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地方部门预算改革，主要从规范部门预算编制的内容、方法和规程三方面人手，确立部门预算管理的基本模式，以部门为单位编制预算，部门各项财政资金均统一反映在该部门的预算之中，增强预算的规范性、科学性、合理性。
  1999年10月，省政府发出《福建省人民政府关于批转省财政厅关于改革省级支出预算编制方法的意见的通知》，提出试行部门预算法。省财政厅选择教育、公安、卫生、农业、工商和省委办公厅、省人大办公厅、省政府办公厅、省政协办公厅、省纪委办公厅共10个省直单位作为编制部门预算的试点，分步实施部门预算改革方案。2000年1月，省财政厅向省人大提交教育、公安、卫生、农业、工商等10个政府单位的部门预算。
  2000年，全面推行编制2001年省级部门预算，实行部门综合预算和零基预算以及定员定额编制办法，加大清理部门、单位历年专款力度，统筹安排预算内外财力。
  2001年，部门预算从所属基层单位编起，逐级审核、汇总、核定、审批，将部门预算的全部收支项目，编制在一本预算中，反映政府各部门年度各项收支计划。
  省级财政全面推行部门预算和综合预算，各部门所有收支均纳入本部门财务统一编制预算，省级财政对预算内外资金统一管理、统筹安排、综合平衡，按规定时间批复预算。与此同时，通过细化预算、加大清理部门单位历年专款力度、调整大项支出的内部结构、改革省级专项资金管理办法、规范省级单位预算追加程序、减少对下零星补助等措施，调整财政支出范围，优化财政支出结构，体现公平、公正、公开、透明原则，增强预算的约束力，规范部门、财政和政府的理财行为，为人大审议财政预算提供必要条件。
  省级预算编制改革的做法：一是按照公共财政的要求，加速退出非公共领域的财政投入。对一般生产、流通领域的财政补助（贴）进行全面清理；对企业经营中的一般性补助（贴）除政策性规定外，原则上不再安排；对应走向或有条件走向市场的事业单位逐户甄别，继续削减直至停止预算拨补。二是各部门支出经费资金来源及安排顺序为：经营服务性及其他收入，预算外专户拨款，基金预算拨款，专项收入拨款，一般预算拨款；由于财政年初已从预算中安排部门各项支出，因此年度预算执行中预算外收入的超收，除新增工（成）本性支出和教育院校因招生计划变更增加学杂费收入外，不再追加新的支出，余额转入省级偿债基金专户；执行中的减收，各部门应相应调减支出。三是农业、教育、科技、卫生、计生等事业费在具体支出项目上，同样实行“零基预算法”；清理、压缩或取消历年来分散在各部门用于二次分配的零散“老专项”；上述事业费调整后腾出的财力集中用于本类事业发展中亟须的重点支出。四是按照细化预算要求，除经批准预留的待分配资金外，年初未细化的项目不安排支出预算；对政府采购目录内的采购商品或劳务，必须在部门预算中逐项编列。五是年度预算批复后，各部门必须严格执行；除特殊情况外，执行中部门新增业务所需的支出，应在部门年度预算中调整解决，确实无法调整的，在下一年度预算中统筹考虑。是年，省财政厅向省人代会提交24个省政府组成单位的部门预算草案。
  2002年2月，省财政厅发布《福建省财政厅部门预算编审内部管理制度》、《预算处规范预算管理的具体实施办法》，从省直部门、财政厅内部和预算处三个不同层面规范省级部门预算编审工作，增强省财政厅内部各处室在部门预算编审和执行过程中的协调配合和监督制衡；对部门预算的文本式样、结构、内容进行规范，相对固定。9月，省政府颁布《福建省省级部门预算编制试行办法》，规定省直部门及所属事业单位的预算编制要遵循按部门编制，实行综合预算，按“零基”的方法编制，细化编制预算，坚持收支平衡五项原则。同时，省财政厅完善部门预算管理信息系统，改进“‘e财’部门预算管理系统”，实现预算编制、审核、汇总、批复全过程的信息化管理。
  2002年，省财政厅向省人代会提交130个省直一级预算单位的部门预算草案。为解决财政“缺位”和“越位”问题，实现财政资源的合理配置，省级部门预算编制打破原有分配管理格局，从六个环节入手，深化部门预算改革－是清理调整生产、流通领域的财政补助，促进财政资金加速退出非公共领域，对应该或有条件走向市场的事业单位，削减直至停止财政拨补。二是加大综合预算力度，按照经营服务性及其他收入、预算外收入、基金预算收入、专项收入、一般预算拨款顺序安排部门各项支出。三是清理压缩或取消零散、小额的一般性专款，非垂直管理的省直各部门不再安排下级对口单位自身支出的各类专款，集中财力保证重点。四是对各类相近的专项资金，实行集中捆绑使用，提高资金的综合使用效益。五是推行因素分配法、项目管理办法和专项转移支付办法，增强分配的公开透明度，体现客观、公平、公正。六是除经批准预留的待分配资金外，年初预算要求细化编制到具体人头、项目和使用单位，对下补助至少细化到设区市。
  2003年，继续按照部门预算、零基预算、综合预算、细化预算和收支平衡的要求，稳步、扎实推进部门预算改革，进一步规范预算编制程序和方法，打破以往“一年预算，预算一年”的被动局面，按“零基”预算的要求编制单位经费支出预算，人员经费按编制内实有人数和规定的支出范围标准编制，公用经费按从紧、节约的原则，由省财政厅制定不同类别标准统一编制，专项支出按项目的急、重、轻、缓顺序安排，提高预算支出的合理性、准确性。细化预算编制，除经批准预留的待分配资金外，年初预算要求编制到具体人头、项目和使用单位，接受各方面的监督。按照经营服务性及其他收入、预算外收入、基金预算收入、专项收入、一般预算拨款的顺序安排各项支出，加强综合财政管理。同时，合理界定财政支出范围，坚持“有所为有所不为”的方针，清理调整生产、流通领域的财政补助，将财政资金逐步退出对市场资源配置竞争性、营利性领域的投入，逐步减少有碍公平竞争的政府支出。加大财政经费供给方式的改革力度，根据省委、省政府《关于推进事业单位机构改革的意见》的有关规定，对应该或有条件走向市场的事业单位，削减直至停止财政拨补，从财政政策措施上推进事业单位机构改革。按照“两个务必”和“勤俭建国、勤俭办一切事业”的要求，清理、压缩或取消零散、小额的一般性专项支出，控制各类专项资金用于安排部门单位自身建设支出，坚决制止和纠正形式主义、铺张浪费等行为，尽一切可能降低行政管理成本。按照“集中财力，保证重点”的原则，把有限的资金安排到急需的项目上，支持对增强经济发展后劲有较大影响的主导产业和重点行业。省、市两级全面编制部门预算，县、市、区也在逐步推进。
  2004年，深化省级财政基本支出预算和项目支出预算改革，提高年初项目分配的到位率，完善对下专款分配办法，加强对部门预算结余资金的管理，发挥财政资金的使用效益。扩大市县财政部门预算改革试点范围，做好预算执行各项工作。具体为：探索预算绩效评价实施办法，选取省国土资源厅的土地开发整理资金进行试点，为全省铺开预算绩效评价制度打下基础；建立财政供养人员数据库，推进财政管理方式向精细化转变，为实现预算信息动态管理奠定基础；加大历年结转清理力度，采取措施减少财政资金沉淀，提高财政资金使用效率；加强年度预算执行的动态分析，关注出口退税及税制机制改革对全省和省级财政收人的影响，剖析预算执行过程中出现的苗头性、倾向性问题，采取措施予以解决；组织年度预算的执行，完成全年预算收支任务，确保省委、省政府重大决策部署的资金需要。
  2005年，按照“分段实施，稳步推进”的要求，推进项目支出预算绩效考评X作。规范预算支出项目分类，将项目支出分为专项业务费支出和发展性项目支出，各部门不得将属于“公用经费”范围的费用编人专业业务支出预算，不得将用于部门自身的专项业务费支出列入发展性项目支出；调整优化各类专项支出，对于年初编制预算时无法细化的专项支出，暂不批复省直部门。提前编制年度部门预算，延长预算编制时间，使各部门能够有更充裕的时间了解情况和编制预算，使所编的年度部门预算尽可能符合部门的基本需求和事业发展需求；部门预算经人大审定、批复后，不得随意调整和追加。开展实物费用定额和预算支出绩效评价试点，选择部分省直单位，采用虚转的办法开展实物费用定额体系的研究；试行预算支出绩效评价试点，运用考核方法、量化指标及评价标准，对省直部门为实现职能所确定绩效目标的实现程度，以及为实现这一目标所安排预算的执行结果进行综合性考核与评价。根据《福建省省级政府采购运作规程暂行规定》，对属于政府采购目录范围内的货物、工程或服务的支出编制政府采购预算。是年，部门预算覆盖省直一级预算部门141个、二级预算单位793个，市本级、部分县（区）也实施部门预算。