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一、国库统一支付工资改革
  2000年2月，省财政厅、人事厅联合发出《福建省人事厅、财政厅关于对省直机关、事业单位工作人员各类津贴、补贴进行归并的通知》、《关于对离休人员离休费和生活补贴费进行归并的通知》、《关于对退休人员退休费和生活补贴费进行归并的通知》等国库统一支付工资管理办法。从4月1日起，省直机关31个单位先行试点国库统一支付工资。在省级国库统一支付工资31个单位试点的基础上，针对全省各地实际情况，省财政厅先后发布《福建省各级机关实行国库统一支付工资管理暂行办法》、《福建省国库统一支付工资报表体系》、《福建省国库统一支付工资有关问题解答》、《福建省国库统一支付工资协议书》、《商业银行代理发放国库工资管理工作规定》。6月份，省财政厅发布《福建省国库统一支付工资会计账务处理暂行规定》。7月份，省财政厅设立国库处。国库集中收付改革的主要内容是：建立国库单一账户体系，所有财政资金的流量流向均在单一账户体系上反映；实行国库集中收付，所有财政收入按照规定程序直接上缴国库（或财政专户），所有财政支出由国库（或财政专户）按照规定的支付方式和程序直接支付到最终用款单位和用款人；采用现代化的管理手段，建立链接财政、清算银行、代理银行、预算单位的较为完善的信息支撑系统来管理财政资金收付业务。按照“先易后难、稳步推进”的原则，率先将全省县级以上党政机关、中小学教师工资和离退休费分步纳入国库统一支付。7月1日起，全省各级机关实行国库统一支付工资。8月，省财政厅印发《福建省各类学校实行国库统一支付工资暂行办法》，从10月1日起在全省中小学校开始启动国库统一支付工资。当年12月，全省各级党政群机关、学校等事业单位实行国库统一支付工资单位达8154个、人员301638人，占财政供养人数的35％。其中县级以上党政群机关4880个]23258人，学校1787个161117人，其他事业单位及乡镇机关1487个17263人。
  2001年，执行财政部、中国人民银行《财政国库管理制度改革试点方案》的通知，要求“十五”期间全面推行以国库单一账户体系为基础，资金缴拨以国库集中收付为主要形式的财政国库管理制度。全省财政部门按照要求进行省级国库管理制度改革试点准备工作，召开全省国库统一支付工资管理工作座谈会，对全省和省直部门进行了4期相关培训，完善全省统一使用的国库统付工资管理软件系统，建立国库统付工资情况月报制度。是年年底，全省县级以上党政群机关、中小学校工资实行国库统一支付工资面平均达到70％以上，其中地市级以上党政机关一级预算单位已基本实行国库统一支付工资，部分市县实行国库统一支付工资面已达100％。2002年，省财政厅扩大国库统一支付工资的覆盖面，对全省县级以上党政群机关、中小学校实行国库统一支付工资。4月，在财政部信息中心的支持下，福建省开始开发管理软件，并于9月正式投入使用，全省统一使用国库统一支付工资管理软件系统。实现用款计划的申报、审核和批复、资金支付令的开具和受理、资金支付情况的查询以及有关的对账、统计和报表汇总等工作流程的网络化管理。规范财政性资金的支付流程，理顺编制、人事、财政及预算单位在国库统一支付工资的业务关系，确保国库统一支付工资按编制内实有人数和T资标准，按时、足额支付到个人工资卡。
  二、省级国库管理制度改革
  2001年11月，省政府发出《福建省人民政府关于转发财政国库管理制度改革有关文件的通知》，向各市县人民政府、省直各部门下发推行财政国库管理制度改革的有关通知，要求各级适时进行国库改革试点。并决定从2002年开始在省级单位开展国库集中支付改革试点。第一，把预算内资金、基金以及纳入省级财政专户管理的预算外资金全部纳入国库集中支付管理；试点单位的“政府采购、基建、支农、水利”等专项资金不再通过财政原来开设的有关专户拨付，改由国库单一账户体系拨付。第二，对工资、基建工程、政府采购等专项支出实行直接支付，由国库支付中心在财政批复的分月用款计划额度内，根据预算单位提出的有效支付申请直接支付到商品供应商或劳务提供者；对未纳入财政直接支付的小额购买和零星支出，特殊专项支出以及紧急的支出，实行财政授权支付，由预算单位在财政批复下达的授权支付额度内根据业务需要开具支付指令，在靠近单位的代理银行网点办理支付。第三，区别预算内、预算外不同的资金来源分别与国库或预算外资金财政专户进行当日清算。第四，政府采购资金通过财政专户统一核算。
  2002年1月，省财政厅国库支付中心（局）成立。作为国库支付执行机构，具体负责财政资金的审核、支付、会计核算以及对账、监督检查、网络系统维护、提供支付信息等工作。7月，省财政厅发布《福建省省级单位财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》、《福建省省级财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法》、《福建省省级单位财政国库管理制度改革试点财政厅内相关工作管理暂行规定》等文件，8月，省财政厅印发《福建省省级财政国库管理制度改革试点会计核算暂行办法》，为全省国库管理制度改革提供制度保证。9月，省财政厅国库支付中心通过财政国库管理支付系统拨出第一笔资金，标志着福建省财政国库管理制度改革工作正式启动。省级财政国库集中支付改革试点首批选择的省水利厅、科技厅、财政厅三个省级部门及其所属82个基层预算单位的所有财政性（含预算内、预算外）资金实行国库集中支付，即预算安排给这三个试点部门的所有财政性资金，不再拨人预算单位开设的银行账户，也不再通过财政开设的政府采购、基建、支农、水利等专项资金账户转拨，在实际支出时，通过财政直接支付或财政授权预算单位支付，由代理银行将资金从国库直接支付到商品、劳务供应者或最终收款人。12月，执行《财政部、中国人民银行关于印发〈国库存款计付利息管理暂行办法〉的通知》，比照国库存款利息收入管理办法，做好各种财政性专户存款利息收入及其相关费用的收缴拨付工作。截至当年12月底，省财政厅向三个试点部门及其基层单位下达预算内、预算外用款额度1.61亿元，完成2894笔支付业务，支付金额1.12亿元。
  2003年7月，三明市在水利、科技、财政3个市直部门及其所属丨0个基层预算单位开展国库集中支付改革试点，之后又对所有部门的重点建设项目资金、职工住房公积金、职工医疗保险金实行国库直接支付。当年，泉州市在水利、科技、财政3个部门及其所属23个基层预算单位开展国库集中支付改革试点。因地制宜地推出国库集中收付以部门会计集中核算为基础，部门集中核算作为国库集中支付的补充的改革管理模式，并于2003年年底启动首批改革试点工作。当年，已实行会计集中核算的南平、龙岩、漳州三个地级市和部分市县区也准备向国库集中支付管理过渡，其他未实行会计集中核算的市县区正在为推进国库集中支付改革试点做前期工作。
  2004年1月，省财政厅转发财政部《实施财政国库管理制度改革年终预算结余资金会计处理的暂行规定》，在地方总预算会计核算中引入权责发生制要素，解决国库集中支付改革以来保留在国库中应付而未支用资金的管理和会计处理问题。省财政厅制定有关规定和办法，规范资金支付清算、财务核对、账户使用及管理、信息反馈等行为，方便预算单位用款，提高工作效率，并针对代理银行服务费和国库支付凭证管理问题，制定有关代理服务费的支付标准，调动代理银行配合改革的积极性。是年，在全省范围内推广采用新版“财政国库统一支付工资管理系统”软件，在原有的票款分离软件的基础上，加强或增加查询、账务自动核对、票据自动核销、拨款自动审核、系统自动记账等功能。针对非税收入面广、资金性质不同、涉及各级分成、预算内外分解的特点，增加收入分成、预算内外收入源头分解的功能。
  2005年6月，修订《福建省省级单位财政国库集中支付暂行办法》，印发《省级财政国库集中支付管理厅内相关工作暂行规定》。制定分两年将福建省所有省直预算部门纳入改革范围的工作方案。省级选择60个省直预算部门，分两批于7月、10月实施改革。扩大专项资金财政直接支付范围，对省级管理的重点建设项目资金实行财政直接支付到项目单位或出资人单位，财政直接支付面超过70％。