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福建省科技统计主要由省统计局和省科技厅执行相应的统计制度。
  （一）省统计局执行的制度
  1996年，执行国家统计局制定的《科技综合统计年报制度》，制度包括科技动统计年快报表、从事科技活动人员统计表、科技活动经费筹集与使用统计表、科技活动课题统计表、科技成果与著作统计表、科技活动机构概况表、县属研究与开发机构科技活动情况等报表。统计范围：（1）各级各部门所属全民所有制独立核算的科学研究与技术开发机构、科技情报与文献机构。（2）全日制普通高等学校。（3）大中型工业企业。（4）国防科技工业。（5）其他。同时还执行全国统一的《大中型工业企业技术开发年报制度》，该制度包括5种基层表，66个指标，分别是企业概况表、企业办技术开发机构概况表、从事技术开发人员构成情况表、技术开发经费总额表和技术开发项目情况表。
  2000年，《科技综合统计年报制度》调查范围扩大到全社会，其中：自然科学研究与技术开发机构、科技情报与文献机构、全日制普通高校、规模以上工业企业的科技活动情况实施全面调查；建筑企业、交通运输仓储及邮电通信企业、农业及地质水利企事业单位、医疗卫生机构、软件开发等企事业单位实施五年为一周期的滚动调查，没有调查的年份，根据调查的年份进行推算。调查表式有科技活动人员情况、科技活动经费筹集情况、科技活动经费支出情况、研究与试验发展（R&D）情况、科技成果情况、科技项目（课题）情况、科技活动机构情况共7种表，52个指标，主要指标有科技活动人员、科技经费筹集、R&D人员折全时人员、R&D经费内部支出、专利申请数、项目（课题）数、机构数等。
  2000年，开展高技术产业产值、增加值和产品销售收入的试算工作，福建是国家统计局的试算省份之一。
  2001年，在执行国家统计局《大中型工业企业技术开发年报制度》的基础上，将规模以上小型工业企业纳入科技活动统计报表制度，建立《工业企业科技活动统计报表制度》。统计范围为规模以上工业企业，主要内容有：工业企业科技活动基本情况表、工业企业科技项目一览表、工业企业办科技机构一览表，共98个指标。
  2002年，建立软件业科技活动统计年报制度，由省统计局制表。调查表式2种：软件开发单位科技项目一览表、软件开发单位科技活动情况表。主要指标有：本年度项目经费内部支出、科技活动人员、科技活动经费筹集、科技活动经费支出总额、研究与试验发展经费支出、专利申请数等。
  2003年开始，新增《高技术产业综合统计报表制度》。调查内容有高技术产业从业人员及工程技术人员情况、高技术产业生产经营情况、高技术产业技术装备及科技机构情况、高技术产业科技活动人员情况、高技术产业科技活动经费筹集情况、高技术产业科技活动经费支出情况、高技术产业新产品及专利情况、高技术产业技术获取情况、高技术产业基本建设投资情况、高技术产业更新改造投资情况等，共10种报表，56个指标。同年，省统计局制发高新技术产品调查表列入《工业企业科技活动统计报表制度》，共10个指标。
  2004年，工业企业科技活动情况作为第一次全国经济普查调查内容，调查范围为全部规模以上工业企业，在此基础上福建省增加高新技术产业科技活动调查及软件业调查。
  2005年，执行《建筑业企业科技活动情况年报》，滚动调查建筑业企业科技活动，填报范围为具有建筑业一级资质等级以上的独立核算建筑业企业，调查内容为建筑业企业科技项目一览表、建筑业企业科技活动情况，共36个指标。同年，新增重点企业科技活动情况年快报（试行），共12个指标。当年执行的工业企业科技活动情况和工业企业科技项目一览表列入省《工业统计报表制度》，使用工业表号，随工业年报一起布置、培训。
  （二）省科技厅执行的制度
  1.科技统计年报和专项科技统计年报
  1996年，科技统计年报和专项科技统计年报的报表种类有：独立科技（研）机构科技统计年报表、国家级计划项目执行情况调查表（计划类别包括863计划、国家级攻关计划、国家级火炬计划、国家级成果推广计划）、地方财政科技拨款和科技开发贷款年报表。
  1999年，综合科技统计年报和专项科技统计年报调查表中国家级计划项目执行情况调查表的计划类别改为攀登计划，863计划，国家攻关计划、国家级火炬计划、国家级成果推广计划。
  2001年，进行独立科技机构及有关科技活动单位统计调查和国家级科技计划项目执行情况调查：
  （1）独立科技机构及有关科技活动单位统计调查，包括科学研究与技术开发机构年报表、科学技术信息和文献机构年报表、县属研究与开发机构年报表、研究与试验发展（R&D）活动调查表（用于政府部门属独立研究与开发机构以外的各类独立研究与开发机构和综合技术服务业有R&D活动的事业单位）、地方财政拨款年报和科技开发贷款年报表等5种表。
  （2）国家级科技计划项目执行情况调查，包括国家级科技计划项目执行情况调查表（基础研究计划）、国家级科技计划项目执行情况调查表（863计划）、国家级科技计划项目执行情况调查表（国家科技攻关计划）、国家级科技计划项目执行情况调查表（星火计划）、国家级科技计划项目执行情况调查表（火炬计划）、国家级科技计划项目执行情况调查表（科技成果重点推广计划）等6种表。
  2003年，科技部综合科技统计年报和专项科技统计年报调查表中的地方财政拨款年报和科技开发贷款年报表改为地方财政科技拨款年报表。
  2.民营科技企业统计年报
  1996年，执行民营科技企业统计年报表。
  1997年报表种类有工贸总收100万元以下科技企业数据表和民营科技企业年报表。
  2003年，国民经济行业改为按《国民经济行业分类》（GB/T4754-2002）填写；“企业登记注册类型”改为填写三位代码；增加“单位性质”指标；“承担国家科技计划情况”的填报内容，由原填报“未申请、申请但未获资助、获得资助”改为填报承担项目数，未承担填0，与其他单位联合承担一个项目按0.5计；“研究与试验发展人员”的单位由“人”改为“人年”；“企业负责人所学专业”改为按照自然科学领域、农业科学领域、医学科学领域、工程科学与技术领域、社会人文科学领域填报；增加附表：从事科技咨询与中介活动情况。
  3.重大科技成果统计
  1996年，重大科技成果统计报表名称为19××年度重大科技成果统计表。2000—2005年，科技成果与技术市场处负责重大科技成果统计，报表名称改为全国科技成果统计表。
  4.国际科技合作与交流项目统计
  1996—2005年，国际科技合作与交流项目统计报表名称是国际科技合作与交流项目统计调查表。
  5.闽台科技交流情况统计
  1996—2005年，闽台科技交流情况统计报表名称是海峡两岸科技交流情况统计表。
  6.科技咨询业统计
  1996年，科技咨询业统计报表名称为科技咨询业统计报表（试行）。
  1997年，根据国家科委《关于实施软科学研究与科技咨询业统计调查的通知》精神，在统计范围内，事业单位填软科学研究统计调查表（A表），工商注册的企业单位及登记注册的社团单位填科技咨询业统计调查表（B表）。1998年，报表名称改为科技咨询业统计调查表。
  7.技术市场统计
  1996年，技术市场统计包括各类技术合同签定及执行情况、各级计划项目进人技术市场情况、技术买方统计表、受让技术所服务的社会经济目标统计表、技术流向地域统计表、技术贸易机构统计表、技术交易会统计表、各类技术流向本区域（地、市）统计表。
  1999年，科技部发布新的《全国技术市场统计调查方案》，报表有各类技术流向本区域（地、市）统计表、各类技术合同统计表、各级计划项目进入技术市场统计表、技术买方统计表、受让技术所服务的社会经济目标统计表、技术流向地域统计表、技术贸易机构统计表。
  8.科普统计调查
  2004年，建立科普统计调查制度，科普统计调查报表名称为部门科普工作统计年报表，主要内容有科普人员、科普场地、科普经费、科普传媒、科普活动等，2005年继续执行本调查制度。