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中共十五大后，省工商行政管理系统所属机构，有增有调有撤。1998年，全省工商行政管理系统实行省级以下机关垂直管理的体制。2000年，政府机构实行新一轮改革，工商行政管理机关的内设机构作出相应调整。2004年，全省县（市、区）级工商行政管理机关相继成立“12315”消费者申诉举报机构，工商所（分局）完成整合重组。2005年，全省工商行政管理机构设置基本规范，权责明确，管理统一。
  一、省级机构
  （一）内设机构
  1996—1997年，省工商局内设12个处、室（见图11-1）。
  1998年，省工商局根据国务院《批转国家工商行政管理局工商行政管理体制改革方案的通知》，向省政府呈交《福建省工商行政管理体制改革实施方案》，12月，经省政府批转执行。该方案确定省以下工商行政管理机关实行垂直管理体制，并对机构、编制和干部管理、财务经费管理及市场办管脱钩等问题提出规范化要求。
  2000年，省工商局本着“精简、效能、合理”的原则，根据省委、省政府《关于福建省级党政机构改革的实施意见》和《关于制定福建省级党政机构“三定”规定的通知》，参照国家工商局“三定”方案，起草《福建省工商行政管理局职能配置、内设机构和人员编制规定》。8月，省委办公厅、省政府办公厅下发该规定，明确省工商局是省政府主管市场监督管理和行政执法工作的正厅级直属机构，对全省工商行政管理系统实行垂直管理，其主要职责：一是贯彻执行国家工商行政管理工作的方针、政策和法规，草拟有关工商行政管理的政策和地方性法规，并组织实施；二是主管全省工商企业登记注册工作，核定注册单位名称，审定、批准颁发有关执照，实行监督管理；三是组织监督检查市场竞争行为，查处垄断和不正当竞争案件，打击流通领域的走私贩私行为和经济违法违章行为；四是保护消费者合法权益，组织查处侵犯消费者权益案件，组织查处市场管理和商标管理中的经销掺假及假冒产品行为；五是监督管理个体工商户、个人合伙和私营企业，并规范其经营活动，保护其合法权益，引导其健康发展；六是组织管理本省行政区域内设立的中外合资经营企业、中外合作企业、外商投资企业和外国企业常驻代表机构、华侨港澳企业常驻代表机构等的登记注册，核发《中华人民共和国营业执照》、《外国企业常驻代表机构登记证》，依法监督其登记注册行为；七是组织实施各类市场经营秩序的规范管理和监督，管理经纪人、经纪机构；八是管理全省商标工作，组织认定全省著名商标、推荐全国驰名商标，查处商标假冒侵权行为，保护注册商标专用权，指导商标事务所开展商标代理事务；九是监督管理全省广告经营活动，审核企事业单位广告经营资格，查处广告经营和广告宣传中的违法、违章行为；十是管理全省合同工作，查处合同违法行为，管理动产抵押登记，组织监管拍卖行为；十一是指导省个体劳动者协会、私营企业协会、广告协会、商标协会、消费者委员会的工作；十二是负责全省工商行政管理系统机构、编制、人员、财务的垂直领导和统一管理，按干部管理权限管理工商行政管理系统领导班子；十三是负责全省工商行政管理系统的思想政治工作、干部岗位培训、专业学历教育、职业道德教育和工商行政管理工作的宣传活动；十四是监督检查本省工商行政管理系统各级机关及其工作人员执行国家法律、行政法规和规章的情况；十五是承办省政府交办的其他事项。省工商局设11个职能处、室（见图11-1）。12月，为适应全省工商行政管理体制改革，加强对省以下机构的垂直管理和进一步理顺工作关系，省工商局发文，决定办公室设秘书科、政研科、行政科、宣传科、档案科、管理科、老干科；财务装备处设综合科、财会科、审计科、装备科；人事教育处设干部科、人事科、基层教育科。其他处室不设科。
  2003年12月，省委机构编制委员会办公室（以下简称省委编办）发文同意省工商局设立离退休干部工作处，该处为正处级机构。
  2005年2月，省委编办发文，批准省工商局企业注册管理处更名为企业注册登记局，负责各类企业、个体工商户注册登记工作；个体私营经济监督管理处更名为企业监督管理处，负责各类企业、个体工商户监督管理工作。
  （二）直属单位
  1996年，省工商局直属单位有直属工商行政管理处（后更名为直属分局）、省工商局信息中心和省工商局缉私队。
  1997年2月，根据人员编制不增、职责重新界定的原则，省机构编制委员会发文，批准省工商局缉私队更名为福建省工商行政管理局检查大队。4月，省机构编制委员会发文，批准省工商局信息中心更名为信息统计处，该处为正处级直属行政单位。
  2000年12月，省委编办发文，批准省工商局设立外商投资企业注册管理分局；信息统计处更名为信息技术管理分局；保留省工商局直属分局。三者均为正处级机构。
  2002年3月，省委编办发文，批准省工商局检查大队更名为省工商局检查总队，该总队为正处级机构。11月，省委编办发文，同意福州市工商局商品质量检验所更名为福建省工商局商品质量检验分局，该分局为省工商局直属正处级行政机构。
  2004年6月，省工商局发文，决定检查总队设1个督察室、3个直属支队，四者均为正科级机构。
  二、设区市级机构
  （一）内设机构
  1996年，全省地（市）工商局的内设机构根据当地人民政府“三定”方案设置，设办公室、人事教育科、财务装备科、企业注册管理科、市场监督管理科、经济合同管理科、商标广告监督管理科、个体私营经济监督管理科、公平交易科和机关党委会，派驻的纪检组与监察室合署办公。至全省工商行政管理系统实行垂直管理前，多数地（市）工商局先后增设外商投资企业注册管理科和法制科。
  1997年5月，国务院同意龙岩地区设立地级市，龙岩地区工商局更名为龙岩市工商局，原龙岩地区工商局所属机构、派出机构均相应更名。
  1998年，根据《福建省工商行政管理体制改革实施方案》，全省工商行政管理系统（除厦门市外）分批实施机构、人员、资产上划接收工作。1999年7月，泉州、漳州、三明、南平、甫田、宁德、龙岩7地（市）68县（市、区）工商行政管理系统机构、人员、资产上划接收工作完成。2000年9月，福州市工商局及其所属五区八县（市）本系统机构、人员、资产上划接收工作完成。至此，全省工商行政管理系统实行垂直管理体制改革工作完成。厦门市工商局干部管理、财务经费管理按原做法不变，所辖区工商分局为其直属机构。实行省以下机关垂直管理后，地（市）工商局作为省工商局的直属机构，负责本辖区市场监管和行政执法，领导下属机构开展工商行政管理事务，其内设机构的设置、变更和撤销，由省工商局提出意见，报省委机构编制管理部门审批；内设机构的级别，参照当地政府所设同级机构的有关规定执行。10月，省工商局发文，同意漳州市工商局增设法制科。同月，国务院同意宁德地区设立地级市，宁德地区工商局更名为宁德市工商局，原宁德市工商局更名为宁德市蕉城区工商局，原宁德地区工商局所属机构、派出机构均相应更名。
  2001年12月，省委编办发文，批准全省设区市工商行政管理机关（除厦门市外）内设办公室、法制科、公平交易科（消费者权益保护科）、注册管理科、市场监督管理科（合同监督管理科）、商标广告监督管理科、财务装备科、人事教育科；纪检组与监察室合署办公；机关党委会（党总支或党支部）按照《党章》有关规定设置。
  2002年3月，省工商局发文，批准福州市工商局内设机构改称为“处”，原定规格不变。9月，厦门市委办公厅、市政府办公厅发文，批准厦门市工商局内设办公室、政治处、财务装备处、法制处、公平交易处、市场监督管理处、企业注册登记处、企业监督管理处、外商投资企业注册管理处、广告监督管理处、合同监督管理处。11月，中共厦门市纪律检查委员会、市委编办、厦门市监察局发文，在厦门市工商局派驻纪检组、监察室。
  2003年11月，厦门市委编办发文，核定厦门市工商局设置老干部工作处。
  2005年12月，省委编办发文，批准各设区市工商局注册管理科更名为企业注册登记科，同时增设企业监督管理科。
  （二）直属单位
  1996年，各地（市）工商局的直属单位主要有缉私队、经济检查站和区工商分局。5月2日，漳州市工商局组建漳州市“315”消费者投诉服务台，挂靠检查大队。
  1997年2月，省工商局下发《关于在全省工商行政管理系统设立消费者投诉服务台的实施意见的通知》，多数地（市）工商局相继成立消费者投诉服务机构。8月，根据闽编〔1997〕24号文，各地（市）工商局直属工商缉私队、站统一更名为工商检查大队。改名后的各级工商局检查大队是基层工商执法队伍。
  1999年3月，全省消费者投诉服务台统一更名为“12315”消费者投诉服务台，隶属检查大队。
  2002年2月，省工商局下发《关于全省市县区工商行政管理局直属行政机构职能配置、人员编制和领导职数的通知》，保留各设区市工商局干部教育培训机构，挂靠人事教育科（处）。11月，省委编办发文，批准各设区市工商局检查大队更名为检查支队，南平市、三明市、漳州市、泉州市工商局检查支队加挂“缉私队”牌子；各设区市工商局设立外商投资企业注册管理分局；信息统计中心更名为信息技术管理分局；上述几家单位规格均为正科级。同月，厦门市工商局按照市委办公厅、市政府办公厅发文通知，设立商标监督管理处、信息技术管理分局、专业市场分局、厦门海空港保税联动区工商局、厦门火炬高技术产业开发区工商局、福建省工商局厦门市第一检查支队、福建省工商局厦门市第二检查支队、福建省工商局厦门口岸经济检查支队、福建省工商局同安区经济检查大队等9个直属行政机构，其中同安区经济检查大队为正科级机构，其余均核定为正处级机构。
  2003年5月，厦门市委编办发文，决定设立大嶝对台小额商品交易市场管理处，为市工商局正处级直属行政机构。8月，厦门市委编办、市政府编办发文，决定设立鼓浪屿一万石山风景名胜区工商行政管理处，该处为市工商局正处级直属行政机构。
  2004年11月，省委编办下发《关于全省12315消费者申诉举报机构和8个开发区工商行政管理局机构编制问题的批复》，要求各设区市工商局设立12315消费者申诉举报指挥中心。
  2005年1月，省工商局发文，明确各设区市工商局12315消费者申诉举报指挥中心规格为正科级（厦门市工商局12315消费者申诉举报机构设置规格由厦门市委编办核定为正处级，并加挂消费者权益保护处的牌子）。
  三、县（市、区）级机构
  （一）内设机构
  1996年，全省共有县（市、区）级工商行政管理机构81个。
  1997年，县（市、区）工商局根据当地政府“三定”方案重新调整内设机构（余下部分在1998年完成调整）。在股、室名称与数目等方面，各地差别不大，均设办公室、人事教育股、财务装备股、公平交易股、企业注册管理股、外商投资企业注册管理股、个体私营经济管理股、市场管理股、商标广告管理股和经济合同管理股。福州市所辖县（市、区）工商局将股改为科，规格不变。设区市所辖的区级工商行政管理机构被称为工商分局，为市工商局的直属行政单位或派出机构，其内设机构的设置由市级政府“三定”方案确定。漳州市根据市委机构编制委员会发文，于当年1月成立漳州市工商局招商局中银漳州经济开发区分局。
  1998年11月，漳州市委机构编制委员会发文，批准设立漳州市工商局常山华侨经济开发区分局。年底，省以下工商行政管理机关实行垂直管理后，全省设区市所辖的区工商局成为市工商局直接管理的分局，县（市）工商局成为地（市）工商局的直属机构。县工商局内设机构的设置、变更和撤销，由省工商局提出意见，报省委机构编制管理部门审批；内设机构的级别，参照当地人民政府所设同级机构的有关规定执行。
  2000年12月，省委编办发文，批准泉州市工商局肖厝分局更名为泉州市泉港区工商分局。
  2001年11月，省委编办下发《关于设立闽东华侨经济开发区工商分局的批复》，批准设立闽东华侨经济开发区工商分局，该局规格为正科级。12月，省委编办发文，全省（未含厦门）8个设区市工商局所属县（市、区）工商局机关，统一内设5个职能股（室）：办公室、法制股、行政执法股、注册管理股、人事教育股；纪检组与监察室合署办公；机关党委会（党总支或党支部）按照《党章》有关规定设置。
  2002年1月，省工商局根据省委编办《关于市、县、区工商局内设机构、人员编制和领导职数的批复》精神发文，进一步规范全省工商局的名称，各设区市工商局原所属区分局统一更名为区工商局，作为各设区市工商局的直属机构。3月，经省工商局同意，福州市工商局所属县（市、区）工商局内设机构统一改称“科”，原定规格不变。7月，根据莆田市行政区划调整的情况，省委编办发文，同意莆田市荔城区、秀屿区工商局的内设机构按照闽委编办文件规定设置，撤销莆田县工商局。9月，厦门市委办公厅、市政府办公厅发文，同意8个区工商局均内设7个正科级职能科室：办公室、政工科、法制科、公平交易科、注册管理科、市场合同监督管理科、商标广告监督管理科；厦门海空港保税联动区工商局和厦门火炬高技术产业开发区工商局均内设3个正科级机构：综合科、注册登记管理科和行政执法科。
  2003年8月，厦门市委编办、市政府编办发文，将原思明区、开元区、鼓浪屿区、湖里区、集美区、杏林区、海沧区、同安区等8个工商局调整为思明区、湖里区、集美区、海沧区、同安区、翔安区等6个工商局。10月，省委编办先后发文，同意省设立福州保税区工商局和漳州市工商局蓝田工业开发区分局，规格均为正科级。同月，省工商局发文，同意漳州市工商局招商局中银漳州经济开发区分局更名为漳州市工商局招商局漳州开发区分局。12月，省委编办发文，批准泉州市泉南工商局更名为泉州经济技术开发区工商局，其内设机构和领导职数参照闽委编办〔2001〕255号文有关规定设置。
  2004年7月，省工商局根据省委编办文件，同意福州市工商局设立福州市琅岐经济区工商局，规格为正科级。11月，省工商局发文，决定全省县（市、区）工商局增设信息技术管理股。
  2005年12月，省工商局发文决定，全省县（市、区）工商局增设财务装备股。
  （二）直属单位
  1996年，全省工商行政管理系统共有县属缉私队、检查站48个。4月，省工商局为适应维护市场经济秩序的新情况，根据省政府《关于研究我省工商行政管理工作的会议纪要》精神发文，决定原闽侯峡南、诏安汾水关、福鼎城关、武平岩前、长汀古城等5个缉私检查站分别更名为：福建省工商局闽侯缉私队、诏安缉私队、福鼎缉私队、武平缉私队、长汀缉私队。
  1997年2月，根据闽编〔1997〕24号文精神，县（市、区）工商局所属工商缉私队、站统一改名为工商检查大队，同时保留诏安县等10个缉私队牌子。
  2002年11月，根据省委编办《关于市、县（区）工商局直属行政单位机构设置及全省基层工商行政管理系统人员编制的批复》，各县（市、区）工商局设立检查大队，其中诏安县、武平县、长汀县、福鼎市、仙游县、闽侯县工商局检查大队加挂缉私队的牌子。
  2004年11月，按照省委编办下发的闽委编办〔2004〕186号文，各县（市、区）工商局设立12315消费者申诉举报服务台。
  2005年1月，省工商局下发《关于设置市、县、区工商局“12315”消费者申诉举报机构及分配人员编制的通知》，明确各县（市、区）工商局设立的12315消费者申诉举报服务台规格为正股级。厦门市6个区工商局12315消费者申诉举报服务台由厦门市委编办核定规格为正科级，并加挂消费者权益保护科的牌子。
  （三）派出机构
  1996年，全省共有工商所（分局）753个。
  1998年12月，全省工商所（分局）增为764个。实行省以下工商行政管理机关垂直管理体制后，工商所（分局）为县（市、区）工商局（分局）的派出机构，按经济区域设置，其主要职责是在《工商所条例》规定的授权范围内，履行工商行政管理的综合职能。
  1999年7月，全省工商行政管理系统在体制改革中共上划接收设区市所属工商所（分局）637个（未含福州、厦门）。
  2000年10月，全省工商行政管理系统（未含厦门）累计上划接收工商所（分局）766个，体制改革完成。厦门各区（县）工商局所属34个工商所实行属地管理。
  2001年3月，省工商局向省委编办提交《关于全省工商系统工商所机构建制调整改革工作实施意见》，以按经济区域设置工商所的原则，按照小局大所的格局，对全省工商所的机构建制进行调整、撤并和重组，符合条件的工商所改为分局。经过建制调整，全省工商所改设分局303个，保留工商所233个，撤减工商所239个。
  2004年3月，根据省委编办下发的闽委编办〔2004〕28号文，全省工商所（分局）整合重组为500个工商所（不含厦门），机构级别定为副科级，工商所所长实行聘任制，指导员实行任命制。厦门市各区工商局所属34个工商所由厦门市委编办核定为正科级机构。