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九十九溪全长49.33公里，流域面积350.8平方公里，在县境内长20公里，流域面积137平方公里，是晋东平原重要的灌溉河系。 九十九溪有两源，分别源于南安县大旗尾山和黄山骆驼岭，向东流经内坑、磁灶，在洋宅附近的双溪口汇合称为磁灶溪（梅溪）；再流经池店、陈埭等乡镇，在双沟与金鸡引水河道相接，向北经溜滨水闸入海。 九十九溪年径流量为2.01亿立方米，支流有崎溪、前埔溪、塘埔溪、倒桥溪、下灶溪和紫湖溪等。由于九十九溪集雨面积大，汇集支流多，河床浅窄，土质多为轻壤土，汛期排泄不及，往往造成洪涝灾害。九十九溪流域已建新垵、东山、紫湖、五道、后望坑、桂山、埔坑和紫溪等水库。 九十九溪历史上是晋江、南安水上交通要道。史书记载：“船只往返于梅溪之上”，“白石九十九溪水，出清洋坡，历大桥，及沿江斗门经此通烟浦埭，抵溜石六里陂入海……”。