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一、建立预算外资金财政专户制度
  1990年9月，执行中共中央《关于坚决制止乱收费、乱罚款和各种摊派的决定》，取消各种形式的罚没收入提留分成办法，以及执法部门所需办案和业务经费列入财政支出预算，提出预算外资金实行收支两条线管理办法。建立预算外资金财政专户制度，取消主管部门和所属执收单位设立的收入过渡性账户，由各级财政部门分别在代理银行总行或分支机构设立预算外资金财政专户。对于所属单位级次多、分布比较广的部门，由财政部门委托代理银行为其所属的每个独立核算的执收单位设立预算外资金财政汇缴专户。财政专户用于记录、核算和反映预算外资金收支活动。按执收单位，分收入项目进行核算，与财政汇缴专户清算，向国库单一账户缴款以及拨付预算外资金。财政汇款专户只能用于执收单位预算外资金的收入收缴，不得用于执收单位的支出。
  1991年5月，省政府印发的《福建省预算外资金管理暂行办法》，对预算外资金实行财政专户储存管理办法。省财政厅先后制定铁路建设附加费等专项资金的财务管理制度，加强行政事业部门预算外资金和省级专项资金管理，安排各项重点建设专项资金，融通专户储存的沉淀资金，支持重点产业建设，提高资金使用效益。是年，省财政专户储存的资金达11.3亿元，其中省级集资收入和一些专项基金等6.8亿元；专户储存融通沉淀资金1.64亿元，创税利0.47亿元；省级筹集的各项专用资金用于能源、交通、通信等重点项目建设达2.16亿元。
  1992年，在全省范围内开展预算外资金专户储存工作。全省已参加专户储存的单位占应参加专户储存单位总数的80％，比上年上升29个百分点，专户储存资金扩大到16亿元，增长41.6％。对省直80多个有预算外资金收支的单位账户进行清理，参加专户储存的单位由上年的23户扩大到64户。省级专户储存资金由上年的1000多万元增加到2亿元。
  1993年，行政事业性收费资金实行收支两条线，行政性收费纳入各级财政预算内管理。按照党中央、国务院的要求，省财政部门对预算外资金进行清理检查，先后制定了一系列改革配套文件，加强监督检查，加大执法力度，对各类违规问题依法进行处理。落实“罚缴分离”、“票款分离”的规定和财政票据电子化管理改革工作，将全省行政事业单位的政府非税收入纳入国库或财政专户管理。省财政厅对预算外资金管理方式、管理内容等推出相应改革，拓展行政事业单位预算外资金财政专户储存工作。全省专户储存单位达到4008个，储存金额23.8亿元，参储单位率上升到90％，专储金额比上年增长48.75％。
  从1996年7月开始，省财政厅对各项收费、基金、周转金等预算外收支进行重点清查。采取“集中清理、澄清家底，撤销旧户、建立新户、划缴资金、强化管理”的办法，先后经历自查自纠、重点检查、审核处理、规范账户管理四个阶段，共清理预算外资金165亿元，并实行专户存储。是年，省级单位预算外资金上缴财政专户金额达2.5亿元，比1995年翻了一番，上缴财政专户单位户数也从1995年的68户增加到98户。省级单位自筹基建资金缴存财政专户100多户，专户资金达2亿元。按照财政部关于清理周转金要“统一制度、统一管理、统一计划、统一开户、统一核算”的要求，控制周转金发放规模，回收周转金，加快资金回笼进度，减少沉淀量。
  1997年，对各重点收入大户的预算外资金，按收入项目分别列出目录，按国务院关于加强单位预算外资金账户管理的有关规定，对省直单位预算外资金的账户重新进行审核、登记，对违反规定的账户进行撤销或归并，督促单位预算外资金按时、足额缴人财政专户。建立承诺制，按规定要求核实拨发各项预算外资金，解除部门和单位的后顾之忧。6月，省政府发出《关于加强预算外资金管理的通知》，从规范银行账户人手，推动全省预算外资金清理整顿和规范管理工作。
  1999年，全省建立一级财政和一级财政专户制度，省级和厦门、三明、龙岩三市实现本级财政专户与银行的计算机联网。省级财政对单位收入过渡户的资金实现每周银行自动划转财政专户的管理办法。在预算外资金支出管理方面，通过编制预算外资金年度收支计划，审核支出项目的合理性，保证预算外资金按规定用途使用，提高资金使用效率。加强银行账户审批管理，对各单位经清户后确认的银行账户原则上不再增设或移户。对情况特殊需要增设或移户的单位，需提出书面申请并附有关文件，从严审批，防止单位多头开户现象。
  2000年，省财政厅以推行“票款分离”工作为契机，对单位银行账户进行复查，全省共清理银行账户近4万个，其中撤销违规账户近6000个，取消收入过渡户近6000个。
  2001年，省财政厅根据中央要求，对全省的银行账户进行再次清理，撤销违规账户7000多个。加强对资金账户的清理，规范财务管理工作，杜绝违法违纪问题的发生。通过清理银行账户，在全省范围内取消预算外资金收入过渡户。部门、单位的预算外资金收入直接缴入财政专户。按“准国库”管理模式，建立全省统一的预算外资金财政专户制度，开始进行各级财政专户的联网和财政专户与银行联网的工作。全省预算外资金财政专户率达到89％，建立预算外资金管理制度，初步形成“收支两条线”管理格局。
  2002年9月，省财政厅发出《关于省直单位行政事业性收费异地“票款分离”工作有关问题的通知》，规范省级行政事业性收费在异地的收入纳入省级财政专户管理的资金缴交方式，即异地缴费人按“票款分离”办法办理跨行转账缴费时，根据省直执收单位开具的专用缴款书，到其开户行填制异地汇划凭证，将资金直接缴存省财政专户开户行。
  2003年，省财政厅发出《关于省属各类学校收费实行“票款分离”工作的通知》和《关于省属学校收费“票款分离”准备工作具体操作有关问题的通知》、《关于公布省属学校“票款分离”代收软件合格银行名单的通知》等文件，取消学校及主管部门预算外资金收支过渡户，减少中间环节。
  2004年，省财政厅执行财政部《关于加强政府非税收入管理的通知》，加强政府非税收入管理，完善财政专户制度。
  2005年，省财政厅以贯彻《财政违法行为处罚处分条例》、《福建省财政监督条例》为契机，健全财政监督机制，加大对“收支两条线”管理规定的监督力度，全省财政监督部门查处违反专户存储规定金额4980.99万元。
  二、建立收费管理制度
  1992年，省财政厅对行政事业性收费从立项、收费标准、票据、财务等实行全过程管理。按照全省治理“三乱”（乱收费、乱罚款、乱集资摊派）工作部署，1一7月会同有关部门对行政事业单位现有的收费项目进行“四查”（即有否按规定报批收费项目，有否擅自提高收费标准，有否申领收费许可证和有否使用财政统一票据）。经审查，全省经批准的收费项目8924项，其中省定收费项目2691项。取消不合法、不合理的收费项目1238项，减少收费金额2.1亿元，其中经批准的不合理或重复的项目364项，并分批在《福建日报》上予以公布，接受社会的监督。对合理合法的收费项目，更换新的行政事业性收费许可证，全省共换发新证17655份。将批准继续执行的收费项目及标准汇编成册，下发各地执行。7月31日，省财政厅、审计厅、计划委员会、建设银行福建省分行联合发出《关于加强自筹基建资金审查的通知》，将自筹基本建设资金纳入财政专户储存管理，为审查自筹基建资金来源提供条件。在审查过程中，基本做到按照国家投资结构的调整方向，控制不合理的固定资产投资规模和投资结构。共审查项目800多个，金额2亿多元，核减项目40个，金额达525万元。
  1994年2月，省财政厅根据中央加强对行政事业性收费管理和治理乱收费的有关规定，加强对行政事业性收费的管理，提出修订省人大1987年通过的收费管理办法的意见，并建议列入省法制局1995年立法计划。同年，省财政厅配合物价局，对全省19241个行政事业收费单位进行年度审验。对交通警察收费项目、边防船只管理收费项目、建设部门施工企业上级管理费、房地产开发企业管理费等收费项目进行调查，为领导决策提供参考。
  1995年1月，省财政厅组织人员进行省内外调研，探讨预算外资金管理的新路子，提出完善预算外资金管理的方案，供领导决策。抓预算外资金的源头管理，建立健全收费管理制度。继续组织讨论和修订行政事业性收费管理办法，扩大财政管理职能，规范行政性收费审批和征收管理工作。根据国务院、财政部的文件通知精神，省财政厅开展专项基金的清理工作，查出全省仍在执行的基金有67项。对预算外资金及专项基金存款账户中重复设置的6个账户予以合并或撤销，规范银行账户的设立和使用。加强行政事业性收费年审和换证工作，对全省行政性、事业性的收费性质进行界定，建档立卡，对符合规定要求的收费单位换发新证。
  1996年6月，省人大颁布《福建省行政事业性收费管理条例》，省财政厅根据条例规定，规范收费项目审批和审批权限，对地、市、县越权擅自设立的行政事业性收费、基金项目进行清理，凡不符合条件规定的予以取消。是年，各级财政、计划、物价、审计、人民银行、监察部门共抽调2501人，组成599个检查组，对4769个单位进行重点检查，检查结果：地方各级政府越权擅自设立的基金、附加收费项目260个，1995年违规征收金额9.6亿元。其中基金项目95个，违规收取金额6.42亿元；收费项目153个，违规收取金额2.83亿元；附加项目12个，违规收取金额0.35亿元。通过清查，发现和纠正一批擅自设立基金和收费项目的行为，依法查处一批违纪案件，责令停止和纠正一些越权擅自设立的基金、收费项目。
  1997年，省财政厅按照省政府出台的集资政策调度资金，按照项目的用款进度拨付，提高资金使用效益，保证全省“先行工程”、福州一厦门高速公路以及横南铁路等基础设施建设的顺利进行。
  2000年，省财政厅加大治理乱收费、清理政府性基金力度，强化行政事业性收费管理。执行中央减轻企业负担和减轻农民负担规定。根据财政部《关于继续做好减轻企业负担工作的通知》，继续配合省“减负办”等有关部门治理向企业、向农民乱收费工作，抓好并监督落实已公布取消的收费项目和降低的收费标准，巩固减负成果，从严掌握收费政策，控制涉企收费项目的出台，配合省法制办清理整顿涉及外商投资的收费，加强对行政事业性收费的财政监管。8月，省财政厅配合物价局完成省级403个收费执收单位的年度审验，着手开发收费管理数据库的软件，为各级财政综合部门查询收费依据提供便利，完成对收费项目和政府性基金的清理工作。配合福建省“票款分离”的项目编码工作，对各地（市）的收费项目进行清理和重新认定，对省出台的各种政府性基金（附加）也进行重新清理，其中建议保留的政府性基金15项，拟取消的22项，规范到中央统一项目的3项，不在规定清理范围的13项。对省出台的行政事业性收费项目，提出有关不征收营业税的具体意见。是年，省财政厅组织人员到收费执收单位开展调研，解决工作上出现的新问题，如对省公路通行费设站、移站和治理检查公路“三乱”、大中专院校学生公寓收费、机动车驾驶培训收费、动物及其产品防疫收费、戒毒所收费、防空地下室易地建设费、农村林农负担等问题进行调研，修订和完善有关收费管理制度。
  2002年6月，根据财政部《行政事业性收费和政府性基金年度稽查暂行办法》，省财政厅结合福建省实际，制定《行政事业性收费和政府性基金稽查规定》。
  2003年1月，省财政厅根据中央的统一部署，开展收费和罚没资金的清理检查工作，规范执收部门的收费行为，规范行政事业性收费项目的审批管理。组织对涉及企业和农民负担的收费、基金项目进行专项清理，对国家和福建省明令取消的项目全部予以取消。1997－2003年，全省共取消行政事业性收费和政府性基金20多批次，其中取消行政事业性收费项目202项，政府性基金项目51项；合并行政事业性收费项目54项；转为中介或经营服务性收费67项；降低收费标准12项。经过逐年的清理整顿，每年减少行政事业性收费和政府性基金31.1亿元，其中每年减轻企业负担14.91亿元，减少农民负担1.93亿元。会同有关部门定期公布取消、保留收费项目目录和意见，加大对违规出台收费项目的处罚力度。
  2004年3－5月，根据财政部和国家发展改革委员会通知精神，省财政厅公布取消103项行政审批等收费项目，取消、减免涉农收费项目，降低收费标准，减轻农民负担。省财政厅会同有关部门转发财政部《关于全国性及中央部门涉及农民负担的行政事业性收费项目审核处理意见的通知》等6个文件精神，取消农民负担的34项收费项目；免收农村21项收费；降低向农民征收的畜禽及畜禽产品防疫检疫费等5项收费标准；开展治理教育乱收费工作，继续清理取消不合法、不合理的收费项目。联合有关部门下发《福建省2004年治理教育乱收费工作的实施意见》、《福建省义务教育阶段学校实行“一费制”收费办法的意见》、《福建省普通高中招收“择校生”工作暂行规定》和《关于加强义务教育阶段招收借读生丁作管理的通知》等文件。查处一批学校违规收费行为，规范招生等收费行为，从源头上杜绝教育乱收费；做好治理交通“三乱”工作，落实中央关于治理向机动车辆乱收费和整顿道路收费站点的规定，取消涉及机动车辆的行政事业性收费和政府性基金项目4项，合并1项，降低收费标准1项。
  截至2004年年底，共取消普通公路收费站15个，每年减少涉及机动车辆的行政事业性收费1.45亿元；贯彻企业减负政策，减轻企业负担。全省对30.5万从事个体经营下岗失业人员免收费用，累计免收金额3038.89万元。从7月开始，省财政厅执行财政部《关于严格按照行政许可法审批管理行政许可收费的通知》，明确行政许可收费范围，结合清理行政许可事项，清理整顿行政许可收费，按照法律、行政法规规定和审批程序、权限规范申报和审批行政许可收费，强调行政许可收费收入与实施行政许可的行政机关利益彻底脱钩，按规定全额上缴国库，纳入财政预算，实行“收支两条线”管理，严禁机关和个人以任何形式截留、挪用、私分或变相私分行政许可收费收入。行政机关实施行政许可所需经费，列入行政机关部门预算，由同级财政予以保障，并由同级财政部门按照批准的预算予以核拨。
  2005年，省财政厅规范行政事业性收费项目审批管理，提出贯彻落实《行政事业性收费项目审批管理暂行办法》的具体意见，规范全省各级申请设立收费项目和审批管理的程序、收入分成管理权限，下放属于市县政府本级收入的收费减免、缓征批准权限，完善政府收入分配秩序，依法管理收费项目。是年，共批复设立道路运输经营许可证等4项收费，取消统计证工本费收费，批复不同意设立行政执法资格考试考务费等4项收费项目。联合有关部门对武夷山等7个公路收费站点移址、设立、增设车道进行实地考察调研，并上报省政府审批。向财政部争取延长“铁路建设附加费”、“库区后期扶持基金”等政府性基金项目的征收期限。
  三、推行“票款分离”工作
  1999年5月，福建省贯彻中共中央纪律检查委员会全国电视电话会议精神，在福建省的17个县（市、区）和省直15个部门进行“票款分离”试点工作。执收单位在收取行政事业性收费等预算外资金收入时，只开具省财政厅统一印制的福建省行政事业性收费专用缴款书，由缴款单位直接将收入缴入省财政厅在银行开设的预算外资金财政专户，不再保留单位的预算外资金收入过渡账户。
  2000年7月，省财政厅将各级行政事业性收费和罚没收入按“票款分离”、“罚缴分离”的要求，通过全省财政系统计算机网络纳入局域网管理。实现各级财政部门与银行间、与各部门单位间的预算内外银行账户联网，实行上下级财政专户结算的管理办法。加大资金投入，建成福建省财政系统网络，实现网络监管。在17个县开展“票款分离”试点工作的基础上，推行“票款分离”和“罚缴分离”工作，将全省行政事业性收费等预算外资金和罚没收入纳入网络化管理轨道。主要采取以下措施：省财政厅与商业银行同时开发福建省预算外资金管理软件和银行代收软件，做到“票款分离”，银行账户联网，查询核算三位一体；协调中国人民银行福州中心支行落实代收网点1605个，满足单位和群众缴费需要。财政、银行、部门单位三方面按“票款分离”操作要求开展培训，共培训12500人次。复查收费项目和银行账户，按规范化要求，建立预算外资金管理数据库，罚没收入依托现有“票款分离”网络，建立“罚缴分离”项目库，通过现有银行代收网点实行代收。省监察厅、财政厅、中国人民银行福州中心支行等“收支两条线”成员单位成立检查领导小组，抽调部分地市人员，对8个地市及68个县（市、区）进行检查验收。财务实行垂直管理的部门，其异地解缴的资金，由执收单位将资金直接汇往主管部门收入过渡户，由银行直接划入省财政厅专户。省直财务非垂直管理的执收单位，其异地解缴的资金，直接汇往省财政厅专户。对有上解下拨关系的预算外资金，推行上下级财政专户结算的管理办法，改变资金通过部门层层上缴或下拨的做法，缩短资金在途时间并强化财政专户管理。全省彩票赈灾款、水利基金、山区发展资金、地市高速公路收费等实现上下级财政专户结算。截至年底，全省市县级（厦门市除外）实行“票款分离”单位5643个，占应实行单位7323个的77.1％，实行“票款分离”项目达10911个，占应实行项目14184个的76.9％。
  2001年，成立福建省行政性收费、罚没收入实行“收支两条线”管理和清理预算外资金、“小金库”工作小组。省财政厅内部成立预算外资金“收支两条线”协调小组，加强沟通、协调与配合。截至年底，全省落实“票款分离”单位7880个，单位落实率96％，实行“票款分离”项目累计15647个，项目到位率93％。其中省直单位落实率和项目到位率分别为78％和80.5％。完成执罚单位、罚没收人项目代码的编制工作，协调督促部分商业银行完成“罚缴分离”软件的开发。12月，下发《关于省直单位行政事业性收费“票款分离”实施办法的补充通知》，将经营服务性收入、异地收费纳入财政专户管理。
  2002年，省财政厅对省直162个单位和部门开展业务培训，协调有关金融机构，解决省直属单位异地收费实行“票款分离”的技术性难题。主要采取以下措施：全省“票款分离”工作启动“四个统一”（即时间统一、硬件统一、软件统一、收费单位代码和收费项目代码统一）要求，规范收入收缴程序，规定预算外收入直接缴入财政专户。实行资金收缴和票据开具相分离的制度，取消预算外资金收人过渡户，预算外收入直接缴人财政专户。编制单位、项目管理数据库，从源头上杜绝乱收费。建立预算外收入的征、收、缴监督管理系统，对省直单位的异地收费采取“缴费人就地缴费、资金通过对公电子汇兑实现到账系统直接缴存省财政专户”的管理办法，重点解决异地资金收取、跨行转账问题。
  2003年，省财政厅、监察厅推进省直属学校“票款分离”工作。对省直属129家学校收费实行“票款分离”。在省属学校推行“代收银行从学生缴费卡将学生应缴费额托收直接划转至财政专户”的“票款分离”管理办法。取消省属学校收入、支出过渡户，先后召开11场学校、银行座谈会，22次到学校调研，分3批对学校、金融机构经办人员300多人进行培训。在资金拨付上落实“五天承诺制”。省属各类学校全年通过省级各代收银行直接缴入省级财政专户的资金9.7亿元，比2002年增长15％。
  2004年，省财政厅提出“电子开票、自动核销、全程跟踪、源头管理”的财政票据电子化管理新模式，构建安全、高效、快捷的政府非税收入收缴管理平台。截至年底，省直70个部门单位，厦门、南平、宁德、莆田、三明、福州、漳州、龙岩等8个设区市及44个县的484个单位开展财政票据电子化管理试点工作，通过票据电子管理系统开具的各种电子票据共计87万份，缴入国库和财政专户资金3.85亿元，占试点单位应缴财政资金的98％。
  2005年，省财政厅对财政票据式样两次进行调整和规范，发布2006年度省级印刷的财政票据种类和式样，完善财政票据公示制度，并将省级印制的财政票据全部引入公开的招投标制度，以便社会各界使用监督。并于2005年12月19日在《福建日报》上发布关于启用新版财政票据的通告，明确停止使用包括“单位收款票据”在内的旧版财政票据的规定。
  四、改进财政票据管理
  1992年，省财政厅参与治理“三乱”工作，完善行政事业性收费的财务和票据管理。按照省政府关于要管严、管住行政事业性收费的要求，从收费项目的立项审查、收费标准的审定以及收费的财务、票据管理等全过程参与，使行政事业性收费控制在合理的范围内。建立健全收费票据的收、发、缴、销制度，制止乱收费现象。5月，省财政厅、物价局发布《福建省行政事业性收费许可证管理办法》，把收费许可证纳入规范化管理。对行政事业单位经常出现的收费项目制定“管理费”、“证照费”、“培训费”、“检验检测”等单项收费管理办法。健全收费票据由财政部门专人负责，领、核、销“一条龙”管理制度，针对有些部门不按规定使用统一票据，用内部收款收据对外收费，逃避财政监督的现象，设计专用的“福建省直机关内部收款收据”，用于行政事业单位的内部结算和部门之间的往来结算款项，增加收费单位的透明度。
  1996年10月，执行财政部《关于行政事业性收费票据管理的暂行规定》，发布《福建省财政厅行政事业性收费票据管理规定》。对收费票据的用途、种类、适用范围、印制、申领、使用、核销、稽查、承印等作具体规定。统一规范全省行政事业性收费票据式样，对全省性的涉及面广的收费项目的票据，实行全省统一集中印制，各级财政部门分级管理；对个别区域性收费项目的票据，暂由地市提出申请，经省财政厅审核后委托地市财政部门监印。统一实行收费票据准购证制度，坚持验旧领新，限量供应，稽查监督。
  1999年5月，省政府发布《福建省行政事业性收费票据管理办法》，规范行政事业性收费票据的印制、发放、购领、使用及核销行为。
  2000年，省财政厅根据省政府规定，对行政事业性收费、罚没收入和行政事业单位往来票据进行统一规范管理，制定管理制度，对票据的种类、使用范围、印制、领用、核销、稽查等方面作出具体规定。对各执收单位的收费票据采取“核旧领新，限量供应，按月核销、票款分离，以票管费”的管理办法，实行票据供应与收费许可证、票据准购证相结合，票据使用的核销、领购与资金的票款相衔接，建立监督举报查处制度，取缔各种非法收据，强化源头控制。其中对纳入“票款分离”和“罚缴分离”的行政事业性收费单位，实行由执收、执罚单位开票，银行代收，财政监管模式，即由银行代收网点负责向财政部门领用、核销票据，执收、执罚单位根据法律规定开具收费或违章、违规处罚的通知书，由被收费或处罚人（单位）到指定的代收网点缴款，按时足额将收入缴入财政专户。是年，全省纳入财政专户管理的单位10436个，占有预算外资金收入应纳入专户管理单位总数的97％；纳入财政专户管理的预算外资金达到157.6亿元，占同期应纳入财政专户管理资金的92.8％。
  2002年，省财政厅加强票据印制机构的资格考核和印制质量抽查，强化和规范票据使用管理，通过日常领用、核销、年度审验，简化票据品种，统一票据规格，提高票据使用质量。
  2003年，省财政厅委托有关单位开发财政票据电子化管理软件，从票据核销入手，采取票据自动核销、收费项目标准控制、资金解缴、票据核销时限控制等电脑系统管理手段，开发票据自动核销管理软件。根据票据工本费纳入预算管理的新情况，研究起草票据工本费收入上下级财政管理办法，解决因票据收入预算管理变化带来的遗留问题；对现有票据进行归并，统一相同收费内容财政票据，控制专用票据，压缩定额票据。
  2004年，省财政厅推进财政票据电子化管理改革试点，实行“电子开票、自动核销、全程跟踪、源头管理”的财政票据电子化管理新模式，构建安全、高效、快捷的政府非税收入收缴管理平台。
  2005年，省财政厅组织人员对开展财政票据电子化管理改革的300多个试点单位进行调研总结，分析改革工作中存在问题，修订和完善工作方案和软件系统。4月，省财政厅、监察厅联合召开“福建省全面推进财政票据电子化改革会议”，下发《关于全面推进财政票据电子化管理改革的通知》，部署和推进财政票据电子化改革，构建“以票管收”机制。省财政厅组织编印财政票据电子化管理培训资料，供各级财政部门和用票单位使用，先后组织7期专业技术培训班，对7个设区市及70多个县的人员进行业务和技术培训。加强业务指导，多次组织人员深入基层单位调研，召开专题座谈会，帮助解决实际问题。
  五、实现预算内、预算外资金统管
  1996年1月，按照中共中央纪律检查委员会六次全会精神、国务院《关于坚决打击骗取出口退税严厉惩治金融和财税领域违法乱纪行为的决定》和省政府第四次反腐败工作会议，以及中央对清理检查预算外资金的部署，把“基本摸清底数，严惩违纪行为，遏制乱支滥用势头，奠定管理基础”作为全省清理检查预算外资金工作的阶段性目标。检查结果：1995年全省预算外资金收入154.95亿元（含社会保障基金16.03亿元），同口径比1995年度决算报表统计数增加37.61亿元。清查出预算外资金管理和使用中秩序混乱、挪用乱支等问题。如用预算外资金搞计划外投资、滥发奖金、津贴、补贴，非法投资谋取小团体利益和个人利益，违反规定进行拆借，以及挥霍浪费、私设“小金库”或贪污私分等。据重点检查统计，1995年全省被检查单位挪用乱支预算外资金达2.2亿元。其中违规购建房屋0.7亿元，违控购车0.2亿元，福利奖励支出0.2亿元，其他投资0.5亿元，其他支出0.6亿元。“小金库”发生额554万元，预算内转预算外金额578万元，未使用规定票据收取金额0.8亿元。加大对违法违纪案件查处力度，严肃财经纪律，各地区、各有关部门采取措施，对一些严重的违法违纪问题依法进行处理。10月，全省共有12094个单位进行自查自纠，基本摸清预算外资金征收底数，省财政厅被省政府纠风办授予纠风专项治理工作先进单位。加强预算外资金财务会计核算和周转金管理工作，结合全省预算外资金清理检查工作，建立反映预算外资金缴存、拨款全过程的核算办法，每月按时编报预算外资金和专项基金收、支情况表。
  1997年6月，省财政厅根据国务院《关于加强预算外资金管理的决定》精神，代省政府起草《福建省人民政府加强预算外资金管理的通知》，并相应草拟配套管理办法，制定部门和单位的预算外资金管理制度。牵头组织有关部门开展预算外资金管理调查研究，制定交通警察、林业等部门的预算外资金管理制度。7月，继续贯彻落实国务院《关于加强预算外资金管理的决定》和中央五部委《关于继续开展清查预算外资金工作的通知》精神，省财政厅对全省的清理检查工作进行部署，制定重点抽查方案，明确抽查方法、时间、内容、要求，确定公安、工商行政管理、民政、人事、教育、法院、发展与计划委员会、交通等部门为重点抽查单位。全省共组织1524人，组成399个组，对2397个单位进行重点抽查，其中省清查办抽调20人，组成4个组，对8个重点部门的20个单位进行抽查。省清查办还多次组织人员深入地、市督促检查指导，纠正一批违规行为，处理一批违法违纪案件。
  1998年，强化预算外资金管理，从源头上控制预算外资金流量，制止一些部门、单位在预算外资金管理上多头开户、违规收费、应缴不缴、私设“小金库”、公款私存等现象的反弹。省财政厅相继制定系列预算外资金管理制度，通过建立银行账户档案，加强新开户和移户的审批管理，委托银行直接划缴等办法，规范全省预算外资金管理。组织编制预算外资金收支计划，落实财政专户收入，审核汇总部门预算外收支计划与决算，形成福建省级预算外资金收支总计划和福建省预算外资金收支决算。
  1999年，省财政厅、审计厅、人民银行福州中心支行、监察厅等部门联合下发系列规范性文件，建立和完善预算外资金管理制度，加大预算外资金清理工作力度，规范“押金”、“暂收款”、省直在福州市以外单位预算外资金以及主管部门集中、分成、提取资金的管理。对公安、检察院、法院等部门收取的押金、暂收款等资金采取财政代管的管理方式；对在福州市以外单位的预算外资金和主管部门集中、提取、分成所属单位和本系统的资金做出规范。通过清理检查，制定相应的管理办法，达到理顺关系、规范管理的目的。根据省政府部署，对在福州市的9所高等院校和省直12个部门及所属单位开展以预算外资金为主的财政性资金专项检查工作，摸清部门单位预算内、外资金和其他资金的收支状况，界定预算外收入的范围，为编制综合财政计划做准备。
  2000年2月，省政府批转省财政厅会同省有关部门研究起草和制定的《关于进一步贯彻落实“收支两条线”规定工作的意见》，对深化“收支两条线”提出指导意见。省财政厅制定《福建省省直单位行政事业性收费“票款分离”实施办法》等预算外资金管理的规章制度和配套管理办法。截至年底，省财政厅共下发与预算外资金管理有关的规章制度29项，健全和完善预算外资金管理制度。并扩大预算外资金管理的宣传力度。按照省委、省政府统一部署，全省各级财政、监察、物价、银行等部门继续开展以预算外资金为主的财政性资金专项检查工作，省纪委指定一名常委负责协调各商业银行关系并驻点参加清理工作。省人大代表、省政协委员也进行视察，加强监督。省电视台、省电台、《福建日报》等新闻媒体协调行动，加大宣传力度，营造氛围。在2000年省部级财政高级研讨班和中央纪律检查委员会、监察部于武汉召开的反腐败抓源头工作汇报会上，福建省预算外资金“收支两条线”管理工作作为先进经验进行介绍。
  2001年，省财政厅建立预算外资金“收支两条线”工作联系点。在全省范围内确定12个工作联系点，加强工作信息传输与反馈。
  2002年1月，着重对公安、法院、工商行政管理等5个执收执法部门收取的行政事业性收费和其他预算收入全部纳入预算。通过“收支两条线”管理与财政支出预算编制改革相结合，实行综合预算，将98项作为预算外资金管理的行政事业性收费纳入预算管理。强化预算资金的统筹管理，对部门支出经费来源采取先经营服务性收入、预算外收入，后基金预算、专项收入，再一般预算资金的安排顺序。年度预算执行中预算外超收部分，除用于新增工（成）本性支出和教育院校因招生计划变更增加学杂费用支出外，余额转入偿债基金专户，出现减收的，相应调减部门支出。通过编制综合预算，将预算外资金、其他收入、经营服务性收入等资金全部纳入预算盘子。
  2004年，省财政厅研究建立政府非税收入管理制度，落实财政部、中国人民银行关于将部分行政事业性收费纳入预算管理的通知要求。从1月1日起，将教育、人事、交通等部门和单位的部分行政事业性收费纳入财政预算管理。加强预算内、预算外资金的统一管理和统筹安排，执行“收支两条线”管理规定，实行收支脱钩，对部门履行职能所需的合理支出，由省财政通过预算内、预算外资金统筹安排予以保障。2月，省财政厅根据中央文件精神，加强国有资源非税收入收缴管理，研究草拟农业土地开发的土地出让金收缴使用管理办法，并上报省政府，建立新增建设用地土地有偿使用费等土地有偿使用收入定期报表制度，并会同国土资源管理部门加强土地、矿产资源有偿使用收入征收管理。加强彩票公益金管理，强化彩票资金的“收支两条线”管理，督促省级彩票机构将销售彩票所筹集的公益金和省级使用的彩票发行费按时足额上缴省级财政专户，并按规定分配下达使用。严格管理和监督用于青少年学生校外活动场所建设和维护的彩票公益金，并会同有关部门对扶持青少年学生校外活动场所建设项目公益金使用情况进行专项检查监督，确保国家专项扶持资金的合理使用。福州市开展和完善地下温泉使用权、出租车经营权、地下通信管道使用权、户外广告位置使用权等城市区位资源的有偿出让使用管理，扩大政府收入征管范围，拓展和培植地方财源。贯彻落实财政部加强政府非税收入管理精神，开展政府非税收入征缴管理办法的政策研究。7月，代省政府起草下达《福建省人民政府关于加强收入征管确保财政收支平衡的通知》，要求各级各部门强化政府非税收入征管意识，按照政府有关规定加强征收管理，为建立健全非税收入管理提供制度保障。开展国有资源有偿开发利用的政策研究工作，完成“福建省国有自然资源有偿开发利用”课题研究。总结全省国有自然资源开发利用的现状，借鉴国外先进的管理经验，提出加强全省国有土地、海域、矿产资源、旅游资源、水资源，以及城市区位资源等国有资源有偿开发利用管理，建立健全国有资源资产化管理的配套制度和管理办法。贯彻落实中央提出的非税收入管理改革精神，加强政府非税收入预算管理。
  2005年1月，省财政厅执行《国务院关于将部分土地出让金用于农业开发有关问题的通知》精神，结合福建省实际，制定下发《福建省用于农业土地开发的土地出让金收缴使用管理办法》和《关于上缴省级用于农业土地开发的土地出让金有关事宜的通知》，规范土地有偿使用收入的征收使用管理。