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南安市财政局1989年，南安县财政局为正科级政府机构，内设机构有秘书股、预算股、综合股、会计股、工交股、商粮股、农财股、乡财股、事业股、外经股、农税股和南安县经济开发公司，挂靠机构有县政府控制社会集团购买力办公室。1994年6月，增设国有资产管理股。1997年，增设清产核资办公室和农业税收稽查队。1998年，挂靠国资股设立国有资产管理办公室。1999年4月，挂靠设立市政府采购委员会办公室，2000年2月更名为南安市政府采购中心。2002年市政府机构改革后，财政局内设机构有办公室、预算科、综合科、行政事业单位财务科、社会保障科、外经科、企业科、农业科、农税科、监督检查科、会计科、统计评价科，挂靠机构有市政府控制社会集团购买力办公室、市国资办、市政府采购办、市政府农业综合开发领导小组办公室，局机关行政编制23名、事业编制41名。2003年4月，增设经济建设科、国库科。2004年9月，设立南安市会计核算中心。2005年，设立南安市契税征收管理所，增加事业编制3名。2006年6月，重新设立国有资产管理科，并增加行政编制1名。
  南安市会计核算中心2004年9月设立，是市财政局所属的副科级事业单位，行使集中管理市直行政事业单位经费的职能，内设综合股、内审股、资金股、核算股，人员编制35名。2008年，机构、编制不变。