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1958年8月，中共中央发布《关于农村建立人民公社的决议》，9月成立石狮人民公社和祥芝红旗人民公社。
  石狮人民公社是由石狮镇、龟湖乡、永宁乡合并而成的，原有20个农业社，拥有水田13511亩，农地32029亩。参加公社的户数有15513户，人口66272人，其中农户8828户、人口42376人；劳动力26763人，其中农业劳动力12812人。1961年，社队规模调整，永宁从石狮人民公社分出，成立永宁人民公社，下设13个生产大队，不久又新成立7个生产大队，共有20个生产大队。1964年6月，从石狮人民公社析出成立石狮镇人民委员会，石狮镇与公社一级机构平衡。
  祥芝红旗人民公社由原来的13个高级联社，组成农、工、商、运、牧、副、渔相结合的综合性的人民公社，当时祥芝已是闻名遐迩的重点渔村，因此定名为祥芝红旗人民公社。参加公社的户数有9568户，人口46388人，其中农业户6287户，人口30729人；劳动力9207人，其中农业劳动力5043人。1959年，全公社由13个高级联社调整为23个生产大队。1961年6月，祥芝红旗人民公社划分为祥芝人民公社和蚶江人民公社，祥芝人民公社下设13个生产大队，蚶江人民公社下设14个生产大队和1个农场。
  人民公社实行“政社合一”管理体制，施行行政领导、计划生产、劳动调配、经济核算、供给分配等“五个统一”，工农商学兵“五位一体”，农林牧副渔综合经营，土地和其他生产资料无偿调用，不切合实际的高指标、浮夸风泛滥。1958年10月，宣称公社实行“供给制”，中共晋江县委在石狮人民公社搞所谓“十五包”试点，石狮人民公社从11月1日起实行“十五包”：包吃饭、包菜金、包穿衣、包缝纫、包洗衣、包工资、包理发、包抽烟、包托儿、包读书、包看戏看电影、包医疗、包结婚费用、包生育费用、包死亡埋葬。“大办食堂”，“吃饭不要钱”，1958年底，石狮人民公社办有“公共食堂”146个，食堂工作人员324人，在食堂吃饭的有65476人，占入公社人口98.8％。祥芝红旗人民公社办有“公共食堂”151个，食堂工作人员968人，在食堂吃饭的有46388人，占入公社人口100％。在公社化中，由于刮“共产风”、浮夸风和瞎指挥，违反客观规律，挫伤农民生产积极性，使农业生产受到严重影响。
  1961年，贯彻执行中共中央《关于农村人民公社当前政策问题的紧急指示》和《农村人民公社工作条例修正草案》，及时纠正“一平二调”等“左”的错误，调整社队规模，全面实行“三级所有，队为基础”（即人民公社、生产大队和生产队集体所有，以生产队为基本核算单位，单独经营，自负盈亏）的管理体制，适当扩大自留地，允许社员发展家庭副业。停办“公共食堂”，建立健全财务制度，落实粮食种植面积，减轻农民负担。对以往平调社员的财产、物资和资金，进行清算，组织退赔，有力地调动社员生产积极性。
  1964年，全国开展农业学大寨，石狮境内各地学习大寨人艰苦创业精神，大搞平整土地，精耕细作，兴修水利，农业生产得到一些发展。但是，在农业学大寨运动中，实行“政治评分”，同时，把社员经营的自留地和家庭副业，当作“资本主义尾巴”加以割除，农村多种经营受到抑制，集市贸易受到限制。
  1984年10月，石狮境内农村实行政社分开，撤销人民公社建制，建立乡、镇人民政府。石狮人民公社改为石狮乡人民政府，祥芝、蚶江人民公社分别改为祥芝、蚶江乡人民政府，永宁人民公社改为永宁镇人民政府。