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秦代，无诸建立闽越国，自称闽越王，这是历史上在福建建立的第一个地方政权。
  秦始皇二十六年（公元前221年）秦统一中国，随即派兵南平百越。大约在秦始皇三十三年（公元前214年），削去无诸王号，降为君长。秦置闽中郡，福建从此正式纳入中央版图，但秦王朝尚未派官设吏。秦末农民战争中，无诸率闽越军伐秦，后又佐汉破楚，因功受封赏者多人。汉高祖“复立无诸为闽越王”，无诸建立的地方政权得到中央承认。汉初，无诸的闽越国与朝廷保持和睦尊奉关系，推行积极吸收中原先进科技文化的政策，在今福州建都城----冶城。“闽之有城自此始”。闽越国推广使用铁器工具，发展农业生产。无诸时代，闽越国国力强盛，逐渐成为东南地区最强的封国。闽越族实行宗族统治。无诸后裔郢和余善先后继位，“举兵侵凌百越，并兼邻国”，陆续侵占南海国和东瓯国地盘，与汉王朝发生冲突。汉武帝建元六年（公元前135年）八月，闽越王郢举兵于冶南（今闽南地区），进犯南越边邑。武帝下令兴兵讨伐闽越，郢派兵扼险拒汉。郢弟余善与宗族合谋杀郢求免，武帝即命退兵，封未参与谋乱的无诸孙繇君丑为越繇王；后不得已，又封余善为东越王，“与越繇王并处”，福建出现两王并存的局面。元鼎六年（公元前111年）秋，余善起兵反汉。汉武帝发四路大军包抄出击，直逼东冶和闽北。元封元年（公元前110年）冬，汉军攻占东冶，繇王居股等合谋杀死余善，降汉军。汉武帝以“东越狭多阻，闽越悍，数反复”为由，下令将闽越军民迁往江淮间安置。
  闽越国灭后不久，“有遁逃山谷者颇出，自立为冶县”。汉昭帝始元二年（公元前85年），正式承认冶县。这时东冶人口不满万户，朝廷未派县令，将其划属会稽郡；汉廷增派一名东部都尉，并将尉治设在冶县，实行军事管制。东汉初，东部都尉治所迁章安（浙江回浦），留其下属“候官”驻镇冶县。东冶改为东候官，简称候官。永和六年（141年），又在冶县设南部都尉，专管冶县。
  汉建安八年至三国•吴太平二年（230〜257年），吴国曾先后五次对福建用兵，打败“山越”和地方武装，占领福建北部。孙权遂将会稽南部都尉移至建安（今建瓯），并于建安十二年（207年）前，相继设置建平（今建阳）、建安（今建瓯）、汉兴（今浦城）、南平四县；加上原有的候官（福州），福建共有五县。永安三年（260年），吴国在闽设立建安郡，郡治在建安。吴国以福建为造船与航海重要基地，将“公私苛乱者，悉投于此”，即把犯人迁来福建，充当造船苦役。据记载，景帝时（258～263年），在东冶置典船校尉，负责造船；天纪年间（277〜280年），孙皓设“温麻船屯”，征集工匠，建立更大规模的造船基地，制造各类船只。
  晋统一全国后，于太康元年（280年），在吴所置的建安郡地增设晋安郡，下辖候官、原丰、晋安、罗江、温麻五县。太康三年（282年），严高任晋安太守，因嫌冶城地势局促，动工修建郡城，设有五门、十二桥，规模大于冶城，后世称为子城。他推广中原先进生产技术，大力兴修水利，开凿东湖和西湖，分别引导东北和西北诸山溪水灌溉农田。这是当时最大的水利工程。
  西晋末年发生“永嘉之乱”，北方士族和百姓纷纷入闽。据记载，“衣冠入闽者八族，林、陈、黄、郑、詹、邱、何、胡是也”。他们多在闽北建溪、富屯溪、闽江下游以及晋江沿岸交通方便、土地肥美的地方“占籍”。东晋末，卢循率农民起义军由永嘉入晋安（今泉州南安），起义失败后，“余种悉遁入闽”，散居沿海地区，从事造船、航海、捕捞。北方汉人大批入闽，为福建的开发做出贡献。同时人口激增，郡县也相应增设。南朝梁天监中（502～519年），又从晋安郡分出南安郡。陈永定时（557～559年），陈武帝为满足陈宝应的欲望，特设“闽州”以羁縻之。于是，福建产生历史上第一个省级建制——“闽州”。