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显微鉴别是利用显微镜来观察畲药的组织构造、细胞形态及其后含物等特征进行畲药真实性鉴别的方法，包括组织鉴别和粉末鉴别，适用于性状鉴别不易识别的畲药，或者形状相似难以从外观区别的多来源畲药、破碎畲药、粉末畲药等。
  一、显微鉴别的方法
  显微鉴别的第一步是根据观察对象和目的不同制作合适的显微制片，包括组织制片、表面制片和粉末制片。组织制片一般采用徒手、滑走、冷冻或石蜡切片法制片；对于植物类畲药，如根、根茎、茎藤、皮、叶类等畲药，一般制作横切片用于观察，必要时制作纵切片；果实、种子类须制作横切片及纵切片用于观察；木类畲药常观察横切、径向纵切及切向纵切三个切面。鉴定叶、花、果实、种子、全草类畲药，可取叶片、萼片、花冠、果皮、种皮制表面片，以观察各部位的细胞形状、气孔、腺毛、非腺毛、角质层纹理等表面（皮）特征。也可将畲药制作粉末片进行观察。有时为了观察某些完整的细胞（如纤维、石细胞、导管等）特征，可制作解离组织片。对于粉末畲药，可直接取目的物，选用不同试液封片，然后观察粉末中具有鉴别意义的组织、细胞及细胞后含物显微特征。
  观察畲药组织切片或粉末中的细胞后含物时，一般用甘油-乙酸试液或蒸馏水装片观察淀粉粒，并利用偏光显微镜观察未糊化淀粉粒的偏光现象；用甘油装片观察糊粉粒；如欲观察菊糖，可用水合氯醛试液装片不加热立即观察。为了使畲药组织切片或粉末的细胞、组织能观察清楚，需用水合氯醛试液透化后制片，为避免析出水合氯醛结晶，可在透化后滴加甘油少许，再加盖玻片。
  观察细胞和后含物时，常需要测量其直径、长短等（通常以计），作为鉴别依据之一，测量时使用显微测微尺。淀粉粒等微细物体宜在高倍镜下测量；纤维、非腺毛等较大的结构可在低倍镜下测量。
  二、显微鉴别的要点
  同一物种来源的畲药，均具有较为稳定的组织学特征。即使畲药破碎或是呈粉末状，这些组织学特征，尤其是它们的组织、细胞及细胞后含物的特征依然存在。观察、了解并掌握这些基本特征，是进行畲药显微鉴别的基础。
  （一）根类畲药
  1.组织构造
  首先根据维管组织特征，区别其为双子叶植物根或单子叶植物根。
  多数双子叶植物根类药材为次生构造，外侧为木栓组织（因此一般无皮层）：有些根的栓内层发达，称次生皮层；韧皮部较发达；形成层环多明显；木质部由导管、管胞、木纤维、木薄壁细胞及木射线组成；中央大多无髓。少数双子叶植物根类畲药为初生构造，皮层宽，中柱小，韧皮部束及木质部束数目少，相间排列，初生木质部呈星芒状，一般无髓。
  单子叶植物根类药材一般无次生构造；有的表皮细胞外壁增厚，有的表皮发育成数列根被细胞，壁木栓化或木化；皮层宽广，占根的大部分，内皮层凯氏点通常明显；中柱小，木质部束及韧皮部束数目多，相间排列成环；中央有髓。
  根类药材常有分泌组织，大多分布于韧皮部，如乳管、树脂道、油室或油管、油细胞等；各种草酸钙结晶多见，如簇晶、方晶、砂晶或针晶等；纤维、石细胞及后含物的有无及其形状对鉴别也有意义。
  2.粉末特征
  木栓组织多见，应注意木栓细胞表面观的形状、颜色、壁的厚度，有的可见木栓石细胞。导管一般较大，注意其类型、直径、导管分子的长度及末端壁的穿孔、纹孔的形状及排列等。石细胞应注意形状、大小、细胞壁增厚形态和程度、纹孔形状及大小、孔沟密度等特征。观察纤维时要注意其类型、形状、长短、大小、端壁有无分叉、胞壁增厚的程度及性质、纹孔类型、孔沟形态、有无横隔排列等特征；同时还要注意纤维束旁的细胞是否含有结晶而形成晶鞘纤维。分泌组织应注意分泌细胞、分泌腔（室）、分泌管（道）及乳汁管等类型，分泌组织的形状、分泌物的颜色、周围细胞的排列及形态等特征。结晶大多为草酸钙结晶，偶有碳酸钙结晶、硅质块、菊糖，应注意结晶的类型、大小、排列及含晶细胞的形态等。淀粉粒一般较小，应注意淀粉粒的多少、形状、类型、大小、脐点形状及位置、层纹等特征。
  根类药材的根头部如附有叶柄、茎的残基或着生毛茸，在粉末中可见到叶柄的表皮组织、气孔及毛茸。
  （二）根茎类畲药
  1.组织构造
  首先要区别其为蕨类植物、双子叶植物或单子叶植物的根茎。
  蕨类植物根茎的最外层，多为厚壁性的表皮及下皮细胞，基本组织较发达。中柱的类型有：原生中柱、双韧管状中柱及网状中柱等。
  双子叶植物根茎大多有木栓组织；皮层中有时可见根迹维管束；中柱维管束无限外韧型；中心有髓。少数种类有三生构造。
  单子叶植物根茎的最外层多为表皮；皮层中有叶迹维管束；内皮层大多明显；中柱中散有多数有限外韧维管束，也有周木维管束。
  根茎类药材的内含物以淀粉粒及草酸钙结晶多见；针晶束大多存在于黏液细胞中。
  2.粉末特征
  与根类相似。鳞茎、块茎、球茎常含较多大型的淀粉粒；鳞茎的鳞叶表皮常可见气孔；单子叶植物根茎较易见到环纹导管；蕨类植物根茎一般只有管胞，无导管。
  （三）茎类畲药
  1.组织构造
  首先根据维管束的类型及排列，区别其为双子叶植物茎或单子叶植物茎。
  茎类畲药以双子叶植物茎为多。草质茎大多有表皮；皮层为初生皮层，其外侧常分化为厚角组织，有的可见内皮层；中柱鞘常分化为纤维或有少量石细胞；束中形成层明显；次生韧皮部大多成束状；髓射线较宽；髓较大。木质茎最外层为木栓组织；皮层多为次生皮层；中柱鞘厚壁组织多连续成环或断续成环；形成层环明显；次生韧皮部及次生木质部环列；射线较窄，细胞壁常木化；髓较小。
  单子叶植物茎最外层为表皮，基本组织中散生多数有限外韧维管束，中央无髓。
  裸子植物茎的木质部主为管胞，通常无导管。
  2.粉末特征
  除了无叶肉组织外，其他组织细胞或后含物一般都可能存在。
  （四）皮类畲药
  1.组织构造
  皮类药材是指来源于被子植物（主要是双子叶植物）和裸子植物形成层以外的部分，以茎干皮较多，根皮、枝皮较少。通常包括木栓组织、皮层及韧皮部。应注意木栓细胞的层数、颜色、细胞壁的增厚程度；韧皮部及皮层往往有厚壁组织存在，应注意纤维和石细胞的形状、大小、壁的厚度排列形式等。皮类药材常有树脂道、油细胞、乳管等分泌组织以及草酸钙结晶。
  2.粉末特征
  一般不应有木质部的组织，常有木栓细胞纤维、石细胞、分泌组织及草酸钙结晶等。
  （五）木类
  1.组织构造
  通常从三个切面观察。横切面主要观察年轮的情况、木射线宽度（细胞列数）、导管与木薄壁细胞的比例及分布类型、导管和木纤维的形状与直径等；径向纵切面主要观察木射线的高度及射线细胞的类型（同型细胞射线或异型细胞射线），木射线在径向纵切面呈横带状，与轴向的导管、木纤维、木薄壁细胞相垂直，同时观察导管的类型，导管分子的长短、直径及有无侵填体，木纤维的类型及大小、壁厚度、纹孔等；切向纵切面主要观察木射线的形状、宽度、高度及类型（单列或多列），射线在切向纵切面的宽度是指最宽处的细胞数，高度是指从上至下的细胞数，同时观察导管、木纤维等。
  木类药材的导管大多为具缘纹孔导管，注意具缘纹孔的大小及排列方式。木纤维可分为韧型纤维及纤维管胞，前者的细胞壁无纹孔或有单斜纹孔，后者为具缘纹孔。木射线及木薄壁细胞一般木化，具纹孔；如有内涵韧皮部，细胞壁非木化或管状分泌细胞，有的有草酸钙簇晶或方晶且形成晶纤维。裸子植物木类畲药主要观察管胞及木射线细胞。
  2.粉末特征
  以导管、韧型纤维、纤维管胞、木薄壁细胞的形态特征以及细胞后含物为主要鉴别点。
  （六）叶类
  1.组织构造
  叶类药材通常作横切片观察表皮、叶肉及叶脉的组织构造。要注意上、下表皮细胞的形状、大小、外壁、气孔、角质层及内含物，特别是毛茸的类型及其特征。叶肉部分注意栅栏组织细胞的形状、大小、列数及所占叶肉的比例和分布。主脉部位观察维管组织的形状、类型以及周围或韧皮部外侧有无纤维层。
  2.表面制片
  主要观察表皮细胞、气孔及各种毛茸的全形。注意上、下表皮细胞的形状、垂周壁及有无纹孔和角质层纹理。观察气孔的类型及副卫细胞数。毛茸为叶类药材的重要鉴别特征，注意观察非腺毛的颜色、形状、长短、细胞壁的厚度及其表面特征以及组成非腺毛的细胞数和列数；腺毛则注意头部的形状、细胞数、大小、分泌物颜色，柄部的长短、细胞数或列数。另外，利用叶的表面制片还可测定栅表比、气孔数、气孔指数及脉岛数，对亲缘相近的同属植物的鉴别有一定参考价值。
  3.粉末特征
  与叶的表面制片基本一致，但毛茸多碎断，粉末中还可见到叶片的横断面及内含物。（七）花类
  花类药材可将苞片、花萼、花冠、雄蕊或雌蕊等分别作表面制片，或将完整的花作表面制片观察，也有将萼筒作横切面观察。苞片、花萼的构造与叶相似，但其叶肉组织不甚分化，多呈海绵组织状；有的苞片几乎全由厚壁性纤维状细胞组成。花粉粒是鉴别花类畲药的重要特征，应注意花粉粒的形状、大小、萌发孔数及形态、外壁构造及纹饰（理）等特征。
  （八）果实、种子类
  1.组织构造
  果实类药材一般观察果皮的组织特征。可分外果皮、中果皮及内果皮，内、外果皮相当于叶的上、下表皮，中果皮相当于叶肉。外果皮为一列表皮细胞，观察点同叶类；中果皮为多列薄壁细胞，有细小维管束散布；内果皮的变异较大，有的为一层薄壁细胞，有的有石细胞散在，有的为结晶细胞层，也有分化为纤维层的；伞形科植物果实的内果皮特殊，为一层镶嵌状细胞层。
  种子类药材重点观察种皮的构造，有的种皮只有一层细胞，多数种皮由数种不同的细胞组织构成，种子的外胚乳、内胚乳或子叶细胞的形状、细胞壁增厚状况，以及所含脂肪油、糊粉粒或淀粉粒等，也具有鉴别意义。
  2.粉末特征
  果实类药材的粉末注意观察外果皮细胞的形状、垂周壁的增厚状况、角质层纹理以及非腺毛、腺毛的有无及中果皮、内果皮的细胞形态等特征。种子类药材的粉末则观察种皮的表面观及断面观形态特征，种皮支持细胞、油细胞、色素细胞的有无和形态，有无毛茸、草酸钙结晶、淀粉粒、分泌组织碎片等。糊粉粒仅存在于种子中，是种子的重要鉴别特征。
  （九）全草类
  大多为草本植物的地上部分，少数为带根的全株。全草类药材包括草本植物的各个部位，其显微鉴定可参照以上各类药用部位的鉴别特征。
  （十）菌类
  菌类药材大多以子实体或菌核入药。观察时应注意菌丝的形状、有无分枝、颜色、大小；团块、砲子的形态；结晶有无及形态、大小与类型；应无淀粉粒和高等植物的显微特征出现。
  三、扫描电镜等的应用
  （一）扫描电子显微镜（scanningelectronmicroscope）
  扫描电子显微镜分辨率高，放大倍率5倍到10万倍，能使物质图像呈现表面立体结构（三维空间），样品的制备又较为简单，所以在天然药物鉴定，特别在同属植物种间表面结构的鉴别比较上，已成为一种重要的手段并广泛应用。如研究花粉粒、种皮和果皮表面纹饰，茎、叶表皮组织的结构（毛茸、腺体、气孔、角质层、蜡层、分泌物等），个别组织和细胞（管胞、导管、纤维、石细胞）的细微特征等的鉴别。
  （二）偏光显微镜（polarizationmicroscope）
  在偏光显微镜下，畲药的某些鉴别要素在色彩上表现出一定变化，可作为多数植物、动物、矿物类生药的显微鉴别依据之一。如植物的淀粉在偏光显微镜下呈现黑十字现象，不同类型淀粉的黑十字现象不同；不同类型的草酸钙结晶在偏光显微镜下呈不同的多彩颜色等。