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明清两代，县设有医学训导1员，管理全县的医学。
  民国24～26年（1935～1937年），创建惠安县戒烟院，主管戒烟（鸦片）、戒毒事宜，兼行卫生行政职能。
  中华人民共和国成立后，县人民政府设卫生科、局，管理全县医政。1949年9月，接管原惠安卫生院，改称惠安县人民政府卫生院；1952年10月，接管仁世医院，并入惠安县人民政府卫生院。
  1951年始，把私人诊所组织起来，在其所在地成立联合诊所。至1957年，全县有联合诊所18家。1958年，这些联合诊所改组为公社保健院。此后，随着体制的改变，先后改称为公社卫生院、乡（镇）卫生院。社会上仅存的个体开业医，大多数为镶牙生、牙技士以及一技之长者。
  60年代，县在农村建立村级卫生组织—村卫生所。“文化大革命”期间，发展为由大队、生产队、个人三者集资开办的“合作医疗站”，实行合作医疗制度。1981年以后，合作医疗制度逐渐消失。1987年2月，在全县各乡镇普遍开展对村级卫生组织的整顿。5月，整顿工作基本结束，共建立村卫生所395个；经考试合格的乡村医生273人、合格的卫生员317人、合格的接生员185人。
  1962年3月，县卫生局对个体开业医实行考试，合格者239人，给予发证。1982年后，经多次清理整顿，考试合格和符合免试条件者475人。1985年后，获《开业医生许可证》者249人，获《开业医生暂准证》者82人。
  1989年，全县有公立卫生部门8个、工业及其他部门的医疗机构29个、集体所有制卫生机构18个、村及个体设置的医疗点745个。