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汉族萧姓的来源主要有三大支：嬴姓、子姓和外族的改姓。
  第一支出自嬴姓。远祖可追溯到4000多年前“五帝”时代的金天氏少昊。少昊氏族是以凤凰为图腾的东夷族的一支，其后裔皋陶在尧舜时掌管刑法和司法。皋陶之子伯益掌管火种和驯养兽鸟，因助大禹治水有功，而得姓嬴。伯益的后裔孟夸的后代在商朝被封在萧，亲商的嬴姓萧国在今安徽萧县西北。西周初，少昊氏族的后裔徐、奄十七国联合武庚及三监叛乱，周成王命周公旦东征讨伐，嬴姓萧国灭亡，子孙以国为氏。周公旦把萧国遗民封给其子伯禽，伯禽是鲁国始祖。外逃的萧国子孙被迫南迁于今江西樟树市西的萧水，一支向西迁移到湖南湘江上游的潇水，一支向东迁移到浙江萧山，嬴姓萧氏的历史至少有3500年，国亡后普遍使用萧姓的历史也有3000年之久。
  第二支源自子姓。周成王时，周公旦平定殷侯武庚和三监叛乱之后，把古宋国之地封与微子启，史称宋公，以奉商祀。微子启为商朝末帝纣王之兄，在平定武庚叛乱中立有大功。春秋初宋国由河北赵县南迁到商汤故地商丘，即今河南商丘。传到宋湣公时，公元前682年宋国猛将南宫万杀湣公叛乱，公子御说逃奔萧，宋戴公之裔乐大心平定叛乱，公子御说继位为宋桓公，乐大心因功被封于萧，史称萧叔大心，子爵萧国为宋国附庸。春秋末公元前495年，子姓萧国灭于楚国，子孙以国为氏。子姓萧氏的历史有2700年。
  第三支出自外族的改姓。进入魏晋南北朝之后，北方战争纷乱、政权更迭频繁、中原百姓南逃、外族入居华北，外族基因流入北方汉民中的事件不断地发生。北方萧姓中融入外族的血液主要发生在北宋以后。北宋北部的辽国契丹族的拔里氏族、乙室已氏族、回鹘族的述律氏族、奚族石抹等五个氏族全部改姓萧氏，成为辽国第一大姓，北方地区的萧姓一下就增加了许多，到元朝时华北和中原的这部分外族全部成为汉族。清朝满洲八旗舒穆禄氏族的一部分、伊喇氏族集体改为汉姓萧氏，伊喇氏族的先民出自辽国的移剌氏族，在北宋时已有一部分改为萧姓，而舒穆禄氏族的先民出自奚族的石抹氏族。南方萧姓中融入外族基因发生在明清时期，涉及的重要的有关民族有苗、瑶、壮、土家、傣族等，南方的土著中的萧姓最早来自中原地区南下的萧姓汉民，加入土著后逐渐土著化，并形成了土著中的强大派系，在南方地区汉化的过程中很多土著的萧姓又回到汉族。