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民国以前安溪未设专门卫生行政机构。民国24年（1935），县城复新街成立县立平民医院，谢尚忠为主创办。县内卫生行政由县民政科兼管，27年2月，县内卫生行政由县卫生院兼行，仍隶属民政科。 1949年9月，安溪县人民政府设民政科兼管卫生行政。1952年7月设立安溪县人民政府卫生科，主管全县卫生行政工作。1961年8月，卫生科改称卫生局。1968年9月，卫生行政机构并入县革委会生产领导组。同年12月，生产指挥处下设卫生组，负责全县卫生行政工作。1969年3月，县医院、县防疫保健站、县医药公司、城厢卫生院合并，成立安溪县人民医疗服务站革命委员会，统辖全县卫生医疗单位。1970年8月更名为生产指挥处卫生局。1972年10月，改称安溪县卫生局。1990年，县卫生局内设人秘股、医药政股、计财股等三个股室，配备干部12名。