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（一）工商行政管理综合业务系统
  1996年，省工商行政管理系统均使用国家工商局开发的“内资企业管理软件（DOs版）”和“外资企业管理软件”。省工商局信息中心根据外资企业监督管理特点组织开发“外资企业委托登记管理软件”。
  1998年，省工商行政管理系统启用国家工商局“Windows版企业登记管理软件”。
  2000年，为适应工商行政管理的改革和发展，更新监管手段，省工商局成立工商信息化系统“软件需求分析组”，下设“注册登记”，“公平交易、消费者权益保护、合同监管、商标管理、广告监管”，“市场监管”，“办公自动化”，“法律法规”5个软件需求分析小组，编写5类业务软件的开发需求，为各项业务软件的研发奠定基础。
  2002年6月，经两年多开发、调试并不断修改完善，“工商综合业务系统”在省工商局与宁德市、福州市工商局试运行。
  2003年，“工商综合业务系统”在各设区市（未含厦门）推广。经多次升级完善，该系统涵盖企业与个体工商户注册登记管理、广告管理、合同管理、市场登记、案件管理、个体收费等12类共120余项业务。
  2004年，《中华人民共和国许可法》、《关于印发提高办事效率服务经济发展若干意见的通知》、《福建省工商行政管理系统委托工商所登记个体工商户、个人独资企业、合伙企业管理办法》等法律法规相继出台，工商行政管理业务变动大。经过对全系统理出的2100多个问题和对新的软件需求的分析，“工商行政管理综合业务系统”全面更新，比旧版增加数百个业务功能。
  2005年10月8日，以“工商行政管理综合业务系统”为核心的“2005版工商业务信息化集成平台”在全省启用，该平台包括“主体准入与退出”、“信用分类监管”、“信息共享与维护”、“行政执法”和“公共服务”5个系统（各包括若干子系统）。
  （二）办公自动化系统（简称“OA系统”）
  2001年，福州市工商局引入“京华”办公自动化软件[于2003年在该市各县（区）工商局推广应用]。龙岩市工商局开发一套用于内部办公的电子邮件系统（于2002年至2004年在该市工商行政管理系统内推广应用）。泉州市工商局利用电子邮件传送文件，无纸化办公开端良好。
  2002年，三明市工商局开发应用“网上办公系统”。8月，省工商局信息技术管理分局完成开发办公自动化软件，12月在泉州市工商局试运行。
  2003年1月，经过测试的办公自动化软件在省工商局试运行，同年7月推广到泉州市各县（区）工商局，9月推广到福州市各县（区）工商局。
  2004年1月，省工商行政管理系统办公自动化软件（OA系统）运行。该系统涵盖公文管理、信息管理、政务督察、人事管理、档案管理等职能。全系统信息畅通，转瞬即达。
  （三）入市商品网上监管系统（简称“商管系统”）
  2003年9月，南平市延平区工商局研发“入市商品网上监管系统”。同年，省工商局信息技术管理分局组织开发“入市商品网上监管系统”网络版，并于2004年在全省工商行政管理系统推广使用。该系统根据工商行政管理部门对流通领域商品的监管职责，借助计算机、条形码扫描枪、无线上网卡等硬件设施，定期从商品质量问题较为集中的中小型零售单位采集受监管商品的条码、商标品名、包装规格、生产单位、生产日期、保质期限、经销单位、供货单位、进货数量等数据，存于全省共享的商品资料标准信息库，各级工商行政管理机关可根据商品资料标准信息实时监控商品流通情况，实现快速、有效的商品巡查和预警提醒；一旦发现问题，即可锁定问题商品，及时执行“问题商品三小时下架”制度。入市商品网上监管系统的应用，使监管商品质量的关口前移。
  （四）查处经济违法违章案件管理系统（简称“案管系统”）
  2004年，三明市工商局自行开发“案件管理系统”。省工商局对综合业务系统的案件管理进行重新开发，8月，“查处经济违法违章案件管理系统”V1.0版投入使用。2005年，“案管系统”由V1.0版升级到V2.0版。该系统具有对经济违法违章案件全程跟踪的功能，可实现对各类案件从立案、调查、核审、执行到结案的全程控制。该系统通过行政处罚用户管理和案源管理实现对执法人员和案源的法治化管理，规范查案、办案和销案行为，确保办案过程公开、公平、公正。
  （五）12315消费者申诉举报信息管理系统
  1998年，福州市工商局开发“96315投诉台服务”软件。2002年，泉州市工商局配合杭州中软公司建立12315消费者投诉指挥中心软件系统。2004年11月，基于该软件系统的“12315消费者申诉举报信息管理系统”从c/s构架升级为b/s构架后在漳州试运行。
  2005年，新版12315消费者申诉举报信息管理系统在全省工商行政管理系统开通使用。福州市建立全市12315指挥中心，实现5区8县联动，形成统一接诉、实时分流。其他设区市工商局相继实行相对集中的受理机制，由设区市工商局12315指挥中心集中受理消费者的咨询、申诉和举报，然后根据不同情况分流案件、跟踪、督办，进行反馈和分析。“12315消费者申诉举报信息管理系统”覆盖全省，是依托“12315”申诉举报电话、打击查处各类假冒伪劣商品、保护消费者合法权益的打假维权网络。该系统可实现“12315”电话接诉记录案件的受理、分流、办理、跟踪、反馈，具有信息汇总和消费预警等功能；实现消费者申诉举报数据和市场违法经营主体及违法经营行为数据标准化采集、网络传输、实时汇总和交流共享，为工商行政管理部门在全国范围检测了解市场动态、记录和公布企业信誉状态、指挥和协调执法行动、督办大要案件及跨地区联手打击各类经济违法行为等，提供技术支持。
  （六）企业信用分类监管系统
  2003年4月，南平市延平区工商局开发应用“信用分类监管系统”。同年，莆田市工商局开发并在荔城区工商局试用“信用体系管理”软件。
  2004年11月，省工商局开发“企业信用分类监管系统”并在全省推广使用。该系统以企业的日常巡查信息、违法处罚信息等为依据评定企业信用等级，并根据企业的信用级别确定该企业的监管类别和巡查频度，实现工商行政管理部门对所辖企业进行有效的、科学的监管。
  （七）经济户口软件
  2000年，南平市工商局芝山工商所开发用于工商所经济户口监督管理的“工商所监管软件”。
  2001年，福州市工商局以连江县工商局的需求为基础开发“经济户口管理软件”。
  2002年，龙岩市永定县工商局开发“经济户口管理系统”；南平市延平区工商局开发并在四鹤工商所应用“经济户口电子综合监管”软件；同年8月，“经济户口”管理软件分别在泉州鲤城区中区工商所、晋江市池店工商所投入使用。
  2004年上半年，省工商局信息分局抽调部分基层工商所干部，组织开发经济户口软件，同年在全省工商行政管理系统推广使用。全省近500个工商所使用省工商局下发的经济户口软件。“经济户口”是基层工商所用于对所辖企业进行日常巡查、监督管理和行政指导的管理软件。它能够根据企业的信用情况和监管类别生成企业的巡查计划，并完成本辖区经济户口的自动认领和数据交换。
  （八）工商所办公平台
  2005年，泉州市工商局研发“工商所办公平台”，该平台针对基层工商所的内部管理开发了组织管理、制度管理、日常办公管理、绩效管理、业务管理、行政指导等功能模块。其后，省工商局对该软件进行全省论证、立项和二次开发，在全省工商行政管理系统中推广应用。
  （九）信息上报系统
  为增强工商行政管理系统的预警能力、应急能力和快速响应能力，省工商局信息技术管理分局利用网络优势，为专项工作建立快捷的信息上报机制，于2003年开通“红盾行动信息上报系统”、“12315投诉转发系统”、“‘非典’疫情信息上报系统”，于2004年开通“市场经营秩序突发事件网络上报系统”、“粮食市场监管上报系统”、“不合格奶粉事件应急系统”和“禽流感疫情信息上报系统”。
  （十）其他应用软件
  根据工商行政管理的职能特点和实际工作需要，省工商局信息技术管理分局与各设区市信息技术管理分局陆续组织开发推广一系列其他应用软件。1996年，省工商局开发“市场物价监督管理信息网”应用软件，将全省集贸市场价格信息纳入现代化管理轨道。同年，“动产抵押登记管理系统”开始试用。
  1997年，“汽车验证收费管理系统”开始测试，“动产鉴证登记管理系统”逐步完善，“全国法律法规库查询系统”、“各类经济主体数据库查询系统”开通。
  1998年开发的“广告计算机监测系统”实现对媒体广告进行全面、及时监控，每年节约广告监测费用近20万元。同年，“集贸市场登记管理”软件开始推广。
  1999年，“广告登记管理系统”投入运行，省工商局广告企业电子数据库建成。省工商局信息技术管理分局筹备企业文书档案的电子化，对国家工商局统计软件进行优化。
  2003年，厦门市工商局开发并使用“厦门市工商业务管理信息系统”。
  2005年，省工商局“流通领域商品抽检监督系统”和“福建工商红盾网信息发布系统”投入运行；厦门市工商局在全国工商行政管理系统率先创建“生鲜食品安全监管”信息系统；莆田市工商局开发“网上学校”、“段长工作督察”、“外资属地监管”等业务辅助管理软件；龙岩市工商局开发全市执法信息共享平台和农资监管系统；南平市延平区工商局开发并试点应用“诚信一条街”电子监管系统软件；南平市建瓯工商局将原有“电子巡查图”软件升级为“段管系统”。