福建省图书馆

明朝在全国统一之初，同样设行中书省。洪武九年（1376年），罢行省，并废平章政事、左右丞等官职，设承宣布政使司，改参知政事为布政使左、右参政。
  承宣布政使司之布政使，是朝廷派驻地方的代表，执行朝廷政令，但职权仅限于民政和财政。洪武十四年（1381年），增设左、右参议；后改左、右布政使为布政使司行政首脑。左、右布政使从二品，左、右参政从三品，左、右参议从四品。下设经历司经历一人，从六品；都事一人，从七品；理问所理问一人，从六品；副理问一人，从七品。
  鉴于元末“吏治纵弛，民生凋敝”，明太祖朱元璋为了改革吏治，于洪武元年（1368年）于各道置提刑按察使司。洪武十五年（1382年），全国府、州、县普遍置按察分司；二十九年（1396年），又在全国41个重点道中设按察分司，福建的建宁道、福宁道均设。建文年间，改为十三道肃政按察司；永乐初复旧，永乐五年（1407年）增设按察司佥事，按察司始设监司之职；以后各省或置或罢不一。永乐年间，钦定布政使司右参政、右参议分守各属府、州、县；按察司副使、佥事则分巡各道。
  提刑按察使司设按察使一人，正三品，副使正四品，佥事正五品，均无定员；经历司经历一人，正七品。按察使掌一省刑名、按劾之事，纠官邪，诘强暴，雪冤枉。副使、佥事分掌提学、兵备、抚民、巡海、屯田、水利、治河、驿传等政事。
  为了对付倭乱和海警，嘉靖二十六年（1547年）后，朝廷命都御史巡抚浙江兼管福建福兴建宁漳泉海道地方提督军务，后又多次设置类似官职。嘉靖三十六年（1557年），因倭寇连年侵犯东南沿海，又专设提督军务兼巡抚福建地方都察院都御史，以统辖全省，驻于福州，从此即为定员。
  此外，都转运盐使司亦省属行政机构之一，设转运使一人，从三品；同知一人，从四品；副使一人，从五品；判官无定员，从六品；经历司经历一人，从七品。万历三年（1575年）后，又增设漳泉分司。再者，还设盐课提举司，设提举一人，从五品；同提举一人，从六品；副提举无定员，从七品。另设各场盐课司大使、副大使。
  福建市舶提举司，设提举一人，从五品；副提举二人，从六品。洪武年间，为防御倭寇而行海禁，罢市舶提举司；永乐元年（1403年）复置；嘉靖元年（1522年），又罢福建、浙江二市舶司，仅留广东市舶司。
  此外，明朝还设提督学道，由按察司副使、佥事兼。
  南明隆武政权建立，福州曾作为唐王朱聿键的帝都，一年后隆武帝被害。福建虽有多支抗清武装均打着隆武的旗帜号召人民，但已不存在实际的政权。