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1949年9月12日，惠安县人民政府成立。下设秘书室、民政、财粮、建设、教育、司法、工商6科及公安局。10月，设立省盐务管理局山腰分局。11月，撤销财粮科，分设财政科与粮食科。
  1955年12月，县人民政府改称为县人民委员会，下设办公室，民政、人事、侨务、财政、商业、文教、卫生、农业、林业、水利、水产、工业、手工业管理、计划统计、移民15科和公安局。
  至1966年5月“文化大革命”开始前，县人民委员会下设办公室、支前办公室、民政科、公安局、人事科、编制委员会、监察局、华侨事务科、档案馆、财政科、税务局、工商行政管理科、粮食局、商业局、供销合作社、文教科、卫生科、计划生育办公室、农业科、林业科、水利电力科、惠安菱溪水库管理局、水产局、水土保持委员会办公室、机关事务管理科、交通科、盐场管理处、计划委员会、物价委员会、统计局、劳动科、物资局、建设山区精简安置办公室、建设局。
  1968年11月，县革命委员会成立，总揽全县党、政、财、文权力。下设办事组、政治组、生产指挥组，以及政治组所属的人民保卫组、组织组、宣教组，生产指挥组所属的民政卫生组、财贸组、农林水组、工交组、计划基建组。12月，设立县革委会斗批改办公室。1970年，中共惠安县委会成立，县革委会基本上行使原县人委会职能，县委与县革委会合署办公。
  1973年以后，设置、撤并县革委会的一些工作机构。至1976年10月设立县革委会办公室、商业局、粮食局、水产局、物资局、交通局、计划委员会、卫生局、税务局、工商行政管理局、水电局、财政局、农业局、林业局、工业局、建设局、盐业管理局、手工业管理局、民事组、公安局、体委会、直工组、畜牧业办公室、知识青年上山下乡办公室、工业交通办公室、财贸办公室、农林水办公室、文教办公室、计生办公室、支前办公室。
  1981年2月，取消县革命委员会，恢复县人民政府。5月，实行党政分开，县委和县人民政府分开办公。县人民政府下设办公室、支前办、民政局、人事局、编制委员会、侨务办、公安局、司法局、财贸办、财政局、税务局、工商局、粮食局、商业局、供销合作社、文教办、教育局、文化局、卫生局、计生办、体委会、科技委员会、农业委员会、农业局、林业局、水电局、公社企业管理局、水产局、水土办、畜牧办、农业区划办、农业机械局、经济委员会、工业局、二轻局、盐管处、计划委员会、物价委员会、劳动局、知青办、统计局、物资局、基本建设委员会、基建局、建筑工程局、建筑工人管理局、建筑材料管理局、城市建设局、进出口办、外贸局、援外办。
  1989年12月，县人民政府下设办公室、计划委员会、经济委员会、农业委员会、财贸委员会、科学技术委员会、监察局、审计局、档案局、土地管理局、地方志编委会、二轻局、建设委员会、建筑管理局、林业局、水产局、乡镇企业局、财政局、供销合作社联合社、工商行政管理局、体育运动委员会、对外经济贸易委员会、公安局、司法局、粮食局、交通局、经济体制改革委员会、老干部管理局、老区办公室、教育局、文化局、卫生局、水电局、劳动局、统计局、物资局、计划生育委员会、区划办公室、水土保持办公室、编制委员会办公室、侨务办公室、国家安全局、信访局、城乡建设局、第二轻工业局。