助官吏，另设警察署办理警务；裁撤罗坊、康都二司。
  民国16年2月，县公署改称县政府，知事改称县长。县政府设置公安、财政、教育、建设等局。民国24年后，设县长1人，总揽全县行政，兼任保安处处长。下设一、二、三科，各设科长1人，另设秘书、警佐、技士各1人，督学2人，作为县长的襄佐，由县长选报省政府委任之。民国25年，县政府增设第四科，第二年又增设第五科。
  民国29年11月推行新县制，县政府设民政、财政、建设、教育、军事、社会、地政等科和秘书、警佐、会计等室，第二年增设粮政和合作指导室；第三年再增设户政、统计2室，共8科6室。民国34年，各科又以数字称之，有一、二、三、四科和秘书、会计2室，次年又增设第五科。
  民国35年，县政府各科机构复以名字称之，有民政、财政、教育、军事、社会、地政等科和秘书、会计、户政、统计、合作指导等室。自后，各种机构有增无减，至民国38年增加到20多个机构，有民政、财政、教育、建设、军事、社会、地政等科，秘书、会计、合作指导、户政、统计等室，警察、邮政等局和国民兵团部、保安警察队、田务处、税务稽查处、县训所、法院、卫生院、合作社、禁烟委员会、公产委员会等。民国37年7月，还成立南丰县戡乱建国运动委员会。
  县政府下设的基层机构，民国初沿袭旧制，到18年，实施区、乡（镇）、闾、邻四级自治组织，区级设区公所。
  民国20年，国民党统治区实行保甲制，全县7个区公所改为区政公处，为辅助县之行政机构。22年，将第七区划归新丰特区管辖，次年又复改编成7个区。24年，区政公处改为区政署，机构亦稍有扩充，除设区长外，曾设民、财、教、建和军事指导员各1人，书记〈文书〉1人，成为行政之一级。
  民国27年8月，改行新制，区署改为指导机关，设置区指导员5人，代县政府就近督导所属乡镇办理行政及自治事务；保联办公处改组为乡（镇）公所，各乡（镇）公所设乡（镇）长1人、首事7人、军事政治干事2人、户籍1人、书记1人。28年，规定乡（镇）长为法人，并增设乡干事，分掌民政、警卫、经济、文化。29年，推行新县制，区署形同虚设；定乡（镇）公所组织规程及办事通则；重新编组保甲，规定保甲为地方自治的基点，各保设立保办公处，并重新制订保办公处组织规程，增设副保长1人和民政、警卫、经济、文化干事（民政、警卫干事分别由正副保长兼任，经济、文化干事分别由保合作社理事会主席和保国民学校校长兼任）。
  民国34年，撤销区级政区，年终又恢复区级政区的设置，设区长、政治指导员各1人，区丁2人，工役1人。