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朱熹主张君主制，但却反对绝对君权主义，批评君主个人“独断”，要求以天理来规范君主的行为，提出“正君心是大本”的限制君权的思想。他说：“天下事有大根本，有小根本。正君心是大本。”（《朱子语类》第2678页，卷一百八）在提倡君主制的同时，主张对君主心中不符合天理的想法加以纠正，以天理为标准来正君心，朱熹在《延和奏劄》中慷慨陈词，认为君主之心与常人之心一样，都有天理人欲之别，要求循天理之公，去人欲之私。他说：
臣闻人主所以制天下之事者，本乎一心，而心之所主又有天理人欲之异，二者一分而公私邪正之途判矣。盖天理者，此心之本然，循之则其心公而且正；人欲者，此心之疾疢，循之则其心私而且邪。公而正者，逸而日休；私而邪者，劳而日拙。其效至于治乱安危有大相绝者，而其端持在夫一念之间而已。舜禹相传所谓“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”者，正谓此也。（《朱文公文集》卷十三，《辛丑延和奏劄二》）
朱熹之所以强调以义理来正君心，是因为他客观地看到在君主制下，君心的好坏决定着国家的治乱安危，“人主之心一正，则天下之事无有不正；人主之心一邪，则天下之事无有不邪”（同上卷十二，《己酉拟上封事》）。为了社会的长治久安，所以他把“正君心”看作天下万事的最大根本。要达于此，必须以天理为标准来规范君主思想言行，去掉君主的心中的私、邪等坏念头。这是以天理来约束君权，体现了儒家道统中仁义之道重于君主之位的思想原则。同时也表明，朱熹提出的存天理，去人欲的主张，并不单纯针对下层民众，而且也包括了君主及上层统治者在内，是对所有人的共同要求。
从正君心这一大本出发，朱熹提出了君臣结合而治天下的主张，要求君主不要一人“独任”。他说：“夫天下之治固必出于一人，而天下之事则有非一人所能独任者，是以人君既正其心，诚其意于堂阼之上、穾奥之中，而必深求天下敦厚诚实刚明公正之贤以为辅相。”（同上卷十三，《辛丑延和奏劄二》）既主张君主制，以天下之治出于君主一人；又不赞成绝对君权主义，认为天下非君主一人所能独任，要求选贤才以为辅相，君臣结合治理天下。朱熹指出：
盖君虽以制命为职，然必谋之大臣，参之给舍，使之熟议，以求公议之所在，然后扬于王庭，明出命令而公行之。是以朝廷尊严，命令详审，虽有不当，天下亦皆晓然知其谬之出于某人，而人主不至独任其责，臣下欲议之者，亦得以极意尽言而无所惮。此古今之常理，亦祖宗之家法也。（《朱文公文集》卷十四，《经筵留身面陈四事劄子》）
要求当君主“制命”之前，必须与大臣共谋商议，集众思，广忠议，广开言路，听取各方面的意见，使之熟议，然后才能对朝廷大事作出公正正确的决断，并付诸实行。朱熹一再指出，君王不得一人独任其责，应博采众议，虚心纳谏，让臣下畅所欲言而无所顾虑，并将此作为古今天理所要求，而不得违背。
朱熹不仅主张限制君主的“独任”，而且反对君主的专制“独断”。他说：
今者陛下即位未能旬月，而进退宰执，移易台谏，甚者方骤进而忽退之，皆出于陛下之独断，而大臣不与谋，给舍不及议。正使实出于陛下之独断，而其事悉当于理，亦非为治之体，以启将来之弊。（同上卷十四，《经筵留身面陈四事劄子》）
朱熹从治体的高度批判了君主的独断，他指出即使君主的独断是正确的，但独断本身却不合于治体，因为它未能体现君臣相谋共治天下的原则，违背了治国之道，并给后世留下了隐患和祸害。朱熹批判君主独断，限制君权的思想是对儒家民本思想的继承。孟子在回答齐宣王“汤放桀，武王伐纣，有诸？”的提问时充分肯定了汤武革命，他不认为汤武革桀纣之命是“臣弑其君”，指出：“贼仁者谓之贼，贼义者谓之残，残贼之人谓之一夫。闻诛一夫纣矣，未闻弑君也。”（《孟子·梁惠王下》）对孟子的思想，朱熹深表赞同，他注解并加以发挥：“贼，害也。残，伤也。害仁者，凶暴淫虐，灭绝天理，故谓之贼。害义者，颠倒错乱，伤败彝伦，故谓之残。一夫，言众叛亲离，不复以为君也。《书》曰：‘独夫纣。’盖四海归之，则为天子；天下叛之，则为独夫。所以深警齐王，垂戒后世也。”（《四书章句集注》第221页，《孟子集注》卷二）朱熹反对不行仁义，灭绝天理的暴君，认为暴君桀纣虽居君主之位，但却是贼仁贼义的独夫，独夫可诛，诛独夫不是诛君。表明天理重于君主之位，这是理学思想的一个基本出发点。
朱熹继承荀子“从道不从君”（《荀子·臣道》的思想并加以发展，在他提出的系统的道统论传道谱系里，不仅没有周公以后历代帝王的地位，而且以仁义之道即天理作为衡量的标准，批判了汉唐君王的失道行为。朱熹强调，尧舜三代之圣君行的是王道，推行义理之心；而汉唐君王则推行霸道，追求利欲以行私，他尤其批评了唐代君王于义理多有不合，不仅杀兄劫父以代位，而且伦常关系混乱，并以智力把持天下，所以未能接续三代之统绪。因此，朱熹主张把君主置于天理的约束之下，强调尽管君主权位至尊，但君主也不能违背天理。为了维护天理的最高权威，要求敢于正君、矫君。这具有以理抗势，限制专制独裁的积极意义。
臣闻人主所以制天下之事者，本乎一心，而心之所主又有天理人欲之异，二者一分而公私邪正之途判矣。盖天理者，此心之本然，循之则其心公而且正；人欲者，此心之疾疢，循之则其心私而且邪。公而正者，逸而日休；私而邪者，劳而日拙。其效至于治乱安危有大相绝者，而其端持在夫一念之间而已。舜禹相传所谓“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”者，正谓此也。（《朱文公文集》卷十三，《辛丑延和奏劄二》）
朱熹之所以强调以义理来正君心，是因为他客观地看到在君主制下，君心的好坏决定着国家的治乱安危，“人主之心一正，则天下之事无有不正；人主之心一邪，则天下之事无有不邪”（同上卷十二，《己酉拟上封事》）。为了社会的长治久安，所以他把“正君心”看作天下万事的最大根本。要达于此，必须以天理为标准来规范君主思想言行，去掉君主的心中的私、邪等坏念头。这是以天理来约束君权，体现了儒家道统中仁义之道重于君主之位的思想原则。同时也表明，朱熹提出的存天理，去人欲的主张，并不单纯针对下层民众，而且也包括了君主及上层统治者在内，是对所有人的共同要求。
从正君心这一大本出发，朱熹提出了君臣结合而治天下的主张，要求君主不要一人“独任”。他说：“夫天下之治固必出于一人，而天下之事则有非一人所能独任者，是以人君既正其心，诚其意于堂阼之上、穾奥之中，而必深求天下敦厚诚实刚明公正之贤以为辅相。”（同上卷十三，《辛丑延和奏劄二》）既主张君主制，以天下之治出于君主一人；又不赞成绝对君权主义，认为天下非君主一人所能独任，要求选贤才以为辅相，君臣结合治理天下。朱熹指出：
盖君虽以制命为职，然必谋之大臣，参之给舍，使之熟议，以求公议之所在，然后扬于王庭，明出命令而公行之。是以朝廷尊严，命令详审，虽有不当，天下亦皆晓然知其谬之出于某人，而人主不至独任其责，臣下欲议之者，亦得以极意尽言而无所惮。此古今之常理，亦祖宗之家法也。（《朱文公文集》卷十四，《经筵留身面陈四事劄子》）
要求当君主“制命”之前，必须与大臣共谋商议，集众思，广忠议，广开言路，听取各方面的意见，使之熟议，然后才能对朝廷大事作出公正正确的决断，并付诸实行。朱熹一再指出，君王不得一人独任其责，应博采众议，虚心纳谏，让臣下畅所欲言而无所顾虑，并将此作为古今天理所要求，而不得违背。
朱熹不仅主张限制君主的“独任”，而且反对君主的专制“独断”。他说：
今者陛下即位未能旬月，而进退宰执，移易台谏，甚者方骤进而忽退之，皆出于陛下之独断，而大臣不与谋，给舍不及议。正使实出于陛下之独断，而其事悉当于理，亦非为治之体，以启将来之弊。（同上卷十四，《经筵留身面陈四事劄子》）
朱熹从治体的高度批判了君主的独断，他指出即使君主的独断是正确的，但独断本身却不合于治体，因为它未能体现君臣相谋共治天下的原则，违背了治国之道，并给后世留下了隐患和祸害。朱熹批判君主独断，限制君权的思想是对儒家民本思想的继承。孟子在回答齐宣王“汤放桀，武王伐纣，有诸？”的提问时充分肯定了汤武革命，他不认为汤武革桀纣之命是“臣弑其君”，指出：“贼仁者谓之贼，贼义者谓之残，残贼之人谓之一夫。闻诛一夫纣矣，未闻弑君也。”（《孟子·梁惠王下》）对孟子的思想，朱熹深表赞同，他注解并加以发挥：“贼，害也。残，伤也。害仁者，凶暴淫虐，灭绝天理，故谓之贼。害义者，颠倒错乱，伤败彝伦，故谓之残。一夫，言众叛亲离，不复以为君也。《书》曰：‘独夫纣。’盖四海归之，则为天子；天下叛之，则为独夫。所以深警齐王，垂戒后世也。”（《四书章句集注》第221页，《孟子集注》卷二）朱熹反对不行仁义，灭绝天理的暴君，认为暴君桀纣虽居君主之位，但却是贼仁贼义的独夫，独夫可诛，诛独夫不是诛君。表明天理重于君主之位，这是理学思想的一个基本出发点。
朱熹继承荀子“从道不从君”（《荀子·臣道》的思想并加以发展，在他提出的系统的道统论传道谱系里，不仅没有周公以后历代帝王的地位，而且以仁义之道即天理作为衡量的标准，批判了汉唐君王的失道行为。朱熹强调，尧舜三代之圣君行的是王道，推行义理之心；而汉唐君王则推行霸道，追求利欲以行私，他尤其批评了唐代君王于义理多有不合，不仅杀兄劫父以代位，而且伦常关系混乱，并以智力把持天下，所以未能接续三代之统绪。因此，朱熹主张把君主置于天理的约束之下，强调尽管君主权位至尊，但君主也不能违背天理。为了维护天理的最高权威，要求敢于正君、矫君。这具有以理抗势，限制专制独裁的积极意义。
