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1996年，各级工商行政管理机关行使执法监督职能，一是日常工作监督，如办理规范性文件的审核、备案，行政处罚案件审核、听证、办理行政复议，参与行政诉讼，办理行政赔偿案件以及接受行政管理相对人的申诉等；二是开展抽查和专项或综合性执法监督检查。全省各级工商局对抽象行政行为与具体行政行为依法从严监督，基本做到案案审核，对起草规范性文件件件把关。当年，国家工商局《工商行政管理机关行政处罚程序暂行规定》施行，要求工商行政管理机关负责对行政处罚案件行使审核与听证职能。省工商局首先抓建章立制，使规范性文件审核、同级案件审核、行政复议与应诉等工作有章可循，同时指导全省工商行政管理部门以自查和抽查相结合方式对行政处罚主体、行政处罚适用和执法程序开展执法检查。10月1日，《行政处罚法》实施后，省工商局为进一步规范听证程序，下发《关于规范行政处罚听证法律文书的通知》，对行政处罚听证程序中的事项、使用的文书格式及管理进行规范。
  1997年5月，省工商局向全省第二次法制工作会议提交《我省工商行政管理系统开展行政复议工作的做法和体会》、《法制建设是工商行政管理工作的基础》两份材料，后者作为典型经验在会上交流。为提高听证工作质量，省工商局组织南平、龙岩等市工商局法制人员实地观摩泉州南安一起侵犯商业秘密案件的听证过程，进行总结交流。同年，根据国家工商局下发《关于深入贯彻〈行政处罚法〉做好执法检查工作的通知》要求，组织各地（市）开展自查，并组成3个执法检查小组对有关地（市）进行抽查；又根据省政府办公厅关于对《福建省行政执法程序规定》执行情况进行检查的要求，对全系统进行执法检查。
  1998年，省工商局根据国家工商局《关于开展1998年行政执法检查的通知》，制定《行政执法检查实施方案》，部署、指导各地开展执法自查。1月19日至27日，省工商局组织四个检查组，检查本系统9个地（市）局、19个县局、26个工商所、18个市场，抽查案卷323卷。从检查情况看，各级工商局在监管粮食市场、市场专项治理、打私打假、反不正当竞争、反欺诈、“96315”等方面，行政执法工作与法制建设基本走上规范化轨道。年底，省工商局下发《关于在全省部分县区开展执法责任制、行政执法公示制、行政执法评议考核制试点的通知》，要求各地推行该通知强调的“三制”，完善工商执法监督制约和激励机制，规范执法行为，提高执法水平。
  1999年3月，全省工商行政管理法制工作会议在惠安召开，对“三制”试点工作作出部署。省工商局通过召集部分试点单位座谈、派员赴各地调研等多种形式加强试点工作指导。5月4日，省工商局出台《关于进一步规范行政处罚简易程序的通知》，使行政处罚程序更趋健全。为贯彻新颁布的《中华人民共和国行政复议法》，省工商局下发《关于贯彻实施〈中华人民共和国行政复议法〉的通知》，要求全省各级工商行政管理机关学习、宣传并贯彻落实。全省工商行政管理行政复议案件占行政处罚案件总数的比例从上年的7.28‰。降为4.02‰。全省行政诉讼案件占行政处罚案件总数的比例从上年2.09‰降为0.6‰。10月，省工商局在古田县组织召开全省工商行政管理“三制”试点工作经验交流会，推动“三制”试点工作进一步深入，会后，制定《福建省工商行政管理系统依法行政规范服务试行办法》（草案），为在全系统推广“三制”做准备。11月，省工商局转发国家工商局关于开展1999年度执法检查工作和法制工作调研的通知，成立执法检查和调研工作领导小组，指导全系统年度执法检查。各地（市）相应成立领导机构，组织本地区自查与抽查。国家工商局《关于施行〈工商行政管理机关行政处罚文书（试行）〉的通知》下发后，省工商局组织110多名干部参加行政处罚文书培训。同年，各级工商局开展执法人员统计、执法资格抽考以及证件的发放与备案工作，被抽考人员考试及格率达100%，得到省政府法制局肯定，全系统共有7000多人领到执法资格证书。
  2000年，省工商局在上年度“三制”试点基础上，制定《福建省工商行政管理系统依法行政规范服务试行办法》，自当年5月9日起施行。该办法具体规定行政执法与精神文明建设的责任制、公示制、评议考核制及规范服务制度的有关事项，得到依法治省领导小组和省文明委肯定。同年，省工商局对14项审批、审核制度进行清理和规范，决定取消外商投资企业外文名称登记核准项目等4项审批、审核；将外商投资企业出质股权（股权质押）审查核准改为备案；建议取消鱼粉生产企业批准等7项审批、核准事项。全省工商行政管理系统按照《行政处罚法》和《福建省工商行政管理系统案件审核规定》的要求做好案件审核工作，除简易程序的案件外，其他案件都做到案案有审核。在行政复议中，省工商局坚持依法行政，对处罚决定该撤销的撤销，该维持的维持，维护当事人合法权益。随着监管模式改革深入，全省基层工商所（分局）实施行政处罚权限加大。为此，省工商局出台《福建省工商局关于工商所以自己名义作出行政处罚的权限的规定》，各设区市工商局相应加强对基层法制工作的指导，对工商所（分局）行政执法行为进行监督。
  2001年，省工商局针对监管模式改革之后执法重心下移工商所办案数量激增的情况，制定《福建省工商局关于规范工商所（分局）行政处罚行为的若干意见》，对基层工商所的行政处罚行为作出具体规定。各设区市按照省工商局的规定，结合当地实际，对规范基层工商所（分局）行政执法行为提出具体要求。省工商局根据省政府办公厅《关于开展〈中华人民共和国行政复议法〉执法检查的通知》，对行政复议法施行两年来全省工商行政管理系统行政复议工作进行总结、自查并接受省政府检查组的抽查，受到好评。同年，省工商局受省政府委托牵头组织有关厅局，在省内外进行充分调研的基础上提出企业前置审批制度改革方案；在2000年取消4项审批审核项目的基础上，将企业动产抵押登记从审批核准项目中取消，改为行政确认；对保留的审批核准和收费事项进行规范，依法简化工作程序。省工商局按照国家工商总局发放全国工商行政管理统一行政执法证的部署和要求，组织全省各地落实行政执法证的申领工作：规范执法主体资格；抓有关法律知识培训、考试；进行执法证申领人员资格、条件核实；严格按程序要求完成行政执法证统一印制、发放。除宁德市工商局单独组织考试外，全省工商行政管理系统共有7878人参加考试。省工商局机关应考119人，合格率100%。
  2002年，全省工商行政管理系统进一步健全执法监督制度。各级工商局开展以行政强制措施、行政处罚程序合法性和行政许可行为为重点的专项检查，制定百分制考评标准，进行量化考评。省工商局重点对龙岩、漳州和南平市的执法情况进行检查，将单纯检查行政处罚行为拓宽至对行政许可、行政收费、行政不作为等多项行政行为的监督。
  2003年，各级工商局围绕规范与监督加强制度建设。省工商局下发《关于印发查处取缔无照经营有关文书的通知》和《关于印发查处取缔无照经营有关文书的通知》，对责令停止经营活动通知书、责令立即停止违法行为通知书、查封（扣押）财物（经营场所）决定书、延长查封（扣押）期限通知书等四种文书作了规范，同时制定《福建省工商局自行纠正具体行政行为暂行规定》，下发《关于查处制售“地条钢”等违法案件适用法律问题的通知》及《福建省工商行政管理系统协助人民法院执行若干问题的规定》，继续做好案件审核、听证工作。为加强执法检查力度，根据国家工商总局和省政府有关部署，省工商局采取自查与抽查相结合、以书面汇报和案卷评析的方法，对各设区市工商局行政处罚、行政许可、行政不作为等行政行为全面检查监督。省工商局下发《关于开展全面落实执法监督制度试点工作的通知》，在2个设区市工商局和5个县工商局落实执法监督制度的试点工作，探索对工商行政强制、行政许可、行政收费等行政行为建立监督制约的新模式，同时探索采用行政指导手段，通过信息发布、行政建议、行政调解、行政奖励等非强制性手段，调动社会公众增强对工商行政管理执法工作的理解、支持与配合，提高监管效能。同年，省工商局基本完成全国统一的工商行政管理执法证核发工作。全系统参加执法资格考试并核领执法证件近8500人。
  2004年，省工商局印发《福建省工商局关于贯彻实施〈中华人民共和国行政许可法〉的通知》，部署全系统学习、培训、贯彻和落实行政许可法的工作责任：完成对本部门行政许可规定和实施机关的清理，上报当地政府法制办；配合法制办做好对所列许可项目和清理结果的核准工作。省工商局按照省委编办的要求，对所有行政审批项目（包括行政许可类和非行政许可类）及其设定的依据重新清理、甄别、核校。6月7日，省工商局下发《关于印发〈福建省工商行政管理机关当场作出行政许可决定暂行办法〉等7项制度的通知》，出台《当场作出行政许可决定暂行办法》、《行政许可听证暂行规定》、《行政许可公示公开暂行办法》、《行政许可告知暂行办法》、《行政许可事项监督管理暂行规定》、《行政许可过错责任追究暂行办法》和《行政许可文书和专用章管理暂行规定》等7项工商行政管理部门落实行政许可法的工作制度。省以下各级工商局均结合工作实际制定配套措施。全省9个设区市分别选择连江、同安、永春、漳浦、建阳、建宁、仙游、新罗、柘荣等9个行政许可和法制工作基础较好的县（区）工商局作为行政许可示范点。省工商局先后下发《关于印发福建省工商局行政许可执法监督暂行规定》、《关于实施行政许可收费有关问题的通知》，规范行政许可收费，明确全省实施的法律与行政法规规定的行政许可收费项目，并就过渡时期行政许可收费衔接问题作出规定，还统一设计了省、市、县三级行政许可专用章的式样，制定14种行政许可文书，并逐一编写每种文书使用说明，方便基层使用。省工商局还建立首批机关听证人员备用库。省以下各级工商行政管理部门也拓宽执法监督检查的范围，加大对其他具体行政行为特别是行政许可行为执法监督的力度。省工商局继出台《行政处罚案件涉案财物管理暂行办法》后，与省公安厅联合印发《关于加强移送涉嫌犯罪案件工作的规定》，加强与公安、检察、法院等有关部门的沟通与联系。省工商局总结顺昌县工商局试点“扩大听证范围”的做法，在全省推广，要求有条件、有能力的机关适度降低行政处罚听证门槛，提高行政执法透明度与执法监督的力度。全系统在拓展执法监督范围，改进执法监督检查方式方法，着重做好行政处罚行为执法监督的基础上，逐步将行政许可行为、行政强制行为、行政收费行为、行政不作为行为等行政行为列入监督范围，使执法监督延伸到行政行为的各个环节、领域。各级工商行政管理机关按照国家工商总局和省工商局的工作部署，根据“谁办谁查”的原则，对2003年全年和2004年上半年办理的行政处罚案件认真逐一清查，逐一登记。全省工商行政管理系统共清理执法案件64531件，其中存在问题的案件1691件，涉及食品安全的案件4218件，回访涉案当事人的案件16592件。
  2005年9月12日，省工商局为统一全省工商行政管理机关行政执法质量评议标准，进一步落实行政执法责任制，出台《福建省工商行政管理系统行政执法质量评议暂行办法》，逐项细化各项行政执法行为评议考核的标准。省工商局还制定《福建省工商行政管理机关行政复议简易程序暂行办法》，根据具体行政行为的种类、复杂程度等标准，将复议案件分为简易案件和一般案件两种，对简易案件实行简易程序审理，要求在30天内办结。根据国家工商总局的部署，省工商局开展年度执法检查。在各地自查的基础上，组织4个检查组，赴全省9个设区市工商局，采取听汇报、实地检查和案件抽查相结合的方式，重点检查各地贯彻《行政许可法》、《全面推进依法行政实施纲要》的情况，实施行政强制措施、行政处罚情况以及清理执法案件的情况，共抽取行政处罚案卷108件、行政许可案卷54件。同时，省工商局按照《福建省工商行政管理系统行政执法质量评议考核暂行办法》的标准，组织专人对案卷进行集中评议，逐一评析、打分，由此全面掌握全系统行政执法情况。同年，省工商局根据《福建省工商行政管理机关行政执法证件监督管理办法》，对执法证件的核发、补发、注销、暂扣进行规范，按照国家工商总局的要求，组织2004年度最后一批录用人员行政执法考试；经过审核，共发放行政执法证400余本，并做好遗失、毁损行政执法证的补发工作；组织全系统未取得执法证的执法人员1200余人接受执法资格培训，参加省政府统一组织的执法资格考试。