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一、征收方式
  省税务机关在征收方式上，对账簿、凭证、财务核算制度比较健全，能够据以如实核算，反映生产经营成果，正确计算应纳税款的纳税人采用“查账征收”（“查账计征”或“自报查账”）方式，即由纳税人在税法规定的纳税期限内，向税务机关申报应纳税收入或所得额及应纳税款，经税务机关审查核实后，填写纳税缴款书，纳税人据以缴税的一种征收方式。这种征收方式在福建省适用范围比较广泛，已成为大多数纳税人申报纳税的主要方式，同时还兼用定期定额征收、代征代扣代缴、检查站检查征收等方式。
  （一）定期定额征收
  1991年11月，省税务局制定《福建省个体工商业户税收定期定额征收管理办法》。各地执行该管理办法，对不能提供完整的收入、成本、费用凭证，难以正确计算收入额和所得额，无建账能力的个体工商业户、个人合伙、私营企业和个人承包、租赁企业（以下简称业户），适用定期定额征收方式。实行定期定额征税的业户，按月向税务机关申报收入额和所得额。完整保存进货、收入费用支出凭证，按照税务机关的规定建立简易单式账、凭证粘贴簿、购货登记簿、季（月）盘点制度等，按期报送有关纳税资料。定期定额征税实行评税制度。由主管税务机关负责人、税务专管员、群众评选的纳税组长或评税代表、个体劳动者协会、国营商业、供销社代表组成的“定期定额征税民主评定小组”，按季或半年评定应纳税额，分月征收。评税小组根据主管税务机关提交的典型调查材料和业户的纳税资料以及业户的经营地段、店面、资金、从业人员、生产设施、经营能力、行业毛利率、各项必要开支等评定其收入额、所得额和应纳税额。对业户实际应税收入额或所得额超过或低于原定额20％的，在所规定的期限内向主管税务机关申报调查定额，经主管税务机关核实后，予以调整。业户实际收入额超过原定额，而不如实申报的，按偷税论处。对临时停业不满一个月时间的，仍按税务机关核定的税额缴纳金额。停业期间，继续经营不申报的，按偷税论处。
  1993年5月，省税务局本着“抓住大户、管好中户、稳定小户”的原则，对从事“商业零售”和“其他饮食业”的定额业户，一般只调高营业税税额。同时，结合税务登记证换证工作，对漏征漏管户进行清理。7月，省国税局下发《关于进一步加强个体税收征管工作的通知》，对无账或账证不全的私营企业，试行按核定利润率征所得税办法。可比照同行业、同规模的国营企业的利润率核定应税所得额，征收所得税。
  1995年2月，省国税局对实行核定征收的纳税户，以纳税人生产经营规模、收人水平、行业盈利情况等为依据，每年调整定额定率指标，调整面达到90％、调增幅度达25％以上。3月，省国税局要求基层税务机关建立健全个体工商户的户管档案制度，建立征收底册。严格执行业户停歇业报告、审批制度，防止偷税、漏税的发生，减少税款的流失。各地采取分地区、分地段、分行业进行典型调查，掌握其营业额及盈利情况，供征收单位调整业户税收定额时参考。各基层税务机关规范定额调查程序，采取纳税人自行申报，税务部门评估、评定业户营业额，进行测算各行业业户的盈利状况，测算出毛利率，核定其个人所得税的纳带征率，并核定业户的纳税总额，最后张榜公布的办法。在核定个体工商户的纳税总额时，可邀请当地个协、工商、地税等部门参加，民主公开定税。
  1997年4月，省国税局执行《国家税务总局关于贯彻国务院批转的加强个体私营经济税收征管强化查账征收工作意见的通知》，首先在个体工商户大户和定期定额征收的私营、国有、集体、个体企业中先行建账和查账征收，并在有条件的专业市场中，结合建账，推行税控收款机；对固定经营场所的个体私营经济业户，按财务会计制度设置会计账簿。对建账户采用查账征收与定期定额征收相结合的征收方式。对经县以上税务机关批准暂不建账或不设置账簿的业户，税务机关重新核定和调整定额。7月，省国税局制定《个体工商户建账管理暂行办法》规定，符合下列情形之一的个体工商户应设置复式账：2人以上合伙经营且注册资金达10万元以上的；请帮工5人以上的；从事应税劳务月营业额在1.5万元以上或者月销售收入在3万元以上的；省级税务机关确定应设置复式账的其他情形。建立复式账的个体工商户应按《个体工商户会计制度（试行）》的规定设置总分类账、明细分类账、日记账等，进行财务会计核算，如实记载财务收支情况；成本、费用列支及其他财务核算规定按照《个体工商户个人所得税计税办法（试行）》执行。符合下列情形之一的个体工商户应设置简易账：请帮工在2人以上5人以下的；从事应税劳务月营业额在0.5万～1.5万元或者月销售收入在1万.3万元的；省级税务机关确定应设置简易账的其他情形。建立简易账的个体工商户应建立经营收入账、经营费用账、商品（材料）购进账、库存商品（材料）盘店表、利润表，以收支方式记录、反映生产经营情况并进行简易会计核算。同时，对依法经县级以上税务机关批准可以不设置账簿或暂不建账的个体工商户，应按照税务机关的规定，建立收支凭证粘贴簿、商品进销存登记簿等。对生产经营规模小又确无建账能力，经主管税务机关严格审核，报经县级以上（含县级）税务机关批准可以不设置账簿或暂缓建账的个体工商户，由税务机关组织核定定额征收。税务机关根据业户自报的生产经营情况和典型调查情况，参照同行业、同规模、同地域业户的生产经营情况及应纳税额，采用下列方法核定定期定额户的应纳税经营额及收益额，并填写“年（季度）应纳税经营额及收益额申报核定表”。
  是年，省地税局实现纳税人自行申报纳税，税务机关采用现代化手段集中征收税款（即纳税人自行计算税款，填写纳税申报表，到纳税申报大厅集中申报缴纳税款）。省地税局系统管征的个体私营经济双定户167268户。查账户949户。
  截至1998年6月，国税系统管征的全省个体户已建账17566户，占应建户的47.9％。
  1999年6月，福建省各级国家税务机关对实行定期定额征收税款的183629户纳税户，重新核定户数137219户，调整定额户数136190户。调整后，增加月税款1233.58万元。
  2001年，省地税局针对个体私营税收核定中存在的核定不公、收入情税问题，在晋江市先行试点民主评税。
  2002年，省地税局对个体工商业户进行定额调整，截至8月30日，省所属8个地市（不含厦门单列市）共调整定额户数21605户，调整面达45.58％，调增幅度为15％，月增税款381.38万元。漳州市国税局“定额信息化管理系统”投入使用。随后，福州市国税局开发应用“小规模纳税人核定征收管理信息系统”，使小规模纳税人从申请核定征收开始，到征收入库结束，全部实现计算机处理。
  2003年1月，省地税局下发《福建省地方税收定期定额民主评税管理办法（试行）》，规范民主评税的组织形式、方法和程序。地税系统对个体私营税收核定采取民主评税的做法在全省铺开，民主评税221160户，参评面91.64％，月增税款928.36万元，清理双漏户20587户。龙岩市和厦门市开元区还开展国税地税联合民主评税。计算机评税试点在漳州芗城区局、福州台江区局试点成功的基础上，推广到福州13个县（区）和三明的梅列区、沙县、永安市。5月30日，省国税局下发《关于切实加强个体税收征管工作的若干意见》，推广应用个体税收定额管理软件，实现税收定额的计算机信息化管理。
  2004年，省国税局对实行定期定额缴纳税款的个体工商户采用简易申报。全省实行“银税（邮政储蓄、信用社）划缴”办法，即利用银行（邮政储蓄、信用社）计算机网络提供的通存通兑功能，在规定的纳税期限内，实现由银行（邮政储蓄、信用社）按照税务机关核定的应纳税额直接划缴入库而完成缴纳税款。截至2004年4月，全省已有86％的“双定户”实行“银税划缴”办法。10月，省国税局发文在全省国税系统开展纳税人户籍清理及个体税收定额全面调查和调整工作。是年，地税系统（不含厦门单列市）有28个县区局的53375纳税户实行计算机核定定额，计算机核定定额户年缴纳税款17879万元。
  2005年，国税系统管征的全省个体税务登记户数224466户，已入库税款17.43亿元。除实行查账征收的户数外，个体工商户全部实行计算机核定定额的管理办法。地税系统管征的个私经济双定户296567户，查账户19977户。
  （二）代征代扣代缴
  省税务部门根据税法规定，确定代征代扣代缴税款的单位，向代征代扣代缴义务人发放代征代扣代缴证书，对应代征代扣代缴的税种、税目、税率、缴库方式和纳税期限等作出明确规定，并按规定付给手续费。
  1.批发环节代扣营业税
  1989年5月，省税务局执行《福建省人民政府办公厅印发国家税务局〈关于外商投资企业代扣代缴零售环节营业税问题的规定〉的通知》，凡国家没有规定零售价格的，一律以商品的实际批发价（销售价）加10％批零差价作为代扣营业税计税依据。当地税务机关按代扣代缴税款总额提取5％作为代扣代缴手续费，60％发给代扣代缴单位。
  从1992年9月1日起，省税务局停止执行批发环节代扣营业税的办法。
  2.代征代扣代缴个人收入调节税
  1992年，执行省政府发布的《福建省个人收入调节税综合收入征税改为单项收入征税的试行办法》规定，凡支付个人应税收入的企事业单位（含外商投资企业、外国驻华机构等）和机关、部队、团体等单位，都是个人收入调节税法定代扣代缴义务人，同时还规定对应扣未扣缴或少扣缴税款的单位，税务机关除限期追缴外，并处以未扣或少扣税款2～3倍的罚款。
  1993年，省税务局规定，对固定代扣代缴户试行“个人收入调节税代扣代缴登记表”制度，对演出市场和歌厅、舞厅、卡拉OK厅的个人收入调节税实行源头控制，加强代扣代缴工作。
  1995年4月，贯彻国家税务总局发布的《个人所得税代扣代缴暂行办法》，凡支付个人应纳税所得的企业（公司）、事业单位、机关、社团组织、军队、驻华机构、个体户等单位或者个人，为个人所得税的扣缴义务人。应代扣代缴的项目包括：扣缴义务人向个人支付工资、薪金所得；企事业单位的承包经营、承租经营所得；劳务报酬所得；稿酬所得；特许权使用费所得；利息、股息、红利所得；财产租赁所得；财产转让所得；偶然所得；经国务院财政部门确定征税的其他所得。扣缴义务人向个人支付应纳税所得（包括现金、实物和有价证券）时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款。
  1996年，省地税局制定并由省政府办公厅转发《福建省地方税（费）委托代征管理暂行办法》，对代征人的确定、代征人权利、代征人义务、代征人法律责任等作出规定。
  1997年7月，省地税局报请省政府批转《关于支持税务机关加强税收征管工作的通知》，该《通知》强调税务机关可以委托土地、房地产管理部门，无形资产转让登记部门，街道办等代征有关地方税费。全省代征单位2588个，代征人员4129人，全年代征税费5.3亿元。
  （三）检查站检查征收
  1989年1月，省税务局同意连江税务局配备税收检查艇进行海上税务检查。8月，省税务局对《福建省税务检查站工作职责暂行规定》再次进行补充：稽查经营者在出运、中转、运输环节的应税农、林、牧、水产品及是否携带税收管理合法凭证，是否货证相符、货证同行。凡运销应税产（商）品的单位和个人，统一发票（客户联）或税单、税务机关印发的外销证明单或委托加工证明单，必须随货同行，否则，税务检查站有权按规定补税罚款。对所持税收合法凭证与运销产（商）品相符的，检查人员应在凭证背面加盖检查站查验章后放行。税务检查站对过境的（包括中转）货物不得中途征收营业税。在检查中发现纳税人在起运地申报不实、货证不符，可按规定对量差部分补税罚款。在稽查中发现出售方有偷漏营业税的，可将情况反馈给纳税人所在地的税务机关处理，对未取得进货发票的，可按《福建省发票管理实施办法》的规定处理。对临时业户确认为是在货物集散地销售的商品，税务检查站可对其征收临时经营营业税。对固定业户在货物集散地销售的商品，可以征收零售环节营业税。
  1990年5月，对税务检查站进行整改：各地税务检查站执行省政府规定设点检查，不得到其他未经批准的检查站参加联检。凡查处的违章案件都要证据确凿、定性准确、处理得当，案卷资料完整。各稽查队、检查站从文到之日始，查处的案件都要进行一次复检复查，有错的应主动纠正。各税务检查站都要严格执行《福建省税务检查站工作职责暂行规定》，按规定范围进行检查，一般不接受其他部门的委托代检代征，已接受代检代征的，应将情况报告地（市）局，同时要具备代检代征的法律手续。如委托代征的“委托书”以及有关代征的政策规定、代征范围、代征计算依据、代征环节、代征处理权限等。各地对未办理报批手续的税务检查船应尽快补办报批手续。检查站人员按省税务局的要求配备，执行检查站人员轮换制度和不能用临时人员的规定。10月，省税务局同意，在福鼎县沙埕、霞浦县东冲、霞浦县海岛、宁德市三都设置税务检查船，负责税收管征和检查工作。
  1991年9月，省税务局对税务检查站查处违章案件有关问题明确如下：①税务检查站检查产品范围：应税农、林、牧、水产品及土糖、土纸、土丝、土布和桂元干、荔枝干、脱水香菇、私盐、私烟、鞭炮、焚化品、走私进口物品等；检查的地域范围：经地市税务局批准，在县（市）范围内检查地产某些工业品、手工业品，经省税务局特批，可在全省范围内检查的地产工业品。②票证违章处理问题。省税务局批准的边境税务检查站及公路干线五大站（福州联合检查站、泉州涂岭公安税务联合检查站、厦门马巷检查站、仙游郊尾检查站、南平市西芹检查站），可以对运载省税务局特批的地产品的车辆，进行随货同行发票检查。③货证同行问题。运销检查范围内的应税产（商）品的单位和个人都必须随货同行统一发票（客户联）或税单、税务机关印发的外销证单或委托加工证明单。如发现发票和随货同行联重复使用进行偷漏税的，可按有关规定处罚。外省单位和个人运销货物途经福建省，且不在福建省发生营业行为的，如能提供起运地税务机关开具的证明，确属于已经纳税的可以放行。④一票多次运载货物问题。凡是国营、集体企业运载大批量产（商）品[指税务检查范围应税产（商）品]过境，各税务检查站应在发票或委托加工证明单上记载当日过境的数量，累计至与发票或委托加工证明单上的数量相符，超量部分按违章处理。⑤内部调拨、移库产（商）品的票证检查问题。对运载属于内部调拨、移库、送展的产（商）品的票证检查，可凭业户所在地税务机关出具的证明（应注明运载时间、地点、品种、数量等），给予放行。
  1995年7月后，省税务部门贯彻《国务院关于禁止在公路上乱设站、卡，乱罚款乱收费的通知》和《关于禁止在公路上设立税务检查站的通知》，要求各地税务机关，不得在公路上设立任何形式的检查站。在公路上撤销税务检查站后，各地税务机关对税收进行源头控制。并与公安、交通、林业等部门联系，掌握货流动向及税源动态，行使税务检查权。
  二、税务登记
  1989年，继续执行1986年颁布的《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》。1992年和2001年国家对《中华人民共和国税收征收管理法》先后进行修订，税务登记工作也先后按照新发布的《中华人民共和国税收征收管理法》执行。
  （一）实施登记
  1994年8月25日，国税、地税机构分设后，对税务登记管理权限作了以下划分：凡有缴纳增值税（包括既缴纳增值税又缴纳营业税）义务的纳税人，其税务登记管理一律由国税局负责；只有缴纳营业税及其他地方税义务的纳税人，其税务登记管理由地税局负责。税务登记的变更、注销，依照上述的权限划分，由办理登记的税务机关负责办理。国税、地税机构分设后，国税对本系统征管的纳税户，逐户、逐项清理。全省国税系统管征的纳税户264978户，其中，国有企业14211户，集体企业56596户，私营企业6362户，股份制企业845户，涉外企业10465户，个体工商户174155户，其他2344户。
  从1998年6月起，省国税局执行国家税务总局发布的《税务登记管理办法》，凡有法律、法规规定的应税收入、应税财产或应税行为的各类纳税人，均依照本办法的规定办理税务登记。扣缴义务人应当在发生扣缴义务时，到税务机关申报登记，领取扣缴税款凭证。
  2003年6月，省国税局、省地税局就规范税务登记代码作出规定。在发放税务登记证件时，对同一个纳税人赋予同一个税务登记代码。根据属地原则，单位纳税人（含个体加油站）的税务登记代码由15位数组成，其中前6位数为行政区域码（经国务院批准的）或区域码，后9位数为质量技术监督部门赋予的组织机构统一代码。个体工商户以业主的居民身份证号码为税务登记代码。1位业主
  拥有多个个体纳税主体的，可在其税务登记代码后添加“-1、-2、-3、-4、-5、-6、-7、-8、-9、-A、-B、-C、-D……”以示区别，并重新公布行政区划代码和临时代码。
  2003年9月，执行国家税务总局、国家工商行政管理总局下发的《关于工商登记信息和税务登记信息交换与共享问题的通知》和省国税局、省地税局的补充规定。按照信息交换内容要求，分别采用网络、介质等手段进行传递，实现每月一次登记信息数据交换。省国税局、省地税局联合开发登记信息集中传送和比对软件，实现省工商行政管理局与国税局、省地税局间的数据自动交换和比对。
  2004年2月，省国税局实施新的《税务登记管理办法》。企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位，均应当按照规定办理税务登记。上述规定以外的纳税人，除国家机关、个人和无固定资产、经营场所的流动性农村小商贩外，应当按照规定办理税务登记。扣缴税款义务人，应办理扣缴税款登记。6月，省国税局、省地税局执行《国家税务总局关于国家税务局与地方税务局联合办理税务登记有关问题的通知》，凡缴纳增值税的纳税人，统一向国税局办理税务登记；凡缴纳营业税的纳税人，统一向地税局办理税务登记，由受理税务机关发给由国税局和地税局联合盖章的税务登记证。联合办理税务登记的工作范围包括两个税务机关共同管辖的纳税人新办税务登记、变更税务登记、注销税务登记、税务登记违章处理以及其他税务登记管理工作。
  （二）清查验证
  在纳税人办理登记后，统一建档立卡，分类别、分区域、分行业、分经济性质编制税号，定期进行清查验证。对纳税人不按规定办理税务登记、不按规定使用保管税务登记证件的，分别视情节轻重给予批评教育或者罚款。
  1993年3月，省税务部门开展全省税务登记证换证工作。对象为已办理税务登记并领取税务登记证的纳税单位和个人（不包括“三资”企业），以掌握全省征管户数和税源。
  1994年，国税系统、地税系统分别开展清户、移户工作。全省纯地税管户73224户，其中交通运输业13578户、建筑业3218户、金融保险业1563户、文化体育业872户、娱乐业3201户、服务业34510户、其他16282户；国税、地税共管户94820户，清理漏管户1355户，查补税款298.23万元，代扣代缴户38872户。
  1996年，全省地税系统换发税务登记证，并开展漏征漏管户清理。从5月起，省国税局执行国家税务总局关于换发税务登记证件的通知，在全省分三阶段开展换证工作。
  1998年1月，省国税局对全省国有、集体、私营、联营、股份制、个体企业的纳税人，开展税务登记证验证工作。5月底验证完成，全省税务登记户数237897户，应验证户数207739户，已验证户数190943户，验证面92％。验证期间共查出漏征漏管户2247户，查补税款和罚款金额2706.76万元。6月，国税、地税两系统开展清理漏征漏管户，国税系统共检查清理漏征漏管户10529户，查补税款1999.17万元，罚款332.4万元，加收滞纳金31.01万元。地税系统共清理漏征户6110户，漏管户18356户，补税1610.77万元，加收滞纳金78.83万元、罚款177.75万元。
  1999年，省国税局、省地税局执行国家税务总局决定，在全省统一换发税务登记证。国税系统共换证259936户，补办税务登记证2178户，遗失补发税务登记证329户。地税系统更换税务登记证312710户、注册登记证21377户，清理漏管户6806户，补税397.85万元，加收滞纳金46.44万元、罚款26.31万元。
  2001年，省国税局下发通知，要求对新办税务登记的企业所得税纳税人实行跟踪管理。
  2002年，地税系统开展集贸市场整治，共检查419个市场，清理漏征漏管户6369户，查补税款577.8万元。
  2003年，地税系统开展户籍信息清理，截至年底，有非正常户72747户，经清理恢复申报1019户，按规定注销29206户，注销面达40.15％。
  2005年，地税系统共清理漏征漏管户25201户，查补税费4281.11万元。是年报经省政府批准，调整省地税局直征分局的管户范围，按属地管理和财政体制相结合的原则，下放1000多户划归福州市地税局管辖。
  三、纳税鉴定
  1989年，继续贯彻1986年国务院发布的《中华人民共和国税收征收管理暂行条例》和财政部发布的《税收征收管理若干具体问题的规定》开展纳税工作。鉴定内容：纳税人适用的税种、税目、税率或单位税额、纳税环节、计税依据、纳税期限、缴纳日期及征收方式；确定纳税人应遵守的有关财务成本费用、列支范围、开支标准、财务制度；纳税人报送纳税申报表、纳税资料及有关制度。1989—1992年，全省各级税务部门对纳税鉴定进行定期检查。
  从1993年1月1日起，实行《中华人民共和国税收征收管理法》，对纳税鉴定不再提出硬性要求。
  四、纳税申报
  从1990年起，推行纳税人上门申报纳税制度。
  1995年10月，省地税局实施纳税人“自核自缴”的纳税申报制度，将申报缴税模式由当时的“先报后缴”形式逐步改成“先缴后报”或“即报即缴”模式。该制度推行后，城镇固定业户申报率达90％以上。
  1996年，省地税系统推行办税员持证上岗制度，培训办税员9万余人，有7万多人取得“办税员证书”，全省纳税申报率达95％。同时，开展申报方式和缴库方式改革，试行邮寄申报和电子申报。
  1997年11月，省国税局执行国家税务总局和邮电部《关于印发〈邮寄纳税申报办法〉的通知》。凡实行查账征收方式的纳税人，经主管税务机关批准，均可采用邮寄纳税申报。是月，省国税局、省地税局执行国家税务总局、中国人民银行、财政部《关于加强申报纳税工作有关问题的通知》，规范银行机构进驻办税服务场所的做法。此后，福建省逐步实行银行税务一体化管理，即纳税人在银行开设税款预储账户，按期提前存人当期应纳税款，并在法定.的申报税款期内向税务机关报送纳税申报表和有关资料，由税务机关通知划款入库。
  2000年，国税系统采用金融、邮政网点、电话、网络（计算机远程）等多元化申报纳税方式。地税系统在福州、厦门、三明等市采用邮寄申报、电子申报、电话申报等方式，福州地税外税局采用互联网上申报缴税的方式。
  2001年，漳州地税局对税邮一体化划缴税款进行试点。之后，省地税系统推行税邮一体化划缴税款的做法。
  2003年，省国税局制定《省国税局电子开发服务单位管理办法》，就服务单位的确定、工作联系制度、服务保障要求、监控与考核、服务单位的权利等五个方面作了明确规定。同时，根据国家税务总局有关金税二期完善与拓展的统一部署，下发《关于推行网上认证与网上申报有关事项的通知》。各地与服务单位签订服务协议，配合服务单位开展网上申报与认证的企业端培训和软件安装。在实现CTAIS工程全省上线运行的同时，落实电子申报（包括网上申报和介质申报）的推广工作。7月，福州市国税局征期进行试点运行成功后，扩大到莆田、泉州市国税局，从8月起向全省推行。12月，电子申报平台已覆盖全省8个地市的77个区县级国税管征单位，占全省区县级管征单位91个的84.6％。到年底，全省已有150403户纳税人实现多元化申报，占征管户数180105户的83.51％。部分单位还进行远程网络申报缴税的试点，与国库进行联网。是年，地税系统在厦门、福州、泉州先后开展税库行联网电子缴税改革。
  2004年2月，省地税局依托人民银行福州中心支行“同城资金电子清算系统”，在福州开展“税库行联网缴税”试点。8月，省国税局在漳州、龙岩、三明、南平和宁德市国家税务局开展“统一电子申报平台”试点。
  2005年5月，省国税系统的“统一电子申报平台”已全部覆盖全省91个区县级国税管征单位。截至11月，全省已推行电子申报纳税24090户，占一般纳税人总数32975户的73.06％。电子申报写入CTAIS软件系统的成功率达到99％以上。全省小规模纳税人、个体业主运用多元化申报纳税面达85％以上。除个别县（市）外，全省国税、金库、银行横向联网系统已投入运行。全省地税系统有16.78万户的双定户被纳入税银（邮）一体划缴，累计划缴税款36.59亿元；被纳入税库行联网的企业66250户，自动划缴税费257.52亿元。
  五、发票管理
  （一）普通发票管理
  1989—2005年，继续执行1987年发布的《福建省发票管理实施办法》。
  1.发票印刷厂家管理
  1993年1月，省税务局批准66家单位为福建省税务机关指定印刷发票企业。
  1994年12月至1995年4月，省国税局组织各地（市）国税局对原发票定点厂进行全面清理和审查，重新确定36家印刷企业为全省国税系统普通发票印制定点单位。
  1995年3月，省地税局印发《关于准印厂发票印制管理规定的通知》，对准印厂发票印制的组织领导、业务承接、印制管理、保密、质量检验、发票保管及违反规定的处罚等作出规定。省地税局先后批准55家印刷企业为地税系统发票准印厂。
  1996年，省国税局制定机外普通发票的统一集中印制办法，规范发票的印制管理。5月，省地税局批准发票印制定点企业17家，并从1997年起，每年对发票印制定点企业进行一次年检，对未能通过年检的企业自动取消发票准印资格。
  1997年12月，省国税局下发《普通发票定点印刷企业管理规定》，定点印刷企业由省国税局审批并发给“发票准印证”；承印发票，按照《发票印刷通知书》规定执行。
  1998年，省地税系统成立发票管理所，专司全省系统发票印制、防伪品调拨、准印企业等管理工作。
  2.发票版式与防伪管理
  1991年7—12月，全省完成全国统一“发票监制章”的刻制和发放、发票联底纹式样的下发和发票样本的制作。1992年，新、旧版发票交替使用，同时对发票开展全面的清理和整顿。1993年1月，使用新版发票，停止使用旧版发票。
  1994年11月，省国税局统一刻制发放全国统一的“发票监制章”式样，重新明确各地（市）、县（市、区）的发票代码。印制普通发票，按照《福建省通用发票样本》统一的式样执行，并在发票字轨号码前统一冠以“国税”字样。
  从1997年1月起，福建省更换采用统一防伪措施的新版普通发票。新版普通发票特点为：使用专用水印纸印制发票联，不加印底纹，使用专用有色荧光油墨套印发票监制章及发票号码。3月，启用全省统一加密防伪发票专用章。发票专用章分企业和个体工商户圆、方两种形状。对发票专用章规格、尺寸、图文的字样、字体排布、防伪标志等都作了具体规定。
  从1998年3月起，印制普通发票一律套印地（市）级以上“发票监制章”，取消套印县（区）级“发票监制章”。
  2001年6月，省地税局下发《关于对福州市区饮食服务娱乐业纳税户推广使用有奖定额发票的通知》，在发票联字样的左端空白处印制隐含磁码防伪。10月，省地税局执行国家税务总局关于使用干式复写纸有关问题的通知，采用干式复写纸印制。
  2004年8月，省地税局执行全国统一的普通发票分类代码和发票号码。发票分类代码全国统一为12位，由省地税局统一编制；发票号码为8位，由省地税局根据每种发票印制的时间顺序连号编排。
  从2005年1月起，有奖定额发票开始推广使用阴阳码防伪技术。6月，省地税局下发《关于司法鉴定中介机构参与发票真伪鉴定问题的批复》：①对税务机关遇到通过自身手段无法确定发票真伪、需要进一步利用科技手段进行技术鉴定的发票，同意委托经省司法厅批准并持有“司法鉴定许可证”的福建省人才资信司法鉴定中心鉴定；②有关单位或个人自愿选择税务机关以外的其他单位进行发票真伪鉴定，税务机关不予干预。11月，省国税局下发《关于进一步加强普通发票防伪专用品和发票监制章管理有关问题的通知》，对普通发票从订货申请、入库管理及发票监制章式样、入库保管、领用程序、作废停用等方面进行规范。省国税局将国家税务总局下发的普通发票监制章样章原件从制作厂家收回，暂时委托福州市国税局代管，并由该局征管处代为行使省国税局有关职责。
  3.发票票样管理
  从1991年1月1日起，福建省启用全国联运行业货运统一发票。
  1994年12月，省国税局规定从1995年3月1日起用“发票换票证”式样，由省国税局集中统一印制，逐级发放。原“换票证”随之停用。同意增设“福建省xx县（市）电费专用发票”式样，作为电力公司向非增值税一般纳税人和个人收取电费时使用。
  1995年3月，省国税局增设缉私汽车、摩托车专用发票。从10月起，启用“国际航空旅客运输专用发票”式样。11月，要求各地从严控制增设发票式样，凡需要增设普通发票式样的，一律按规定逐级上报省国税局审批。
  1998年12月，省国税局要求从事机动车零售业务的单位或个人，必须使用税务机关印刷的“机动车销售统一发票”。
  1999年1月开始，福建省启用统一机动车销售发票，旧版发票停止使用。同时，启用“福建省粮食销售专用发票”。2月，省国税局同意福州市国税局增设商业普通发票版面，即增设“福建省福州市市场销售普通发票”和“福建省福州市商业零售普通发票”版面，分别作为农贸市场、专业批发市场和实行集中收款的商业企业使用。7月13日，省政府办公厅下发《省政府办公厅转发省地税局关于加强地方税收征收管理工作请示的通知》明确：除经财政部和省财政厅批准纳入财政预算管理和财政专户管理，并经省财政厅和地税局联合列举不征税的使用财政部门管理的行政事业收费票据外，其他一律使用税务机关管理的发票；严格财务报销制度，凡不符合规定的发票不得作为财务报销凭证。
  从2000年1月1日起，福建省对所有类型的企业出口商品所使用的发票由福建税务机关统一印制，套印发票监制章，并在发票右上角标明“出口专用”字样。4月，省国税局修订“福建省出口商品销售发票”为“福建省出口商品销售统一发票”。同时，为了适应个别用户业务需求，企业可申请印制冠名发票，并报经省国税局审定后按规定要求和程序办理。5月，省地税局下文增设“非经营性收入专用发票”，适用于各企事业单位、机关单位收取的按现行规定不征收流转税的合同违约金、交通事故赔偿、对外投资收益、股息、红利、捐赠款、外单位投资款、下级上缴款、上级拨款时开具。6月，省地税局发文增设“企事业机关单位资金往来统一票据”，适用于企事业机关单位在发生各项资金往来结算业务时开具，包括收取预收款、借款、押金、定金、保证金、临时代保管款等。8月，下发《关于军队、武警部队取得应税收入使用税务发票的通知》明确：军队、武警部队对外经营取得的各项应税收入均应到所在地税务机关办理税务登记，使用税务发票；企事业机关单位或个人租用军队、武警部队的房屋，在支付款项时须取得收款方开具的发票。
  2003年，省地税局增设铁路货物运输专用发票，适用于铁路货物运输业务。3月，启用“福建省xx市粮食收购普通发票”。
  2004年，省地税局增设“福建省xx县（市）货物快递业务专用发票”，适用于邮政企业以外的快递公司快递经营业务；增设“福建省xx县（市）建筑安装分（转）包工程专用发票”，适用于由总承包人代扣缴营业税及其附加的建安分（转）包工程项目之间的款项结算。1月8日，省地税局下发《关于地税窗口电脑开具发票问题的通知》，明确窗口开具机外票的票样为12种。6月30日，省地税局下发《关于纳税人申请印制、领购发票表报式样的通知》，将与实施税务行政许可相关的《发票定点承印企业审核表》、《企业印制发票审核表》、《发票领购审核表》、《自印发票领用审核表》的表样下发，从2004年7月1日起使用。8月，省国税局批准增设中国石油化工股份有限公司福建漳州销售分公司机外发票式样。9月，启用全国统一分类代码和发票号码，旧分类代码和发票号码使用时间截至2004年12月31日。印发新版“全国联运行业货运统一发票”式样。10月，省国税局决定“税务机关代开统一发票”的印制，比照“机动车销售统一发票”委托各设区市印制。12月，启用电脑版医药销售普通发票式样。
  2005年9月27日，省地税局下发《关于启用省地税局发票样本（2005版）的通知》，共统一规范10类109种发票票样。10月，省国税局启用“福建水利供水普通发票”和全国统一“二手车销售发票”。省地税局增设“交通银行xx分行代理收款业务发票”，适用于个人消费者通过金融机构支付电话费（含电信、移动、联通、铁通、网通等）、公交巴士费、有线电视收视费等属于地税管征范围的款项；增设“福建省铁路工附业服务发票”，适用于福建省境内的铁路运输主业各单位对外提供铁路工附业劳务，取得劳务收入、对外施工配合费收入、铁路专用线管理费收入、对外装卸收入、设备租金收入等（不包括对外取得的餐饮、娱乐服务、建筑安装、房产出租等）；增设“福建省人寿保险专用发票”，适用于各种类型的人寿保险业务；增设“福建省xx市管道运输专用发票”，适用于福建省管道运输在结算运输费用时使用；增设“福建省xx市电信自助业务专用发票”（卷式机外票），适用于用户在电信企业的自助终端设备查询缴费情况时，自助打印缴费发票。
  （二）增值税专用发票管理
  从1994年1月起，按照国家税务总局《增值税专用发票使用规定》对增值税专用发票实施管理。7月，统一使用新版增值税专用发票（简称专用发票）。
  1.发票印制和防伪管理
  1994年3月，福建省增值税专用发票用纸全部是国家税务总局供应的水印纹防伪专用纸，分别由福州市第四印刷厂（A-标志代号）、福州市印刷纸品厂（B）、南平市第一印刷厂（C）、泉州市新秀彩印公司（D）四家发票定点厂统一印制。专用发票票面的监制章冠以“省税务局监制”字样。专用发票的票面限额统一为：中文版万元、拾万元、佰万元三种；英文版万元、拾万元两种。是月，省税务局按照国家税务总局发出的通知及公告，规定从1994年4月起，所有单位和个人一律使用全国统一防伪专用纸印制的专用发票，原非统一防伪专用发票停止使用。
  从1996年1月起，取消佰万元版、千万元版增值税专用发票。凡一次开票其销售额达到百万元以上的，均纳入增值税防伪税控系统，利用该系统开具计算机专用发票。
  2002年8月，对原拾万元版改为万元版的专用发票，从2002年9月1日起，停止使用。
  2.发票领购、使用及开具管理
  专用发票只限于增值税的一般纳税人领购使用，增值税的小规模纳税人和非增值税的纳税人不得使用。1994年初，省税务局规定，一般纳税人有下列情形之一者，不得领购使用专用发票：会计核算不健全，不能按会计制度和福建省税务机关的规定准确核算增值税销项税额、进项税额和应纳税额者；不能向省税务机关准确提供增值税销项税额、进项税额、应纳税额数据及其他有关增值税税务资料者；经税务机关责令限期改正而仍未改正者；销售的货物全部属于免税项目者。有上列情形的，纳税人已领购使用专用发票，税务机关应收缴其结存的专用发票。同时，省税务局还规定，一般纳税人销售货物（包括视同销售货物在内）、应税劳务，根据增值税细则规定应当征收增值税的非应税劳务（以下简称销售应税项目），必须向购买方开具专用发票。但下列情形不得开具专用发票：向消费者销售应税项目，销售免税项目，销售报关出口的货物，在境外销售应税劳务，将货物用于非应税项目，将货物用于集体福利或个人消费，提供非应税劳务（应当征收增值税的除外），转让无形资产或销售不动产，转让无形资产或销售不动产，向小规模纳税人销售应税项目。
  2000年1月，对商业企业零售的烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品不得开具专用发票；对工商企业销售的机械、机车、汽车、轮船、锅炉等大型机械电子设备，如购货方索取专用发票，销货方可开具专用发票。
  3.保管、检查
  1994年初，省税务局建立验收制度，对运达的专用发票逐级进行验收，办理手续。建立专门的仓库，存放专用发票，专人负责和定期检查。4月，省税务局开展专用发票专项检查工作。6月，做好新版专用发票供应和发放工作。对原版专用发票清点造册，统一上缴。9月，省国税局制定《增值税稽核工作制度》、《福建省增值税专用发票内部管理制度》、《福建省增值税专用发票计算机稽核制度》。
  1995年4月，各地（市）国税局对所属专用发票仓库进行自查。7月，省国税局组织两个检查组对福州、莆田两市和6个县级局的专用发票库房建设进行抽查，作出达标认定通报。
  2002年8月，省国税局开展库存专用发票检查清理工作。对手工万元版专用发票使用进行审核。对须销毁的专用发票，本级先组织清点造册，上报省国税局审批后统一销毁。
  2005年8月，省国税局对免征增值税货物专用发票的管理，进行全面清查。
  4.代开发票
  1994年3月，执行国家税务总局下发的《国家税务总局关于由税务所为小规模企业代开增值税专用发票的通知》。凡能履行纳税义务的小规模企业，经县（市）税务局批准，其销售货物或应税劳务由税务代开专用发票。代开专用发票，应在专用发票“单价”栏和“金额”栏分别填写不含其本身应纳税额的单价和销售额；“税率”栏填写增值税征收率6％；“税额”栏填写其本身应纳的税额，即按销售额依照6％征收率计算的增值税额。一般纳税人取得由税务所代开的专用发票后，应以专用发票上填写的税额为进项税额。
  六、出口退税管理
  1989年，继续执行1985年4月国务院发布的《关于批转财政部〈关于对进出口产品征、退产品税或增值税的规定〉的通知》，对福建省出口产品实行退（免）税政策。
  1994年1月，对原有的产品税、增值税、特别消费税的出口退税管理办法进行改革，建立以新的增值税、消费税制度为基础的出口货物退（免）税制度。
  （一）出口退税税率
  1989—1993年，福建省出口产品退税率是根据出口产品的税种和实际税负不同，分别适用产品税税率、产品税综合退税率、增值税税率、增值税核定退税率、营业税退税率和特别消费税的单位税额。营业税退税率统一规定为3％，其他各税种的退税率有140多档，从3％到58.66％不等。属于产品税征收范围的出口产品，有产品税综合退税率的，按综合退税率退税；没有综合退税率的，按产品税税率退税；属于增值税征收范围的出口产品，有增值税核定退税率的，按核定退税率退税，没有核定退税率的，按增值税税率退税。外贸企业出口产品在国内仓储、运输等环节支付费用和银行存款利息中包含的营业税，统一按出口产品退还产品税，按增值税价格的3％计退税。生产企业直接出口的产品，一律不退3％的营业税；属于特别消费税征收范围的出口产品，按单位税额计算退税。
  1994年后，实施新税制，出口货物仅退增值税和消费税。
  从1994年1月1日起，计算出口货物应退增值税税款的税率，依照《中华人民共和国增值税暂行条例》规定的17％和13％税率执行；对从小规模纳税人购进特准退税的12类货物依6％退税率；从农业生产者直接购进的免税农产品不办理退税。
  1995年6月30日后报关离境的出口货物，除经国家税务总局批准按增值税征税税率退税的大型成套设备和大宗机电产品外，一律按下列税率计算进项税额或退税款：农产品、煤炭，退税率为3％；以农产品为原料加工生产的工业品和适用13％增值税税率的其他货物，退税率为10％；适用17％增值税税率的其他货物，退税率为14％；从小规模纳税人购进并按《国家税务总局关于印发〈出口货物退（免）税管理办法〉的通知》规定的货物可以办理退税，退税率为6％。
  1996年1月1日后报关离境的出口货物按下列税率计算退税：煤炭、农产品出口退税率仍为3％；以农产品为原料加工的工业品和按13％的税率征收增值税的其他货物，出口退税率由10％调减为6％；按17％的税率征收增值税的其他货物，出口退税率由14％调减为9％。从小规模纳税人购进的煤炭、农产品货物退税率为3％，购进以农产品加工的工业品、征收增值税的其他货物，退税率为6％。
  从1999年1月起，省国税局决定提高部分货物的出口退税率：机械及设备、电器及电子产品、运输工具、仪器仪表四大类机电产品的出口退税率提高到17％；农机的出口退税率提高到13％；纺织原料及制品、钟表、鞋、陶瓷、钢材及其制品、水泥的出口退税率提高到13％；有机化工原料、涂料、染料、颜料、橡胶制品、玩具及运动用品、塑料制品、旅行用品及箱包的出口退税率提高到11％；执行6％出口退税率的货物，包括以农产品为原料加工生产的工业品及其他货物的出口退税率提高到9％；农产品的出口退税率提高到5％。从7月起，省国税局提高部分货物的出口退税率：服装的出口退税率提高到17％；服装以外的纺织原料及制品、四大类机电产品以外的其他机电产品及法定税率为17％且现行退税率为13％或11％的货物的出口退税率提高到15％；法定税率为17％且现行退税率为9％的其他货物和农产品以外的法定税率为13％且现行退税率未达到13％的货物的出口退税率提高到13％。
  从2004年1月1日起，出口货物按下列规定的出口退税率执行：货物维持现行出口退税率不变的包括：现行出口退税率为5％和13％的农产品；现行出口退税率为13％的以农产品为原料加工生产的工业品；现行税收政策规定增值税税率为17％、退税税率为13％的货物；船舶、汽车及其关键零部件、航空航天器、数控机床、加工中心、印刷电路、铁道机车等现行出口退税率为17％的货物；小麦粉、玉米粉、分割鸭、分割兔等货物的出口退税率，由5％调高到13％；取消原油、木材、纸浆、山羊绒、鳗鱼苗、稀土金属矿、磷矿石、天然石墨等货物的出口退税政策。对其中属于应征消费税的货物，也相应取消出口退（免）消费税政策。调低出口退税率的货物有：汽油、未锻轧锌的出口退税率调低到11％；未锻轧铝、黄磷及其他磷、未锻轧镍、铁合金、钼矿砂及其精矿等有关规定所列明的货物的出口退税率调低到8％；焦炭半焦炭、炼焦煤、轻重烧镁、萤石、滑石、冻石等有关规定所列明的货物的出口退税率调低到5％；除上述规定的货物外，凡现行出口退税率为17％和15％的货物，其出口退税率一律调低到13％；凡现行征税率和退税率均为13％的货物，其出口退税率一律调低到11％。
  2004—2005年，国务院又陆续调整了部分产品的退税率。①取消下列商品的出口退税：除盐、水泥以外的所有非金属类矿产品：煤炭，天然气，石蜡，沥青，硅，砷，石材料，有色金属及废料等；金属陶瓷，25种农药及中间体，部分成品革，铅酸蓄电池，氧化汞电池；细山羊毛、木炭、枕木、软木制品、部分木材初级制品等。②降低下列商品的出口退税率：钢材出口退税率由11％降至8％；陶瓷、部分成品革和水泥、玻璃出口退税率分别由13％降至8％和11％；部分有色金属材料的出口退税率由13％降至5％、8％和11％；纺织品家具、塑料、打火机、个别木材制品的出口退税率，由13％降至11％，非机械驱动车（手推车）及零部件由17％降至13％。③提高部分商品的出口退税率：重大技术装备、部分IT产品和生物医药产品以及部分国家产业政策鼓励出口的高新科技产品等，出口退税率由13％提高到17％；部分以农产品为原料的加工品，出口退税率由5％或11％提高到13％。
  （二）手续程序
  1.登记
  凡在福建省境内经国家对外贸易部及其授权单位批准享有进出口经营权的外贸企业、工贸集团、生产企业和1994年1月1日以后批准设立的外商投资企业，都是出口退税登记的对象。上述企业必须在自批准之日起30日内，向所在地主管出口退税的税务机关申请办理退税登记。
  出口企业领取“出口企业退税登记证”后，发生停业、改名、迁移、合并、分设和变更经营范围、经营方式、隶属关系等情况，应在变动之日起30日内，将原登记证和申请变更内容、理由说明书以及批准变更部门的批件一并送原办理退税登记的税务机关，申请办理变更登记、重新登记或注销登记。
  出口企业因停业、合并、分设、破产等而办理注销登记的，税企双方应对原出口企业的出口退税情况进行全面的清算，办理多退少补手续，清算完成后方可办理注销登记手续。
  2.申报
  出口企业办妥退税登记后，即可向主管出口退税的税务机关申请办理有关出口货物退（免）税事宜。
  福建省对出口货物退（免）税实行凭单申报的办法，即出口企业将规定必须提供的出口货物报关单、出口收汇核销单、增值税专用发票、专用税票和出口销售发票一一配对，并将单证上有关数据填入《出口货物退（免）税申报表》，经当地外经贸主管部门稽核后，再上报主管出口退税的福建税务机关，据以申报退（免）税。从1995年下半年开始试行出口退税计算机申报。1996年，全面应用出口退税单机版审核软件，对出口退税实行电子化管理。从1998年起，福建省试行出口退税计算机管理软件的网络版。2002年，推行二期网络版。2002年下半年，口岸电子执法系统出口退税子系统在福建省试运行。2003年，正式联网运行，福建税务部门从口岸电子执法系统中直接取得出口退税所需的电子信息。8月，推行利用增值税专用发票电子信息审核出口退税管理软件，利用“金税工程”中的专用发票电子信息审核办理出口退税。2004年，简化出口企业申报出口退（免）税的单证和程序。2005年，福建省对国税机关内部的退（免）税认定、申报和受理及日常管理进行统一规范。
  出口企业在一个会计年度终了后3个月内，必须向福建省税务机关申报办理年终清算手续。在年度终了3个月后，按出口货物退（免）税政策规定，对出口企业上一会计年度内报关出口并作销售的各类已申报办理或未申报办理退（免）税的出口货物的有关经济内容进行一次全面、系统的清算、审核和检查，办理多退少补。
  3.审批
  1996年，福建省出口退税全面实行计算机管理后，主管出口退税的税务机关对出口企业申报资料的审核，主要是通过出口退税审核子系统审核完成的。出口退税审核子系统将出口企业申报数据与税务机关掌握的海关信息数据、外汇核销信息、税务机关内部交换信息（增值税专用发票和专用税票）、外经贸主管部门提供的信息等参考数据进行计算机自动审核。对审核疑点按规定发函或派员调查，在没有收到回函或查清之前，一律不得办理退税。
  福建省各级税务部门在税务机关内部建立三级审核管理制度。首先由经办人员对出口企业申报资料进行初审，然后送部门负责人复审，最后送主管领导审批后开具“收入退还书”，由会计人员送交当地金库，金库凭县（市）以上税务机关填制的“收入退还书”办理退库手续。
  1994－2005年，福建省累计办理出口退税517.36亿元，退税规模从1994年的23.77亿元发展到2005年的118.72亿元，增长近4倍。