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1995年9月1日，《中华人民共和国经济合同仲裁法》实施，该法规定行政调解是工商行政管理部门解决合同争议的行政措施是公平公正解决合同争议、维护市场经济秩序的重要途径。1996年，本省各级工商行政管理机关受理合同争议案件，行使行政调解职能。
  1997年11月，国家工商局颁布《合同争议行政调解办法》，对合同争议调解的原则、程序、条件等作出规定。当年全省工商行政管理机关共调解经济合同争议案件98件，其中有效调解90件，成功率92%；为国家和当事人避免、挽回经济损失47.41亿元。
  1998年1月，省工商局下发《关于贯彻〈合同争议行政调解办法〉的通知》，要求各地学习、宣传《合同争议行政调解办法》，把合同争议行政调解作为合同监管工作的重要内容、健全合同争议行政调解制度。各地（市）工商局指定1个县（区）工商局带1个工商所，开展合同争议行政调解工作试点，年内在全辖区内推开。3月，省政府批转下发的闽政〔1998〕8号文明确工商行政管理机关应受理法人、合伙企业、个体工商户、农村经营户以及其他经济组织相互之间发生的以实现一定经济目的为内容的合同争议，促使双方当事人相互谅解，解决合同争议。各地以建安合同为突破口，介入合同监督管理。漳州市工商局开展商品房购销合同纠纷案件调解，维护商品房交易秩序。年内，全省系统通过咨询、鉴证、调解，为国家、企业和当事人避免、挽回经济损失10217万元。
  1999年，由于许多企事业单位对工商行政管理部门调解合同争议的职能缺乏了解，合同争议行政调解案件数较少。省工商局以分析合同纠纷的原因为切入点，提出调解合同争议注意事项。9月，省工商局下发《关于印发〈全省国有大中型和骨干企业实施合同解忧工程的方案〉的通知》，要求全系统开展合同解忧工程，并调解国有大中型和骨干企业间的合同争议纠纷。年内，全省工商行政管理机关共受理合同争议案件306件，调解成功297件，解决争议金额1917万元，成功率达95%。
  2000年，工商行政管理部门把运用合同监管职能作为服务当地经济发展、促进社会稳定的重要工作来抓，调解合同争议的水平逐渐提高，同时加强调解后跟踪服务。全省合同争议行政调解工作取得成效。仙游县工商局成功调解一起涉及68份合同、案值346万元、拖欠长达8年的合同争议案件。年内，全省工商行政管理机关共受理合同争议案件678件；调解成功664件，合同金额2115万元；共为国家、企业和当事人挽回或避免经济损失2356万元。
  2001年，各级工商行政管理机关受理不同类型合同争议，协调有关部门、地区做好调解工作，受理案件及调解成功数比上年均有较大增长。省工商局直接受理涉及房地产、印刷合同纠纷案3起。行政调解范围以购销合同为主，涉及房地产、供用水、电、气、种植、加工、建筑、装修等方面。武夷山市工商行政管理机关介入旅游合同调解。各地行政调解效率提高。东山县上半年开展行政调解123起，解决争议金额80.26万元，其中西埔工商所调解的漳州新城燃气有限公司与96户居民的供气合同纠纷案，由于运用法规恰当、调解办结及时，消费者与企业都表示满意。为提高合同调解人员的素质，省工商局于6月举办全省合同调解员培训班。年内，全省工商行政管理系统共受理合同争议案件903件，调解成功857件，解决争议金额950万元，成功率达95%。
  2002年，工商行政管理机关本着“合同解忧、调解服务”的宗旨开展合同行政调解。当年各设区市工商局合同科与市场科合并，合同监管人员较少；县（区）级工商局合同股并入行政执法股，合同监管人员轮岗变化，部分人员一时对合同业务不熟悉。年内全省共调解合同纠纷案件420件，解决争议金额1190.24万元，成功率93.33%。
  2003年，各级工商行政管理机关把合同争议行政调解作为合同监管的重点。省工商局通过行政调解，解决长乐市政府安居工程和福建省水泥股份有限公司水泥供应的合同纠纷；调解华兴拍卖行因财产拍卖而产生的争议，维护当事人的合法权益。4月21日至27日，省工商局举办全系统以合同争议行政调解为重点内容的合同监管工作培训班。5月，省工商局下发《关于进一步加强合同监管工作的通知》，要求各级工商局从维护当事人合法权益的角度做好合同争议行政调解工作，解决合同纠纷，维护社会稳定。年内，全省工商行政管理机关共受理合同争议案件501件，受理争议金额7166.34万元，调解成功486件，成功率达97%。
  2004年，工商行政管理部门合同鉴证职能取消后，到工商行政管理机关要求调解合同纠纷的当事人减少。有些合同争议由于调解难度大，且事后执行强制性不足，当事人对行政调解热情不高。有的地（市）将合同争议并入12315日常受理消费者权益争议的工作内容。当年全省受理、解决的争议案件数和金额均有所下降。全系统共受理合同争议案件270件，调解成功263件，成功率97.4%；受理金额4789.39万元，解决争议金额4627.19万元。
  2005年，全省工商行政管理机关把合同行政调解业务列入合同管理基本工作进行考核，加强与12315投诉部门合作。10月10日至14日，省工商局举办全省工商行政管理系统合同监管工作培训班，推动基层合同争议行政调解工作。年内，全省工商行政管理机关共受理合同争议案件336件，成功调解332件；受理金额1714.16万元，解决争议金额1665.80万元。