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部门统计是指各主管部门为完成各自的部门管理职能而开展的统计调查活动。90年代以后，部门调查项目大量增加，出现调查项目之间重复、矛盾，调查方案设计简单、粗糙以及调查结果相互矛盾等现象，冲击和干扰了政府综合统计工作，加重了基层负担，降低了调查对象的配合程度。为此，1999年10月27日国家统计局以第4号令颁布《部门统计调查项目管理暂行办法》（以下简称《办法》），据此，省统计局印发《关于贯彻实施〈部门统计调查项目管理暂行办法〉》的通知。同时，制订《部门统计调查项目审批及备案程序》，要求部门统计调查项目向省统计局送审及备案时，需备齐以下文件：以部门名义发出申请审批或备案的公函和《福建省部门统计调查项目审批（备案）登记表》（一式两份）；调查方案和表式。包括总说明、报表目录、基层表式、综合表式、统计标准和分类目录、指标解释、逻辑关系及抽样方案（针对抽样调查）等。应明确表述调查目的、调查对象、统计范围、调查方法、调查频率、填报要求、报送渠道、时间要求等相关文件。包括新建立该调查项目的背景材料、重大调查项目的研究论证材料及试点报告等。省统计局在收到部门和单位正式申请报告和《福建省部门统计调查项目审批（备案）登记表》及完整的资料后，在20个工作日内完成审批，在5个工作日内完成备案，完成时间以复函时间为准。经审批或备案后的统计调查，必须在统计报表的右上角标明法定标识。未标明法定标识的统计调查作为非法统计调查处理。法定标识包括：（1）表号（制表机关对所发报表的统一编号），（2）制表机关，（3）批准机关/备案机关，（4）批准文号/备案文号，（5）有效期截止时间。同时，要求部门收到复函后，在20个工作日内将布置调查的正式文件、调查方案和调查表式送达政府综合统计机构，及时进行公文存档。
  2003年6月，省政府办公厅发出《关于加强和规范部门统计工作的通知》，提出：要做好部门统计调查项目清理，依法整合和管理统计调查，加快统计制度方法改革。依法强化政府综合统计工作职能，完善统计信息报送和共享机制，加快统计信息自动化建设步伐。8月，省政府召开全省部门统计工作会议，省委常委，常务副省长黄小晶、国家统计局总统计师李强到会讲话。会上部署部门统计调查项目清理工作。
  2004年，部门统计调查项目清理工作全部结束。结果：（1）无统计调查项目的部门有29个。（2）只执行国家部委统计调查项目的部门有45个。共有204项统计调查项目，1058种报表。其中：30个部门执行的统计调查项目均经过国家审批或备案；15个部门只有部分统计调查项目经过国家审批或备案，部分项目则超过有效期。（3）执行省级部门制发的统计调查项目的部门有39个。其中30个部门还同时执行国家部委的统计调查项目。在这39个部门中，有17个部门的统计调查项目经省统计局审批或备案。（4）自行废止部分统计调查项目的有5个部门。经过清理工作，省重点办、省公路管理局等部门到省统计局履行报批手续，取得审批、备案文号。同时，经审核认定，符合规范要求的省级政府统计调查项目在福建统计信息网（www.stats-fj.gov.cn）等媒体上公布，此后，省统计局按季在福建统计信息网上公布经省统计局审批备案的部门统计调查项目。