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一、财经纪律检查
  （一）税收、财务、物价大检查
  根据国务院的统一部署，福建省从1985年起，组织财政、税务、审计、物价等部门联合开展税收、财务、物价大检查工作，对财经领域的违法违纪问题进行集中整治。1985－1988年，福建省县以上各级政府都成立临时性的检查领导小组和办公室，挂靠财政部门，具体负责领导、组织、协调一年一度大检查工作的开展。
  1989年4月，省政府决定设立“福建省税收财务物价大检查领导小组办公室”，挂靠省财政厅，核定机关事业编制15名，实有行政人员6名，从临时机构改为省政府非常设处级机构。根据国务院1989年8月31日《关于开展1989年税收、财务、物价大检查的通知》精神，在全省税收、财务、物价大检查中，自查违纪金额1.39亿元，重点检查违纪金额2.01亿元，合计违纪金额3.4亿元，上缴财政1.93亿元。
  1990年，税收财务物价大检查的范围包括国营、集体、私营企业和行政事业单位，以及个体工商户在1990年发生的违反财经法纪的问题；1989年发生而未检查、纠正的违反财经法纪的问题；1988年以来的各种“小金库”资金。是年，全省组织31626个检查组，抽调13194人次参加，对6.5万个企事业单位、个体工商户进行税收财务重点检查，查处违纪金额3.1亿元，上缴财政1.87亿元。
  1991年，检查的范围包括国营、集体企业、企业集团、行政事业单位和社会团体在1991年发生的和1990年发生而未检查、纠正的违反财经法纪的问题。是年，查出违纪金额3.1亿元，其中应上缴财政2.58亿元，已入库2.12亿元，入库率为82.17％。违纪金额按违纪项目分析，主要表现在偷漏工商各税占62.19％，国营企业截留、隐瞒、挤占利润占10.36％，虚报亏损、虚盈实亏占3.79％，偷漏“两金”（国家预算调节基金、国家能源交通重点建设基金）占11.92％，其他违纪占11.74％。按经济成分分析，国营企业占50.45％，集体企业占31.03％，行政事业单位占12.65％，其他占5.87％。
  1992年，把财务重点检查与企业年终决算审查验证结合进行，对于多年检查问题较少，基本守法的单位，给予免检。在税收检查方面，检查重点是个体大户、私营企业、乡镇企业、嫁接“三资”企业的中方业主，以及各类形式的租赁、承包、挂靠户。是年，全省共查出违纪金额2.81亿元，其中税收1.87亿元，财务0.88亿元，上缴财政2.02亿元。
  1993年，检查的重点单位和内容是金融、保险企业等各种非银行金融机构，石油天然气、石化、烟草、电力、有色金属、冶金行业中的大中型企业以及物资供销企业，规模较大的进出口企业、联营企业和股份制企业，房地产开发企业以及各级政府部门办的各类公司，以及问题较多、群众反映较大的经济执法部门。全省共查出违纪金额5.46亿元，其中税收3.29亿元，财务2.17亿元，上缴财政3.92亿元。
  1994年，重点检查新财税体制和物价政策执行中存在的问题，偷漏增值税、消费税和骗取出口退税等问题。全省共查出违纪金额11.19亿元，上缴财政9.32亿元。同时，还清理出历年企业欠缴税金1.93亿元。
  1995年，检查的重点单位和内容是缴纳增值税、消费税和所得税的税源大户，金融企业、保险企业和各类证券公司等非银行金融机构，经济开发公司、外贸公司和有外贸经营自主权的企业以及第三产业中一些管理比较混乱的企业，群众反映比较强烈的乱涨价、乱收费、乱罚款的部门，规模较大、管理混乱的乡镇企业、私营企业。是年，共查出违纪金额10.05亿元，上缴财政9.08亿元。在查处的违纪案件中，5万～10万元的违纪单位有668户，10万～50万元的违纪单位396户，50万～100万元的违纪单位65户，100万元以上违纪单位33户。经过查证核实，全省有898个单位和267人受到各种形式的经济处罚，39人移交司法机关立案处理。是年，执行国务院办公厅批转财政部、审计署、中国人民银行《关于清理检查“小金库”的意见的通知》精神，全省共清查出“小金库”违纪金额1.24亿元。其中13701个单位进行自清自查，自查面100％，查出“小金库”金额8540万元，应上缴财政2404万元，已上缴财政1578万元，入库率65.64％。全省共抽调3918人，组成1306个检查组，对1959个单位进行重点检查，共清查出810个单位“小金库”违纪金额3895万元，上缴财政3300万元。
  1996年5月，省政府办公厅发布《福建省财政厅职能配置、内设机构和人员编制方案》，“财政行政监察处”更名为“监督处”，同时保留“省税收财务物价大检查领导小组办公室”机构。是年，检查的重点单位和行业是邮电、粮食、政府机关举办的第三产业、事业单位收费情况，一类、二类旅行社、乡镇财政资金管理使用情况。重点检查截留挤占中央和省级收入、偷漏所得税、设账外账、私设“小金库”等。全省共派出13040人，其中各级人大代表、政协委员、民主党派代表63人，组成4271个检查组，对100476户单位进行重点检查，占重点检查户数的52.77％。全省共查出违纪金额15.38亿元，上缴财政8.51亿元。其中违纪金额10万～50万元的614户，50万～100万元的125户，100万～500万元的28户；受经济处罚的1379人，受党纪政纪处分的30人，移交司法机关立案处理的8人。
  1997年1月，单独设立“福建省人民政府税收财务物价大检查办公室”，继续挂靠省财政厅。是年，全省税收财务物价大检查与会计等级评定、清理催收欠税、日常检查、宣传财政法规等结合，依法查处各种违反财经法纪的行为。全省共抽调检查人员11634人，组成3756个检查组，对18.65万个单位、个体工商户进行重点检查，重点检查面达61.12％，共查出各种违纪金额10.43亿元，上缴财政8.31亿元。其中违纪金额10万～50万元的964户，51万～100万元的124户，101万～500万元的40户，501万～1000万元的3户；受到经济处罚的单位36368户，受到经济处罚个人381人，受到党纪政纪处分的6人，移交司法机关立案处理的160人。
  1985－1997年，全省共查出各种违纪资金金额76.16亿元，其中上缴财政资金55.38亿元，平均每年为全省财政挽回损失4.26亿元。
  1998年起，随着财政、审计、税务、稽查特派员以及社会审计等日常监督机制的日趋完善，国务院决定从1998年起不再开展每年一次的财税大检查，该项工作转入日常的财政资金管理监督。
  （二）财政资金管理监督
  1989－1991年，全省财政监察部门组织74个检查组，对509个单位进行部分罚没款收入、支农周转金、农林特产税、粮食财务、私设小金库等问题进行检查，共查出违纪金额1254万元，上缴财政1069.84万元。
  1992年，全省财政监察部门组织开展农业税和部分支农财政资金检查，抽调453人，组成104个检查组，对306个单位进行重点检查，共查出违纪金额1222.92万元，上缴财政721.81万元。清理财政系统干部职工拖欠公款，共查出拖欠公款137人，99928元，及时处理催缴。1993年，全省开展支援经济不发达地区发展资金检查，抽调12人，组成3个检查组，对龙岩、三明、宁德三地市进行重点抽查，共查出违纪金额126万元。
  1994年，省政府办公厅发出《关于整顿乡镇财务管理意见的通知》，主要整顿乡镇各有关单位1993年度的财务收支情况，重点是财政、税务、公安、工商、农业、林业、卫生、教育、民政、土地、经委等乡镇行政事业单位。全省抽调1457人，组成309个重点检查小组，对4901个基层单位进行重点检查，共查出违纪金额5314.18万元，追缴入库670.7万元。
  1995年，根据省委《关于深入开展清理乡镇财务工作的意见》要求，继续开展清理乡镇财务工作，全省检查15969个单位，查出违纪金额1.65亿元，上缴财政4549.49万元。立案查处违法违纪案件138起。
  1997年，省财政厅成立4个内审工作小组，先后对有关处和厅属单位，境外财政投资企业进行内部审计，并对华兴租赁公司进行清理整顿。
  1998年，省财政厅对厅办公室、会计处、农税处的经费情况、行政事业收费以及农税征收使用情况等进行重点审计，对财政厅驻外机构领导干部进行离任审计。对全省40个县（市）开展省级收入专项检查，共查出截留省级收入5151万元。同年，福州市、南平市财政局开展违反控制集团购买力情况专项检查，当年各地（市）共查出违纪金额466万元，有24个违纪单位受到经济处罚。
  1999年10月，省政府办公厅转发省财政厅《关于对财政困难县实行指导监督的暂行办法》，加强对困难县的财政指导与监督。根据省委、省政府关于加快山区发展的要求，省财政在政策、资金方面继续支持困难县发展的同时，帮助困难县加强和完善财政监督管理，规范财政运作，提高财政运行质量。是年，省财政厅对厅属劳动服务公司、华兴证券公司、华兴会计师事务所进行内部审计和离任审计。泉州市组织开展全市计划外生育费专项检查，使长期脱离财政管理的计划生育费纳入财政管理专户；莆田市开展企业职工失业保险基金的专项检查；南平、宁德、龙岩、漳州等地（市）分别开展支农资金、科技三项费用、排污费等专项资金检查。各地（市）还配合纪委、监察等有关部门，开展对有关单位在银行开设账户的清理整顿和预算外资金专项检查。是年，全省开展专项监督检查，共查出各种违纪金额1.63亿元，上缴财政1.25亿元。
  2000年，强化财政监督检查职能，成立“福建省财政厅监督检查局”和“财政监督员办事处”，实行两块牌子一套人马。随后，各设区市、县（市、区）财政部门的机构改革工作也相继铺开，并参照省财政厅的职能配置和内设机构设置，相应取消税收财务物价大检查办公室，成立财政监督分局（监督处、科、股）。7月，省财政厅党组印发《福建省财政厅处级领导干部离任审计暂行规定》。根据省财政厅党组的统一部署，由省财政厅监督处牵头，有关处室配合，抽调有关人员，组成6个内审组，历时两个月，对厅机关14个处室、9个厅属单位、3个社团单位的各项财政资金使用管理、结余、银行账户设置以及财务收支情况等进行检查。是年，全省财政监督工作实行市、县财政部门上下联动，对预算编制、预算执行情况进行监督。全省依法开展各项财政监督检查，共查出各种违纪金额2.49亿元。
  2001年6月，省财政厅印发《福建省财政厅内部监督检查暂行办法》。对省财政厅属4个学会、5个公司、1所学校开展内部监督检查。是年，省财政厅先后组织和配合对全省公安交警系统专项经费、国有土地出让金、省直属12个行政执法部门专项经费的使用情况和省直属30个单位执行政府采购制度情况进行跟踪监督检查。对平潭县等20个县（市）开展财政收支专项调查，帮助指导困难县加强和完善财政管理，提高财政运行质量。龙岩市对科普经费和旅游专项资金的使用效率进行跟踪检查；莆田市财政局组织开展市直住房公积金和计生系统专项资金的检查。宁德市财政局对本局16个科室进行内审，并延伸至各县抽查一个乡镇财政所，重点检查乡镇财政所专项拨款、税费收缴以及乡镇财政收入情况的监督检查。
  2002年2月，省财政厅印发《规范财政管理，严肃财政工作纪律的暂行规定》，把财政部门内部监督检查贯穿财政管理活动全过程，强化日常监督，建立预算“编制、执行、监督”三者分离的约束机制，对省直各部门预算编制和预算执行情况进行监督。开展省级财政收入的缴纳、征管、退库的监督检查，共查出截留省级收入6166万元。围绕财政支出制度改革，开展财政资金使用情况的跟踪检查，先后对省水利厅、交通厅、民政厅、教育厅、科技厅、省公安交警、省工商局、省地方税务局等省直部门的财政专项经费使用情况进行跟踪监督检查，通过检查发现有些部门未按省政府规定将预算外收入缴人财政专户；有些部门的规费收入未做到应收尽收，有的未及时上缴；有些部门对不同渠道资金未能统筹使用，一些项目存在重复安排资金的现象；有的部门存在挪用专项资金用于职工福利等违规违纪问题。针对上述问题，责成有关部门进行整改，情节严重的给予罚款处理。
  是年，在县（市）机构改革期间，为确保财政资金管理和拨付工作的有序开展，全省各市县财政部门及时组织力量，对财政部门相关科室、单位在机构改革期间预算资金的分配、拨付和业务经费开支等情况进行检查，对机构改革后的账户移交进行监管。龙岩市财政局开展世界银行信贷资金及房地产开发前期费用的专项检查；南平市财政局对财政安排的城市低保金、企业挖潜改造资金等10个专项资金项目的使用情况进行跟踪问效；宁德市开展清理检查“小金库”工作。这些专项检查，共查出违纪金额3.51亿元。
  2003年，省财政对漳州、建瓯、顺昌等地财政收入及运行情况进行调查核实，与省编委联合对仙游、永泰、霞浦、连江4县26个乡镇财政收支运行中存在的主要问题，如政府直接债务和间接债务，预算外资金管理情况，以及县、乡两级财政供养人员及机构编制等问题进行调查，针对调查发现的问题，提出加强县（市）财政监督建议，由省财政厅、省委组织部、审计厅、监察厅联合上报省委、省政府，省委、省政府办公厅批转《关于进一步加强对市县财政监督管理工作的意见》，加强对市县财政的指导和监督工作。同年，省财政厅监督局组织对厅属票据所、老干部处、泉州慈山财经学校、劳动服务公司进行监督检查。对省级重点收入的2个行业、34个部门和4所高校开展专项调查，查出有2200万元的地方收入被截留，5500万元收入未纳入财政专户管理，应缴未缴预算内资金6883万元。
  2004年3月，省委、省政府办公厅批转《关于进一步加强对市县财政监督管理工作的意见》。是年，省财政厅先后对福安、松溪、武平、南靖、沙县5个县（市）的财政运行情况展开调研，了解全省县（市）财政运行情况的特点，研究个性，归纳共性，建立和完善全省县级财政供养情况数据库，加强对县市财政运行质量的日常监督。同年，省财政厅监督局对厅机关幼儿园2001－2003年度的财务收支情况进行检查。是年，全省开展财政支出检查共查出各类违纪金额1.25亿元；纠正财政违规金额0.83亿元，纠正其他违规金额0.35亿元，罚款44.95万元。开展省级财政收入征缴质量专项检查，共查出违规金额2.8亿元。
  2005年2月，执行国务院发布的《财政违法行为处罚处分条例》。3月27日，福建省第十届人大常委会第十六次会议通过《福建省财政监督条例》，自7月1日起施行。是年，省财政厅完成对寿宁、政和、长泰、长汀、永泰、屏南及周宁等7个县2004年度财政运行质量监督检查，并针对检查中发现的问题，依法提出处理建议。开展省级契税征缴情况检查，共查出省级契税收入被截留1.97亿元，依法追缴入库。开展财政专项资金检查，先后组织512人次，对8个地市及省属企业的省级挖潜改造资金进行抽查，涉及171家企业，288个资金项目，以及2.54亿元的财政资金。是年，省财政厅监督局对厅属劳动服务公司2003－2004年度财务收支情况进行内审。
  截至2005年年底，全省财政系统共设有监督检查机构93个，机构人员总数186人。其中各市、县专职机构51个，挂靠机构41个；在编人员达174人。财政监督网络初步形成。省财政厅监督局围绕党和政府的中心工作，抓集中财力办大事，重视财政资金的规范管理，加强财政监督。2000年至2005年底，全省共抽调4019人，组成1093个检查组，对7464户单位进行重点检查，通过重点清查，查出各项违法违纪金额达514803万元。
  1998年至2005年，省财政厅每年都组织对各市、县（区）财政收入征收解缴机关开展财政收入征管质量检查。通过检查，共查出截留省级收入64943万元，其中金融保险企业营业税被混入地（市）县收入18071万元，省级企业所得税混入中央财政收入1050万元，转移、截留省级罚没收入10841万元，应征未征金融保险营业税、基础设施附加费和社会发展费15201万元。
  二、财政投资评审
  财政投资评审工作由财政基建工程预决算审核演变而来。1958－1979年，该项工作职能在中国人民建设银行。1980年财政和建设银行分家后，财政部门仍然将此业务委托建设银行代行财政职能。1994年建设银行完全成为商业银行后，财政部和全国各省的财政部门相继收回职能。1995年，福建省仍然委托省建设银行代行财政职能。1997年，省财政厅基本建设处成立，相继收回基本建设拨款、预决算审核等职能。1998年3月，福建省机构编制委员会批准成立福建省基本建设工程预决算审核中心，核定事业编制12名。
  1999年4月，福建省基本建设工程预决算审核中心挂牌。其主要任务是参与省级财政性投融资基本建设工程项目前期工作，包括建设项目可行性研究和初步设计的论证，概算的控制、评审，前期费用的审查等；负责财政性基本建设工程项目预算的审核并参与工程招标投标工作；负责基本建设工程项目竣工决算及其审核并参与工程竣工验收工作；参与全省基本建设工程预算定额、工程费标准、材料价格指数的制定、调整和发布等；负责部门支出预算和财政专项支出的评审；负责财政专项资金核查及追踪问效；负责财政性投融资项目的概算、预算、决算财务评审；对全省财政投资评审系统、评审业务进行指导，提高整体工作水平及其他与基本建设审核业务相关的工作。省基本建设工程预决算审核中心主要是负责省级财政性投融资基本建设项目的有关工作，为省政府、省财政部门加强政府投资管理，节约财政基本建设资金支出，提高投资效益提供服务。
  2004年5月，省机构编制委员会批准“福建省基本建设工程预决算审核中心”更名为“福建省财政投资评审中心”。6月，省机构编制委员会批准审核中心为正处级单位。
  2005年1月，省机构编制委员会批准中心增加事业编制10名，全部用于配备专业技术人员，增编后，省财政投资评审中心事业编制共计22名。地（市）县级财政投资评审机构9个，共完成评审项目3740个；概算项目送审6.425亿元，预算项目送审35.5442亿元，结算项目57.77亿元，决算项目7.81亿元，其他项目27.64亿元。
  1999一2005年，省财政投资评审中心共评审本级629个项目；送审金额118.65亿元，审定101.54亿元，净核减17.11亿元，核减率14.42％。完成财政部委托评审项目1230个；送审金额211.09亿元，净核减72.55亿元，核减率34.37％。
  三、会计监督
  福建省会计监督工作由省财政厅监督局、会计处和省注册会计师协会等单位具体实施。省财政厅监督局、会计处负责会计行业的政策制定和行政处罚等行政职能；省注册会计师协会是全省会计师行业的自律性管理机构。
  （一）会计工作检查
  1989－1998年，会计监督主要是整顿会计工作秩序，配合开展税收财务物价大检查。
  从1999年起，全省连续5年组织各级财政部门对全省企事业单位开展会计信息质量检查。是年9月，根据国务院关于整顿和规范市场经济秩序的要求，各级财政部门在加强会计监督和规范注册会计师行业监管工作方面，全省共抽调137人，组成28个检查组，对经社会审计机构审计的国有企业年度会计报表进行核查。
  2000年，全省组织对100家包括国有企业、股份制企业、“三资”企业、民营企业在内的1999年度会计信息质量以及相应的社会审计机构的执业质量进行抽查。通过检查，严肃处理造假账、账外账，损益不实，提供虚假财务会计信息和偷漏税款等违纪违法行为，对严重违法违纪的单位负责人和具体责任人，依法移交有关部门予以追究行政责任，并将检查结果在一定范围内进行通报，扩大社会影响。
  2001年，全省共派出231个检查组（其中省级20个、市级29个、县级182个），检查人员992人（其中省级80人、市级130人、县级782人），对811家单位（其中省直40家、市级100家、县级671家）进行会计信息质量检查。检查中发现主要存在两个方面的问题，一是在会计基础工作方面，无证上岗的现象普遍存在，全省811家被查单位在2000年末实际在岗会计人员2420人，其中无证上岗人员341人，占14.1％；会计机构负责人不具备任职资格的单位有42家；会计凭证的填制和使用不合法、不规范的现象突出，白条现象普遍存在。会计账设置和使用不规范，账外设账单位10家；未按规定保管会计档案的有41家；未按规定设置总会计师的有58家，占应设单位的47.5％；未建立单位内部控制制度和内部会计监督制度的有146家，占被查单位的18％；有相当部分行政事业单位没有按《预算会计制度》对单位的资产进行核算，造成资产不清和国有资产流失。二是在会计信息质量方面，被检查的322家企业虚减资产25.3亿元，虚减负债32.5亿元，虚增所有者权益7.2亿元，虚减收入25.1亿，虚减成本22亿元，虚减利润0.55亿元；被检查的183家行政单位虚减资产700万元，虚增负债402万元，虚减净资产1丨02万元；被检查的306家事业单位虚减资产14.54亿元，虚增负债203万元，虚减净资产14.56亿元，虚减收入2731万元，虚减支出1736万元，虚减结余995万元。会计信息质量检查结束后，财政厅将检查情况进行通报，省委办公厅、省政府办公厅在《今日快讯》上刊载全省开展会计信息质量情况的通报，省纪委要求纪检、监察部门协助财政部门对违纪单位责任人处理情况进行落实，把治理会计信息失真检查纳入源头治理腐败的专项工作之一。配合省纪委、监察厅从源头上制止虚假发票公款报销行为，各级财政部门结合会计信息质量检查工作，把虚假发票公款报销行为作为会计信息质量检查的重点内容之一，参与省纪委、省监察厅开展制止开具虚假发票公款报销行为专项监察工作，根据检查发现的问题，提出整改措施，并出台《福建省行政事业单位财务报销审批手续的若干规定》，对会议费、接待费、差旅费、汽车修理、办公用品采购等报销手续进行规范，制止开具虚假发票公款报销行为的产生。
  2002年，会计检查的主要内容是对2001年各单位自查情况进行跟踪检查，对在自查过程中反映的会计从业资格、会计任职资格、会计档案管理、内部控制制度以及会计信息失真等问题，进行一次全面跟踪检查；对没有按照《中华人民共和国会计法》要求进行纠正的，给予严厉处罚。开展私营、集体等企业会计基础工作规范的检查，对会计账簿设置、内部控制制度、会计人员任职资格以及单位负责人履行《会计法》职责的情况进行检查。选择部分企业和行政事业单位开展《会计法》执行情况的重点检查，对是否依法设置会计账簿，是否存在账外设账和私设“小金库”的行为，是否根据实际发生的经济业务事项进行会计核算、填制会计凭证、登记会计账簿、编制财务会计报告，是否按规定建立并实施内部会计监督制度和内部控制制度，在岗会计人员是否持有会计从业资格证书，会计机构负责人（会计主管人员）是否符合任职资格，单位负责人履行《会计法》所赋予职责的情况等进行检查。这次《会计法》执行情况检查，全省共派出96个检查组，检查人员291名，对全省299个单位进行检查。
  2003年，以全省广播电视系统、教育系统和部分企业、行政事业单位为检查对象，要求各市财政局至少检查10家单位，县（区）财政局至少检查3家，各市企业单位检查户数不少于10家（其中：实施新《企业会计制度》股份制企业不少于5家）。全省共检查单位463个，其中行政事业单位336个，股份有限公司25个，国有企业62个，其他类型单位40个。
  2004年，推动各单位加强内部会计控制，建立健全适合本单位生产经营管理特点，体现单位内部各部门、各岗位间相互制约的内部会计控制制度，并将会计控制纳入公司治理结构中，使其发挥作用，在制度上防范违法违规行为的发生。省财政厅印发《关于开展单位内部会计控制制度建设情况检查的通知》，在全省范围内开展单位内部会计控制制度建设情况检查，6－7月为单位自查阶段，对货币资金、采购与付款、销售与收款、工程项目、实物资产、成本费用、对外投资、担保、筹资等项进行自查，自查单位达16495个，其中行政单位4110个、事业单位7865个、企业单位4520个。10－12月为重点抽查阶段，全省共抽查单位445家，其中企业131家，行政单位160家，事业单位154家；对其中省直14家行政事业单位及其部分下属单位、7家企业集团公司及其部分下属子公司进行了抽查。
  同年，省财政厅组织开展会计信息质量检查和会计师事务所执业质量检查，转发财政部《关于开展2004年会计信息质量检查和会计师事务所执业质量检查的通知》，重点检查部分会计师事务所，延伸检查相关企业的会计信息质量。这次检查内容还包括对全省农业、劳动和社会保障系统安排的各项专项资金、虚假发票公款报销等行为的检查等。
  2005年，组织各级财政部门和相关单位开展全省国有和国有资产占控股地位的大、中型企业总会计师配置情况检查。全省共检查259家企业，按《会计法》有关规定，已配备总会计师（或财务总监）的企业有108家，占应配备的企业数的41.7％。在检查基础上针对发现问题，提出相应对策，并对相关企业下达检查处理决定。
  （二）注册会计师行业管理监督
  1991年11月，省财政厅印发《关于委托地（市）财政局行使注册会计师管理部分职权的通知》，委托地市财政局对属地会计师事务所的管理行使下列职权：负责本地区会计师事务所注册会计师的申报；负责本地区会计师事务所注册会计师执业情况的管理、监督、检查；按照有关规定，对本地区申请新成立会计师事务所的条件进行审核、申报。12月，省注册会计师协会召开会员代表大会，选举产生协会会长、副会长、秘书长、副秘书长和第一届常务理事、理事，并取得民政部门登记认可，履行对全省注册会计师行业的服务、协调、监督、管理职责。
  1992年6月，省财政厅发出《关于省注册会计师协会有关职责的通知》，对省注册会计师协会的有关职责作出规定。即负责对新建会计师事务所及有关机构升格审批前的初审后，报省财政厅审批；负责对注册会计师的资格审查；负责拟定并监督执行注册会计师业务规范和职业道德守则。
  1993年10月，执行第八届全国人大常委会第四次会议通过的《中华人民共和国注册会计师法》，明确省政府财政部门依法对注册会计师、会计师事务所和注册会计师协会进行监督、指导。注册会计师协会对注册会计师的任职资格和执业情况进行年度检查。
  1994年，全省新批准成立22家会计师事务所，审批278名注册会计师。截至年底，全省共有75家会计师事务所，1600名从业人员。省注册会计师协会印发《福建省注册会计师报表审计工作规范意见》、《福建省注册会计师验资工作规范意见》、《福建省股份制企业会计报表审计工作规范意见》、《福建省股份制企业验资规范意见》。
  1995年，全省会计师事务所发展到108家，700多名注册会计师，2000多名从业人员。省注册会计师协会制定《福建省注册会计师变更注册管理办法》、《福建省会计师事务所年检办法》、《会计师事务所等级评定管理办法》、《福建省注册会计师执业行业管理规定》。
  1996年1月，执行财政部发布的《中国注册会计师独立审计准则》和《中国注册会计师执业规范指南》。
  1997年1月，执行中国注册会计师协会发布的《会计师（审计）事务所业务检查制度（试行）》，要求注册会计师协会每年度均应组织开展会计师事务所业务检查工作。检查的主要内容为：会计师事务所内部质量控制情况、职业质量情况，会计师事务所和注册会计师职业道德情况等。11月，省注册会计师协会和省注册审计师协会合并，结束社会审计市场分割管理的历史，实现统一行业管理，统一执业标准，统一监督管理。
  1998年1月，执行财政部颁布的《违反注册会计师法处罚暂行办法》，规定省级以上政府财政部门负责对注册会计师和事务所的处罚工作，省级以上注册会计师协会具体处理日常工作。遵照国务院领导关于“做扎实工作，整顿会计师行业”的指示精神，在中国注册会计师协会的指导下，省注册会计师协会在全行业内开展以“清师、清所、清业务”为主要内容的清理整顿工作，依法撤销5家会计师（审计）事务所，撤销分支机构6家，清理兼职、超龄和挂名注册会计师111名，依法处罚28家会计师（审计）事务所，责令限期改正85家。
  1999年，省注册会计师协会开展会计师事务所业务检查，组织6个检查小组，对57家会计师事务所的执业质量、职业道德、内部控制等情况进行实地检查，共抽查1209份审计和验资报告。业务检查发现的主要问题是，有的会计师事务所没有按照独立审计准则要求签订“业务约定书”，双方责任不明，遗漏重要条款；有的没有严格履行审计程序，审计方法不当；有的审计工作底稿不规范，审计报告失实。针对存在的问题，省注册会计师协会提出改进措施与建议，并举办7期注册会计师业务培训班，受训人数达1500多人。
  2000年，省注册会计师协会参与省政府组织开展的经济鉴证类社会中介机构清理整顿工作，推进经济鉴证类社会中介机构与政府部门全面脱钩，规范中介行业资格认定，为注册会计师公平参与市场竞争创造条件。是年，全省会计师事务所由原来的229家改制合并为120家。省注册会计师协会组织对20家会计师事务所的执业质量进行检查，受理和调查14起投诉的违法违规执业案件，撤销1家会计师事务所，吊销2名注册会计师执业证书，维护了有关方面的合法权益。
  2001年，省注册会计师协会结合注册会计师年检工作对全行业进行一次清理普查工作，对14家未达到设立条件的会计师事务所予以限期整改，对存在兼职、超龄等问题的216名注册会计师进行清理，取缔十多处非法设立的分支机构，规范注册会计师行业执业秩序。加强行业监管力量，省注册会计师协会从业内聘请17名经验丰富、执业水平较高的注册会计师担任兼职监管员，形成一支相对稳定、能胜任监管工作的业务骨干队伍。
  2002年11月，根据财政部《关于进一步加强注册会计师行业管理的意见》要求，省财政厅下发《关于终止委托省注册会计师协会行使的行政管理职能的通知》，自2003年3月1日起，终止委托省注册会计师协会的行政管理职能，会计师事务所的审批和行政管理职能由省财政厅会计处行使，涉及机构审批工作由省财政厅会计处统一受理审批；对注册会计师和会计师事务所的行政监督检查和行政处罚职能由省财政厅监督检查局行使；对注册会计师、会计师事务所进行行政处罚的听证等职能由省财政厅条法处行使；省注册会计师协会负责注册会计师行业自律管理。
  2003年1月，省财政厅发布《关于清理整顿注册会计师行业、资产评估行业管理体制的实施方案》，明确行政管理职能。是年，省注册会计师协会对全省108家会计师事务所的审计和验资业务的部分财务指标实行报备制度。以省政府文件发出《关于进一步加强注册会计师行业监管的通知》，建立注册会计师业务报备制度，适时跟踪监督注册会计师执业质量。是年，省注册会计师协会对违反执业质量和职业道德的13家会计师事务所进行自律性惩戒，其中责成限期整改的11家，撤销会计师事务所1家，谈话提醒的2家，吊销2人注册会计师资格证书，警告1人。
  2004年4月，执行中国注册会计师协会发布的《会计师事务所执业质量检查制度（试行）》，要求所有会计师事务所每5年应当至少接受一次质量检查，检查的主要内容包括会计师事务所和注册会计师遵循独立审计准则、职业道德情况，事务所内部质量控制情况等；省注册会计师协会每年要以不低于20％的比例开展重点检查。通过对少数违规违纪注册会计师、会计师事务所的惩戒，维护市场秩序，保护绝大多数会员的利益。是年，4名注册会计师、1家会计师事务所被行政处罚。
  2005年1月，执行财政部《会计师事务所审批和监督暂行办法》，明确省级以上财政部门应当遵循公开、公平、公正、便民、高效的原则，依法审批会计师事务所，监督会计师事务所的业务活动。结合福建省注册会计师行业具体情况，省注册会计师协会制定《福建省注册会计师协会会员诚信档案管理操作规程》，建立会员诚信档案，记录会计师事务所和注册会计师在执业中的不良行为。是年，省注册会计师协会与省财政厅监督局联合开展执业质量检查，加大对那些严重扰乱行业执业秩序、影响行业形象的会计师事务所和注册会计师处罚力度，与审计厅、专员办、证监局、资产评估协会取得共识，凡列入统一监管检查范围的，其他监管部门当年不再检查。建立协调监管工作机制，加强联合监管，避免重复检查，提高监管效率和效果。强化对注册会计师行业的行政监管和处罚工作，当年共有17位注册会计师受到行政处罚，有4家会计师事务所被勒令撤销、暂停执业或警告。通过对注册会计师行业违规违法行为的查处，警示从业人员，整顿和规范注册会计师行业秩序，保障全省注册会计师行业的健康发展。
  截至2005年年底，省财政厅共批准设立会计师事务所159家（含会计师事务所分所22家），其中有限责任制会计师事务所147家，合伙制会计师事务所12家；全省注册会计师人数为2794人，其中执业注册会计师1782人，非执业注册会计师1012人。