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一、行政机构
  （一）县卫生局
  1988年，县卫生局设人秘股、医政股、卫生监督股、公费医疗办、药政股、计财股。
  1997年，县卫生局设人秘科、计财科、医药医政科（兼挂医疗机构监督办公室牌子）、卫生监督科和爱卫办。
  2001年，县卫生局取消药政科（单独成立药品监督局）和卫生监督科。2002年，药政、药检职能移交药监局；撤销公费办，将公费医疗职能移交劳动社会保障局；划入劳动局“职业卫生监督”职能。2004年，县卫生局成立药品不良反应监测工作协调小组。
  2007年，县卫生局设办公室、医政、卫生监督3个股室。
  （二）县药监局
  1988年，县卫生局设药政科，药检所。2001年，药政科析出，成立县药品监督管理局，为泉州市药品监督管理局的直属机构，规格为正科级，内设综合股、药品监管股、稽查股。对德化县辖区内药品、医疗器械研制、生产、经营、使用进行行政监督和技术监督。
  2006年9月，药品监督管理局更名为德化县食品药品监督管理局，增设食品安全监督股。
  （三）县爱国卫生运动委员会
  1988年，县调整充实爱国卫生运动委员会成员，副县长任主任，下设办公室（爱卫办），负责日常爱国卫生和创建卫生县城工作。1989年，编制增加。2004年，机构改革，调整为事业单位。
  二、县直卫生事业机构
  （一）县医院
  1988年，县医院有卫生技术人员130人。
  1998年，获评省“二级甲等综合医院”。2001年，与福建医科大学附属第一医院建立协作医院关系，不断选送医疗护理骨干到该院进修培训；与上海复旦大学附属中山医院建立电视卫星远程会诊系统，可在动态、实时、可视的情况下对疑难病症进行网上会诊，患者可获得上海、福州等地医学专家的服务。
  2007年，县医院设办公室、人事科、医务科、护理部、门诊部、药械科、院感科、保健科、财务科、总务科、信息科和7个病区，有卫生技术人员227人。
  （二）县中医院
  1988年，县中医院有卫生技术人员59人。
  1998年，获评省“二级甲等中医院”，并与省人民医院建立协作关系。1999年，调整为集体所有制卫生事业单位。
  2007年，县中医院设办公室、医务科等17个科室，有卫生技术人员112人。
  （三）县疾控中心
  1988年，县卫生防疫站有卫生技术人员25人。
  1990年，全县设兼职传染病管理监督员4人，检查员43人；16个乡（镇）卫生院设防疫组，172个村设卫生员，形成县、乡、村三级防疫网络。
  1996年，县防疫站设办公室、卫生科、防疫科、检验科、健康教育科5个科室。1997年，卫生部授予县防疫站“县级一等卫生防疫站”称号。1998年，获评省卫生厅计量认证合格单位。
  2006年，德化县卫生防疫站析分为德化县疾病预防控制中心（简称疾控中心）和德化县卫生监督所。疾控中心为全县预防医学领域多专业、综合性检测机构，以及卫生防疫业务技术指导中心。
  2007年，县疾控中心设办公室、综合防治管理科、财务科和传染病预防控制科、免疫规划管理科、卫生科、健康教育促进科、检验科，有卫生技术人员22人。全县各医疗卫生单位设有预防保健科，建立疾病预防控测信息报告管理体系，配备1～2名专（兼）职防疫人员，负责辖区内预防保健工作。
  （四）县妇幼保健所
  1988年，县妇幼保健站设妇女保健室、儿童保健室。1992年，更名为德化县妇幼保健所。1997年，在塔雁商园建妇幼保健综合大楼，设门诊、保健、检验、健康教育、出生缺陷监测、咨询等科室。
  2007年，妇幼保健所内设机构不变；先后获省“巾帼建功”领导小组授予的“巾帼文明岗”、全国妇联授予的“全国三八红旗集体”等称号。
  （五）县卫生监督所
  2006年，从原防疫站析出卫生监督科，建立卫生监督所，属卫生局下属事业单位，承担全县卫生监督执法工作。内设办公室、执法监督、稽查与卫生等4个科室。2007年，机构不变。
  （六）县公费医疗管理委员会
  1988年，德化县公费医疗管理委员会成立，副县长任主任，卫生局局长、财政局局长任副主任。下设办公室（简称公费办），负责具体业务。2002年，从卫生局析出，并入劳动与社会保障局。
  （七）县卫生进修学校
  1988年，县卫生进修学校在丁溪桥头建教学楼。1994年，成立乡村医生系统化教育培训函授点，挂靠在卫生进修学校。2007年，承担泉州医高专（卫校）德化教学点全日制中专教学和在职医疗技术人员以及乡村医生培训任务。
  （八）县卫生工作者协会
  1988年，农村卫生协会为卫生局下属事业单位。1995年，农村卫生协会更名为卫生工作者协会，协助管理基层卫生组织与社会医生，组织学术交流。2007年，县卫生工作者协会维持不变。
  （九）县药检所
  1988年，县药检所成立。2001年，县药品监督管理局成立，县药检所撤销。
  （十）县精神病医院
  1988年，县精神病医院有医疗技术人员4人。2004年，调整充实班子，更新医疗设备，配备化验室、心电图室。2007年，县精神病医院有医疗技术人员4人。
  三、乡（镇）卫生机构
  1988年，全县设水口、赤水、上涌等3所中心卫生院，分设盖德、三班、霞碧、雷峰、南埕、国宝、美湖、大铭、春美、汤头、葛坑、杨梅、桂阳13所乡（镇）卫生院。
  1999年，县对乡（镇）卫生院进行调整，对部分卫生院实行“托管”制度，国宝、大铭2所卫生院划归赤水卫生院管理，南埕卫生院划归水口卫生院管理，龙门滩（霞碧）卫生院划归三班卫生院管理，汤头卫生院划归上涌卫生院管理。
  2004年，全县保留水口、上涌2所中心卫生院，赤水卫生院改为普通卫生院。
  2007年，全县有2所中心卫生院，有医务技术人员32人；14所乡（镇）卫生院，有医务技术人员137人。
  四、村（社区）卫生所
  1988年，全县189个村共设立238个卫生所。其中村办32个，合办49个，个体办130个，乡卫生院设点10个，其他17个。
  1989年，部分村办、合办卫生所和医疗点逐步改制为个体经营。1993年，全县设立243个卫生所，其中村办4个，合办15个，个体办167个，乡卫生院设点12个，其他45个。
  2001年后，农村人口向城关聚集，部分村卫生所先后停办。2005年，加强村卫生所建设，全县28个空白村中有5个村新建卫生所，其余23个村分别与乡（镇）卫生院或邻村卫生所签订合同，实行兼管兼任，实现村村有卫生所。
  2007年，全县村卫生所200个，其中甲级卫生所77个。
  五、厂矿学校卫生所（室）
  1988年，德化一中、德化瓷厂、德化第二瓷厂、葛坑林场等学校、厂（场）办卫生所（室）共12个。1990年始，厂矿学校办卫生所室不断发展；至1995年，厂矿学校办卫生所（室）38个。1998年后，一些厂矿学校卫生所转为私人诊所。2007年，全县厂矿学校卫生所19个。
  六、私人诊所
  1988年，全县有个体诊所17个。20世纪90年代，国家放宽私营医疗机构创办条件，发展个体医疗诊所。2007年，全县有个体诊所36个。