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为适应工商行政管理体制改革的要求，省工商行政管理系统原有部分事业单位逐步被剥离。1998年，全省工商行政管理机关开始实行垂直管理，原先为实施市场办管分离而成立的市场服务机构全部被移交给当地政府。2001年1月，《福建工商报》更名为《海峡消费报》，被划转给省消费者委员会主办。省商标事务所于2002年5月与省工商局脱钩。2003年12月，经省委编办同意，海峡消费报社被划转到《福建日报》报业集团主管主办。至此，全省工商行政管理系统事业单位有福建省工商行政管理学校和福建省工商局后勤保障服务中心。
  一、福建省工商行政管理学校（干部学校、党校）
  省工商行政管理学校、省工商行政管理干部学校和中共福建省工商局党校合署办公，实行三块牌子一套人马的体制。1996年，省委机构编制委员会办公室核定学校使用工商基层专项行政编制80名，至2005年未变。1996年是省工商行政管理学校中专学历教育由高中后中专改制为初中后中专的第二年。学校（包括干部学校）有专职教师39人；中级职称以上人员中，教师系列20人，非教师系列4人。2003年，省工商行政管理学校中专学历教育停办，原有教师根据需要从事干部培训工作。
  二、福建省工商局后勤保障服务中心
  1999年3月，根据省委编办下发的闽委编办〔1999〕44号文，省工商局后勤保障服务中心（以下简称后保中心）为正处级事业单位，核定处级领导职数2名；编制由系统内部调整，从省消费者委员会编制中划拨2名，从省广告协会编制中划拨3名，共计5名。该中心主要职责是负责局机关和全省工商行政管理系统后勤保障工作；承办本系统大宗办公用品采购与供应；开展干部培训的后勤服务及企业咨询服务等工作。
  2000年，根据闽委编办〔2000〕34号文，后保中心核定编制10名，当时到位5名；设办公室、财务部，确定专人管理省工商印刷厂；接着组建省工商局后勤保障服务中心干部培训部（以下简称培训部）。该培训部承担本系统培训与会议的接待任务，地点在省工商行政管理干校内，实行企业化管理，当年8月开始运作。
  2001年，后保中心到位人员7人。根据省工商局下发的闽工商办字〔2001〕363号文，省工商局采购小组于当年6月正式成立。采购小组由后保中心牵头，联合办公室、财装处和纪检监察等处室组成。2002年，后保中心人员有5人。
  三、福建省商标事务所
  1996年，省商标事务所是省工商局下属正处级事业单位，有工作人员16名，履行事业法人登记和企业法人登记，实行企业化管理，财务独立核算，自负盈亏，独立承担民事责任，开展各项商标代理业务。1月至3月，省商标事务所福鼎、闽北和宁德地区代理所相继成立。9月，该所组建下属福建顺业服务有限公司、福建省商标评估中心。
  2001年4月26日，省工商局根据《国务院办公厅转发一国务院清理整顿经济鉴证类社会中介机构领导小组关于经济鉴证类社会中介机构与政府部门实行脱钩改制意见的通知》精神，下发《关于商标事务所与工商行政管理机关实行脱钩改制的通知》。省商标事务所在拓展代理业务的同时，着手与省工商局机关脱钩的准备工作。
  2002年5月，省商标事务所完成脱钩改制，更名为福建省海峡商标事务所有限公司。
  四、福建工商报社
  1996年7月1日，《福建工商报》创刊10周年暨扩版周二大报。同月，省工商局成立《福建工商报》办报指导委员会，18名委员中包括省委宣传部、省监察厅、省邮电局、省新闻出版局有关领导。12月，《福建工商报》发行量达175000份，成为当时本省发行量最大的经济类报纸。
  1998年6月，国家新闻出版总署授予福建工商报社“全国地方报社管理先进单位”称号。
  1999年1月1日起，《福建工商报》周二出版的“经济周刊”由报社与省私营企业协会合办。周六出版的“消费周刊”，由报社与省消费者委员会合办。
  2000年9月，根据国家新闻出版署关于报刊机构调整批复精神和报刊变更登记的有关规定，福建工商报社着手机构调整、变更登记与移交等工作，时有在职工作人员27名。
  2001年1月，《福建工商报》更名为《海峡消费报》，由省工商局移交省消费者委员会主办。
  2003年6月，海峡消费报社（包括在职工作人员18名）被划转到《福建日报》报业集团。