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余姓主要由三大来源组成：姒姓、隗姓和外族的改姓。
  第一支源自姒姓。公元前2070年禹继承舜的帝位，建立了中国第一个世袭封建王朝夏朝，国号夏后氏，姒姓。夏朝传十四世，十七王，曾先后建都于阳城（即今河南登封东）、斟鄩（即今河南登封西北）、安邑（今山西夏县东北）等地。至夏王桀时，于公元前1600年为商汤所灭，汤放桀于南巢，今安徽巢湖市北，子孙以禹时国号夏后氏为姓。夏禹之后分封之国有繇余，也作由余，其后有余氏。
  春秋时，晋人由余因避乱出逃到西戎为官，秦穆公闻其贤德大度，礼聘为相，由余为秦出谋划策，为“广地益国”、“西霸戎夷”立有大功，其后裔遂以其名为氏，有由余、由、余三姓。按：夏禹之后的由余国可能一直存在到商朝末，国处山西南部，其地被赤狄的留吁氏族所占领，以国名为名者逃亡西戎，后为秦穆公所用之由余，有可能为夏禹之后裔，或为赤狄留吁氏之族人，后者可能性更大。
  第二支系自隗姓。余，春秋时小国，出赤狄部，其后裔以国为氏。狄，亦作翟，春秋前分布于河西、太行山一带的古民族，春秋时，逐渐东徙，活动于齐、鲁、晋、卫、宋、邢等国之间，与诸国有频繁的接触，因分布在北方故称北狄，后分赤狄、白狄、长狄三部。赤狄分布在山西长治北，与晋人杂居，包括东山皋落氏、廧咎如、潞氏、甲氏、留吁、铎辰等部，春秋时其中一部分并入晋国。按：赤狄部余氏族，或即留吁氏族，留吁人所居之地为夏禹后裔由余国的旧地，留吁实为由余的近音异译而为。因此，中国的余姓起源于山西长治地区，其历史至少有3000年。
  第三支来自外姓。我国余姓比其他姓氏更早地发生与周边民族的交流和融合，出自山西正统的余姓其实是华夏族与狄族的混合群体。南北朝时期，余姓中又发生了外族基因的流入，主要发生在南方。南北朝陈朝时期，江西新奉的溪族有余姓，溪族为当时南方武陵蛮的一分支，我国南方的许多姓氏与其有关。元朝时由西域进入中原的人中也有以汉姓余为氏，成为泸州（今安徽合肥）的一支余姓。