莆田市图书馆

倭寇在浙江屡屡受挫后，遂把侵略重心南移至福建地区，导致福建倭患愈演愈烈。尤其是嘉靖四十一年（1562）十一月间，倭寇攻陷了兴化府（治今福建莆田）占据平海卫。举国上下一片哗然。在此危急关头，朝廷提升因父丧去官的谭，纶为都察院右佥都御史，巡抚福建，统一指挥全省御倭军事。谭论指挥戚继光、刘显、俞大猷等，先是取得了平海卫大捷，继之又以少击众，大破倭寇于仙游城下，只用了短短两年的时间，就大体上平息了福建全省的倭患。这一系列抗倭作战的胜利，在中国人民反抗外来侵略的战争史上，谱写了一曲辉煌灿烂的壮丽篇章。
  第一节 平海卫之战
  在倭患初起之时，倭寇的侵略重心主要在长江下游沿岸地区，稍后，其侵略矛头又直指浙江。由于地理位置的关系，这一时期倭寇入侵福建的次数不是很多，规模也相对较小，只有一些与大势倭寇失去联系和在海上为风所阻的散倭，顺风漂流至福建沿海，不时登岸流劫。所以这一时期的福建倭患并不十分严重。当然，对于有海无防、国门洞开的福建省来说，这些零星倭寇仍然在一定范围造成了重大损失。
  嘉靖三十二年（1553）四月，有一股倭寇从福宁州（治今福建霞浦）北部登岸，攻陷秦屿所，大掠而去。同年十月，“有倭舟失风飘至兴化府南日旧寨，登岸流劫，杀千户叶巨卿。把总指挥张栋督舟师击倭，走据山。知府董士弘纠民兵猎户与栋等合势围贼，歼之”。是时，福建沿海及其岛屿多有倭船停泊和倭寇活动的踪迹，其中既有真倭为风所阻不能东归者，又有部分沿海奸民混杂其间，“倭居十三，而中国叛逆居十七也”。嘉靖三十四年（1555）十一月，“寇犯兴化涵头铺等处，平海卫千户丘珍、杨一茂与战，死之。已，复犯福清海口。泉州卫指挥童乾震直奔其垒，斩贼十余，亦被害”。在此数年间，虽然倭寇窜扰沿海府县的事件时有发生，但是总的来看，福建倭患仍然处在可以控制的范围内。
  然而，在嘉靖三十七年（1558）以后，福建倭患日益严重，沿海各地百姓受害之惨烈，并不亚于浙江。这年二月，倭犯福州，“巡抚阮鹗不能御，取库银数万两贿之，以造新舟六艘，俾载而去”。一个月以后，阮鹗因通倭罪被罢官。四月，大批倭寇从浙江的台州、温州等地进入福建境内，攻破福清县城，杀掠男妇1000余人，知县叶宗文被俘；又转攻惠安，知县林咸率丁壮登城坚守，将其击退。五月，林咸率兵击倭于县境之鸭山，亦遇伏战死。六月，倭寇分兵四掠，犯同安、长乐及漳州、泉州各地。
  嘉靖三十八年（1559）夏天，新倭又大批拥到，且带有大量攻城器械，先攻福宁、连江、罗源等处，流劫各乡。遂又进攻福州府城，未得手，乃转攻福安，破之。另外，广东境内的倭寇时常越境劫掠，流窜于诏安、漳浦之间。嘉靖三十七年（1558）从浙江舟山柯梅南下的倭寇，盘踞在福建浯屿年余，祸害远近地方。此后数年间，福建巡抚王询和参将黎鹏举、尹凤等人多次与倭寇血战，当地百姓也纷纷自发组织起来抵抗侵略，取得了一些局部性的胜利。然而，由于先后任福建巡抚的阮鄂、刘焘、游震得等人缺乏军事指挥能力，在倭寇的凌厉攻势面前，进退失据，战守无方，福建倭患不仅未能平息，反而迅速蔓延，愈演愈烈。
  嘉靖三十九年（1560），倭寇由于在浙江遭受沉重打击，纷纷南下福建，流劫沿海各州县；沿海奸民乘机起事，或与倭寇合流，或拥众结伙占山为王。福建巡抚刘焘应接不暇，无力自保，致使整个福建形势处在岌岌可危之中。嘉靖四十年（1561）十月，倭寇攻破宁德县，杀参将王梦麒、知县李尧卿等。嘉靖四十一年（1562）二月，又攻占永宁卫城（在今福建晋江东南），指挥王国瑞、钟埙等人向倭寇投降。其时，“北自福建福宁沿海，南至漳、泉，千里萧条，尽为贼窟”。迫于形势，福建巡抚游震得，不得不向明政府告急，请求支持；明政府同意了这个请求。嘉靖四十一年（1562）秋天，浙江参将戚继光奉命率领6000戚家军入闽剿倭。
  当时，福建一省共有大大小小数十股倭寇活动，其中尤以宁德县之横屿和福清县之牛田两地的倭寇最为猖獗。戚家军进入福建后，先攻横屿（在宁德县城东北20里海中），收复了被倭寇占据近三年的横屿，歼敌1000余人；接着又赶至福清，直捣牛田（在福清县城东南30里）贼巢，歼灭倭寇680余人，并争取了胁从者数千人投降。余倭逃向兴化，戚家军乘胜追击，在莆田县的林墩（在莆田县城东20里）将倭寇全部歼灭。这年十月，大获全胜的戚家军便悉数撤回浙江。
  就在戚家军班师回浙江后不久，倭寇又卷土重来。不仅各地旧倭蠢蠢欲动，而且又有新到倭船数十艘载着近万名倭寇登岸。史载，倭寇自这年十月初犯福建，“其自浙之温州来者，则合福宁、连江登岸，海贼攻陷寿宁、政和、宁德等县；自广之南澳来者，则合福清、长乐登岸，海贼攻陷玄钟所，蔓延及龙岩、松溪、大田、古田之境，无非贼者”。是时，福建倭寇大体上可分为南北两路：北路倭寇从浙江温州而来，会合福宁、连江等地登岸的新倭，骚扰闽北地区；南路倭寇从广东南澳岛入境，与福清、长乐等地区登陆的新倭合伙，荼毒闽南、闽西地区。与此同时，大批新倭还在源源不断地登陆。嘉靖四十一年（1562）十一月底，倭寇又攻陷兴化府。一时间，福建沿海形势骤然紧张。
  兴化府位于福建东部沿海，辖莆田、兴化两县，是当时福建最为富庶的地区之一。嘉靖四十一年（1562）十一月初，倭寇6000余人（一说4000余人）包围兴化府城.连续围攻近一个月。
  广东总兵官刘显提兵来援，因其主力仍逗留江西，现有兵力仅700人，势单力薄。刘显估量不能取胜，只好暂时在离府城30里的江口桥迎仙寨扎营，同时又招募新兵充实力量。可惜，在募兵过程中，不少倭寇奸细混入新兵队伍，军中虚实尽为倭寇探得。
  不久，刘显想与兴化城里取得联系，派了5名士兵进城送信，不料全被倭寇所杀。倭寇派人穿上绣有“天兵”字样的明军服装，带着伪造的移文，混入兴化城中，诈称某日夜间刘显将会率兵进攻御敌，请勿举火作声，恐贼惊觉。城中守将毕高、参政翁时器等深信不疑，自行解除戒备。到了约定时间，那几个冒充明军的倭寇杀掉守城士卒，打开城门，倭寇大队人马便从西门蜂拥而入，乘风放火，杀戮百姓，“毕高、翁时器及卫掌印指挥徐将等皆仓皇缒城走，城遂陷。同知奚世亮为贼所杀”。
  倭寇盘踞兴化府城近三个月（按：实为两个月）杀掠居民，强奸妇女，抢劫财物，无恶不作。到第二年二月，城中倭寇才自，动退出，窜至平海卫（在莆田县东90里）附近，结巢崎头城，企图掠舟入海。
  自倭寇大规模侵扰浙闽沿海以来，州县卫所被攻破者数以百计，然而府城被攻陷则是首次。明政府对兴化失守事件极为重视，严令督抚诸司加紧剿倭。时任福建巡抚的游震得心急如焚，督剿益急。嘉靖四十二年（1563）二月，泉州卫都指挥欧阳深率兵进剿，中伏阵亡。倭寇遂乘胜占据平海卫。三月间，又有新倭400余人从长乐登岸，流劫福清等处，窥伺省城，阻断沿海交通。朝廷见形势危急，乃起用因父丧去官的谭纶以原官兼按察司副使，统领所部浙兵赴闽剿倭。谭纶未及上任，又被提升为都察院右佥都御史，巡抚福建，原任福建巡抚游震得则被罢官。宿将俞大猷同时被提升为福建总兵官，戚继光为副总兵。
  正在原籍补制的谭纶再次夺情起用，官复原职，仍任福建布政司右参政兼按察司副使，是嘉靖四十二年（1563）正月间事。此前，他于上年六月疏请终制，十月得到朝廷的批准，回乡补制。谭纶虽然身在家乡，但心中仍然念念不忘福建倭情。这年冬天，他曾在给福建巡抚游震得的复信中建议：“彼众我寡，宜乘其分而击之，乃可得志。又当收藏之期，若坚壁清野，亦可使困。”提出了“分而击之”与“坚壁清野”二策。又言：“闽事虽亟，台下当之，当次第报平。”谭纶未曾料到，在短短数月之间，福建形势竟然会如此恶化，变得一发不可收拾；更未料到自己才回乡四个月，又要重新到福建上任了。
  谭纶在接到吏部令其夺情复出的咨文后，于嘉靖四十二年（1563）三月初起程前往浙江，拟督发浙兵援闽。福建副总兵戚继光与福州兵备按察司副使汪道昆，也在当月召集戚家军万余人，准备分道入闽；新任福建总兵俞大猷，早些时候已从南赣伸威营赶至福建，与刘显在平海卫附近会合。俞军驻秀山，刘军驻明山，离倭寇巢穴约三四里，严密防守，以待浙江援兵到来。
  三月十八日，谭纶率军进抵江西铅山，得知自己升任福建巡抚的消息。因考虑到前线形势瞬息万变，军情紧急，如果等到朝廷的正式咨文下来再入闽指挥战事，则恐怕错失战机，甚至于酿成倭寇窜犯内陆地区的重大事变。于是，谭纶在正式入闽视事前，即打破常规，对福建作战事宜进行了预先调度，作出了周密部署。他考虑到，福建南北二股倭寇人数达万余之众，与福建的军队人数大体相等；而俞大猷、刘显二将，长时间在平海卫附近与倭寇对峙，业已精疲力竭。因此，单凭现有兵力，不可能同时消灭南北二股倭寇；如果贸然与倭寇进行决战，显然不是一个明智的选择。根据这一判断，谭纶提出了福建抗倭作战总的设想：“南北二倭，计我兵力，止可了一而后及一”。具体而言，就是先剿除长乐、福清等地新倭，而后集中兵力聚歼平海倭寇，最后回师北上，歼灭攻陷寿宁、政和的北路倭寇。在入闽途中，他致书原任巡抚游震得、监察御史李邦珍及俞大猷、刘显诸人，要他们先合力击破福清等处倭寇，尽可能打通沿海运粮通道；同时，又反复告诫俞大献、刘显二将，对于平海卫之倭寇，“未可轻战，只宜严防”，不能仓促与敌决战，以免重蹈欧阳深败亡之覆辙。
  这年三月中下旬，谭纶率领其所属的浙兵1200人，从浦城进入福建。三月二十八日行至建阳，他才正式接到朝廷任命其为福建巡抚的诏书。这时，福建监察御史李邦珍特地从省会赶来，催促谭纶速速前往督战；两人一同南下福州。四月十一日，谭纶与原任福建巡抚游震得办理交接，算是正式接过了福建全省的抗倭军事指挥权。
  此前不久，游震得、刘显、俞大猷等已会同先期入闽的戚家军前锋部队，击败三月间从长乐、福清等地登陆的新倭，斩首数以百计，余倭从海上逃遁。这既解除了明军的后顾之忧，又打通了沿海的运粮通道。四月初八日，戚家军主力1万余人全部抵达福建，与俞大猷、刘显在平海卫附近会师。这时，福建周边各省的明军主力全都会聚福建，总兵力近3万人，超过了倭寇人数的一倍以上。戚继光、俞大猷、刘显等当世名将，均齐聚闽中，谭纶麾下猛将如云，兵威大振，从而为聚歼平海卫倭寇创造了条件。
  盘踞在平海卫的数千倭寇见明军大兵压境，急欲入海逃窜，却遭到把总许朝光部的拦截，被击沉五艘大船。倭寇知海上去路已被堵死，逃脱不易，乃尽焚其舟，移巢渚林南面的许家村，据险固守，作困兽之斗，以抗拒明朝大军。
  四月十五日，谭纶会同整饬福州兵备按察副使汪道昆，前往平海卫前线视师。四月二十日，两人抵达平海卫附近的渚林。放眼望去，只见平海卫一带的秀山、明山、东停等地营寨相连、旌旗猎猎，隐约闻得战鼓声声。各路明军已进入了紧张的临战状态。数万明军，一面严密监视着许家村巢穴中的敌人，一面忙于操练。从上到下士气都极为高涨，充满必胜信心。
  当日，谭纶在俞大猷的营帐中，召集汪道昆、戚继光、俞大猷、刘显等将官，讨论作战计划，部署机宜。在广泛听取各位将领意见后，谭纶觉得歼灭平海卫倭寇的时机已经成熟，决定次日发起总攻。他对此役作了如下部署：由福建副总兵戚继光率领把总胡守仁等部官兵为“中哨”，负责向敌人展开正面攻击；由广东总兵刘显率领把总郭成等部官兵为“左哨”，以江西援兵把总乐埙与福建标兵把总陈仓等部协助之，负责左翼突击；由福建总兵俞大猷率领指挥魏宗瀚、把总朱相等部官兵为“右哨”，在浙江援兵把总杨文与谭纶辖下的标兵把总陈其可、蒋伯清、傅应嘉等部协助下，共同完成右翼突击任务。同时，又在军中悬赏冲锋银2万两，以鼓舞士气。
  当日夜间，明军三大营官兵全部整装待发。深夜四鼓，中路军以胡守仁为前锋，戚继光为后队，在月光下先期出发。大军行至敌巢不远处，坐待月落，准备在第二天黎明接战，稍后，左、右两路大军也按照谭纶的原定计划，衔枚而进，赶到了敌巢附近。二十一日黎明时分，只见祥云东起，大雾漫山，各路明军已趁势将敌人盘踞的许家村团团围住，倭寇尚未觉察。就在这时，亲自指挥中路军的谭纶下达了总攻命令。
  霎时，数万明军发出了一阵阵惊天动地的呐喊，直扑敌营。负责正面突击的戚家军前锋胡守仁一马当先，率军朝倭寇寨门猛攻。倭寇遭此突如其来的攻击，便以100余名骑兵作先锋，2000余名步卒为后队，仓促应战。这时，只见明军的火铳手一字排开，向倭寇骑兵猛烈射击，敌人战马受惊，乱作一团。接着，倭寇步卒分道拥出，与明军厮杀在一起，双方展开激战。不多时，明军左、右两路大军也加入了战斗。三路明军奋勇冲击，合力攻敌，倭寇渐渐不支，纷纷逃窜回营。明军士气大振，攻势愈猛，倭寇大败，一齐奔逃到许家大巢死守。最后，明军“四面合围，因风纵火，血战破巢。贼众败匿房中，或焚死，或刃伤，自相枕藉，积尸充霤，难以数计；间以遁避山海，我兵随处奋击，堕崖蹈海死者，数亦难计。至此，平海卫大战宣告结束。此役共歼敌2200余人，缴获大量粮草器械，夺回被掳百姓3000余名，并缴获被倭寇夺去的卫所印信15颗。
  明军克复平海卫后，福建各地仍有小股倭寇活动，亟待剿除。四月二十四日，谭纶接到福清县报告，称有新倭200余人从该县神前澳登陆。他随即派把总蒋伯清、杨文统领所属浙兵赶至福清县蒜驿岭（在福清县西南50里）埋伏。次日，敌人果然进入埋伏圈；伏兵四起，前后夹击，斩获真倭78级，救回被掳百姓。数日后，又有倭寇500余名突至怀安县的北岭，逼近省城。谭纶令布政使曾于拱、按察使万衣等率浙兵500前去截杀，获首级20颗；余倭连夜逃至连江，与该县旧倭合伙。
  盘踞在连江一带的倭寇，原是数月之前攻陷寿宁、政和的北路倭寇一部分。这股倭寇在寿宁、政和、宁德、罗源等地大肆抢掠数月之后，一部分泛海东去，另一部分取道连江，欲与平海倭寇会合，闻平海倭寇全军覆没，乃退守连江之马鼻。五月初，谭纶派遣汪道昆、戚继光率军北上连江。戚继光先令王如龙直趋罗源，防止倭寇北逃；自己亲率戚家军主力，兵分两路，直捣倭寇在马鼻山的巢穴，擒斩倭寇157名。与此同时，各地乡兵、民兵乃至普通百姓也纷纷自发地行动起来，在福建沿海的广大地区及附近海上搜剿残倭，追杀零星倭寇，不断取得战果，充分显示了人民群众在抗倭战争中的巨大作用。上述战斗结束后，“福清之神前澳、怀安之北岭、连江之马鼻，与东涌、草屿、后营等洋，莆田、灵川里等各新旧倭贼，不旬日间次第报平，水陆擒斩通共三百七十余级，远近欢腾，地方宁谧”。至五月中下旬，这一时期的抗倭作战初步告一段落，福建各地的倭寇基本被肃清。
  平海卫之战，是谭纶入闽以后所指挥的首次重大战事。这次战役，不仅事关福建全省抗倭大局，而且关系到他个人的兴衰荣辱。在他之前，历任福建巡抚阮鹗、王询、刘焘、游震得等人，或因倭寇肆虐无力回天，或因倭寇与“山寇”相互勾结经久不能平息，先后都落得个革职问罪的下场。这些封疆大吏在福建为官，无一不是如坐针毡、如临深渊，处于朝不保夕的境地。试想，如果谭纶指挥平海卫之战失利，恐怕也是自身难保，朝中政敌自然不会让他安坐福建巡抚这一高位。谭纶后来曾谈及当时的情况，说他刚入福建时，“人心危惧，以为八闽且不能保，宦游兹土者，皆以一日得脱去为幸”。平海卫之战胜利后，福建军民个个扬眉吐气，信心倍增，明军士气也大为振作，“各该官兵……勇气百倍，至于舟师最为废弛，亦各感奋，共兴敌忾之心”。可以说，平海卫之战的胜利，标志着福建全省的抗倭形势有了重大转机。
  平海卫大捷（又称渚林大捷）的消息传到京城，一向对东南倭患忧心忡忡的明世宗大感欣慰，特地为此举行了一次隆重的告谢郊庙典礼，并大肆封赏作战中的有功之臣。谭纶因功升都察院右副都御史，获赏银币；戚继光则提升为都督同知。
  明军在福建所取得的这一重大胜利，无论是从军事上还是从政治上来说，都有着非同寻常的意义。倭寇此次大举入侵福建，规模之大，时间之长，百姓受害之惨烈，均前所未有。尤其是倭寇攻陷兴化府城，盘踞其中两月有余。明军因兵力不足，无所作为；欧阳深被迫出战，损兵折将，中伏阵亡。此后，倭寇占据平海，结巢崎头，凭借险要地势，劫掠沿海，深入腹地，往复流窜，给福建人民带来了深重灾难。在谭纶的正确指挥下，明军在平海卫一战成功，收复兴化和平海卫等地，救出了数以千计的被掳百姓，狠狠打击了倭寇的嚣张气焰，扭转了军事上的颓势，挽回了明政府的威信，从而为最后肃清福建全省倭患奠定了基础。明政府对这次战役如此重视，也就在情理之中了。
  第二节 智解仙游之围
  谭纶在福建巡抚任上指挥的首次战役——平海卫之战，以明军的彻底胜利而告终。此后，明军以摧枯拉朽之势在各地追剿穷寇，扫荡残倭，地方为之肃清。然而，福建的抗倭形势依然是十分严峻的，不容盲目乐观。因为倭寇虽然受到沉重打击，但并未受到致命创伤；倭寇把福建视为侵略重点的状况仍未有丝毫改变；倭寇来自海上，借助季风泛海而至，时分时合，飘忽不定，具有很强的隐蔽性和突然性，防范不易。若是在“春汛”“秋讯”之时疏于防范，仍有可能酿成大患，再一次导致局面失控。对于这一点，作为福建抗倭主帅的谭纶，自然是心中有数的。
  其时，戚继光的戚家军、俞大猷的南赣兵、刘显的广东兵以及浙江、江西等省的其他数支援兵均应调至福建，显示出明军在福建的军力十分强大。然而这种状况是不可能持久的。按照惯例，在平海卫之战结束后，各地援兵应当班师回营，返回原来各自防地，统兵将领也必须交还调兵令符散归本营。一旦各地入援之兵撤走后，福建一省的抗倭实力势必将又大为削弱，甚至有可能在倭寇下一次来犯时，既无可用之将，又无可用之兵。为了避免这种情况再度发生，同时也是为了避免重蹈前任巡抚的覆辙，必须找到一种可以让福建全省长治久安的万全之策。
  嘉靖四十二年（1563）五月，谭纶经过一番深思熟虑，多方权衡，向朝廷提出了调整福建明军部署、加强沿海防卫力量的初步建议，力求做到水陆并重，分道设防，有备无患。
  在陆路方面，他提议留下戚家军长驻福建，作为福建抗倭主力。因为来自浙江的戚家军长于陆战，能攻善守，且多次在谭纶的指挥下作战，将领比较熟悉，便于指挥。具体做法是，把戚家军“分为上下二班，每班务足九千名。上班自今七月初一日为始，分布教训以防小汛，至十月无警放班；下班亦自七月初一日为始，差官押送回籍，汛毕仍于六月中放还。又以前班兵夫限七月初旬上班以防秋汛。年年如此，岁岁更番”。
  同时他还建议：提升原副总兵戚继光为福建总兵，镇守福、兴、漳、泉、延、建、邵武、福宁、金、温九郡一州，“以展其千里之才而慰八闽之望”；提升福州兵备副使汪道昆为福建按察司协堂，给予关防敕书，监督全省水陆军务，“与戚继光同心一德，共济时艰”；保留福建境内原先划分的南、北、中三路，但将原设参将改为守备，选择通晓军事、屡立战功的胡守仁、王如龙、耿宗元分任三路守备，各带所部兵马前往驻扎防守。
  在水路方面，谭纶提出了“议复寨以扼外洋”的建议。他了解到，明初曾在福建沿海设置烽火门（在今霞浦县东）、南日山（在平海卫东南）、浯屿三座水寨，以防敌人从海上入侵。景泰年间（1450-1456），福建沿海的水寨增加到五个，其时战舰如云、旌旗相望，防守极为严密。只是后来历时既久，武备渐弛，原有水寨多遭废弃，倭寇登岸如入无人之境。这种有海无防的状况，亟待改变。他认为：
  为今之计，亟宜查复五水寨之旧，每寨设兵船四十只，兵万三千名，五寨通计用船二百只，用兵六万五千名，以五把总领之，定为五大〓。内以旧设烽火门、南日山、浯屿三为正兵，增设铜山、小埕二〓为游兵，而又为之分信地，明斥堠，严会哨，贼寡则各自为战，贼众则合力并攻，以扼外洋击来贼为功第一，击去贼次之，失贼弗击与致贼登岸者，查照信地论罪。
  谭纶上述复五水寨之旧的建议，就是要恢复景泰年间（1450-1456）福建沿海五水寨的海上防御部署，除烽火门、南日山、浯屿三寨为现有水寨外，应当新设小埕（在定海所附近）、铜山（在今东山岛上）二水寨。五水寨兵船，与陆上的南、北、中三路官兵一样，均由福建总兵官统督，监军道监督。在汛期未至时，五水寨的全部兵船必须一齐集中到南日山水寨，操练水战；汛期到来时，分散到各地防守，往来巡哨；汛期结束，仍齐聚南日山水寨，根据作战表现分别赏罚，并进行严格训练，以待下一次汛期的到来。
  不久，朝廷批准了谭纶提出的调戚家军久驻浙江、兴复沿海五水寨等项建议。福建沿海的兵力部署大都按照他原先的预定计划，进行了必要调整。一批有勇有谋、屡立战功的将领得到提拔任用。南、北、中三路防之于陆，
  精兵近万人，严阵以待；沿海五水寨防之于海，兵船200艘，巡视海上，有备无患。真正做到了水陆并重，严密防守。从此，福建沿海的防卫力量大为增强，在此后的抗倭作战中发挥了应有的作用。
  早在嘉靖四十一年（1562）冬天，倭寇在攻陷兴化府、占据平海卫后，趁着明军尚未集中的间隙，部分倭寇泛海东遁，曾将劫掠到的大批金银财宝运回日本，从而吸引了大批新倭窜犯福建。嘉靖四十二年（1563）十月，新旧倭合计2万余人，分乘大小船只数百艘，陆续在福宁州、兴化、漳州、泉州等地登陆。福建沿海烽烟再起。此时距平海卫大战结束仅仅过去五个多月。
  当时，福建明军以戚家军为主，戚家军存留班兵6400人，分为8营，每营800人。此外尚有谭纶辖下的军门标兵及福建原有兵马数千人。其中，金科、叶大正兵二营驻扎福宁州，防守北路；胡守仁统领朱珏、陈应朝、方其兵二营驻扎福清，防守中路；耿宗元统领暴以平、胡仲膏、俞廷秀、陈仓兵二营驻扎漳州、泉州，防守南路；总兵官戚继光统领赵记、陈良琮兵二营，往来福清等处，作为陆路防守的机动兵力。另有陈其可统领巡抚标兵一营驻扎连江，翼护省城。至于谭纶原先所议兴复五水寨，添造兵船，则因时间紧迫，银两不足，在秋汛到来时未能全部完成，仅有烽火门、小埕二水寨的40艘兵船全部备齐，分别归把总朱玑、傅应嘉指挥。其他三水寨兵船不多，如南日山水寨只有兵船12艘，须待来年陆续添造、补充。但从总体上来看，当时福建明军的部署是较为周密的，也是合理的。
  面对倭寇的猖狂进攻，以戚家军为主力的福建明军，与来犯之敌进行了一场旷日持久的战斗。从嘉靖四十二年（1563）十月起，五水寨官兵驾船往来巡视，拦截敌船，尽可能地歼敌于海上；陆路官兵则各据防守信地，严防死守，阻击登岸之敌，防止倭寇深入内地。在一个多月的时间里，水陆两路明军与倭寇作战数十次，击沉大小倭船30余艘，歼敌3000余人，取得了重大战果。然而，满载倭寇的船只依旧源源不断地到来，福建沿海的形势仍然在不断恶化之中。
  此时此刻，作为福建抗倭主帅的谭纶，为福建全省的兵力不足而深感忧虑。戚家军存留班兵仅有6000余人，加上自己辖下的军门标兵，总共也不过1万余人。这些部队分驻各地，力量分散，加之长期作战，未能及时休整，将士水土不服，疟疾、痢疾流行，导致部队非战斗减员甚多。在这种情况下，如何击退数倍于己的倭寇，就成为一个严重的问题。本来，谭纶希望浙江、江西、广东三省速派援兵，以解福建之危急。可是这三地的督抚大员都心存地域之见，不肯轻易发兵；甚至准备从浙江调来轮班的戚家军，也受到重重阻挠，迟迟不能入闽。
  嘉靖四十二年（1563）十月底，谭纶派遣有关官员带着士兵的安家费，前往浙江，催促轮班的戚家军兼程赴闽。不久，他又带领标兵把总陈其可、蒋伯清等人前往福清，与戚继光共同商讨御敌之策。在福清，谭纶与戚继光仔细分析了近一个月来的战况，对福建全省遍地的倭情形成了一个较为准确的认识：倭寇在海上，遇到明军的水师战船，一般不与正面交锋，而是不顾一切地向南逃窜；登陆后的倭寇也是如此，往往成群结伙地向南部的兴化一带集中。这表明，此次倭寇袭扰福建，是经过周密策划的，其进攻的重点依旧是福建南部地区。如此众多的倭寇齐聚福建南部，很有可能觊觎某座城池，企图攻破城池，实施大规模抢掠，让兴化事件再度重演。根据这一判断，谭纶预先调遣镇抚叶应春、千总揭宇，带兵200人，进入仙游县协助守城，并授之守城方略；同时传令泉州府的惠安、南安等县与沿海卫所“各张兵威，加谨防守”。十一月初四日，他又会同戚继光共同带领数千精兵南下，赶到兴化一线，寻机歼敌。
  十一月初七日，倭寇2万余人果然大举围攻仙游县城。仙游知县陈大有、典史陈贤、白岭巡检司巡检殷恭，率领全城军民昼夜登城防守。谭纶和戚继光统兵来救，将军队驻扎在离敌营20里的俞潭铺和沙园一带。此时，倭寇已在仙游城外分建了东、西、南、北四大巢穴，相互声援，彼此联络，不时出动人马环攻仙游四门。因谭纶所辖的巡抚标兵只有3000余人，戚家军也仅有6000余人，二者合计约为倭寇在仙游城下兵力的一半，敌我力量相差悬殊，在此种情况下，显然不宜立即与敌决战。谭纶与戚继光都认为：必须先以现有兵力想方设法牵制住敌人，千方百计迟滞敌人的进攻，以确保仙游不失；待从浙江调来换防的另一部分戚家军到达后，再相机与倭寇决战。
  谭纶果断决定：调派守备胡守仁、把总蒋伯清等领兵抢占仙游县城附近的铁山，“据险为垒，与贼相持”，以牵制敌人的兵力；令各营选派勇士500人，暗中逼近倭巢，以便在敌人大举攻城时，相机突袭，尽可能地迟滞敌人的进攻；传令小埕水寨把总傅应嘉，将3000水兵改充陆兵，火速增援。此外，他还调兵数支，分别防守省城福州以及闽江、兴化等地；又起用原参将侯熙，令其募兵2500名，在泉州等处布防。这样，福建各处要害基本可以确保无虞。
  期间，倭寇不分昼夜拼命攻打仙游县城。因城中兵力有限，且多为临时募集的乡兵，作战能力并不强，加之火药缺乏，无法给攻城的敌人以重大杀伤，故仙游形势十分危急。戚继光得知消息后，急令自己的亲兵180人，趁着倭寇攻城的间隙，向城内运进了一批火药、火箭，并全部留在城内协助守城。稍后，戚继光亲率一支精兵，进至倭巢附近的石马扎营。每逢倭寇攻城时，戚继光便在倭巢四面布置疑兵，并在大营内不时鸣炮鼓噪，或故意调动军队，以迷惑敌人，使倭寇既不敢全力攻城，又不敢四出剽掠。
  十二月初六日，倭寇对仙游发动了一次大规模的攻势；城上军民坚决抵抗，铳炮齐发，矢石并下。倭寇见城上防守严密，便集中精锐部队全力攻打城西北的水关。他们砍倒木栅，撞开土城，用鸟铳向城内猛烈射击；守城勇士陈二、施大铨、林志宽等人，不幸被倭铳打死。倭寇随即竖起云梯蜂拥登城，转瞬之间，不少倭寇已经登上城墙，后面的倭寇也在源源不断地往上爬。壮士刘君芳、吴育、丘世修等奋不顾身与敌血战，接二连三砍死了数名倭寇。倭寇终于被守军的勇猛气势所慑服，不得不从城墙上败退下来。但是，刘君芳却因负伤过重，最后壮烈牺牲在仙游城头。这时，城外的游兵李以仁部乘机攻到城下，放火焚毁了大量的木梯、竹牌；倭寇惊慌失措，阵脚大乱。四周的明军一齐发炮放铳，摇旗呐喊。敌人以为明军的援兵到了，便撤围而去。仙游暂时转危为安。
  十二月十六日，从浙江赶来轮班的戚家军，在守备王如龙、把总陈濠等人的率领下，终于到达仙游附近战场。援兵到后，明军士气大振。谭纶认为，虽然倭寇兵力稍占优势，但倭寇围攻仙游已达1月有余，久未攻下，屡遭挫败，已成强弩之末，凭明军的现有兵力打败倭寇主力，解仙游之围，还是有相当程度把握的。
  他与戚继光共同决定，先以优势兵力合力攻取倭寇作战能力较弱的南巢，得手后再乘胜扫荡其他三巢之敌。他们对整个仙游战场的明军兵力，作了如下部署：
  以王如龙统扬世潮、丁茂、朱九龙为中左路，胡守仁统方其、陈应朝、朱洪、娄国华为中右路，取贼南巢；陈濠督陈禄、陈文澄、童子明、张元勋为左翼，取贼东巢；游击陈其可、蒋伯清、杨文为右翼，取贼西巢；金科督陈良琮、叶大正为大营正兵，专备策应；指挥李崇舟、副总金文秀领都司郭成下苗兵，及军门标兵一支，张疑铁山，以牵北巢之贼；傅应嘉取道西岭，以附西贼之背。
  转瞬之间，时已到十二月二十六日。头天夜里，大雨如注，经久不息；黎明时分，却又大雾弥漫，数步之外看不见人影。真是一个决战破敌的好日子。谭纶命令各营兵马，在大雾掩护下朝仙游方向隐蔽开进。大军从天亮起行，辰时（上午7时至9时）抵达仙游城下。
  此时，数千倭寇正推着八座新造的“吕公车”，分别来到仙游南、北二门，再度发起猛攻。倭寇打造的“吕公车”，比城墙雉堞还高丈余。车身三面围着好几层竹木棉毡，以抵御弓箭、火器；内部有许多层，每层布有多部梯子，用于架桥攻城；下部装有轮子，以便前后推动。每部车内可容纳百余人。施用时，先将“吕公车”推近城墙，从车顶架飞桥靠上城头，藏于车内的倭寇便能跨越飞桥直接攻到城墙上。由于倭寇使用了吕公车攻城，仙游已是危在旦夕，眼看就要陷落。在这千钧一发之际，各路明军有如神兵天降，从东、南两路及时赶到了仙游城下。
  倭寇见明军杀来，因浓雾中看不清多少人，只得暂停攻城，摆开阵势，与明军对垒。交锋不久，倭寇败绩，退入南巢死守。明军中左路王如龙部和中右路胡守仁部相互配合，奋勇冲杀，直逼倭寇南巢。他们砍开木城，拔栅而入，举火焚巢，杀死、烧死南巢之敌400余人。明军遵照不取死倭首级之约定，继续猛攻；残敌不支，逃向东巢。
  与此同时，明军左翼陈濠、童子明等部开始向东巢之倭寇发起攻击。东巢正当仙游大路，倭寇在这一带处处设伏。童子明部在途中击退了多股伏兵；攻至虎啸潭时，因寡不敌众，他本人与部属300余人全部殉国。童子明之死，使进攻东巢的左翼部队受到一定损失。然而，在攻下南巢后赶来支持的胡守仁部的配合下，倭寇东巢最终被攻破。陈其可、蒋伯清等部奉命进攻西巢。战斗开始后不久，已经完成攻占南巢的王如龙部，赶来与右翼部队一同夹攻西巢之敌。两军协同猛攻，西巢之敌旋遭覆灭。从东、西两巢逃出的倭寇，突围北走，与北巢之敌会合，企图负隅顽抗。谭纶、戚继光亲督大营正兵金科、陈良琮、叶大正等部，以锐不可当之势，勇猛进击，大破倭寇北巢。倭寇全线败退，溃不成军。战场上，到处都是倭寇遗弃的尸体，东、南、西、北四大倭巢全部笼罩在熊熊烈焰之中，八座吕公车也全被焚毁。至此，被倭寇围攻了50余日的仙游，最终得以解围。
  嘉靖四十三年（1564）年正月，谭纶获悉，从仙游败遁南下的万余名倭寇正集结于同安县境内。他一面行文福建南部的各府县卫所官军固守城池，防敌偷袭；一面又派遣把总傅应嘉率兵船巡逻海上，以防敌人抢船下海。二月初二日，谭纶、戚继光亲统大军前往追剿残倭。二月初四日，明军进至同安，探知倭寇逃往王仓坪等地，便兵分四路，向王仓坪进发。兵至王仓坪时，已是正午时分。这时，倭寇正埋锅造饭，见明军杀到，顾不上午炊，拥众四五千人仓皇列阵，以待明军。明军前锋王如龙等抱着必死之心，率先领兵冲入敌阵。经过数回合的反复冲杀，倭寇精锐的前锋死伤殆尽，后队倭寇不战自溃，望风披靡。这时，一股倭寇又从山上直冲陈濠营地，陈濠、陈禄、张元勋等率兵冲上前去与敌厮杀。在其他明军配合下，将这股倭寇击败。倭寇四散逃命，或逃到山顶，或逃向密林深处。明军在后穷追不舍，日落时分战斗方结束。此役“共斩获倭级一百七十七颗，收回被掳男妇三千余名”；明军无一伤亡。
  从王仓坪败退下来的数千倭寇，一味地向南逃窜。二月十二日，七八千倭寇逃至漳浦县境内，在蔡丕岭据险结巢，并与城中奸细勾结，约定在数日后夺取漳浦。同日，福建巡抚谭纶亲至明军大营，召集各营将官会议，部署追歼残倭行动。十五日，谭纶、戚继光统兵进抵漳浦，当日夜间即行分布哨道，并定在十六日发起进攻。这一次的兵力部署是：
  以坐营把总陈濠领陈禄、陈文澄、张元勋各部兵为中哨冲锋，而吴景督之；以北路守备王如龙领杨世潮、丁茂、朱九龙各部兵为左哨正兵，而以金文通督之；以百户方伯、楼大有并游击李超领蒋伯清、胡世、耿宗元、暴以平、胡仲皋（膏）各部兵为右哨奇兵，而以王辅督之。合后则以陈远、娄子和、施观定，南路陈仓、扬世、滕易、俞一和各兵扎营山上，以备策应。
  十六日晨，明军各路人马开始行动。明军一部先登上倭巢后面的高山。俯瞰山下倭巢，如在锅底。山中峭壁如削、林木茂盛，山下蕉林遍地、荆棘丛生，到处布满了倭寇伏兵，极不利于作战。见此情形，明军主力只得对谷底倭巢进行强攻。就在明军通过蕉田时，倭寇伏兵四起，明军奋起格杀，血战良久，未有丝毫进展。戚继光手刃退缩之兵数人，各兵返身再战。张元勋一马当先冲入敌阵，部下一齐跟进，才将这股倭寇击败。另一股倭寇则对明军设在山上的老营发起攻击，企图威胁明军后方。明将陈远、娄子和等针锋相对，拥众下山，对来袭之敌发起反击，倭寇又遭败绩。此时，明军各部占据山岭，对山谷中的倭寇形成了合围之势，敌人败局已定。尽管处在明军包围中的数千倭寇多次四散突围，但一次又一次被严阵以待的明军挡了回去。不久，倭寇便气消胆夺，丢盔卸甲，逃入林莽深处；明军则各持短刀，入山搜剿，歼敌无数。蔡丕岭之战结束。数日后，残倭逃向广东，福建倭患终告平息。
  仙游之战，以及后来的王仓坪、蔡丕岭战斗，是谭纶在继平海卫大捷后所指挥的又一次重大战役，也可以说是福建平倭的最后一役。在仙游，明军以寡敌众，连克四大倭巢，大破倭寇于仙游城下；稍后乘胜追击，围剿残寇，终于在王仓坪、蔡丕岭两地将倭寇彻底击溃。连战皆捷，战果赫赫。在这一系列的战斗中，明军水陆官军先斩获倭寇首级2017颗；而被烧死、被鸟铳打死、堕崖而死及溺死无法获取首级者，尚有3000余人；救回被掳去的百姓5000余人。作为福建明军主帅的谭纶，其战斗计划之周密，部署之完备，节制之分明，在文臣出身的武将当中确实非常少有。这充分显示了他卓越的军事才能和精湛的指挥艺术。当然，福建明军三战三捷，和戚继光的英勇善战、善于临敌布阵也是分不开的。
  嘉靖四十四年（1565）夏天，广东总兵俞大猷、参将汤克宽消灭侵扰惠州、潮州一带的倭寇2万人。稍后，戚继光也率军进抵广东，与俞大猷共同抗倭。这年十月，戚、俞两军在福建、广东交界的南澳岛，一举攻破倭首吴平的老巢，消灭了倭寇主力，焚毁倭船近百艘；吴平投海自杀。至此，东南沿海的倭患基本平息。明朝中叶持续了数十年的抗倭战争，终于取得了彻底胜利。
  大规模的抗倭战争结束后，福建全省已是满目疮痍，民生凋敝，黎民百姓步履维艰。这时迫切需要解决好战争善后问题，给百姓一个休养生息的机会，以便在尽可能短的时间内治愈战争创伤，恢复和发展地方经济。作为福建巡抚的谭纶，不仅在军事上有运筹帷幄、决胜千里之功，而且能下察民情、妥善处理因长期战乱而产生的各种经济社会问题。在善后问题上，他有自己的通盘考虑。
  早在嘉靖四十二年（1563）五月，谭纶便向朝廷呈上《倭寇暂宁条陈善后事宜以图治安疏》，提出了自己关于处理福建善后问题的十二条建议，其内容涵盖了军事、吏治、赋税等方面。在军事方面：力主恢复景泰年间（1450-1456）设置但久已荒废的五水寨，以控制外洋，加强海上防御力量；把久经战阵、长于陆战的戚家军分为上下两班，使其作为“客兵”镇守福建；推荐戚继光充任福建总兵，并选调有勇有谋、战功卓著的将领出任南、北、中三路守备，以及五水寨把总；责成各府县团练本地乡兵，务使“人人善战，县县皆精”，最终达到议罢客兵的目的等。在吏治方面：认为“为政在于得人，见贤乃可授任”，主张选用有德有才、熟悉闽省情况的官员充任地方官，对于才力不济、贪污不职的官员予以罢斥；明确各级文武官吏的职守，如规定失陷城池者应按律论罪等。同时，他对闽省的财政、赋役也给予相当程度的关注。由于福建各地长期受到倭寇侵袭，战乱频仍，因而大批百姓流离失所，村落变为废墟，大量土地荒芜，经济遭到了极为严重的破坏，已经到了民穷财尽的地步。这种情况下根本无力缴纳各种赋税，无力负担庞大的军费开支。谭纶在奏疏中就此提出了乞钱粮、缓征课、蠲租税、复额粮四条建议：一是建议朝廷调拨两淮盐课银、两浙盐课银、两广椒木银等项共银20万两，用于弥补福建军费之不足；二是缓征课税；三是蠲免田赋，为期三年；四是恢复军粮旧额，以足军需。这些建议都为朝廷所采纳，并依议施行。
  （摘自胡长春著《谭纶评传》第三章平定福建倭患）