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民国期间，先由民政科后由卫生院管理卫生行政工作。新中国成立后，卫生行政归文教科兼管，1952年设卫生科专管。医政、药政和公费医疗由卫生科（局）管理。
  第一节 医政管理
  民国后期，开业中、西医办理执照须经卫生院签署意见而后呈省卫生厅审批，合格者发证。开业执照分甲、乙、丙三种．医学院校毕业的发给甲种执照，非医学院校毕业的老中、西医或学徒出师多年的发给乙种执照，家传或自学面经考试合格的发给丙种执照。
  1950年，号召社会医生走合作化道路，采取自愿申请、政府批准、医生个人集资的办法，在城乡成立集体所有制的联合诊所．1958年，全县8个公社均成立集体所有制的卫生院，工资级别比照国家卫生技术人员的标准。
  1960年初，“三权”（人权、财权、管理权）下放到基层卫生院，产生不少弊病病，1962年“三权”收归卫生科。1963年后，个体医生经考试合格由卫生科审批并发给《永睿县医药人员临时执照许可证》，准许在一定范围内行医。到1966年，34名各种科别的个体医生领到许可证。
  1968年，“工人阶级宣传队”进驻永春县医院，取代党政领导。1969年以后的“斗、批、改”中，县医院、防疫站（临时合称县人民卫生防治院）有19名医务人员下放到基层单位。
  1979年，为解决中医队伍后维乏人的问题，经省统一命题考核，永睿吸收在集体医疗单位工作和分散在社会上的中医药人员10名，到公立卫生机构工作。1980年至1982年，全县晋升和评定职称的医务人员93名。1982年后，两次对申清开业的中医、青草医等进行考核，合格者发给营业执照，准其在一定的范围内行医。
  第二节 药政管理
  1950年，开始禁止贩卖，使用麻醉、剧毒药品。医院的麻醉药品由上级定量分配，按规定管理。此外，对游医、药赈作经常性检查，凡出售伪劣药品的，给予没收、销毁、教育，退欲、罚毅等处理。
  1969年和1974年举行两次中草药展览，交流使’中草药的经验，并在全县大力推广采，种，制，用中草药。1972年，达埔，五里街等卫生院相继开办制药厂，生产中成药。产品有片剂、水剂、酊剂、粉剂等各种剂型，供本院使用。1978年后，各卫生院的制药厂均先后撤销，中医处方用药计量改为以公分（克）为单位，每钱合3.3公分。
  1984年8月，查出假药红参、天麻、党参等18种。1985年7月1日实施《药品管理法》。同年8月，对经营医药商品的单位进行大检查，清查出正在出售的伪劣变质和淘汰药品242种，并予以销毁，其中假药7种，淘汰药42种价值8300元。另有11种药品封存待处理，价值1.41万元。1986年10月，检查64个单位，查出并销毁假劣药材17种。1987年5月，检查142个单位，查出并销毁假劣药品367种。
  1985年12月，举行药工考试，经营药品的国营商店职工、药工等169人参加考试，86人获得药工人员许可证。1986年5月，按省府通知，医药行政领导归属县财贸办公室，并成立县医药行政管理办公室。
  第三节 公费医疗管理
  1952年起，在干部、职工中实行公费医疗制度，每人每月预拨医疗费2.5元。超支部分年终上报，经县卫生科，财政局汇总审核，由财政局拨款补足。1984年，对公费医疗制度进行改革，实行包干制，超支部分不予拨补。行政，事业单位按每人每年48元至60元范围内报销。干部、职工因患危重或疑难疾病须住院治疗的，经所在单位及医生出具证明，卫生局批准后，其住院治疗费用由县卫生局结算拨款，不包括在定额之内。