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吕姓的起源主要有三大支：姜姓、姬姓和外族的改姓。
  第一支出自姜姓。炎帝生于姜水而姓姜。炎帝裔孙伯夷，号太岳，在虞夏之际辅佐禹治水有功而封于吕（今河南南阳西）。伯夷是吕国的开国始祖，侯爵，复赐姓姜，以奉炎帝之祀。吕国历经夏、商、周三朝，西周初，吕侯入朝为周穆王之司寇，至周宣王时改称吕国为甫国，分一支吕姓于今河南新蔡，史称东吕。春秋初东吕为宋国所灭，其地后来归蔡国，吕人东迁于江苏铜山东北。公元前688年，楚文王灭吕（甫）国，两吕国灭亡后子孙均以国为氏，姜姓吕氏至少有4000多年的历史，正式普遍使用吕氏是在国灭之后，也有近2700年的历史。姜姓吕氏的后裔吕尚，也称姜子牙、太公望，辅佐周文王灭商，周初封于齐，为周朝东部的重要诸侯国。
  第二支出自姬姓。商末周文王占领隗姓魏国之地，并封与亲属，在今陕西咸阳之北。这是姬姓魏国的始封之地。周武王灭商后，封其弟毕公高于毕，在今陕西咸阳之北的魏国旧地，是为毕国。改迁魏国于山西芮城东北的魏城。春秋时，晋景公时大夫魏锜食采于吕（吕邑在今山西霍县西南），号吕锜，又食采于厨，（厨邑在今河南商丘北）故称厨武子，其子吕相遂以吕为氏。姬姓吕氏的历史至少有2600年。
  第三支出自外姓和外族的改姓。进入魏晋南北朝之后，北方战争纷乱，政权更迭频繁，中原百姓南逃，外族人居华北，外族基因流入北方汉民中的事件不断地发生。北方吕姓中融入外族的血液主要始于西汉以后，最重要的有：东汉有东越族吕姓，出自武都郡白马氐人之后的略阳吕氏，出自羌族的秦州吕姓，东晋有出自休官族的上邽吕姓，系出鲜卑的河南吕氏。北魏孝文帝迁都洛阳，定居中原，曾改鲜卑族比丘氏、副吕氏、叱吕氏、俟吕陵氏、叱吕引氏等氏族为吕姓，后全部成为汉族。清朝满洲人吕姓来自入旗汉民，为东北地区的吕姓汉族。