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汉族孔姓主要有六个来源：姜姓、子姓、姞姓、姬姓、妫姓和外族的改姓。
  第一支出自姜姓。相传黄帝时的史官孔甲著《盘盂篇》，可见在远古时代有孔姓。女娲氏时代在黄帝时代之前，女娲氏末期已有共工氏族，历黄帝、颛顼、尧舜时代，共工氏族一直活跃于华北地区。共工氏族的首领也称呼共工，据说姓姜，孔为其氏，黄帝之臣孔甲或出自共工氏族。这支孔氏的历史至少有5000年。又有一支姜姓孔氏，春秋后期齐景公大夫孔虺出奔莒国，此也为姜姓孔氏，这支孔氏也至少有2500多年了。
  第二支源自子姓，出自殷汤（亦称成汤）之后。成汤取代夏建立商朝，其祖契相传为帝喾次妃简狄吞乙卵而生，赐姓子姓。成汤故名履，字太乙。其后裔以子加乙为孔氏，子姓孔氏的历史至少有3600多年。西周初周成王封纣王之兄微子启于宋，是为公爵宋国，以奉商祀。微子启之弟微仲衍之曾孙为宋湣公，宋湣公生弗父何，弗父何生宋父周，宋父周生世父胜，世父胜生正考父，正考父生孔父嘉。孔父嘉为宋国大司马，到宋殇公时为太宰华督所杀，其子孙以先祖之字为氏，这支子姓孔氏的历史也有2700多年。这支子姓孔氏是组成当代孔姓的最重要的成分，因为大圣人孔子出自这支孔氏，从春秋至秦汉，孔子的学说深入人心，故这支孔氏一支独放，其他的孔姓默默无闻而湮没于子姓孔氏之中。
  第三支出自姞姓。黄帝之子得姓者14人，其中一姓为姞。姞姓氏族的裔孙伯鯈在西周初被封在南燕，故地在晋、郑之间，在今河南武陟西北，常与姬姓通婚，后为郑国所灭。其族奔卫，世为卫卿。卫成公时大夫孔达，也称孔庄叔，卫庄公时大夫孔悝，均为姞姓之后。姞姓孔氏也有2500年。
  第四支出自姬姓。春秋郑文公时郑大夫孔叔之族为孔氏，此姬姓孔氏的历史有2600多年。
  第五支出自妫姓。春秋时陈灵公时陈大夫孔宁之族为孔氏。妫姓孔氏也有2600年的历史。
  第六支出自外族的改姓。外族基因流入孔姓的事件非常之少，直到清朝时才有孔姓中融入外族的血液事件：清朝满洲八旗温屯氏、温都氏等氏族集体改为汉姓孔氏，其族多数汉化为东北的孔姓汉族。