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理气论是朱熹天理论哲学乃至其整个哲学体系的重要组成部分。他在吸取并改造张载哲学气本气化论的基础上，继承并发展了二程的理本气化论，以理气关系为框架，对气及理与气的关系展开了全面的论述，提出以理为宇宙本体，以气为构成万物的材料的理本气末的思想，这是对宋代理学理气关系说的发展，并有他自己思想的特色。
  （一）气论
  朱熹吸取了张载气的思想，他在否认气为宇宙本原的前提下，尽可能地把气化的思想纳入自己的哲学体系，对气范畴作了比较详细的论述。
  1、“天地间无非气”
  朱熹认为，气充塞宇宙之间，贯穿一切事物之中，人与万物都由气构成。他说：“屈伸往来者，气也。天地间无非气。人之气与天地之气常相接，无间断，人自不见。”（《朱子语类》第34页，卷三）由于气构成人与物，所以人之气与天地之气相通无间断，整个宇宙都是气流行的场所。“气之流行，充塞宇宙。”（《楚辞集注》卷三）这一思想承认物质性的气存在的客观性，并以气作为构成人与万物的材料。他说：“物主乎形，待气而生。”（《朱子语类》第1544页，卷六十三）不仅物由气而生，而且“人生初间是先有气”（同上第41页，卷三），由于气的运动变化，才产生出人来。“问：‘生第一个人时如何？’曰：‘以气化。二五之精合而成形。’”（同上第7页，卷一）明确认为人由气化生成。朱熹气化生人、生物的思想是对张载气论的借用，这表明气化论自然观在宋代已深入人心，成为一般哲学家都承认的观点，分歧只在于是否承认在气之上还有一个本原。
  朱熹指出，气化生人、生物是客观的过程，它不以人的主观意志为转移。他说：“天地之间，二气只管运转，不知不觉生出一个人，不知不觉又生出一个物。即他这个斡转，便是生物时节。”（同上第2508页，卷九十八）在二气的运行旋转中，人和物都不知不觉地生出。这个“不知不觉”表明气生物是自然而然、没有意志的。
  2、“阴阳变化无穷”
  朱熹以气化生人、生物，其气又分为阴阳，即气之中包含着相互对立又相互作用的阴气和阳气。阴阳二气的相感相应，是事物产生的原因。他说：“天地只是一气，便自分阴阳，缘有阴阳二气相感，化生万物，故事物未尝无对。”（同上第1286页，卷五十三）朱熹的阴阳范畴虽然是指气，即阴阳二气，“阴阳，气也；一阴一阳，则是理矣”（同上第1896页，卷七十四），但气之中亦包含着阴阳之理，具有阴阳对立统一的辩证法因素。气之所以分为阴阳，是因为气之中含有对立二分的因素。所以阴阳既指气，又指气所具有的对立统一的属性，即一阴一阳之理。朱熹认为，“阴阳有自然之变”（《周子全书》卷十，《通书·精蕴注》），“天地之化，包括无外，运行无穷，然其所以为，实不越乎一阴一阳两端而已。其动静、屈伸、往来、阖辟、升降、浮沉之性虽未尝一日不相反，然亦不可以一日而相无也。”（《朱文公文集》卷七十六，《金华潘公文集序》）阴阳的变化是自然而然，没有人为的安排，它表现在各个方面，是相反相成，而不可相无的。由于“阴阳变化无穷，而万物得因之以生生”（《朱子语类》第1887页，卷七十四）。在这里，朱熹承认宇宙是一个阴阳变化、生生不息的过程，万物的生长是阴阳消长的结果。他说：“阴阳虽是两个字，然却只是一气之消息，一进一退，一消一长。进处便是阳，退处便是阴；长处便是阳，消处便是阴。只是这一气之消长，做出古今天地间无限事来。所以阴阳做一个说亦得，做两个说亦得。”（同上第1879—1880页）对立面的双方，比如进与退、消与长等等，都可用阴阳加以概括。阴阳不是指有什么具体的阴气或阳气，而是指气之中包含的两种相反相成的因素，阴阳通过气之中的动静、屈伸、往来、阖辟、升降、浮沉，以及进退、消长等相反相成的属性得以表现，由于阴阳二气的相互作用，化生出古今天地间的万事万物。
  3、“聚散者，气也”，气兼有形与无形
  朱熹吸取了张载以聚散言气的观点，认为气具有聚与散、有形与无形的功能和属性。他说：“夫聚散者，气也。若理，则只泊在气上，初不是凝结自为一物。但人分上所合当然者便是理，不可以聚散言也。”（《朱子语类》第37页，卷三）理无聚散，气有聚散。气聚成形，物得以生。“有是气，便有是形”（同上第1547页，卷六十三），“气聚则生，气散则死”（同上第36页，卷三）。气散之后，物便死去，此气也不复存在，不能再以此既散之气复聚而生物。“一去便休耳，岂有散而复聚之气。”（同上第8页，卷一）朱熹吸取了张载气化论中气有聚散的观点，然而却抛弃了张载气散复归于太虚，太虚之气聚而成万物的思想。他认为，气散物死之后，此气便消失，气虽具有聚、散两种功能，但聚与散二者不能互相转化。这一思想与二程“凡物之散，其气遂尽”（《程氏遗书》卷十五）的观点类似。
  与气有聚散的观点相关，朱熹哲学的气是有形与无形的统一。一方面，“气聚成形”（《朱子语类》第85页，卷五），事物有了气，然后此物才得以聚而成形质，有形之物便是气；另一方面，天地之间又存在着无形之气，比如“声臭有气无形，在物最为微妙，而犹曰无之。”（《四书章句集注》第40页，《中庸章句》）声臭这种气是无形的，说明气具有无形的属性。
  4、“气有清浊昏明”
  朱熹哲学的气，包涵有清浊、昏明、纯驳等不同的成分，气聚而成物时，凡禀受不同的气，便形成不同的人或物。他说：“但欲生此物，必须有气，然后此物有以聚而成质。而气之为物，有清浊昏明之不同。禀其清明之气而无物欲之累，则为圣；禀其清明而未纯全，则未免微有物欲之累，而能克以去之，则为贤；禀其昏浊之气又为物欲之所蔽，而不能去，则为愚、为不肖。”（《朱文公文集》卷七十四，《玉山讲义》）人之所以分为圣人、贤人、愚人、不肖之人，是因为气有清浊、昏明之分，禀气的不同，决定了人的分类。“自气禀而言，人、物便有不同处。”（《朱子语类》第1376页，卷五十九）人与物的区分，也是由于气禀不同的原因。朱熹认为，人生的贵贱寿夭、聪明福禄与否，都取决于禀气的清浊。“人之生，适遇其气，有得清者，有得浊者，贵贱寿夭皆然，故有参错不齐如此。……故有得其气清，聪明而无福禄者；亦有得其气浊，有福禄而无知者，皆其气数使然。”（同上第8页，卷一）他把人类社会的贵贱福禄等问题归结为自然现象的气禀说，混同了自然与社会的区别。这与王充的“人生性命当富贵者，初禀自然之气，养育长大，富贵之命效矣”（《论衡》卷三，《初禀篇》）的自然命定论观点相近。
  （二）理气关系说
  理和气是构成朱熹天理论哲学体系的两个最基本的范畴，理气关系说是朱熹天理论哲学逻辑结构的主体框架。舍其中任何一个范畴，其哲学体系便不完整。通过对理气关系的分析和探讨，可以揭示朱熹哲学的性质和特点。其理气关系说主要有以下内容：
  1、理气先后说
  （1）理先气后。朱熹认为，从宇宙的本原角度看，是先有理，后有气。他说：“所疑理气之偏，若论本原，即有理然后有气，故理不可以偏全论。”（《朱文公文集》卷五十九，《答赵致道一》）理在先，气在后，这说明有了理之后才产生气。气有偏全，而理作为宇宙本原是没有偏全的。朱熹的这一思想把理作为气的主宰，理不仅在气之先，而且是天地万物之所存在的根据，理通过气的变化流行来生长发育万物。“问：‘昨谓未有天地之先，毕竟是先有理，如何？’曰：‘未有天地之先，毕竟也只是理。有此理，便有此天地；若无此理，便亦无天地，无人无物，都无该载了！有理，便有气流行，发育万物。’曰：‘发育是理发育之否？’曰：‘有此理，便有此气流行发育。’”（《朱子语类》第1页，卷一）朱熹明确表达了有理才有气化流行，发育万物的思想，他把气化论纳入其理本论的哲学体系之中，气虽然充塞宇宙，具有生人、生物的功能，但却是在理为宇宙本原的前提下进行的。这是对二程理本气化论的继承。
  （2）气先理后。从万物禀赋的角度看，是先有气，后有理。他说：“若论禀赋，则有是气而后理随以具，故有是气，则有是理，无是气，则无是理，是气多则是理多，是气少即是理少。”（《朱文公文集》卷五十九，《答赵致道一》）具体事物的生成在于禀赋了阴阳二气，“天地初间只是阴阳之气”（《朱子语类》第6页，卷一），宇宙天地之始，只存在着阴阳二气，气构成万物，然后才有了万物之理。就此而言，此理在气之后，有气则有理，气的多少决定理的多少。就万物禀赋意义上的理气关系看，这里的理，其主要涵义是指事物的规律，事物决定其规律，规律之理从属于事物之气。虽然朱熹以理作为宇宙的本体，但他在理本论的哲学体系之内，尽量地容纳了气化论的内容，肯定气在化生万物中的重要性，强调事物之气对其规律之理的主导作用，认为规律之理不可离气而存。这是对张载气化论的吸取。
  （3）理气有则皆有。从理气相互依存，理寓于气中的角度看，理气不分先后，二者有则皆有。他说：“既有理，便有气；既有气，则理又在乎气之中。”（《朱子语类》第2374页，卷九十四）有理的存在，就有气的存在；有气的存在，就有理的存在。虽然朱熹从宇宙本原的角度指出理先气后，但同时他又强调理存在于气中，“无是气，则是理亦无挂搭处”（同上第3页，卷一），从这个意义上，朱熹以理气有则皆有，代替了理先气后。“问：‘太极动而生阳，静而生阴，见得理先而气后？’曰：‘虽是如此，然亦不须如此理会，二者有则皆有。’”（同上第2372页，卷九十四）朱熹提出的“理与气本无先后之可言”（同上第3页，卷一）的观点包含了理气统一不可分的因素。
  2、理气不离说
  朱熹认为，理与气虽是二物，但二者不可分离。他首先承认理与气是不同的，“所谓理与气，此决是二物。”（《朱文公文集》卷四十六，《答刘叔文一》）然而，理气又不可分割地联系在一起。他说：“有是理，必有是气，不可分说。都是理，都是气。那个不是理？那个不是气？”（《朱子语类》第46页，卷三）“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”（同上第2页，卷一）“有是理，则有是气；有是气，则有是理。”（同上第1013页，卷三十九）理气紧密地结合在一起，不可把二者分开来说。理与气的相互联系表现为，生人、生物不能只有气没有理，也不能只有理而无气，万物的产生是理气合的结果。他说：“人之所以生，理与气合而已。天理固浩浩不穷，然非是气，则虽有是理而无所凑泊。故必二气交感，凝结生聚，然后是理有所附著。”（《朱子语类》第65页，卷四）理无气则不能生物；气聚生物，又有理在其中。理不能独存，“若气不结聚时，理亦无所附著”（同上第3页，卷一）；气不能独运，“但有此气，则理便在其中”（同上）。理气双方相依不离，共存于事物之中，“言物则气与理皆在其中”（《朱子语类》第1690页，卷六十八）。理不离气，是指理不是孤立悬空的存在，它须通过气得以表现，“理无形，故就气上看理”（同上第606页，卷二十五）；气不离理，是指气化生物的根源和主宰是理，气生物是以理为根据。
  关于理气不离，朱熹概括说：“阴阳是气，才有此理，便有此气；才有此气，便有此理。天下万物万化，何者不出于此理？何者不出于阴阳？”（同上第1607页，卷六十五）朱熹理气不离的思想又存在着矛盾，受其理本论哲学的限制，为了维护天理浑然无杂、至高至善的地位，当气处于昏明驳杂之时，理便与气不相联系了，气的驳杂是气自身的原因，而与理无关。“谦之问：‘天地之气，当其昏明驳杂之时，则其理亦随而昏明驳杂否？’曰：‘理却只恁地，只是气自如此。’又问：‘若气如此，理不如此，则是理与气相离矣。’曰：‘气虽是理之所生，然既生出，则理管他不得。’”（同上第71页，卷四）理管气不得，说明这时的理气是分离的，在理生气的前提下，又承认了气的客观性和独立性，同时也是对理气不离说的突破。
  3、理气本末说
  （1）理为形而上，气为形而下。朱熹认为，虽然理气不相分离，但二者有着本质的不同。他说：“理未尝离乎气，然理，形而上者；气，形而下者。自形而上下言，岂无先后！理无形，气便粗，有渣滓。”（《朱子语类》第3页，卷一）所谓形而上，即无形质；所谓形而下，即有形质。理无形，是一种精神性的实体；气有渣滓，聚而成形，是物质性的材料。这里，朱熹以形而上下来分先后，理为形而上，在气之先；气为形而下，在理之后。理气先后的关系表明理为形而上，气为形而下是指理生气，理为气之本。他还说：“阴阳，气也，形而下者也；所以一阴一阳者，理也，形而上者也。”（《周子全书》卷七，《通书·诚上注》）所谓“所以”一阴一阳者，即指一阴一阳之所以产生的原因或根据。朱熹把形而上之理看作形而下之气存在的根源，其理气关系便是本体与作用的关系。
  （2）理本气末说。朱熹天理论哲学的性质通过理本气末说反映出来。他说：“天地之间有理有气，理也者，形而上之道也，生物之本也；气也者，形而下之器也，生物之具也。”（《朱文公文集》卷五十八，《答黄道夫一》）理为生物之本，气为生物之具，即为生物的材料，也就是末。又说：“二气五行，天之所以赋受万物而生之者也。自其末以缘本，则五行之异，本二气之实，二气之实，又本一理之极，是合万物而言之，为一太极而一也；自其本而之末，则一理之实，而万物分之以为体。”（《周子全书》卷九，《通书·理性命注》）理为本，气为末。以末缘本，即二气本之一理；由本至末，即一理分为万物。理气关系是本与末的关系。所谓本，指本体、本原、根本；所谓末，指作用、派生、现象。理本气末，即是以理为宇宙本体，而把气及气范畴所具有的内涵、功能和属性纳入理本论的哲学体系之中。气虽然具有阴阳消长变化，生人生物的功能和属性，但气本身不是宇宙的本原，生人生物以及事物运动变化的根据在于气之上的理。理是朱熹哲学逻辑结构的最高范畴，气是从属于理的物范畴，二者之间的本末关系表明朱熹哲学的性质是理一元论哲学，而不是所谓理气二元论哲学。朱熹把理气分二并不意味着朱熹认为宇宙有两个各自独立、性质不同的本原。理气关系是本与末、主导与从属的关系，而不是相互独立、平行的关系，这是需要加以说明的。
  朱熹吸取了张载气化的思想，将其作为自己哲学的重要构成，但他与二程相似，只讲气化，不讲气本。虽然他发展了二程的理本气化论，对气范畴作了更为详尽的论述，但最终以理本气末论对张载的气本论哲学作了理一元论的改造，成为中国哲学理气关系史上理本论学说的集大成者和理论代表。