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汉族秦姓源出三大支：嬴姓、姬姓和外族的改姓。
  第一支出自嬴姓。秦姓的先祖可追溯到4000多年前“五帝”时代的金天氏少昊。少昊氏族是以凤凰为图腾的东夷族的一支，其后裔皋陶在尧舜时掌管刑法和司法。皋陶之子伯益掌管火种和驯养兽鸟，因助大禹治水有功，而得姓嬴。进入西周后，伯益的后裔非子为秦部落的首领，善于驯马，秦部落在汧、渭两水之间地区牧马，地处今陕西西部，所供马匹深得周孝王的喜欢，周孝王封非子于秦亭，为周朝附庸，今甘肃张家川东。非子曾孙秦仲，为周宣王大夫，征讨西戎阵亡，其子秦庄公继续征讨，获胜并收复失地，被封为西垂大夫，邑犬丘，今甘肃礼县东北。
  秦庄公次子秦襄公因讨西戎、护周平王东迁洛邑之功，被封为诸侯，并赐以岐以西之地，秦襄公东迁都城于汧，今陕西陇县南，正式建立了秦国。秦文公击退犬戎，占领岐山以西之地。秦宁公又东移到平阳，今陕西眉县西。秦德公迁于雍，今陕西凤翔西北，占领了陕西中部和甘肃东南端。秦穆公攻灭12国，称霸西戎，秦国开始强大。秦孝公任用商鞅变法，国力富强，再东移都城到咸阳，今陕西咸阳市东，成为战国七雄之一。秦惠王夺河西、灭巴蜀、取汉中。秦昭王不断夺得魏韩赵楚等国之地。到公元前221年，秦始皇灭六国，统一中原，建立秦朝。秦朝历二世，于公元前206年为刘邦所灭。子孙遂以国为氏。嬴姓秦氏的历史由非子立国开始计算，其历史有3000年。
  第二支出自姬姓。公元前1046年，周武王灭商，封其弟周公旦于曲阜，是为鲁公。周公旦之子伯禽继承封地，是为鲁侯，伯禽之裔孙食采于秦邑，今河南范县东南，子孙以邑为氏。姬姓秦姓早于嬴姓秦氏而活跃于春秋战国时期。
  第三支出自外族的改姓。秦姓中融入外族的历史比其他姓氏要早，战国后期就开始发生外族用秦姓的事件了，重要的事件有：秦昭襄王时，西蜀巴人的賨族中有秦姓；三国时浙东山越族有秦姓；南北朝时南蛮有秦姓；北宋西夏国党项人有秦姓；北宋金国女真人抹撚氏族集体改姓秦姓；清朝满洲八旗穆颜氏族集体改姓秦姓，满洲八旗穆颜氏源出金国女真人抹撚氏，故也改姓为秦姓。以上各族的秦姓，除满洲八旗的一部分成为满族外，其余均融入到汉族之中。