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第一节 行政执法责任制
  从2000年起，省国税、地税系统全面执行国务院关于推进依法行政的决定。11月，省地税局制定下发《福建省地方税收行政执法过错追究办法（试行）》，首次规范执法过错行为责任追究。
  2001年，根据《国家税务总局关于全面推行税收执法责任制的意见》，全省地税系统开展税收执法责任制试点工作，确定福州市地税局直属局、闽侯县地税局、厦门市地税局稽查局、厦门市地税局外税分局作为省地税局试点单位，各设区市也按照省地税局的要求，在一至两个县局开展税收执法责任制试点工作。
  2002年初，省国税局决定：台江国税局、闽侯国税局、仙游国税局、涵江国税局作为全省执法责任制工作试点单位。省国税局制定全省统一的分岗位、分部门的执法责任制度纸质范本，作为全省各地推行执法责任制的试用版，在CTAIS（税收征管软件）上线的市局实行统一的考核办法。每个岗位的税收行政执法责任由岗位职责、岗位目标、工作程序规范、执法责任四个部分组成，形成“以事定岗、以岗定责、权责相当、落实到人”的监督制约机制，并采取措施强化考核，加大责任追究的力度，解决工作中“疏于管理、淡化责任”的问题。2003年上半年，全省各级国税机关被追究执法过错责任的人数355人（科级干部61人、一般干部294人），其中，给予批评教育或责令书面检查的47人，给予通报批评的139人，给予扣发奖金的163人，给予取消评先或评优资格的6人。
  2003年，税收执法责任制在全省推开。省国税局成立税收行政执法责任制领导小组，制定《省国税局行政执法责任制暂行规定》、《省国税局行政执法过错责任追究暂行办法》、《福建省国税系统税收行政执法责任制实施办法》。省地税系统在总结试点经验的基础上，在全省一半以上县（市、区）局推行执法责任制。省地税局制定《税收执法过错责任追究办法》，结合2000年制定的《福建省地方税务行政执法过错追究办法》试行情况，进行补充细化后下发全省统一执行。在推行过程中，省地税局着重解决处理执法责任制与效能建设、稽查单位规范化建设的关系，提出“归口管理，统一内容，分工协作，资源共享，奖优罚劣，公平责任”的意见，解决重复考核问题。
  2004年，省地税局开展自动化考核的前期准备工作，组织有关人员集中研究编写税收执法责任制的岗位职责、工作规程、考核办法。全省各级国税机关在落实执法过错责任追究制度中，被追究责任的有791人次，其中批评教育的137人次，责令作出书面检查的9人次，通报批评的91人次，经济处罚的554人次，总金额51454.52元。
  2005年，省地税局以《全省地税系统税收执法责任制岗位职责和工作规程范本》为基础，依托全省统一的征管信息系统，分步开发完善自动考核系统。10月，税收执法责任制自动考核系统第一期考核在福州市地税系统的5个县级局试运行，12月在福州市地税系统全面运行。省国税系统（不含厦门单列市）因税收执法过错被追究责任的有2363人次，其中，给予批评教育的448人次，责令作出书面检查的59人次，通报批评的338人次（包括因税收执法过错受到行政警告3人，行政记过4人，行政记大过1人，行政撤职3人），责令待岗的1人次，给予经济处罚的1517人次，总金额119730.69元。
  第二节 税收执法检查
  1989年，福建省税务系统坚持标本兼治，结合本部门实际情况，开展税收执法检查。1990年，省税务局执行“税务专管员守则”的规定。提出8条具体措施，部署和督促各地自查自纠。1995年2月，全省地税系统按照国家税务总局的部署，开展新税制的执法检查。经自查和重点检查，发现未按规定办理缓缴手续的欠税款766.37万元，税款混库130.58万元，政策执行偏差问题5个单位，3份文件自行调整有关政策规定。省国税系统按照国家税务总局的部署，从1995年起，每年开展一次税收执法检查，对各地执行国家税法和政策的情况进行清理检查。
  1996年，省地税系统在税收执法检查中，清理涉税文件5379件，发现与统一税法不一致的涉税文件16件，执法偏差少征税款259.15万元。
  1997年税收执法检查中，省地税系统发现税务部门制定违规文件1件，非税务部门涉税违规文件2件；包税或变相包税20户，减少税额0.6万元；改变税率、税基367户，减少税额21.96万元；中央收入混地方收入8.7万元；地方收入混中央收入0.2万元；违规批准缓缴税款44户，涉及税款59.82万元。通过执法检查，共补缴入库税款19.5万元。
  1998年税收执法检查中，省地税系统发现税务部门越权减免税8户，减少税额4.5万元，补缴税额2.5万元；改变税率、侵蚀税基10户，减少税额7.6万元，补缴税额1.6万元；税收任务完成后有税不征1户，减少税额4.5万元，已补缴入库；滞纳金问题1357户，少收滞纳金116.36万元，补缴滞纳金52.54万元；中央收入混地方收入9.26万元，已全部调库；违规批准缓缴税款63户，涉及税款152.39万元，清缴税款62.27万元；税务处罚不当案件61件；税务处理决定书不规范327份。
  1996—1998年，省地税系统连续3年被评为全国税务系统执法检查先进单位。
  1999年6月，省国税局、地税局贯彻国家税务总局《税收执法检查规则（试行）》的规定，首次对税收执法检查的范围、实施、处理程序进行了统一规范。全省地税系统再次组织税收执法检查，发现税务部门越权减免税1户，涉及税额0.19万元，补缴税额0.19万元；税前列支及亏损弥补不合规定27户，减少税额14.25万元，补缴税额11.25万元；滞纳金制度执行不力657户，少收滞纳金396.34万元，补缴滞纳金315.13万元；其他问题453户，减少税额97.37万元，补缴税额87.34万元；混淆入库级次3笔，已全部加以调整；违规批缓税67户，涉及税款906.3万元，清缴税款191.09万元；税务处罚不当32件；税务处理决定书不规范231份。
  2000年，省国税局转发国家税务总局修订的《税收执法检查规则》，并明确县以上各级税务机关负责法制工作的机构是本级税务机关执法检查的工作机构。要求执法检查工作要有计划、有组织、有步骤地实施，具体分为“准备、实施、处理”三个阶段。地税系统通过税收执法检查，发现越权减免税5户，减免税额252.9万元，补缴税额252.9万元；查出少收滞纳金930户，少收滞纳金32.93万元，补缴滞纳金25.27万元；其他问题322户，减少税额57.26万元，补缴税额53.6万元；违规批缓税19户，涉及税款76.18万元，清缴税款74.3万元；税务行政处罚不当167件；税务处理决定书不规范200份。
  2001年，省国税局建立由140名各方面业务骨干组成的税收执法检查人才库。7月，省国税局组织9个检查小组，抽查18个市（县、区）局的税收执法情况。检查结束后，省国税局将各检查组检查情况印发给各设区市国税局，并下发检查意见。省国税稽查局也部署涉税案件移送清理自查工作。根据省国税局局长办公例会精神，抽调人员，对省国税局直属征收分局查处的8家企业进行案件复查，对存在问题提出撤销或部分撤销的建议。是年，省地税局制定《省地税局税收执法检查实施办法》，并开展税收执法检查，发现10份违规文件，均已纠正；中央收入混为地方收入2万元，已调整；其他收入混库数178.94万元，调整86.19万元；区内注册区外经营的企业有502户；违规批准缓缴税款31.28万元，已补征；涉嫌犯罪的税务案件应移送未移送的有22件，已移送；少征个人所得税7.3万元，已补征；未如实统计上报欠税数额99.81万元；其他少征税款391.64万元，已补征。
  2002年，省国税局组织税收执法检查组和执法监察工作组，分赴南平市、宁德市国税局开展税收执法检查和执法监察工作，重点检查松溪、政和、周宁、屏南等4个县的税收执法工作。
  2002—2004年，省地税系统推进执法检查工作的日常化，建立情况通报制度。各地均开展以日常检查为主，专项、专案检查为辅的税收执法检查。对检查发现的问题，除按《税收执法检查规则》的要求发出《行政执法纠正通知书》、按《税收执法过错责任追究办法》对责任人进行过错追究外，还将发现的问题在本系统内通报。其中，2002年税收执法检查，发现2份违规文件，均已纠正；违规税前列支少征税款6.83万元，均已补征；少征滞纳金1.67万元，均已补缴；其他问题少征税款5.15万元，均已补缴；税务处罚不当7件，税务处理决定不规范4件。2003年税收执法检查，发现13份违规文件，已纠正12份；补征税款及滞纳金3103.41万元；税务处罚不当11件，税务处理决定不规范15件。2004年税收执法检查，发现6份违规文件，已纠正6份；补征税款及滞纳金98.13万元；税务处罚不当5件，税务处理决定不规范10件。
  2004年，省国税局对钢铁、电解铝和水泥3个行业以及开发区税收优惠政策开展税收专项执法检查。经检查，没有发现国税部门擅自出台和违规执行开发区税收优惠政策等问题。省国税局还对2个设区市国税局以及所属的稽查局、5个县级局2001年10月至2004年9月重大税务案件审理工作情况和2002年7月至2004年9月稽查案件抽查工作情况进行检查。各被查单位均能按照国家税务总局和省国税局有关文件规定开展税务稽查工作，特别是税务稽查案件抽查工作、税务稽查执法规范等方面做得较好。但也存在两个方面的问题：重大税务案件审理职责不到位，个别单位重大税务案件提请审理比例达不到10％的要求；被查机构执法过程中存在未按规定加收滞纳金的问题。
  2005年，省国税局分别对依法征税和规范执法、贯彻落实《中华人民共和国行政许可法》及各项规章制度进行重点检查。组织两个税收执法检查和执法监察小组对南平市国税局所属的建瓯市国税局和顺昌县国税局、漳州市国税局所属的龙海市国税局及诏安县国税局进行重点检查。抽调人员对福州市国税局相关业务处室以及稽查局、鼓楼区国税局、晋安区国税局、福清市国税局、闽侯县国税局开展执法检查和执法监察。省地税局在开展税收执法检查中，发现5份违规文件，已纠正5份，补征税款及滞纳金209.43万元，税务处罚不当9件，税务处理决定不规范26件。
  第三节 行政复议、应诉
  1990年，省税务系统贯彻国家税务局1989年10月推出的《税务行政复议规则（试行）》。
  1994年7月，执行国家税务总局关于建立税务行政复议与行政应诉案件材料报送制度。
  从1999年10月1日起，施行《中华人民共和国行政复议法》。省国税局对各项涉税法律事务进行梳理。省国税局、地税局还聘请法律顾问。开展行政复议诉讼案件办理经验交流活动，定期通报案件查处情况。全省各级国税机关行政复议案件，经复议撤销、变更或限期履行职责的在30％以上。
  2004年，省国税局、省地税局贯彻国家税务总局修订的《税务行政复议规则（试行）》，凡税务机关作出的征税行为、责令纳税人提供纳税担保行为、税收保全措施、未及时解除税收保全措施、税收强制执行措施、税务行政处罚行为、不予依法办理或答复的行为、作出取消增值税一般纳税人资格的行为、出境管理机关阻止出境行为、其他税务具体行政行为，均属于税务行政复议的受案范围。
  1994－2005年，省国税局、省地税局共收到申请税务行政复议案件351件，受理案件复议结果：撤回申请49件，维持110件，变更12件，撤销93件。税务行政诉讼案件应诉总数57件，其中复议后应诉34件。
  第四节 行政许可
  2001年10月，按国家税务总局部署，开始对税务行政审批制度进行改革。
  2002年10月、2003年2月、2004年5月，先后分三批取消和调整行政审批项目，取消行政审批项目69项，下放行政审批6项，保留行政审批54项（许可审批项目6项，非许可审批项目48项）。
  2004年，《中华人民共和国行政许可法》（以下简称《行政许可法》）颁布实施，省国税局多次组织宣传和集中培训，邀请国家税务总局、省政府法制办相关人员到省国税局进行行政许可法专题讲座、业务辅导和现场答疑。6月16日，省国税局下发《关于贯彻实施〈行政许可法〉电视电话精神的紧急通知》，强调清理本级规范性文件、依法公示行政许可项目和做好宣传工作。28日，省国税局在《福建日报》、“福建税务代理网”和“福建热线”网站，分别公告取消和调整的税务行政审批项目以及税务行政许可项目。11月，省地税局对设定的税务行政审批项目进行清理，共清理43项，对不符合相关规定的9项予以取消、8项审批权限下放，对不符合《行政许可法》规定的5项停止执行。
  2005年，省地税局制定《税收减免管理办法（试行）的实施方案》，规范税收减免税的审批机关、审批程序和监督管理。