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在朱熹天理论哲学的逻辑结构中，理与其他范畴相互联系，共同构成其完整的哲学体系。通过对理与其他各重要范畴逻辑联系的分析，可进一步认清朱熹哲学的实质和本来面貌。
  （一）理与心
  在理与心的关系上，朱熹提出“心与理一”的命题。这个命题，从字面上看，与程颢“心是理，理是心”（《程氏遗书》卷十三）、陆九渊“心即理”（《陆九渊集》卷十一，《与李宰二》）的观点无甚区别。其实，认真分析朱熹的思想，就会发现，其“心与理一”所包涵的思想与二程，尤其与陆九渊的思想存在着明显的差别，从中亦可看出朱熹哲学固有的特点。
  朱熹哲学的心，虽然在某种特定的情况下，如天地之心，具有本体范畴的意义，但就一般和基本意义而言，心作为认识的主体和思维器官，是一个认识论范畴，兼有伦理学的意义，而不具本体之义，这是需要特别指出的。他说：“心固是主宰底意，然所谓主宰者，即是理也，不是心外别有个理，理外别有个心。”（《朱子语类》第4页，卷一）理与心互不相外，然理是本体，主宰万物；心是主体，反映万物。朱熹以客观精神——理作为本原，而非以主观精神——心作为本原，这是他与陆九渊心学的主要区别，也是他论理与心关系的特点。他说：“释氏擎拳竖拂、运水般柴之说岂不见此心，岂不识此心，而卒不可与入尧舜之道者，正为不见天理而专认此心以为主宰，故不免流于自私耳。”（《朱文公文集》卷三十，《答张钦夫》）朱熹指出，佛教也讲心学，但他们脱离理而专讲心为主宰，这是其失误的根源，亦是其与尧舜之道不同的关键。朱熹进而批评佛教心学，他说：“释氏心法起灭天地之意，《正蒙》斥之详矣。”（同上卷七十二，《张无垢中庸解》）“若曰：心能生天之形体，是乃释氏想澄成国土之余论，张子尝力排之矣。”（同上卷七十，《记疑》）从这个批评中可知朱熹是反对以心为宇宙本原的。其“心与理一”的涵义是指心作为认知主体能够反映宇宙本体之理，理作为宇宙本体存在于心之中。他说：“心与理一，不是理在前面为一物，理便在心之中，心包蓄不住，随事而发。”（《朱子语类》第85页，卷五）理在心中，心理贯通为一，这就是心与理一，它与陆九渊“心即理”的思想明显不同。《语类》有载：“问：‘心是知觉，性是理。心与理如何得贯通为一？’曰：‘不须去著贯通，本来贯通。’问：‘如何本来贯通？’曰：‘理无心，则无着处。’”（同上）因为理是无形的精神实体，只能靠思维去把握，通过心才能认识理，离开了心则谈不上所谓的理。可见朱熹“心与理一”的思想是就心理贯通，心能够认识与反映理，理能够被心所认识和把握而发的，它与陆九渊以心为宇宙本原，理具有主观精神性质的“心即理”思想确有不同，也与二程把心作为主体与本体统一的范畴的“理与心一”（《程氏粹言》卷二，《心性篇》）的思想有异。
  朱熹“心与理一”命题的理论针对性是对佛教心与理分二，即佛学之心与儒家伦理相脱离而发的。他说：“吾以心与理为一，彼以心与理为二。亦非固欲如此，乃是见处不同。彼见得心空而无理，此见得心虽空而万理咸备也。”（《朱子语类》第3015—3016页，卷一百二十六）佛教讲心而心中无理，朱熹讲心而心具万理。他说：“一心具万理。”（同上第154页，卷九）“心包万理，万理具于一心。”（同上第155页）这是就心理贯通来谈心与理的关系的，不是把心突出在理之上而主宰和派生宇宙万物。从朱熹命题的理论针对性来看，“心与理一”并没有把心与理并列为宇宙本体。此外，从朱熹对陆九渊思想的批评中，也可以看出其差异。他说：“陆子静之学，看他千般万般病，只在不知有气禀之杂，把许多粗底气都把做心之妙理，合当恁地自然做将去。”（同上第2977页，卷一百二十四）指出陆九渊哲学不讲气，把气范畴所包括的事物当做心之理，朱熹认为，陆学的这一错误与佛教同病，二者都不讲气，而把气与理混淆。指出陆氏“心即理”的思想并没有真正把心与理合一，其心与理仍然是分离的，结果陆九渊的“心即理”与佛教的“心与理为二”没有什么差别。他说：“儒释之异，正为吾以心与理为一，而彼以心与理为二耳。然近世一种学问，虽说心与理一，而不察乎气禀物欲之私，故其发亦不合理，却与释氏同病，又不可不察。”（《朱文公文集》卷五十六，《答郑子上十四》）质言之，朱熹“心与理一”的思想与陆九渊“心即理”的理论从主旨到内涵上都存在着差别。
  （二）理与性、太极
  在朱熹哲学的逻辑结构中，理、性、太极、道是同一层次的本体范畴，它们涵义相近，沟通为一。他说：“性者，人所受之天理；天道者，天理自然之本体，其实一理也。”（《四书章句集注》第79页，《论语集注》卷三）“太极，理也。”（《朱子语类》第2376页，卷九十四）性即理，理即太极，道即是理。
  1、关于理与性
  朱熹指出：“理在人心，是之谓性，性如心之田地，充此中虚，莫非是理而已。”（《朱子语类》第2514页，卷九十八）性亦是生物的根源，人与物的产生是形而上之性与形而下之气的结合。他说：“性，形而上者也；气，形而下者也。人物之生，莫不有是性，亦莫不有是气。”（《四书章句集注》第326页，《孟子集注》卷十一）表明性与理一样都具有形上之本体的意义。但性与理也有差别，理表现在人心这方面，才谓之性。性与心相联系，而理与事相联系，这是理与性的细小区别。他说：“性即理也，在心唤做性，在事唤做理。”（《朱子语类》第82页，卷五）性与理相沟通，均是宇宙本体。在性的内涵规定上，也与理相同。“仁义礼智，性也、理也，而具此性者心也。”（同上第2551页，卷一百）仁义礼智既是理的内涵，又是性的规定，在伦理意义上，二者具有内在的联系。
  2、关于理与太极
  朱熹认为，“太极只是一个理。”（《周子全书》卷一，《太极图说解》）太极与理同为本体范畴，二者处于同等地位。“所谓太极乃天地万物本然之理，亘古亘今，颠扑不破者也。”（《朱文公文集》卷三十六，《答陆子静六》）理为本体，太极亦为本体；理无形，太极亦无形，二者相同。“所谓太极是有形器之物耶？无形器之物耶？若果无形而但有理，则无极即是无形，太极即是有理明矣。”（同上，《答陆子美二》）无极是表示太极的无形状态，这种无形的状态与理的无形是相同的。理与太极除在以上方面相同外，也有细小的差别，这表现在：太极是总体之理，理则包括一理和万理。他说：“总天地万物之理，便是太极。”（《朱子语类》第2375页，卷九十四）“盖所谓太极云者，合天地万物之理而一名之耳。”（《朱文公文集》卷七十八，《隆庆府学濂溪先生祠记》）把所有天地万物之理概括为一，便是太极。此太极专指宇宙本体，不再具有事物规律之义，这是二者的区别。至于“人人有一太极，物物有一太极”的太极则是总的太极的完整体现，它是事物存在的根据，而不是具体事物的特殊规律。此外，太极是理的有极致，太极在理的基础上更具主宰性。他说：“太极之义，正谓理之极致耳。”（同上卷三十七，《答程可久三》）“极是名此理之至极。”（同上卷三十六，《答陆子静六》）这些方面表现出理与太极的差别。
  朱熹继承二程，集天理论哲学之大成，在理本论、理气关系说、理与诸范畴的逻辑联系等各个方面丰富和完善了宋代理学的天理论思想体系，对后世产生了深远的影响。