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针对部分罪犯出现的心理压抑、情绪烦躁、心理负担加重等特点，1995年起，省监狱局开始运用心理学、教育学、社会学和行为科学等科学理论指导罪犯的心理矫治，增强教育改造的科学性。1996年5月，中国科学院心理学研究所“心理函授大学福建省监狱系统首期函授班”开学。1997年，省内有6个监狱开展罪犯心理矫治工作，129名罪犯接受心理咨询。1998年，省监狱局为首批心理矫治试点的6所监狱配备电脑和心理测试软件，开展心理矫治试点工作，建立4012份罪犯心理档案。年内，选送7名民警参加司法部监狱局举办的心理测试培训班。1999年4月，省监狱局组织民警参加心理测试师资培训班，建立7620份罪犯心理档案。2000年，各监狱共建立罪犯心理档案9116份，1321名罪犯接受心理咨询。
  2001年，各监狱对新入监罪犯、顽危犯和重点控制的罪犯都进行心理测试，建立心理档案并拟定改造对策。全年共有2855人次接受心理咨询，有60多名不良心理的罪犯得到心理治疗，其中30多名罪犯通过配合药物治疗、生物反馈等方法恢复正常心理。8月，仓山监狱邀请福建中医学院心理学专家到监狱举办“身心健康辅导”讲座。
  2002年，省监狱局制定《福建省罪犯心理矫治实施细则》，指导全系统罪犯心理矫治工作。全省监狱系统接受心理咨询罪犯1467名，建立罪犯心理档案15152份。
  2003年，各监狱成立罪犯心理矫治工作领导小组，配备心理矫治专业民警，明确任务与职责，完善心理矫治工作制度。省监狱局组织对2万名罪犯进行分组心理测试和分析，在深入调研的基础上制定《福建省罪犯心理矫治工作暂行规定》，各监狱对罪犯开展心理测试、心理诊断、心理咨询、心理综合治疗、心理健康教育、顽危犯心理转化，以及建立罪犯心理档案工作。11月，仓山监狱对罪犯开展为期5个月的心理健康专题教育。年内，省监狱局选拔68名民警参加国家认定的心理咨询员（师）培训和考证工作，充实民警心理咨询员（师）队伍。
  2004年，全省监狱系统又培训民警心理矫治工作专业人员60名，建立罪犯心理档案10596册。
  2005年，全省监狱系统再配备56名具有心理咨询员以上资格的民警担任罪犯心理咨询工作，聘请9名社会专业人员协助工作。