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气是朱熹哲学的另一个重要范畴。
  在认识史上，人们最初以为世界是由日常生活中几种具体可见的基本物质组成的。商周时期，有所谓“五行”说，即认为水、火、木、金、土五种物质是构成世界的基本元素。后来，人们认为某种单一物质（如水）是世界的本原。春秋战国时期，出现了气本体论，以一种极其细微的原始物质“气”来解释世界。此后，经过王充（27—约97）等历代唯物主义思想家的补充，气本体论逐渐丰富。到了北宋时期的张载，认为世界乃是一个通过气的聚散运动联系起来的统一体，从而建立了较为完整的气本体论体系。
  朱熹承认气是构成万物的基本物质元素。他说：“一元之气，运转流通，略无停间，只是生出许多万物而已。”（《朱子语类》卷一）在此基础上，他进一步提出，“气则无不两者”，“一元之气”，分阴分阳，“二气交感”，便“化生万物”。有时则说，气具有屈伸、往来、聚散等几种运动形式，当其凝聚时，便产生“质”，即水、火、木、金、土五行。气与质这七者互相“滚合”，便生出了万物。他说：“造化之运如磨，上面常转而不止。万物之生，似磨中撒出。”由于朱熹承认阴阳二气是“化生万物”的基本材料，所以，他把它们称之为“造化之本”，明确地表示：“天下万物万化，何者不出于阴阳！”（《朱子语类》卷六五）
  把气看成是包含对立两面的统一体，把“化生万物”看成是这对立两面复杂的运动——聚散“滚合”的结果，显然，这里包含着对物质构成学说的某些正确的猜测。至此，朱熹的思想很类似于气本体论。
  关于理气先后，朱熹有过三种说法：一、理在先，气在后；二、不分先后；三、不可知。其中，第一说留下来的言论最多，是朱熹竭力想加以维护的；但是，第二说也经常困扰他，动摇他对第一说的信念；第三说则产生于晚年，只讲过一次，大概经过长期的、艰难的思索之后，突然感到迷惘了。
  关于理气先后的这三种说法，反映了朱熹哲学思想中的矛盾：清醒与谵妄共存。
  清醒成分表现于下列一组命题：其一，理气有别。朱熹认为理是理，气是气，“决是二物”。前者无形，后者有形；前者称为“形而上之道”，后者称为“形而下之器”。他说：“一物之中，其可见之形，即所谓器；其不可见之理，即所谓道。”他还特别指出，理除了无形状，还“无方所”“无声臭影响”，即没有方位、所在和声色气味。其二，理附于气，无气不立。朱熹认为“理是虚底物事”，以气为安顿、挂搭之处，没有了气，理也就失去存在的场所。其三，理气不相离。他说：“天下未有无理之气，亦未有无气之理。”他特别强调理不在形器之上、之先、之外，而是在之中。
  上述三组命题正确地概括了今人所称“规律”的特点，后来曾经为王廷相（1474—1544）、王夫之等人所继承。如果朱熹停留在这里，他当然是唯物主义者。
  朱熹理气关系中的谵妄成分是“理生气”论。在他看来，气有生有减、有始有终，而理则不生不灭、无始无终。曾经有门徒问他：气的运动是“一去便休”，还是“去而复来”？朱熹回答道：“一去便休耳，岂有散而复聚之气？”他并曾以烧水为例，说明当锅水已干时，要汲取新泉水补充，而不能重复使用已干之水。朱熹由此认为气聚则有，气散则无，只有理才是使气不断得到补充和更新的永恒源泉。他说：“然气之已散者既化而无有矣，其根于理而日生者，则浩然而无穷也。”因此，尽管朱熹重视气在构造物质中的作用，但在他看来，那只不过是提供了材料，即所谓“生物之具”，而理才是构造物质世界的真正本原，他称之为“生物之本”。朱熹的思想乃是明确的理本体论。
  母亲必然先于儿子，从理生气的命题出发，必然要承认理在气先，承认物质世界出现之前，就有一个理的世界，并承认理可以离气而存在。他说：“未有天地先，毕竟是先有此理。有此理，便有天地；若无此理，便亦无天地、无人、无物，都无该载了。”（《朱子语类》卷一）又说：“万一山河大地都陷了，毕竟理却在这里。”
  至此，朱熹的哲学体系中就出现了两组命题。一组：理附于气，理气不相离，理气本无先后之可言；另一组：理生气，理与气可以相离，理先气后。两组命题互相矛盾，承认一组必然要否定另一组。朱熹于进退维谷中力图调和它们，认为第一组命题适用于观察现在的事物；第二组命题则“推其本”，适用于阴阳起源、万物生成之际。有时，他又说：“有理而后有气，虽是一时都有，毕竟以理为主。”这一段话明显地自相矛盾，既然“有理而后有气”，为什么又说“一时都有”呢；对于这个问题，朱熹解释说：“此本无先后之可言，然必欲推其所从来，则须说先有是理。”朱熹设想理生气，然后进入气之内的整个过程是不需要时间的，“才有此理，便有此气；才有此气，便有此理”，且极端紧凑、极端迅速，朱熹以为这样问题就解决了。
  然而，他不了解时间是运动着的物质的存在形式，任何具体的运动过程都不可能没有时间。
  从理在气先的观点出发，朱熹又提出了他的理在事先的观点。他说：“未有这事，先有这理，如未有君臣已先有君臣之理，未有父子已先有父子之理。不成元无此理，直待有君臣父子，却旋将道理入在里面？”（《朱子语类》卷九五）
  提出理这一范畴来并不是朱熹的过错。在朱熹有关的论述里，人们曲折地看到了他对于必然性、因果性和规律性等问题的认识。这是认识史上的一种进步。在中国哲学史上，对于规律及其特征做了如此充分论述的，还不多见。朱熹的过错在于他把规律和伦理综合为一个范畴，然后又把它虚构为派生万物的本体。这样，朱熹思想中那些清醒的理智成分也就被淹没了。