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石狮地区三面临海，是祖国海防的前哨。建市前，祥芝、蚶江、永宁等地设置边防派出所，在晋江县公安局和边防大队的领导下，发动群众，组成军警民联防体系，进行反小股偷袭、反派遣、反走私、反外逃等边防保卫工作。
  1989年2月石狮市边防大队成立后，在中共石狮市委、市政府和上级公安边防机关领导下，狠抓部队建设，加强祥芝、蚶江、永宁3个边防所的力量，积极开展以反内潜外逃，海上反走私、贩私为重点的“五反”斗争，维护沿海治安秩序，把好祖国的边防大门。
  1991年，边防部门查获偷（私）渡往台案件4起27人、走私贩私案件30起。1992年，查获非法往台预谋案件3起、预谋偷渡日本案件1起。
  1993年，边防部门在强化军事训练、提高部队战斗力的前提下，开展以反偷（私）渡、反走私贩私、港口船舶管理为主要内容的边防管理工作，有效地维护沿海一带的社会治安。是年，破获偷私渡案件8起，查获走私贩私案件10多起，缉私总值160多万元。
  1994年，边防部门共破获偷私渡案件9起41人，查获海洛因5550克。在缉私工作中，边防部门以“统一认识，加强领导，协调行动，严肃法纪”为指导思想，充分发挥海上缉私专业队主力军和各边防派出所方面军的作用，形成对沿海走私贩私的打击网络，共查获走私案件10起，缉私总值283.4万元。
  1995年，边防部门共破获偷私渡案件3起79人，查破走私贩私案件9起，缉私总值500多万元，破获贩毒案件3起，缴获海洛因510克、“冰毒”30公斤。
  1996年，边防部门坚持部队建设和业务工作两手抓、两手硬、深入开展反偷私渡、反走私贩毒、反贩卖假币为重点的各项公安边防保卫工作，同时突出抓好基层基础业务建设，加强港口船舶管理，全力维护沿海地区社会治安的稳定。是年，边防部门共破获偷私渡案件4起138人，查破走私贩私案件44起，缴获走私香烟4628件，缉私总值1000万元人民币，没收广东籍“三无”走私铁壳船1艘；破获贩卖假币案2起，缴获假人民币110万元。此外，边防部门积极开展对出海船舶公安边防证件年度审验工作，共审验各类船舶1765艘、船民证5110本，审验率分别为98.2％和97.7％。
  1997年，边防部门围绕边防派出所职能转变，大力加强和改革边防派出所工作，不断提高边防防范管理和打击犯罪能力。一年中，边防部门共查破偷私渡案件4起141人；查获走私案件16起，缴获走私香烟1028件，总案值约160万元；查获台轮运载走私淫具案件1起，缴获淫具7件310盒；查破贩卖假币案件6起，缴获假人民币85万多元，并收缴渔民从海上拾到假人民币3起558万元；查破涉枪案件1起，缴获仿造“六四”式手枪1支、子弹12发；查破贩卖文物案件1起，缴获国家三级文物4件。全年共摧毁犯罪团伙16个，查破、协破各类刑事案件44起，查处治安案件176起，抓获各类违法犯罪嫌疑人633名，有力地维护石狮市沿海地区的安全与稳定。同时，边防部门按照上级边防机关部署，积极开展海上统一行动和海上常规管理，共出动船舶120航次，检查各类船只64艘次，查处违法违规船只7艘，在维护海上治安秩序方面发挥重要作用。边防部门还认真开展对出海船舶、渔船民的公安边防证件年度审验工作，共审验各类船舶2009艘、船民证6307本，审验率均达98.9％
  90年代以来，随着海峡两岸民间交往小额贸易的增多，台轮来往频繁。市边防部门在加强港口、航船制度化管理的同时，依法做好来靠台轮的管理、检查和监护，保障两岸民间贸易往来的正常发展。
  市边防大队组建以来，多次受省级以上单位的表彰，1996年被公安部边防局评为“缉枪缉毒”先进单位。永宁边防所、祥芝边防所和石狮市海上缉私中队也多次荣获集体三等功，受到省边防总队的表彰。