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吴姓的渊源由五大支组成：姜姓、吴回氏族、姚姓、姬姓和外族的改姓。
  第一支源出姜姓。黄帝时代的吴部落以驺虞为图腾，解释为吴，作为氏族之名。驺虞是一种古兽，其声音十分洪亮。吴氏族属于炎帝部落，姜姓，活跃于今陕西陇县陇山之东的姜水旁，所居之地称吴山。炎帝时代的吴权是吴氏族的首领，其后裔吴枢是黄帝的生母。炎帝和黄帝同为古羌人的两大分支，互相通婚，形成了华夏族的主体。夏朝时，姜姓吴氏族随夏族东迁到观津，今河北武邑东。曾与神射手羿期比射的吴贺，是其后裔。姜姓吴氏的历史至少有5000年。
  第二支出自吴回氏族。黄帝的后裔颛顼，颛顼之子称，称的族人分布在今河南汝河地区。称之子老童，老童之二子黎、吴回在舜时代先后任祝融氏，祝融氏是古代掌管火种的首领之称谓，代表着在氏族中的极高地位和权力。祝融氏黎有罪被诛，吴回继任祝融氏，吴氏族居于姜姓吴的故地。夏朝时，吴氏族沿渭水北岸东迁到山西平陆的吴山。商朝时，吴氏族一直活跃于北方，首先沿黄河而下进入河南新郑地区，建立吴方国。后东迁到濮阳雷泽之西，最终到达山东临朐东北朝阳古城，史称王吴，是商朝东方的强大方国。商末的吴伯乃是这支吴回氏族的后裔。这支吴姓有4000多年的历史。
  第三支源自姚姓。舜部落是东夷族一支，舜接尧之位而居中原，占据古吴之地，今山西平陆吴山之旁的历山，史称有虞氏。夏禹接舜之位建立夏朝，封舜之子商均于虞，即今河南东部的虞城。姚姓虞国一直作为东部的重要方国而存在，商朝时国亡，子孙以吴为氏。秦末安徽宿县大泽乡发动中国历史上第一次农民大起义的首领吴广，就是姚姓吴的后裔。这支吴姓也有3500年的历史。
  第四支出自姬姓。产生于周初，也称周族姬姓吴，是吴姓中最重要的组成部分，影响最久远，人丁最兴旺。商末周文王之祖父古公亶父封长子太伯于陕西陇县的吴岳，封次子仲雍于陕西武功西的雍原。不久太伯与仲雍率领周族姬姓吴氏族一起出奔荆蛮，进陕西秦岭南之商县，穿湖北入湖南衡山，经江西清江吴城，渡永修，沿长江而下，迁江苏江宁、镇江，涉常熟，历经四代最终到达江苏无锡东的梅里。仲雍之曾孙周章建立吴国，亦称句吴。公元前585年，寿梦正式称吴王。春秋后期，吴国曾一度攻破楚国，北上与晋国争霸，称雄于东南。公元前473年灭于越国，吴国的子孙遂以吴为氏。这支吴姓主要活动于华东一带，随后向中原、华北和华南发展壮大，也有2600年的历史，国亡之后大批使用吴姓的历史也有2400多年。
  第五支出自外族的改姓。吴姓中融入外族的事件稀少。宋朝以后才出现北方外族改姓的事件：北宋的西夏国党项族有吴姓，元朝的蒙古人中有吴姓，清朝满洲八旗乌尔锡氏、乌拉氏、乌苏占氏、兀札喇氏、乌雅氏、乌苏氏等氏族集体改姓吴。南方地区的汉族中融入外族基因的事件主要发生在明清时期。