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一、年度大检查
  1989年，省税务局开展税收大检查。全省共查245943户，其中，自查243518户，自查面达99.0％，自查补税5348.16万元，比1988年增加2131.56万元，增长66.3％。重点检查115967户，检查面达47.2％，比1988年高出13.1个百分点，查补税及基金17010.22万元。自查和重点检查共查补税款及基金2.254亿元，处以罚款663.99万元，加收滞纳金320.62万元，总计查补金额达2.352亿元。在大检查期间，各地还结合检查进行清欠工作，清回欠税8544.61万元，能交基金1226.55万元，预算调节基金651.46万元，总计10422.62万元。
  1990年1月，省税务局下发《关于整顿发票管理秩序的通告》，对全省发票印制、领购、开具、取得和保管等情况开展检查。发现有问题的用票户4024户，共补税罚款262.34万元。
  1991年，省税务局部署“三大检查”（税收“财务”物价大检查）。全省纳税人自查259603户，自查面达100％。税务机关检查98846户，共查补税款、罚款及滞纳金26666.47万元。同时，清回欠税和基金3343.24万元；查出漏管户133户，补回税款23万元。
  1992年，省税务局下发《关于开展1992年全省税收大检查的实施办法》，对减免税、承包流转税、个体户税收、出口退税、清理欠税以及发票管理等项目进行检查。
  1994年，继续开展税收检查，全年共查补罚52817.86万元，入库49137.70万元，清回欠税17973.44万元。
  1995年，省国税局开展税收检查。全省纳税人自查238391户，自查面达100％，自查违纪户数占10％左右，自查补税8478.59万元。税务机关组织检查105278户，检查面44.15％，查补税款及“两金”45017.93万元。同时清回欠税3287.48万元。
  1996年，税收大检查取消纳税人自查，直接进入税务机关检查阶段。税收大检查处理原则为“依法行政，依法监督，执法必严，违法必究”。检查纳税户108320户，其中有问题56889户，查补税款及罚款49600万元。
  1997年10月，各级国税局成立税收检查领导小组，负责对大检查的组织领导和督促指导。全省检查各类纳税户76231户，有问题的28031户，查补税款及罚款27671万元。其中查补税款100万元以上的1户，50万～100万元的9户。虚开专用发票案2起，私自印刷倒卖普通发票案2起，移送公安机关查办5人。
  从1998年起，按国务院决定，取消一年一度的税收、财务、物价大检查。
  二、税务稽查
  1990年9月，省税务局下发《关于开展1990年出口退税自查工作的通知》。对所有外贸企业、工贸企业、直接出口的生产企业和对台贸易单位，在1990年报关出口的产品已办理的出口退税及1989年发生而未查处的多退税款，进行自查。将出口退税大户、出口退税情况复杂户、退税率高的出口产品、进料加工复出口产品、作价加工出口产品等，作为自查的重点对象。全省共投入82982人次，检查115967户纳税户，查补税款及基金1.701亿元。
  1994年，省国税稽查部门在全省开展增值税专用发票专项检查，发现有扩大开具范围、虚开抵扣税额、大头小尾、代开私售、拆本使用、开具票物不符等问题3817户，违章发票总金额10515.46万元，构成发票违法案件150起，批捕150人，查获假发票249388份，补罚税款和没收非法所得4610.86万元，查获非法代开发票可用于抵扣的税款10亿元以上。
  1995年，国税各级稽查分局查处举报涉税案件1395件，查补税款、罚款、滞纳金共计5722万元。协助查处全国6起增值税案件，涉及福建企业取得和开具增值税专用发票、补税罚款和收取滞纳金共260多万元。
  1996年，省国税局、省地税局执行国家税务总局制定的《税务稽查工作规程》。
  1997年4月，省国税稽查部门对生产经营药品、粮油副食品、通信器材、办公自动化、化工、机械、纸品等行业进行专项稽查，全省补回税款近亿元。7月，对全国“金华税案”涉及福建374家企业1106份增值税专用发票，进行协查处理，共查补税款1283.1万元，罚款575.6万元。
  是年，省地税稽查局先后制定《税务稽查工作底稿制度》、《福建省地税系统稽查人员守则》、《福建省地税系统稽查监督卡》、《福建省地方税收分类稽查管理（试行）办法》、《福建省地税系统稽查工作文明用语和服务忌语》。开展行政、事业单位应税收入、饮食娱乐业、金融业、房地产、建安以及个人所得税专项检查，全省查补税款3.99亿元。
  1998年，省国税局在全省先后开展以烟酒、电力、石油石化、汽车汽配行业和民政福利、校办企业、实行“免、抵、退”税出口企业及漏征漏管户为主要对象的专项检查。10月，由省国税局牵头组织的专项检查小组对全省28家省级电力企业进行稽核，共查补增值税460万元、所得税440万元。12月，执行《国家税务总局关于建立税务违法案件举报奖励基金的通知》，设立税务违法案件举报奖励基金。重申地市级税务违法案件举报奖励基金，按5％～10％的比例从省国税局预拨的1998年办案补助经费中提取，不许挪作他用。全省全年共接到群众来电、来信、来访等各类举报涉税案件2173件，立案查结1863件，查结率85.7％。
  是年，省地税局制定《福建地税系统稽查回访制度》、《福建省地方税务稽查工作考评办法》，执行国家税务总局《税务违法案件举报管理办法》、《税务违法案件公告办法》。地税系统稽查部门重点对民政福利企业、校办企业、涉外房地产、建安、餐饮、邮电、证券、电力、烟草等行业的个人所得税、印花税开展专项检查，全省查补税费1.12亿元。
  1999年，省国税局下发《福建省国家税务局关于税务违法案件举报奖励办法补充规定的通知》，对举报奖励金数额标准及审批权限等作出规定。11月，印发《关于成立福建省国家税务局税务违法案件审理委员会的通知》和《税务违法案件审理委员会工作细则》，规定省局直属局和各地查办税款在100万元以上的案件要通过税务违法案件审理委员会裁定。组织力量对“4·20专案”（厦门远华走私案）涉及的26家企业购买走私物品及开具增值税专用发票情况进行调查。对全国“邮电部门走私案”，“上海青浦案”，“松江骗购倒卖、虚开增值税专用发票”等案件，涉及福建企业取得或开具的238份增值税专用发票进行协查，查补税款85.9万元，罚款64.6万元。4—6月，开展发票专项检查，131609户进行自查，发现有问题2114户，查出违章发票32550份，补税163.00万元，罚款71.30万元；税务部门组织检查72815户，有问题21861户，违章发票243900份，共补增值税2405.59万元，罚款629.89万元。全年，各级举报中心共受理人民来信、来访、来电举报涉税案件2248件，调查结案1949件，查补增值税、所得税款603.45万元，罚款186.58万元。
  是年，省地税局执行国家税务总局《税务违法案件举报奖励办法》、《关于实行税务检查计划制度》，下发《福建省地税系统稽查案件档案管理办法》。是年，稽查部门重点检查会计师、律师事务所279户，查补税费444.52万元；检查证券公司25家，查补税费871.71万元；检查从境外购买无形资产的工业企业23户，查补税费2224.59万元；检查实行电算化管理的桑拿业、保龄球业、餐饮业22户，查补税费1500多万元。
  2000年，省国税局成立公安、税务“8.7”案（潮阳、普宁两地骗取出口退税案，下同）联合工作组，抽调业务骨干多人组成专案组，对广东普宁、潮阳11家企业，开给福建23家企业的129份增值税专用发票进行协查，追回税款285.69万元，处以罚款10.38万元。10月，对国务院打击骗取出口退税工作组发来协查发票函9批次、涉及福建6个地市32户企业的922份发票进行协查，对票、货、款不一致的发票165份，开票金额1481864.57元，销项税额2518021.78元，进行处理。
  是年，省地税局执行国家税务总局《税务稽查业务公开制度（试行）》。下发《省地税局关于违法案件审理委员会工作有关问题的通知》和《省地税局违法案件审理委员会案件审理工作规则》，规定审理委员会组成人员、工作机构、提交审理的案件范围及有关事项。下发《福建省地方税务局税务稽查案件复查暂行办法》、《福建省地方税务系统稽查大案要案报告制度》。地税稽查部门重点对金融业的个人所得税，行政、企事业单位发票使用、行政性收费、交通管理部门、路桥施工单位税收情况开展专项检查，全省共查补税费1.5亿元。
  2001年，省国税局下发《福建省国家税务局关于贯彻重大税收违法案件督办制度的通知》、《福建省国家税务局稽查局涉税举报案件督办工作办法》、《关于进一步规范税收违法案件取证的通知》、《关于规范〈税务稽查报告〉制作的通知》、《关于税收案件审理要求》、《关于规范税务处理决定和税务处罚决定的通知》、《福建省国税系统稽查工作考核办法》等规范性文件，从举报信件登记、受理到案件的立案、转办、实施稽查、审理、执行等都作了具体的规定。全省接受电话、来访、来信等群众举报的涉税案件2284件，查补税款2513.14万元、罚款414.49万元、滞纳金383.89万元，合计3311.52万元。省局稽查局对历年欠税2000多万元进行清理。执行国务院《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，布置开展涉税案件移送清理自查，对全省达到移送标准的775件涉税案件，进行处理。贯彻《税务稽查案件复查暂行办法》，对2000年至2001年上半年查处的案件进行复查。根据省国税局局长办公例会精神，抽调力量，对省局直属征收分局查处的8户企业进行案件复查，对存在问题提出处理建议。先后两次召开各设区市稽查局长会议，部署专项检查和专项整治工作。全省各级稽查部门共检查各类纳税户13608户，查补税款25442万元；查获虚开增值税专用发票9起，涉及税款1043万元；查获接受虚开增值税专用发票839起，涉及税款6104万元；伪造增值税专用发票2起，涉及企业1S1户；查处其他偷税案4293件，查补税款8856万元，骗取出口退税案件11件，查补税款788万元；向公安机关移送涉嫌犯罪案345件，涉及税款5738万元。下半年，省国税局开通金税协查子系统，运行半年，全省共委托发出协查1769起，涉及发票7911份；受托协查1709起，涉及发票5151份。手工协查函件59批，要求协查的专用发票7890份，查补税款11195万元（其中“8.7”案件的函件30批，要求协查的增值税专用发票6820份，查核补税款8256万元）。
  是年，地税系统稽查部门重点对境内外咨询、中介机构，金融、证券、保险业，邮政、电信、电力业，房地产业，医疗合作项目、新闻广告媒体，石油、自来水业开展专项检查，共查补税费1.28亿元。执行国家税务总局《重大税务案件审理办法（试行）》，并将各级审理委员会组成人员、工作机构、提交审理的案件范围及有关事项进一步规范。6月，省地税局对案件审理委员会组成人员、办事机构、移送标准作了调整。制定《福建省地税系统稽查部门社会服务承诺制度（试行）》、《福建省地方税务局税务违法案件举报分类管理制度》。开展发票专项整治“20点行动”，在统一时间内突击检查餐饮、娱乐、服务业1694户，查出986户存在发票违章违法行为。在《福建日报》上对7家企业进行欠税公告。
  2002年，省国税稽查局组织力量对跨地区经营的集团性企业和异地设立分支机构从事经营活动企业的所得税进行专项检查。其间，企业自查补税7780万元，税务重点检查补税12401.29万元；对石化、电力、烟草行业68户企业的专项检查，查补所得税8002.86万元、增值税729.06万元；对专业市场中规模大、低税负的5802户进行专项检查，查补税款782.17万元。清理漏征漏管户5906户，查补税款310.16万元；调整定额业户21605户，平均调高幅度15.42％，年增收税款4576万元；对民政福利企业1999－2001年纳税情况进行检查，查补税款121.48万元，罚款16.38万元；对资源综合利用企业进行检查，查补税款136.36万元，罚款3.9万元。10月，对原省局直属局下移福州市管征的，年纳税在100万元以上的35户企业进行检查，共查补税款8195.26万元。对集贸市场和加油站税收进行专项整治，共组织专项整治行动1518次，参加行动人员3229人次，检查5957户，查补税款7600万元，滞纳金307.36万元，罚款828.50万元，没收违法所得63.35万元。破获国家税务总局、省公安厅督办的“3.12”制贩假发票团伙案。经过4个多月调查取证，将4名主犯移送检察院起诉，并暂扣税款9.57万元。对涉案的40多户企事业单位进行发票调换工作，查出假发票300份，涉案金额319.27万元，涉及假票使用人62人，对35户假票使用人作出处理。
  是年，全省地税各级稽查部门根据规范账户管理的规定，将“税务稽查收入账户”全部予以撤销。春运期间，地税系统稽查部门集中力量对车站、码头、宾馆、餐馆等主要集散地和公共场所突击开展打击制售假发票违法行为的统一行动，全省地税系统参加联合执法人员3445人，检查户数3044户，发现发票违章违法259户，违规发票5451份，查补税费33.9万元。7月，省公安厅、省国税局、省地税局联合开展打击路面兜售发票专项行动，组织人员近200人次，两次对福州市区车站、宾馆、酒楼、超市等周边5个兜售发票重点路段实施打击行动。抓获9名兜售发票人员，当场查获有奖定额发票等5种3600多份。是年，省地税系统稽查部门重点对加油站、房地产业、金融业、餐饮娱乐业、事业单位、社团组织以及高收入群体等开展专项检查，查补税费1.74亿元。
  2003年5—7月，省国税局对普通发票用票户99883户（其中，国有企业6223户、集体企业9463户、私营企业19539户、个体企业45340户、联营企业950户、股份制企业4034户、外商投资企业3131户、港澳台投资企业3438户、其他7765户）进行检查，发现未按规定领购发票19户、未按规定开具发票1238户、未按规定取得发票189户、未按规定保管发票322户、未按规定缴销发票547户、未按规定印制发票1户。对上述有问题户进行处罚，罚款金额达100.21万元；补缴税款395.58万元。省国税稽查部门先后对福利企业及电信、房地产等行业进行专项检查。全省通过自查和税务检查共查补1855.96万元。其中，税款1729.16万元，滞纳金29.06万元，罚款97.74万元。“免、抵、退”税生产企业1938户开展自查，自查补税509.61万元，另调减免抵税额20.07万元；列入税务检查385户，查补税款851.11万元，加收滞纳金16.24万元，罚款50.26万元。是年，省国税局、省地税局、省公安厅三家联合挂牌督办的6起案件均破获。
  是年，地税系统各级税务机关采取纳税人自查自纠、重点检查、民主评税等措施，开展集贸市场专项整治。通过整治，纳税户自查5308户，自查补税170多万元；重点检查11614户，查补税费695万元；清出漏征漏管户5679户，管户增加10％，补税571.8万元，增加建账户2374户；调整定额户21754户。稽查部门重点对旅行社、建安房地产、个人所得税、物业管理等开展检查，全省共查补税费1.33亿元。
  2004年，省国税稽查局牵头组织，对汽车市场、货物运输企业、医药生产及购销企业、房地产、啤酒行业等领域的税收进行检查。检查各类纳税户13901户，查补各项收入20032.09万元。在上述5个领域之外，由各设区市国税局组织检查，查补税款1180.26万元、滞纳金72.62万元、罚款53.72万元。省国税局与公安厅联合查处“9·3”出口骗税案，该案采取虚构货物的品名、数量、金额等手段，累计开具内容不实的增值税专用发票1707份。查处追缴被骗取的出口退税款1305万元，并处罚款2610万元，案件移送公安机关追究刑事责任。完成总局交办的协查案件14批，涉案企业1289户，核查发票10153份，追缴税款1.2亿元，滞纳金109.35万元，罚款6091.93万元。其中“长兴1·9案件”涉及福建企业936户，接受增值税专用发票5776份，查实后补回税款2235.68万元，罚款2219.67万元，加收滞纳金1.95万元。同时，以此为线索延伸对布料批发行业进行税收检查，补缴税款1002万元。省国税稽查局对总局稽查局提供的涉及福建省17户高等教育出版社图书发行代理单位信息16425条进行核对检查，发现有问题企业3户，查补税款23.6万元，滞纳金0.5万元，罚款L25万元。查处涉税举报案件494件，查补收入1487.80万元，其中，税款1286.40万元'，滞纳金88.31万元，罚款113.09万元。发出委托协查10260起，涉及发票279727份，查补税款1067.83万元，罚款400.62万元。收到受托协查发票99213份，协查后有问题发票1387份，查补税款1316.49万元，罚款41.24万元。
  省国税局、省地税局、省公安厅下发《关于打击虚开货物运输发票和制售假发票等涉税违法犯罪专项整治行动工作方案的通知》，联合部署开展打击虚开货运发票、虚开废旧物资发票、虚开农产品收购发票、伪造海关进口完税证、虚开增值税专用发票、制售假发票等涉税违法犯罪专项整治行动。共重点检查企业285户，累计查处虚开（制售）假发票2957份，查补税款308.01万元、罚款14.96万元、滞纳金18.24万元。移送公安机关涉税案件2件。同时，公安机关共捣毁假票窝点3个，收缴发票117889份，收缴假公章900多枚。
  是年，地税系统稽查部门重点检查货物运输业432户，查补税费1132.8万元；检查建安房地产业550户，查补税费1.34亿元；检查全省大中院校、私人诊所个人所得税524户，查补税费3304.7万元；检查私人医疗机构62户，查补税费550.95万元；检查旅游业37户，查补税费89.43万元。6月，开展汽车市场专项检查，全省出动458人次，检查企业196户，查补各项地方税费180.8万元。
  2005年4月，省国税局对废旧物资回收企业及用废企业、房地产企业、龙岩市水泥生产企业、漳州市以农副产品为原料的生产加工企业等重点行业及企业等开展税收专项检查。共自查企业8531户，自查补税4882.16万元；税务部门检查3288户，发现有问题1468户，查补税款9109.01万元，罚款909.15万元，滞纳金291.29万元。各级国税机关根据本地实际情况安排的其他专项检查，查补各项收入4763.45万元。5月，省国税局与省地税局、省公安厅联合部署开展打击虚开货运发票、虚开废旧物资发票、虚开农产品收购发票、伪造海关进口完税证、虚开增值税专用发票、制售假发票、骗取出口退税等涉税违法犯罪专项斗争。共查处虚开（制售）假凭证份数506份，查补税款575.19万元，加收滞纳金125.16万元，罚款179.59万元。
  是年，查处“12·2”专案涉及晋江等的5家生产企业，共追缴增值税1431万元，并处1倍罚款。对18户外贸企业接受虚开增值税专用发票作出处理，共追回已退税款2515.23万元，不予退税401.82万元。全省共委托发出协查函1767起，涉及增值税专用发票19540份，经协查确定有问题发票639份，查补税款503.04万元，罚款68.13万元。受托收到协查发票12039份，经查实有问题发票1911份，共计查补税款1130.31万元，罚款421.72万元。完成手工协查案件15批，涉及企业1430户，核查发票10647份，追缴税款1.25亿元，加收滞纳金145.28万元，罚款6565.3万元（主要协查案件有：“江苏涟水2.26案件”，涉及省内企业228户，专用发票1032份；“夏都专案”涉及福建晋江5家企业，增值税专用发票205份；“12·6”、“12·8”出口骗税案件，涉及省内供货企业204户，增值税专用发票3601份；“8·9”案件，涉及福建泉州企业14户，专用发票744份）。
  地税系统稽查部门重点检查房地产行业505户，查补税费1.01亿元；检查建安行业532户，查补税费6814.63万元；检查金融保险业104户，查补税费1138.6万元；检查邮电通信行业56户，查补税费284.44万元；检查煤炭行业15户，查补税款245.27万元。全省共查补税费1.86亿元。