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1989年后，省税务局执行国家税务局重新修订的税务计划、会计、统计工作制度，在会计部门增加管理税务经费，从省到县实行垂直管理；在计划编制、会计核算、统计指标方面，增加涉外税业务项目；在会计制度中增加国营企业利改税、工商税制的复税制体系等相关内容；在税收计划的编制、分配和会计核算等方面增加分级财政预算项目，同时将税收会计核算的单式记账法改为复式记账法。1994年7月，贯彻《国家税务总局关于两套税务机构分设计会统业务问题的通知》，国税系统、地税系统的计划、会计、统计业务按照各自征收管理范围进行分解。
  —、税收计划
  （一）计划编制
  1989年，在税收计划的编制中，福建税务机关遵循“从经济到税收”和“从实际出发”、“积极可靠”的要求，在各地进行调查测算的基础上，采取自下而上、自上而下的方式，以国民经济和社会发展计划、现行税制、现行价格、上年税收预计完成数和影响当年税收增长的主要经济因素等五个方面为主要依据，按年度、按季节、按月份编制税收计划，也有按年度计划和季度计划两种编制。工商税收计划层层分配下达，将编制工作落实到各基层税务部门。
  1994—1998年，省国税局、地税局收入计划编制以基数法为主，以“GDP税收负担率”作为分配税收计划的基本指标。2000年后，以基数法为主，结合GDP税收负担率法、税收弹性系数法等编制计划。
  从2002年起，省地税局在税收计划外，根据缴费人数、缴费基数、参保面、社会平均工资等指标数据，以及计划期工资增长率、扩面、提基数目标等，编制基本养老保险费和失业保险费征收计划。
  2004年，在编制计划时，研究历史税收收入变化规律，对比经济和税源发展互动情况，建立增减因素档案，分析税收增减变化的原因。并开展税种、行业的结构性专题分析，开展税收能力估算，增强收入预测的科学性和组织收入工作的指导性和前瞻性。
  2005年，省地税局编制“十一五”地税收入计划，引入统计模型预测结果作为收入计划编制的参考。要求各级税务部门在对整体税源全面掌握和实事求是预计的基础上产生预测数，上报上级税务机关确认后成为计划数，并经层层汇总形成各级的税收计划。上级税务机关对下级的预测数并非简单的汇总，还要利用宏观经济研究预测的成果对各地预测情况进行检查，发现差距过大的协调沟通，并在下级认可后进行修订。
  （二）计划分解
  1994－2005年，确定收入计划总目标后，省国税局、省地税局均参考各设区市计划期GDP和财政收入增长目标，以及当地税源状况，按照平衡的原则，将收入任务分解到各设区市。各设区市再行分解到县（区）征收单位。全省税收计划经确定后，一般不进行调整。在收入波动明显的年份，部分地市根据税源发展和税收政策变动情况，也会对税收计划进行局部调整。
  （三）计划执行分析
  1989—2005年，全省各级税务计划部门每月对税收的多少、收入的好坏、收入中存在的问题进行分析，将收入分析的重点转移到收入情况是否正常、收入增长与经济发展是否协调、收入过程是否符合组织收入原则上来。在此基础上，结合不同阶段的工作重点，按地区、阶段、税种、行业进行专题分析，及时发现税源变动、税收增减的原因及征管存在的漏洞等。
  二、税收会计
  1989年，各地市税务局对国库制度的贯彻情况进行检查。1990年，全省税务系统加强基层所会计建设，清查税收总账、税源税额登记簿、滞纳欠税登记簿、票证出纳账等；继续开展评选优秀填票员活动，重新修订《关于优秀填票员考核暂行办法》，放宽参加竞赛对象的条件，使80％以上的填票员都能参加。全省评出优秀填票员786人，填票综合差错率为1.99％，比上年下降41.5％。做好与金库对账工作。省税务局对税收会计工作进行改革，扩大核算范围，从申报环节开始，全面掌握应征收税款、滞纳欠税、减免还贷等税款征前情况。在会计科目上增设“应结款项”、“待结款项”、“减免款项”三个一级科目。税收会计分为县级局和征收所（分局）两级核算。征收所（分局）核查从申报到上解的过程，县级局核查从上解到入库的过程。记账方法由“收付记账法”改为“借贷记账法”。12月，省税务局开展国库资金报解、入库情况调查。各地税务局也组织力量重点检查基层税务所的税款汇解情况，特别加强对农村税务所自收、代征、代扣和汇解税款的检查。
  1991年，执行《国家税务局关于检发〈税收会计改革方案〉和〈税收会计核算试行办法〉的通知》，在邵武市、福鼎市税务局开展税收会计改革试点工作。其他地市仍按原办法执行，即计财部门主要核算税款的入库数，应征税款由征管业务部门统计，减免税金、欠缴税金、查补税金由统计核算完成。原办法的缺点是，滞留在各专业银行（即国库经收处）和税务所、业务科的在途税款无法核算。4月下旬，省税务局召开各地市计会科长会议，部署税收会计改革工作，确定福州市马尾区税务局、厦门市外税分局、泉州市直属分局、漳州市龙海县石码分局、宁德地区福鼎县城关税务所、南平地区邵武市税务局为试点单位。各试点单位成立领导小组，加强领导。对试点单位增配微机，拨给专项经费，增配专职会计人员，选送有关人员参加国家税务局在江西省举办的“税收会计改革培训班”学习。
  1995年，省国税、地税部门执行国家税务总局颁发的《税收会计核算办法》。
  从1996年1月1日起，省国税、地税两个系统实施税收会计改革。将税收会计的核算起点从原来的征收环节开始，改为从申报环节开始，把应征税款、减免税款和欠缴税款纳入会计范围，对税金从应征到入库的全过程进行完整核算。按每个纳税人设置分账户进行明细核算。将原来的“收付记账法”改为“借贷记账法”，设置“资金来源类”和“资金占用类”等18个税收会计总账科目，按业务需要设置相应的二级、三级明细科目。对税务部门组织的应征、征收、减免、欠缴、上解、入库和提退税款等过程进行全面、系统的核算。
  1997年2月，省国税局下发《关于整顿国税系统会计工作秩序情况的报告》，各地成立整顿会计工作领导小组，开展自查。在自查基础上，组织抽查面达30％。
  1998年，执行国家税务总局的“税收会计制度”，加强在查补税金、呆账税金和滞纳金、欠税、代征代扣税款、行政性收费以及退库税款上的核算管理。
  1999年11月，各级国税部门完成财务会计电算化培训和推广运用工作。
  2000年3月，各级国税机关对所属单位计算机和手工记账并存的实际情况进行检查评比；6月，实现财务核算电算化。省国税系统会计统计工作执行《关于2000年税收会计统计报表及有关事项的通知》，取消若干项目。
  2003年，省地税系统规定税收会计有10种报表：《税收资金平衡月报表》、《入库税金明细月报表》、《应征税金明细月报表》、《待征税金变动情况月报表》、《提退税金明细月报表》、《减免税金明细月报表》、《查补税金及税款滞纳金、罚款收入明细月报表》、《滞纳金明细月报表》、《代征代扣税款明细月报表》、《待清理呆账税金明细月报表》。以上税收会计报表平时为月报表，到12月份则为年报表。
  2004年，省国税局决定对全省国税系统2003年7月至2004年6月的税收会计、执行情况开展检查。检查的内容主要是税收会计核算和各类数据的上报是否完整、真实。重点是应征税金、欠缴税金的核算和上报的真实性，是否按规定进行呆账税金清理和欠缴税金、滞纳金的核算，减免税金的核算是否完整，代征代扣税款是否按规定核算。
  三、税收统计
  1989年，各地市完成省税务局统一部署的统计分析调查。1990年，省税务局下发《关于配合银行开展国库资金报解、入库情况调查通知》，各地税务局组织力量，检查基层税务所的税款汇解情况，特别是农村税务所自收、代征、代扣和汇解税款的执行情况，检查面达1/3以上。
  1991年，开展税务系统会计统计报表评比。评比方法：以各报送单位的月报、季报的评审记录和年报会审记录为依据，手工审核与计算机审核相结合，技术性审核与政策性审核相结合，采用扣分制办法，扣分少则为优。月报、季报表半年通报一次；年报会审后，进行综合评比并通报全年情况。
  1992年，国家税务局对1991年税收会统年报进行会审和评比，省税务局获三等奖。
  1994年，省税务系统的税收会计部门统一使用国家税务总局的KTPC软件。省税务局下发《关于实行“分税制”财政体制后税收会计、统计、票证工作有关问题的通知》，对各项收入入库级次作出明确规定。9月，省国税局、省地税局联合发文，对税收计划、会计、统计业务按照已经明确的两套税务机构征收管理范围进行划分。10月，省国税局、省地税局联合下发《关于工商税收收入分解计算口径的通知》，对一些按征管范围不易分解的税种，按省国税局、省地税局拟定具体计算公式分解。
  1995—1999年，省地税局根据新税务统计报表的有关制度，自下而上形成一套税务统计报表编报体系：各税收会计核算单位根据各种税收原始凭证建立健全统计台账，再根据统计台账的有关数据编制原始统计报表。各级汇总单位根据下属单位编报的同类统计报表进行汇总编报。各级税务机关在编制税务统计报表时还要对数据的真实性、准确性和报表口径等进行审核、把关。
  2000年，省地税局启用“征管信息系统”软件的会计、统计模块，数据经县、市审核后上报省地税局。
  2004年，省国税局下达免抵调库指标，用于办理2004年1月后报关出口货物所发生的免抵调库。从是年起，国家税务总局开发应用“TRS会统软件”，省国税局在汇总各地征管信息系统数据基础上再导入“TRS会统软件”中上报国家税务总局。省国税局要求各地会计、统计报表新增设“国有控股（含控资）”栏目；从2005年1月1日起，各地车辆购置税并入《入库税金明细月报表（二）》进行统计，其余会统报表如有涉及车辆购置税项目的一律不填报。
  四、税收票证
  1989—1993年，福建省税务部门对税收票证领发实行“分级负责、逐级领发”的原则，并根据实际用量合理确定票证蓄存量。使用税收票证执行“十不准”：不准用缴款书收取现金；不准用完税证代替缴款书；不准用其他凭证代替税收票证；不准用税收票证代替其他收入凭证；不准用白条子收税；不准开票不收税（赊税）；不准收税不开票；不准几本（同类）票证同时使用；不准跳号使用；不准互相借用票证。
  1994年7月，省国税、地税两套机构分设后，按现行制度规定，使用税收票证。各地税务部门事先做好税收票证的缴销、清理、分配工作。基层开票人员手中的税票进行全面清缴、封存，统一销毁；继续使用的税票要按机构分设后的业务情况进行合理分配，保证正常使用。各级国税、地税计会部门加强工作协调，互相提供税收会计、统计报表和资料。地税系统为与国税区别，税票用手工加盖“地”戳记。
  1995年，对自收现金税款的税务人员、扣缴义务人和代征代售单位（人），重申按规定程序向票管员办理票款结算、票证销号和缴销手续。同时执行税款结报缴库“双限”制度：自收现金税款的税务人员、扣缴义务人和代征代售单位（人），当地设有国库经收处的，税款应在当日结报缴库，当日来不及的，必须在次日结报缴库；自收现金税款的税务人员、扣缴义务人和代征代售单位（人），当地未设国库经收处的，税款结报缴库限期及额度为税务人员5日、0.3万元，代征代售单位1个月、1万元，代征代售人1个月、0.1万元；扣缴义务人应按税法规定的申报期限或税务机关主管部门的规定执行。以上税款结报缴库达到限期或额度，即应结报缴库（节日、假日顺延）。
  1998年，下发《福建省国税系统税收票证管理实施办法》，规范税收票证的使用与管理。11月，省国税局下发《关于启用新的税收票证的通知》，规定现行税收票证如税收通用缴款书、税收汇总专用缴款书、税收通用完税证、税收小额完税证、代扣代收税款凭证、税收收入退还书和税票调换证等7种票证延期使用至1999年6月30日止，新的税收票证于1999年1月1日启用。新旧税收票证同时使用期间，各级征收单位按先领先用规定办。
  2002年，省国税局对全系统税收会计票证进行抽查。主要问题有：应征、待征数核算、上报不实；征收范围有错误；账、表、证金额不符，年度结转账有错误；代征税款税票填写不规范；稽查核算以入库数核算应征数，少报欠税和延压税款。12月，省国税局下发《关于重申销毁已停用税收票证的通知》，规定凡是1999年以前（不含1999年）各种票证、已停用的印花税票和字别码2001年以前（含2001年）的“出口产品专用缴款书”及“出口产品完税分割单”，应于2002年12月20日之前进行集中清理销毁。
  2003年10月，省地税局下发《福建省地方税务系统发票、税收票证专库管理办法》，要求县、区地税局的税收票证管理、发票库房建设规范化。
  2005年，三明市地税局将基层分局库房规范化建设列入年度的税收票证“三项试点”（代征代扣税收票证管理规范化、税收票证档案管理规范化、税收票证库房建设规范化）工作，在三元区、将乐县开展试点。税收票证的保管实行“四专”（税收票证专人、专库、专柜保管，携带票证使用专用包）、“六防”（防盗、防火、防潮、防蛀、防鼠、防丢失）制度。各级地税机关执行“票清离岗”制度，编制“税收票证移交清册”，由本级地税机关领导审查核准。定期盘点票证，保证账实相符。对保管期满的税收票证，指定人员负责清点、复核，编制“税收票证销毁清册”，上报批准后销毁。销毁时，由各县（市）、区地税局票证、监察部门派员共同监督。