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1996年8月14日，省工商行政管理学会第二次会员代表大会在泉州市召开，选举产生正副会长10人，第二届理事会常务理事20人，理事71人。理事人员结构较合理，工商行政管理人员43名，占61.4%；理论、法律界人士11名，占15.5%；省直相关部门领导干部15名，占21.1%；企业家2名，占2.8%。为增强学会工作活力，调整和壮大会员队伍，会议决定对第一届团体会员、个人会员重新登记，对4年来未参加学会活动、未履行会员义务的挂名会员以及离退休的会员予以除名，同时按会员条件发展一批新会员。重新登记后，团体会员单位由31家增至62家，个人会员由383名增至516名。学会的理论小组、联络员队伍是开展理论学术活动和调查研究的中坚力量，根据宜精不宜多的原则，对小组人员作了调整。一批思想理论与业务水平较高，写作和协调能力较强的个人会员，充实到理论小组和联络员队伍中。会上评选、表彰省工商行政管理学会优秀会员52名，先进学会工作者30名。会议期间，第四次工商行政管理理论研讨会同时召开。9月，为进一步加强学会工作，省工商局党组〔1996〕第13号会议纪要确定，学会秘书处挂靠省工商局办公室；办公室宣传科人员被划归学会秘书处行使其职能。
  1997年1月，省工商行政管理学会在福州召开二届二次会长办公会议，讨论、修改《福建省工商行政管理学会1996年工作回顾及1997年工作要点》；通过《关于批准罗源县工商局、邵武市工商行政管理学会为团体会员的决定》、《关于调整福建省工商行政管理学会部分理事的决定》。在中国工商行政管理学会1991—1996年度工作评比中，福建省工商行政管理学会被评为先进团体会员，叶秀岳同志被评为优秀学会工作者。
  1998年，为贯彻落实《中共中央关于在全党深入学习邓小平理论的通知》，学会与机关党委配合，选编处级以上党员干部学习体会专辑，推动学习邓小平理论活动开展。
  1999年，省工商局按照省委部署，深入开展“三讲”教育活动。学会配合省工商局落实有关工作，通过会刊《福建工商管理》及《福建省工商简讯》对“三讲”教育活动加强宣传。
  2001年，学会改进《福建工商管理》版式，增强会刊时代气息。改版后的《福建工商管理》设有领导方略、理论纵横、工商行政管理问题研究、社会经纬五大板块，涵盖近期文件、学者论坛、案例分析等20多个栏目，还根据形势推出“经济动态”、“政智园地”、“观点摘编”、“卷首语”、“争鸣与探索”、“企业天地”、“警世档案”、“知识之窗”等新栏目。篇幅从原来的48页扩版为80页，信息量增大。
  2003年，学会筹备第三届会员代表大会的工作，根据省工商局党组要求，召开学会秘书长会议专题研究部署换届工作，加强同省民政厅社团办、省经社联的联系，起草学会换届材料，就新一届学会理事、常务理事候选人名单等提出方案。
  2004年丨月，省工商行政管理学会第三次会员代表大会在福州召开。会议选举产生新一届理事会，通过经过修改的学会《章程》。省工商行政管理学会被中国工商行政管理学会评为1997年至2003年先进团体会员。
  2005年，按照省工商局统一部署，学会开展以实践“三个代表”重要思想为主要内容的保持共产党员先进性教育活动。