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一、林业执法
  1999年，成立南安市公安局森林公安分局，人员编制7人。森林公安贯彻“打防结合、预防为主、加强教育、严格管理”的方针，开展林业政策和林业法律法规宣传，防控和制止毁林开荒、乱占林地、破坏植被等行为，打击哄抢、盗伐和滥伐林木的违法活动，打击猎杀、倒卖和走私国家重点保护野生动物行为。至2008年底，森林公安机关共受理各类森林案件2159起，其中森林刑事案件立案189起（刑事起诉178起205人）、行政案件1970起；森林公安多次开展专项整治行动，捣毁非法出售、贩卖野生动物窝点76个，检查酒楼饭店272家，收缴野生动物和鸟类350多只、蛇类180多条，罚款100多万元，挽回经济损失300多万元。
  二、森林防火
  （一）森林防火联防
  1989年，贯彻落实国务院1988年发布的《森林防火条例》，南安县与毗邻的同安区、长泰县、龙海市、安溪县，集美区等6个地区成立厦漳泉护林防火联防委员会，建立森林防火联防机制。1996年，增加龙文区、海沧区、翔安区和招商局漳州开发区4个地区作为联防单位。市内的洪梅镇、洪濑镇、罗东镇、丰州镇与毗邻的鲤城区实行森林防火联防。
  （二）防火队伍
  1992年，县森林防火指挥部设立办公室，配有事业编制工作人员2人。1999年人员编制增加到3人。
  2003—2008年，在南金林场、罗东林场、乐峰印山林场、金淘虎耳林场及官桥镇、水头镇建立6支市级专业扑火队伍，在其余乡（镇、街道）组建半专业扑火队伍，每支扑火队伍30人以上，配备扑火器材。在各个乡（镇、街道）建立巡山护林联防区，每个联防区至少由3个村（居）委会组成，每村配备1—2名护林员（联络员），形成联防责任圈。
  （三）防火措施
  1997年，贯彻“预防为主，积极消灭”的防火方针，试行森林火灾处理预案，实行乡（镇、街道）领导人森林防火责任制和责任追究制度。
  2002年，针对林区草木繁盛、生产性用火增加、清明扫墓祭祀活动频繁等因素导致森林火险等级提高的新情况，把每年9月至次年4月确定为森林火险高发期。当年起在火险高发期，广泛开展森林防火宣传，建立和执行林区防火村规民约，落实防火责任制，严格管理野外用火。
  截至2008年，全市建立生物防火林带1900千米。在林区设立一批林场瞭望台、防火检查点和火情预测预报监控点。
  三、森林病虫害防治
  （一）防治机构
  1989年，成立南安县森林病虫防治检疫站，建立检疫检验室，专职检疫员3名、兼职检疫员26人。1999年，在镇、村设立100个森林病虫害固定测报点。2001年，市防治检疫站被国家林业局确认为“森林病虫害防治检疫标准站”和“国家级森林病虫害中心测报站”。2002年1月，成立南安市重大森林病虫害防治与防范工作指挥部。2007年5月，上述两个单位合并为“南安市重大动植物疫情防治指挥部”。
  （二）防治
  1989年，开展森林病虫害调查。南安森林病虫害种类有30多种，病害主要有马尾松的松材线虫病、松针褐斑病、赤枯病、落针病和煤烟病，杉木的炭疽病和细菌性叶枯病，油茶的炭疽病，毛竹的枯梢病；虫害主要有马尾松毛虫、松突圆蚧、松墨天牛、黑翅土白蚁、毛竹叶螨、红棕象甲、松针金龟子、松梢小卷蛾、杉木小卷叶蛾、杉天牛、松梢螟、星天牛、竹蝗等。危害最大的是松毛虫和松突圆蚧。
  1990年起，县森林病虫害防治检疫站应用先进的森林检疫技术，常规开展森林检疫监管和执法工作，防范有害生物危害。产地检疫加强无危害病虫种苗繁育基地建设和苗木出圃前的检疫防治，杜绝带病、带虫苗木上山造林；调运检疫加强对境外调入的森林植物及其产品的检疫管理，防止境外疫情传入。产地检疫率和调运检疫率均在95％以上，成灾率控制在4‰以下。
  1991年，落实“预防为主、科学防控，依法治理、促进发展”的方针，在乡（镇）建立“林业有害生物防治责任制”，林业有害生物监测率和有效防治率均在85％以上。
  1992年后，防治常规性林木病虫大多以化学防治和生物防治为主。应用南安市白僵菌厂生产的白僵菌防治森林病虫害，效果显著。
  2001年，采用林分皆伐改造、引进花角蚜小蜂生物防治、打枝间伐等措施，在东田、英都、翔云、洪赖、丰州、官桥、水头、石井等8个乡（镇）和国有罗山林场防治松突圆蚧20万亩。
  2006年在溪美莲塘、霞美等部分苗圃打药防治红棕像甲虫。
  2008年在丰州、水头采用林分皆伐改造为主，及挂设松墨天牛诱捕器等措施防治松材线虫病928亩。