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1999年，省统计局成立依法行政工作领导小组，根据《中共福建省委关于依法治省的决定》、《福建省人民代表大会常务委员会关于依法治省的决议》和《福建省人民政府关于依法行政的实施规划》，制定《福建省统计局关于依法行政的实施规划》，同时制定2002—2005年《福建省统计局关于依法行政的实施意见》，确定全省统计系统推进依法行政的总体目标、主要任务、具体措施和实施步骤。
  1.完善行政法律制度。从2000年起，相继制定《福建省统计局工作规则》、《福建省统计工作人员职业道德规范》、《福建省统计工作人员行为规范》及其实施细则，以及《福建省统计原始记录、统计台账设置管理办法》；为强化对统计调查项目的审批和管理，制定《福建省统计调查项目审批管理规定》，《福建省统计违法案件备案规定》，完善地方统计法规，形成符合省情的统计行为规范体系。
  2.加强统计法制队伍建设。2000年10月，省统计局在福州举办一期统计行政执法人员业务培训班，来自全省各地的100多名统计行政执法人员参加培训，系统学习统计执法技巧和办案知识。2003年省统计局结合全省行政执法人员资格考试，举办三期统计行政执法人员业务培训班，300多名即将上岗的统计行政执法人员参加培训，系统学习统计执法技巧、统计法基础知识和有关法律法规。
  3.坚持依法行政。2000年5月，制定《福建省统计系统2000年依法行政工作意见》。进一步规范统计执法行为，制定从举报、立案到调查处理的统计违法案件查处程序，统一全省统计法律文书格式。结合机关效能建设，逐步建立起行政执法公示制度，增强工作透明度。在统计违法案件处理中，推行案件调查、审理、听证相互分离，确保统计违法案件处理公开、公正。
  2002年4月，省统计局被省依法治省领导小组确定为全省行业依法治理五个试点单位之一。7月，省统计局印发《关于开展统计执法规范化检查工作的通知》，决定在全省统一组织开展以统计行政执法基础建设、制度建设和统计行政处罚工作为主要内容的统计行政执法规范化检查。检查工作经过动员及自查阶段、评查阶段、总结阶段等三个步骤，至12月结束。
  2004年，省统计局成立行政许可项目清理工作小组，按照《行政许可法》的要求，对《统计证》、涉外社会调查管理等统计行政许可项目进行清理，进一步规范申请、受理、审核、考试、发证等相关的行政许可程序，加强和完善相关配套制度建设。将有关统计法律法规、“两证”办理规定、涉外调查审批办法、行政处罚及统计行政复议程序等通过统计信息网、政务网进行公开。2004年7月，省统计局被福建省依法治省领导小组评为1998—2003年依法治省工作省直机关先进单位。
  2005年，继续做好行政许可的清理工作。经审查清理，确认统计从业资格认定、涉外调查机构认定和涉外调查项目审批等三项统计行政许可项目，保留政府统计调查项目审批和《统计登记证》二项行政审批、备案项目。省统计局在政法处专门设置统计行政许可受理窗口，规范行政许可工作。
  从1999年制定《统计行政处罚听证程序试行办法》开始，省统计局逐步建立案件调查与审核定案分离制度、案件听证工作制度、罚款收缴分离制度，统一设置使用40多种统计法律文书，规范全省统计执法工作。