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朱熹在逃禅归儒后，以激烈地反佛老的态度闻名于世。如果说他身上也有道骨仙风，慕好神仙修炼之术，恐怕很难令人置信，然而却是事实。
在宋儒看来，佛老作为一种避世自好的人生哲学，都以虚无为本，基本思想是一致的，只是程度有浅深之别。如佛学讲的“禅定”，与道家说的“抱朴”、“守一”就很相近，而在宋代张伯端的《悟真篇》里，又把神仙修炼作为培养真如觉性、入于释氏“空寂之本原”的阶梯。在朱熹早年的读书生活里，习佛参禅与问道求仙是连在一起的，当他在“牧斋”里醉心佛学，追求禅家“悟处谛当，用处亲切”的真境时，对道家羽化登仙的玄虚之说亦十分神往，一口气写下了《读道书作六首》，其一云：
岩居秉贞操，所慕在玄虚。
清夜眠斋宇，终朝观道书。
形忘气自充，性达理不馀。
于道虽未庶，已超名迹拘。
从中可以看出，年轻时的朱熹虽然在理智上信奉积极入世的儒学，不肯寂寞无为，可在感情上和心理上又倾慕成佛成仙的玄虚之说，想做忘形炼气、超脱于名迹之外的高人。他曾去武夷山道教的妙观堂寻求“斋心启真”的秘诀，又到溪白、顺昌一带寻访道士。在顺昌旅铺所作的《宿筼筜铺》里，他有“盘礴解烦郁，超摇生道心”的感叹，似乎要像庄子在《田子方》里所说的“解衣盘礴”的画家那样，做个“葆真”之人，以超越于生死形迹之外。
他甚至模仿道士，作焚香修道的升仙之想。在《作室为焚修之所拟步虚辞》里，朱熹说：“受我焚香礼，同彼浮黎都。”“浮黎都”即浮黎土，据说是道教教主元始天尊所居之地，指神仙天国而言。步虚乃升仙的同义语，步虚辞是道士在室中焚香修炼时口中所诵之词。大约焚香时烟雾的袅袅飞腾，容易让人产生升仙的幻想，加上步虚辞的暗示和诱导，就给人以身在天国的感觉了。这是当时道士斋心修炼以求成仙的一种方法，看来朱熹自己是尝试过的，不只是口头说说而已。但道教焚修步虚的成仙之术是不可信的，于斋室里修炼升仙更是现实生活中永远不可能达到的幻想。
朱熹身上根深蒂固的儒家理性精神，不可能让他完全沉浸在对解脱尘缘的神仙天国的迷幻中。道教思想对他影响较大的，不是神仙飞升之说，而是更为现实一些的养生还丹的道术和抱朴守一的内养工夫。他年轻时在临安结识了庐山道士虚谷子刘烈，与其一起谈《周易》象数理论，论还丹之旨，彼此还有诗歌唱和。朱熹在《赠虚谷子》诗里说：
细读《还丹》一百篇，先生信笔亦多言。
元机漫向经书觅，至理端于目睫存。
似乎虚谷子眉宇间流露的道骨仙风，让朱熹看到了人生的至理。当时他所细读的“《还丹》一百篇”，即虚谷子所著的《还丹》百篇，是一部讲道教内丹修炼的著作。这对朱熹廉退自好的人生态度的形成，和他日后进一步精研道家气功养生之说，都有直接的启迪作用。
在朱熹早年所读的道书里，道教典籍占有主要地位，而且是与佛书相比照着阅读的。如他指出南朝著名道士陶弘景所撰道书《真诰》里的《道授篇》，是剽窃佛家的《四十二章经》而成。道教的所谓“三清”之说，也是仿照释氏的“三身”说而为之。朱熹认为道家本有《老子》和《庄子》二书可资取用，道门中人却不知道看，故老庄之说尽为释氏窃取而用之。他说：“禅家最说得高妙去，盖自庄、老来，说得道自是一般物事，阒阒在天地间。后来佛氏又放开说，大决藩篱，更无下落，愈高愈妙。”（《语类》卷一二六）他认为凡道理，一说得高妙就入于禅，如庄子的《庚桑楚》一篇都是禅，其他各篇，亦自有禅话。佛教学说虽层见叠出，宏远微妙，然推其所自，实本于老庄的高虚玄妙之旨。在朱熹看来，庄禅其实是一回事，区别仅在于老庄的虚无之论，不如禅家的空寂之说那么微妙罢了，只是后世的道家看不出这一点，反而去模仿释氏，结果反而不如禅家高明。他说：“佛家偷得老子好处，后来道家却只偷得佛家不好处。”（《语类》卷一二六）这一论断是符合当时佛、道两家思想发展实际的。
当朱熹进一步探讨道教的长生成仙之说和养生道术时，注意反本归原，直接与老庄思想联系起来。他认为道家之说全出于《老子》，老子讲的清静无为就带有全身保命、求长生不死的意思。他指出《老子》所讲的“专气致柔，能如婴儿乎”，是道教内丹炼气修养的基本工夫，屏气减息，思虑自少，可以养生，可以延年，甚至可以成仙。如老子讲“载营魄”，营魄即魂魄，谓以魂守魄，魂动魄静，魂热魄冷，有如水火。他说：“以魂载魄，以二守一，则水火固济而不相离，所以能永年也。养生家说尽千言万语，说龙说虎，说铅说汞，说坎说离，其术止是如此而已。”（《语类》卷八七）他又说：“人言仙人不死。不是不死，但只是渐渐销融了，不觉耳。盖他能炼其形气，使渣滓都销融了，唯有那些清虚之气，故能升腾变化。”（《语类》卷一二五）如此说，则仙气只是清虚之气，是可以通过气功修炼而获得的。
儒者的学问具有很强的实践性和功用目的，强调事理相即、知行合一。朱熹从早年醉心于佛道的迷失心态中返归于儒家学说后，即对庄禅无益于世用的高妙玄虚之说加以否定，但却对道教的养生炼气工夫持保留态度。因为在他看来，道教的养生气功虽不可能使人长生成仙，可对人的身心健康是有益处的，其作用在人生病时或失意时尤为明显。
朱熹晚年之所以一度又热心于道家学说，迷恋道教修炼长生的道术，就与其老病缠身有关。他卜居考亭后不久即自号沧洲病叟，每于病中留心养生家之言，从事气功锻炼。他在《答黄子耕》书里说：“病中不宜思虑，凡百事且一切放下，专以存心养气为务。但跏趺静坐，目视鼻端，注心脐腹之下，久自温暖，即渐见功效矣。”他这里所讲的存心养气，并非持敬集义的儒家心性存养工夫，也不是孟子所说的那种至大至刚的浩然之气，而是指道家养生延年的气术。其要诀在于：双目观鼻端虚白以诱导入静，调息敛神，心定意专，然后意守脐腹的丹田处。久之，若玄关开窍，丹田之气即可周遍全身，疏通经络，有祛病健身之效。
朱熹在《调息箴》中说：“鼻端有白，我其观之。随时随处，容与猗移。静极而嘘，如春沼鱼；动已而翕，如百虫蛰。氤氲开阖，其妙无穷。”用春天池子里的游鱼吐气泡和冬天蛰虫若有若无的吸气，形容人在深度入静状态下舒缓细长的呼吸状态，这是对气功调息法十分贴切的描写，说明朱熹本人对此是有亲身体验的。他认为人的呼吸的长短粗细要靠心来调节，心随气走，意气合一，如息数停匀，则心亦渐定。心定意闲，听任气机流走，自然可以百虑尽消，忘却烦恼。故气功入静，不唯可以养生，亦可以养心。
促使朱熹晚年留心于道家养生气功，以至道教神仙不死之说的更重要因素，是他在政治上的失意。
朱熹早就在南宋士人中享有很高的声誉，但却不为朝中统治者所重视，长期过着隐居山林的书斋授徒的寂寞生活。他历事高宗、孝宗、光宗、宁宗四朝，其间虽几次应诏出任官职，可多为地方官，立于朝中的时间不过四十来天。但就是这在朝中做官的四十多天时间，却充分地让他体验到了仕途的风浪险恶，经历了人生的大起大落，成为一个悲剧性的道学人物。
事情的经过很有戏剧性。宋宁宗赵扩刚即帝位，立刻召朱熹入朝任焕章阁待制兼侍讲，他亲自整顿经筵，“钦点”朱熹为经筵讲官。这着实让朱熹高兴了一阵子，以为千载难逢的君臣际遇的机会来了，自己可以入朝为“帝王之师”，以正君心的方式正天下人之心，达救世济民的目的。朱熹的门生和道学同党们也为此欢欣鼓舞了一番。但赵扩召朱熹入朝不过是为了表示自己留意“圣人之学”的姿态，装点一下门面。没料朱熹却当了真，一再以“帝王师”的身份训导他要正心诚意，要以修身为本。
朱熹入朝侍讲没几天，宁宗赵扩就感到不耐烦了。加之朝中反道学的政治派别的恶意攻击，前后不过一个多月时间，赵扩就改变了态度，把朱熹看作面目可憎的伪道学魁首，嫌他喜欢唠叨，大言无当，留在朝中有害无益，干脆用一纸“内批”将其驱逐出京城。这是朱熹生平第一次，也是最后一次入朝做官，不料落得个累累如丧家之犬的结局，其心中交织的悲愤和忧患可想而知。他怀着“吾道穷矣”的孤愤和凄凉返回家乡，在卜居考亭后作的一首《水调歌头》词里，发出“永弃人间事，吾道付沧洲”的哀鸣。而归家后的一场大病，又使朱熹病瞎了左眼，只好自称“沟中之盲”，一个转死沟壑的盲目腐儒，真的是瞎了眼了。这与不久前“帝王师”的荣耀相比，不啻天壤之别。
眼看他起高楼，眼看他宴宾客，眼看他楼塌了。
可事情还没有完，紧接着的“庆历党禁”，朝廷又把以朱熹等人为首的道学人物定为伪逆之党，给以终身禁锢、永不叙用的处罚，并载入党籍，昭告天下。这不仅在政治上判了朱熹等人的死刑，而且在思想上和学术上也宣告了道学（即理学）是完全非法的伪学。当年参加应试的士子，必须在家状上声明“委不是伪学”，方准进入考场。真是君要臣死，臣不得不死，而且死得很难看，历史对以儒家思想维护王权统治的道学家开了一个残酷的玩笑。朱熹为此忧愤郁积，大病几死。他的一些学生也纷纷离他而去，改换门庭，甚至倒戈一击，讥斥他“大逊如慢，小逊如伪”，令朱熹悲愤到了几乎绝望的地步。
正是在这种政治上极度失意的关口，在穷病交加、心力交瘁的党禁生活里，朱熹开始了为《楚辞》作集注的工作。他对屈原的信而见疑、忠而被谤的不幸遭遇，一掬同情之泪，心中时时翻滚着屈原那种“出于幽忧穷蹙怨慕凄凉”的孤愤。但他说屈原并不怨君，一再在注解中申明屈原“忠君爱国”的伟大精神，这等于是在借屈原表白自己的儒者心迹。
朱熹并没有像屈原那样以死来表现自己的忠贞，他还没有愚忠到连自己性命都不要的程度。相反，他在《楚辞》中还找到了另外一种遗世独立的身心修炼方法和人生追求，这就是《远游》里道家真人王子乔所传授的神仙要诀：
道可受兮，不可传。
其小无内兮，其大无垠。
毋滑而魂兮，彼将自然。
壹气孔神兮，于中夜存。
虚以待之兮，无为之先。
庶类以成兮，此德之门。
据朱熹的注解，这是屈原遭放逐后，在悲叹人生之余所写的“长生久视之要诀”，虽托名为王子乔之言，实为屈原本人悼年寿之不长而思制炼形魂的“寓言”作品。在《楚辞辩证》中，朱熹还进一步指出，屈原的这种长生思想本于老子所讲的“载营魄”之说，所谓“毋滑而魂兮”和“虚以待之兮”，讲的是以魂加魄而抱一勿离，亦即养生家说的以动守静，以火迫水，以二守一。这样就能使人魂安静而魄精明，火不燥而水不溢，为长生久视的养气益神之术。朱熹说：“盖广成子之告黄帝，不过如此，实神仙之要诀也。”认为只要这样做，就可保持身心泰然，精气神充于自身，能延年益寿。
广成子是道家所讲的住在空同山上的真人和神人。《庄子·在宥篇》说，黄帝曾两次前往空同山，向广成子请教达于至道的方法。黄帝第一次上山时，向他请教如何使五谷丰登“以养民人”，和如何使阴阳顺调“以遂群生”的治理天下之道。广成子认为这并不足以语至道之精，加以诋诃。黄帝再次上山时，谦卑地顺风膝行，再拜稽首后，对南首而卧的广成子说：“闻吾子达于至道，敢问，治身奈何而可以长久？”广成子闻言立刻雀跃而起，认为这一问问得好。他告诉黄帝：养生长寿的至道非常玄妙，是一种“窈窈冥冥”和“昏昏默默”的深度入静状态，要进入这种生命的本然状态，须收视反听，凝神静养，不受外物的干扰。所谓“无视无听，抱神以静，形将自正”，如此身体自然就能协调正常，达到长生的目的。
由朱熹在《楚辞集注》里提到的这则《庄子》的“寓言”故事，可知他是如何从楚辞的神仙之说走向道教的养生修炼之途的。广成子对黄帝所说的长生方法，正是后世道教讲真人修炼的文献根据。如果把黄帝向广成子求教的故事与不久前朱熹当“帝王师”的遭遇联系起来考虑，不难看出朱熹以广成子自比的无奈与辛酸，他已对儒者的治国平天下不抱太多的幻想了，内心别有一种人生追求和精神寄托。这从他化名“空同道士邹诉”作《周易参同契考异》和《阴符经考异》，即可得到证明。
清人早已考证出“邹诉”即朱熹，因为邹本为邾国，故以邹姓代朱姓，诉与熹二字在古代音义皆同。所谓“空同道士”，是朱熹以空同山上的广成子自比。如在《空同赋》里，朱熹说自己的人生归宿不在昆仑仙境，也不想去天上的广寒宫，而是广成子居住的空同山。其《拟县补以虫鸣秋诗》云：“唯应广成子，万感不关情。”所以他晚年以“空同道士”的名义，为讲“内丹”养生的道教典籍《周易参同契》和《阴符经》作注解。
这表明在政治失意、心情沉重之时，朱熹已不再以“醇儒”自居，而是重温修炼长生的道术，向往缥缈空灵的仙境，以求得在党锢禁网中的人生解脱。他在《鹧鸪天·叔怀尝梦飞仙，为之赋此，归日以呈茂献侍郎，当发一笑》中说：
脱却儒冠著羽衣，青山绿水浩然归。
看成鼎内真龙虎，管甚人间闲是非。
所谓“看成鼎内真龙虎”，本于《周易参同契》所讲的“内丹”修炼之说。在相传为东汉魏伯阳所撰的这部道教经典里，作者将金丹术纳入象数《易》学的理论框架里，把人体比作炼丹的炉鼎，以乾坤为炉灶，以坎离为药物，以其余六十卦为火候，论说一身阴阳的进退、消长。朱熹对此作了精要的归纳，他说：“《参同契》所言坎离、水火、龙虎、铅汞之属，只是互换其名，其实只是精、气二者而已。精，水也，坎也，龙也，汞也；气，火也，离也，虎也，铅也。其法：以神运精气结而为丹，阳气在下，初成水，以火炼之则凝成丹。”（《语类》卷一二五）因此，所谓“鼎内”指体内，神气升为鼎，起止为炉；“龙虎”即身体中运行的精血元气，是运转周天的动力，要以意念为火，呼吸为风，妙在意气合一。
朱熹认为内丹修炼之法在于以神运精气，如能返本归元，静守一心，使形神相抱，百脉冲融，则交感之精不泄，呼吸之气微微，思虑之神安静。若炼精化炁，炼炁化神，则真气内充，与天地自然同体而可长生成仙了。所以他在为《阴符经》作注时，最感兴趣的是其中论神仙抱一的“百言演道”之说，认为“人能自有以返无，则宇宙在手矣”。与年轻时期相类似，朱熹晚年又沉浸于道教超越于尘世之上的虚无缥缈的神仙学说和有关气功养生的内丹理论的探讨之中，不愿再过问人间的是是非非了。
综观朱熹的一生，与苏轼一样，对道教和道家的思想学说有十分深入的了解，并把它作为解决人生问题的一种方法和途径。如果说作为一代大儒的朱熹身上也有道骨仙风，并不为过，但儒者的道骨仙风常常隐藏在其灵魂深处，时隐时现，难以捉摸，不像文人那样直截了当地表现出来，任性直言，无所忌讳。朱熹深知佛道消极无为的处世态度和人生哲学，与儒家积极入世的实践理性精神是有矛盾的，所以他在为道家典籍作注解时不用真名，以至于后人要搞清“空同道士邹诉”就是朱熹，还要花上一番考证求索的功夫。
在宋儒看来，佛老作为一种避世自好的人生哲学，都以虚无为本，基本思想是一致的，只是程度有浅深之别。如佛学讲的“禅定”，与道家说的“抱朴”、“守一”就很相近，而在宋代张伯端的《悟真篇》里，又把神仙修炼作为培养真如觉性、入于释氏“空寂之本原”的阶梯。在朱熹早年的读书生活里，习佛参禅与问道求仙是连在一起的，当他在“牧斋”里醉心佛学，追求禅家“悟处谛当，用处亲切”的真境时，对道家羽化登仙的玄虚之说亦十分神往，一口气写下了《读道书作六首》，其一云：
岩居秉贞操，所慕在玄虚。
清夜眠斋宇，终朝观道书。
形忘气自充，性达理不馀。
于道虽未庶，已超名迹拘。
从中可以看出，年轻时的朱熹虽然在理智上信奉积极入世的儒学，不肯寂寞无为，可在感情上和心理上又倾慕成佛成仙的玄虚之说，想做忘形炼气、超脱于名迹之外的高人。他曾去武夷山道教的妙观堂寻求“斋心启真”的秘诀，又到溪白、顺昌一带寻访道士。在顺昌旅铺所作的《宿筼筜铺》里，他有“盘礴解烦郁，超摇生道心”的感叹，似乎要像庄子在《田子方》里所说的“解衣盘礴”的画家那样，做个“葆真”之人，以超越于生死形迹之外。
他甚至模仿道士，作焚香修道的升仙之想。在《作室为焚修之所拟步虚辞》里，朱熹说：“受我焚香礼，同彼浮黎都。”“浮黎都”即浮黎土，据说是道教教主元始天尊所居之地，指神仙天国而言。步虚乃升仙的同义语，步虚辞是道士在室中焚香修炼时口中所诵之词。大约焚香时烟雾的袅袅飞腾，容易让人产生升仙的幻想，加上步虚辞的暗示和诱导，就给人以身在天国的感觉了。这是当时道士斋心修炼以求成仙的一种方法，看来朱熹自己是尝试过的，不只是口头说说而已。但道教焚修步虚的成仙之术是不可信的，于斋室里修炼升仙更是现实生活中永远不可能达到的幻想。
朱熹身上根深蒂固的儒家理性精神，不可能让他完全沉浸在对解脱尘缘的神仙天国的迷幻中。道教思想对他影响较大的，不是神仙飞升之说，而是更为现实一些的养生还丹的道术和抱朴守一的内养工夫。他年轻时在临安结识了庐山道士虚谷子刘烈，与其一起谈《周易》象数理论，论还丹之旨，彼此还有诗歌唱和。朱熹在《赠虚谷子》诗里说：
细读《还丹》一百篇，先生信笔亦多言。
元机漫向经书觅，至理端于目睫存。
似乎虚谷子眉宇间流露的道骨仙风，让朱熹看到了人生的至理。当时他所细读的“《还丹》一百篇”，即虚谷子所著的《还丹》百篇，是一部讲道教内丹修炼的著作。这对朱熹廉退自好的人生态度的形成，和他日后进一步精研道家气功养生之说，都有直接的启迪作用。
在朱熹早年所读的道书里，道教典籍占有主要地位，而且是与佛书相比照着阅读的。如他指出南朝著名道士陶弘景所撰道书《真诰》里的《道授篇》，是剽窃佛家的《四十二章经》而成。道教的所谓“三清”之说，也是仿照释氏的“三身”说而为之。朱熹认为道家本有《老子》和《庄子》二书可资取用，道门中人却不知道看，故老庄之说尽为释氏窃取而用之。他说：“禅家最说得高妙去，盖自庄、老来，说得道自是一般物事，阒阒在天地间。后来佛氏又放开说，大决藩篱，更无下落，愈高愈妙。”（《语类》卷一二六）他认为凡道理，一说得高妙就入于禅，如庄子的《庚桑楚》一篇都是禅，其他各篇，亦自有禅话。佛教学说虽层见叠出，宏远微妙，然推其所自，实本于老庄的高虚玄妙之旨。在朱熹看来，庄禅其实是一回事，区别仅在于老庄的虚无之论，不如禅家的空寂之说那么微妙罢了，只是后世的道家看不出这一点，反而去模仿释氏，结果反而不如禅家高明。他说：“佛家偷得老子好处，后来道家却只偷得佛家不好处。”（《语类》卷一二六）这一论断是符合当时佛、道两家思想发展实际的。
当朱熹进一步探讨道教的长生成仙之说和养生道术时，注意反本归原，直接与老庄思想联系起来。他认为道家之说全出于《老子》，老子讲的清静无为就带有全身保命、求长生不死的意思。他指出《老子》所讲的“专气致柔，能如婴儿乎”，是道教内丹炼气修养的基本工夫，屏气减息，思虑自少，可以养生，可以延年，甚至可以成仙。如老子讲“载营魄”，营魄即魂魄，谓以魂守魄，魂动魄静，魂热魄冷，有如水火。他说：“以魂载魄，以二守一，则水火固济而不相离，所以能永年也。养生家说尽千言万语，说龙说虎，说铅说汞，说坎说离，其术止是如此而已。”（《语类》卷八七）他又说：“人言仙人不死。不是不死，但只是渐渐销融了，不觉耳。盖他能炼其形气，使渣滓都销融了，唯有那些清虚之气，故能升腾变化。”（《语类》卷一二五）如此说，则仙气只是清虚之气，是可以通过气功修炼而获得的。
儒者的学问具有很强的实践性和功用目的，强调事理相即、知行合一。朱熹从早年醉心于佛道的迷失心态中返归于儒家学说后，即对庄禅无益于世用的高妙玄虚之说加以否定，但却对道教的养生炼气工夫持保留态度。因为在他看来，道教的养生气功虽不可能使人长生成仙，可对人的身心健康是有益处的，其作用在人生病时或失意时尤为明显。
朱熹晚年之所以一度又热心于道家学说，迷恋道教修炼长生的道术，就与其老病缠身有关。他卜居考亭后不久即自号沧洲病叟，每于病中留心养生家之言，从事气功锻炼。他在《答黄子耕》书里说：“病中不宜思虑，凡百事且一切放下，专以存心养气为务。但跏趺静坐，目视鼻端，注心脐腹之下，久自温暖，即渐见功效矣。”他这里所讲的存心养气，并非持敬集义的儒家心性存养工夫，也不是孟子所说的那种至大至刚的浩然之气，而是指道家养生延年的气术。其要诀在于：双目观鼻端虚白以诱导入静，调息敛神，心定意专，然后意守脐腹的丹田处。久之，若玄关开窍，丹田之气即可周遍全身，疏通经络，有祛病健身之效。
朱熹在《调息箴》中说：“鼻端有白，我其观之。随时随处，容与猗移。静极而嘘，如春沼鱼；动已而翕，如百虫蛰。氤氲开阖，其妙无穷。”用春天池子里的游鱼吐气泡和冬天蛰虫若有若无的吸气，形容人在深度入静状态下舒缓细长的呼吸状态，这是对气功调息法十分贴切的描写，说明朱熹本人对此是有亲身体验的。他认为人的呼吸的长短粗细要靠心来调节，心随气走，意气合一，如息数停匀，则心亦渐定。心定意闲，听任气机流走，自然可以百虑尽消，忘却烦恼。故气功入静，不唯可以养生，亦可以养心。
促使朱熹晚年留心于道家养生气功，以至道教神仙不死之说的更重要因素，是他在政治上的失意。
朱熹早就在南宋士人中享有很高的声誉，但却不为朝中统治者所重视，长期过着隐居山林的书斋授徒的寂寞生活。他历事高宗、孝宗、光宗、宁宗四朝，其间虽几次应诏出任官职，可多为地方官，立于朝中的时间不过四十来天。但就是这在朝中做官的四十多天时间，却充分地让他体验到了仕途的风浪险恶，经历了人生的大起大落，成为一个悲剧性的道学人物。
事情的经过很有戏剧性。宋宁宗赵扩刚即帝位，立刻召朱熹入朝任焕章阁待制兼侍讲，他亲自整顿经筵，“钦点”朱熹为经筵讲官。这着实让朱熹高兴了一阵子，以为千载难逢的君臣际遇的机会来了，自己可以入朝为“帝王之师”，以正君心的方式正天下人之心，达救世济民的目的。朱熹的门生和道学同党们也为此欢欣鼓舞了一番。但赵扩召朱熹入朝不过是为了表示自己留意“圣人之学”的姿态，装点一下门面。没料朱熹却当了真，一再以“帝王师”的身份训导他要正心诚意，要以修身为本。
朱熹入朝侍讲没几天，宁宗赵扩就感到不耐烦了。加之朝中反道学的政治派别的恶意攻击，前后不过一个多月时间，赵扩就改变了态度，把朱熹看作面目可憎的伪道学魁首，嫌他喜欢唠叨，大言无当，留在朝中有害无益，干脆用一纸“内批”将其驱逐出京城。这是朱熹生平第一次，也是最后一次入朝做官，不料落得个累累如丧家之犬的结局，其心中交织的悲愤和忧患可想而知。他怀着“吾道穷矣”的孤愤和凄凉返回家乡，在卜居考亭后作的一首《水调歌头》词里，发出“永弃人间事，吾道付沧洲”的哀鸣。而归家后的一场大病，又使朱熹病瞎了左眼，只好自称“沟中之盲”，一个转死沟壑的盲目腐儒，真的是瞎了眼了。这与不久前“帝王师”的荣耀相比，不啻天壤之别。
眼看他起高楼，眼看他宴宾客，眼看他楼塌了。
可事情还没有完，紧接着的“庆历党禁”，朝廷又把以朱熹等人为首的道学人物定为伪逆之党，给以终身禁锢、永不叙用的处罚，并载入党籍，昭告天下。这不仅在政治上判了朱熹等人的死刑，而且在思想上和学术上也宣告了道学（即理学）是完全非法的伪学。当年参加应试的士子，必须在家状上声明“委不是伪学”，方准进入考场。真是君要臣死，臣不得不死，而且死得很难看，历史对以儒家思想维护王权统治的道学家开了一个残酷的玩笑。朱熹为此忧愤郁积，大病几死。他的一些学生也纷纷离他而去，改换门庭，甚至倒戈一击，讥斥他“大逊如慢，小逊如伪”，令朱熹悲愤到了几乎绝望的地步。
正是在这种政治上极度失意的关口，在穷病交加、心力交瘁的党禁生活里，朱熹开始了为《楚辞》作集注的工作。他对屈原的信而见疑、忠而被谤的不幸遭遇，一掬同情之泪，心中时时翻滚着屈原那种“出于幽忧穷蹙怨慕凄凉”的孤愤。但他说屈原并不怨君，一再在注解中申明屈原“忠君爱国”的伟大精神，这等于是在借屈原表白自己的儒者心迹。
朱熹并没有像屈原那样以死来表现自己的忠贞，他还没有愚忠到连自己性命都不要的程度。相反，他在《楚辞》中还找到了另外一种遗世独立的身心修炼方法和人生追求，这就是《远游》里道家真人王子乔所传授的神仙要诀：
道可受兮，不可传。
其小无内兮，其大无垠。
毋滑而魂兮，彼将自然。
壹气孔神兮，于中夜存。
虚以待之兮，无为之先。
庶类以成兮，此德之门。
据朱熹的注解，这是屈原遭放逐后，在悲叹人生之余所写的“长生久视之要诀”，虽托名为王子乔之言，实为屈原本人悼年寿之不长而思制炼形魂的“寓言”作品。在《楚辞辩证》中，朱熹还进一步指出，屈原的这种长生思想本于老子所讲的“载营魄”之说，所谓“毋滑而魂兮”和“虚以待之兮”，讲的是以魂加魄而抱一勿离，亦即养生家说的以动守静，以火迫水，以二守一。这样就能使人魂安静而魄精明，火不燥而水不溢，为长生久视的养气益神之术。朱熹说：“盖广成子之告黄帝，不过如此，实神仙之要诀也。”认为只要这样做，就可保持身心泰然，精气神充于自身，能延年益寿。
广成子是道家所讲的住在空同山上的真人和神人。《庄子·在宥篇》说，黄帝曾两次前往空同山，向广成子请教达于至道的方法。黄帝第一次上山时，向他请教如何使五谷丰登“以养民人”，和如何使阴阳顺调“以遂群生”的治理天下之道。广成子认为这并不足以语至道之精，加以诋诃。黄帝再次上山时，谦卑地顺风膝行，再拜稽首后，对南首而卧的广成子说：“闻吾子达于至道，敢问，治身奈何而可以长久？”广成子闻言立刻雀跃而起，认为这一问问得好。他告诉黄帝：养生长寿的至道非常玄妙，是一种“窈窈冥冥”和“昏昏默默”的深度入静状态，要进入这种生命的本然状态，须收视反听，凝神静养，不受外物的干扰。所谓“无视无听，抱神以静，形将自正”，如此身体自然就能协调正常，达到长生的目的。
由朱熹在《楚辞集注》里提到的这则《庄子》的“寓言”故事，可知他是如何从楚辞的神仙之说走向道教的养生修炼之途的。广成子对黄帝所说的长生方法，正是后世道教讲真人修炼的文献根据。如果把黄帝向广成子求教的故事与不久前朱熹当“帝王师”的遭遇联系起来考虑，不难看出朱熹以广成子自比的无奈与辛酸，他已对儒者的治国平天下不抱太多的幻想了，内心别有一种人生追求和精神寄托。这从他化名“空同道士邹诉”作《周易参同契考异》和《阴符经考异》，即可得到证明。
清人早已考证出“邹诉”即朱熹，因为邹本为邾国，故以邹姓代朱姓，诉与熹二字在古代音义皆同。所谓“空同道士”，是朱熹以空同山上的广成子自比。如在《空同赋》里，朱熹说自己的人生归宿不在昆仑仙境，也不想去天上的广寒宫，而是广成子居住的空同山。其《拟县补以虫鸣秋诗》云：“唯应广成子，万感不关情。”所以他晚年以“空同道士”的名义，为讲“内丹”养生的道教典籍《周易参同契》和《阴符经》作注解。
这表明在政治失意、心情沉重之时，朱熹已不再以“醇儒”自居，而是重温修炼长生的道术，向往缥缈空灵的仙境，以求得在党锢禁网中的人生解脱。他在《鹧鸪天·叔怀尝梦飞仙，为之赋此，归日以呈茂献侍郎，当发一笑》中说：
脱却儒冠著羽衣，青山绿水浩然归。
看成鼎内真龙虎，管甚人间闲是非。
所谓“看成鼎内真龙虎”，本于《周易参同契》所讲的“内丹”修炼之说。在相传为东汉魏伯阳所撰的这部道教经典里，作者将金丹术纳入象数《易》学的理论框架里，把人体比作炼丹的炉鼎，以乾坤为炉灶，以坎离为药物，以其余六十卦为火候，论说一身阴阳的进退、消长。朱熹对此作了精要的归纳，他说：“《参同契》所言坎离、水火、龙虎、铅汞之属，只是互换其名，其实只是精、气二者而已。精，水也，坎也，龙也，汞也；气，火也，离也，虎也，铅也。其法：以神运精气结而为丹，阳气在下，初成水，以火炼之则凝成丹。”（《语类》卷一二五）因此，所谓“鼎内”指体内，神气升为鼎，起止为炉；“龙虎”即身体中运行的精血元气，是运转周天的动力，要以意念为火，呼吸为风，妙在意气合一。
朱熹认为内丹修炼之法在于以神运精气，如能返本归元，静守一心，使形神相抱，百脉冲融，则交感之精不泄，呼吸之气微微，思虑之神安静。若炼精化炁，炼炁化神，则真气内充，与天地自然同体而可长生成仙了。所以他在为《阴符经》作注时，最感兴趣的是其中论神仙抱一的“百言演道”之说，认为“人能自有以返无，则宇宙在手矣”。与年轻时期相类似，朱熹晚年又沉浸于道教超越于尘世之上的虚无缥缈的神仙学说和有关气功养生的内丹理论的探讨之中，不愿再过问人间的是是非非了。
综观朱熹的一生，与苏轼一样，对道教和道家的思想学说有十分深入的了解，并把它作为解决人生问题的一种方法和途径。如果说作为一代大儒的朱熹身上也有道骨仙风，并不为过，但儒者的道骨仙风常常隐藏在其灵魂深处，时隐时现，难以捉摸，不像文人那样直截了当地表现出来，任性直言，无所忌讳。朱熹深知佛道消极无为的处世态度和人生哲学，与儒家积极入世的实践理性精神是有矛盾的，所以他在为道家典籍作注解时不用真名，以至于后人要搞清“空同道士邹诉”就是朱熹，还要花上一番考证求索的功夫。
